RNA id: TCONS_00000309


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00000309
length 115
RNA type rRNA
GC content 0.48
exon number 1
gene id XLOC_000169
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 12735920 ~ 12736034 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

accggcagctagctctctacaACACTCACATGGTCGCTTACTGAAGCTAAACAGAGCTGttcctggtcagtacctggataagagatcacatgggaaaactagattgctgccgaaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000185452

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00003038 lncRNA upstream 58898 12672985 ~ 12677022 (+) False XLOC_000168
TCONS_00003039 lncRNA upstream 58898 12672991 ~ 12677022 (+) False XLOC_000168
TCONS_00000308 lncRNA upstream 58898 12672991 ~ 12677022 (+) True XLOC_000168
TCONS_00000298 lncRNA upstream 378254 12348267 ~ 12357666 (+) False XLOC_000164
TCONS_00000297 lncRNA upstream 380355 12348237 ~ 12355565 (+) False XLOC_000164
TCONS_00003040 lncRNA downstream 188592 12924626 ~ 12937089 (+) False XLOC_000172
TCONS_00003041 lncRNA downstream 188633 12924667 ~ 12937089 (+) False XLOC_000172
TCONS_00003042 lncRNA downstream 188683 12924717 ~ 12937089 (+) False XLOC_000172
TCONS_00003043 lncRNA downstream 188692 12924726 ~ 12937089 (+) False XLOC_000172
TCONS_00003044 lncRNA downstream 195260 12931294 ~ 12937089 (+) False XLOC_000172
TCONS_00000304 mRNA upstream 335137 12394394 ~ 12400783 (+) False XLOC_000165
TCONS_00000305 mRNA upstream 338034 12394479 ~ 12397886 (+) True XLOC_000165
TCONS_00000300 mRNA upstream 338140 12394205 ~ 12397780 (+) False XLOC_000165
TCONS_00000303 mRNA upstream 338568 12394295 ~ 12397352 (+) False XLOC_000165
TCONS_00000302 mRNA upstream 338620 12394264 ~ 12397300 (+) False XLOC_000165
TCONS_00000310 mRNA downstream 27427 12763461 ~ 12763970 (+) False XLOC_000170
TCONS_00000311 mRNA downstream 27427 12763461 ~ 12793458 (+) False XLOC_000170
TCONS_00000312 mRNA downstream 27886 12763920 ~ 12796578 (+) False XLOC_000170
TCONS_00000313 mRNA downstream 30317 12766351 ~ 12797410 (+) False XLOC_000170
TCONS_00000314 mRNA downstream 31284 12767318 ~ 12793593 (+) True XLOC_000170
TCONS_00000307 other upstream 192445 12543359 ~ 12543475 (+) True XLOC_000167
TCONS_00000306 other upstream 304478 12431328 ~ 12431442 (+) True XLOC_000166
TCONS_00000301 other upstream 340633 12394209 ~ 12395287 (+) False XLOC_000165
TCONS_00000299 other upstream 378844 12348358 ~ 12357076 (+) True XLOC_000164
TCONS_00000278 other upstream 658442 12071921 ~ 12077478 (+) True XLOC_000157
TCONS_00000315 other downstream 112027 12848061 ~ 12853263 (+) False XLOC_000171
TCONS_00000316 other downstream 112038 12848072 ~ 12853013 (+) True XLOC_000171
TCONS_00000318 other downstream 266944 13002978 ~ 13003067 (+) True XLOC_000173
TCONS_00000325 other downstream 1601177 14337211 ~ 14337313 (+) True XLOC_000182
TCONS_00000334 other downstream 1937743 14673777 ~ 14673871 (+) True XLOC_000192