RNA id: TCONS_00049280


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00049280
length 407
lncRNA type read_through
GC content 0.56
exon number 2
gene id XLOC_024275
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007136.7
NCBI id CM002909.2
chromosome length 37502051
location 35121319 ~ 35153715 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CGAGCAGAGACGATTACTTCTTCTTGGGAGCCGCCTTTTTAGGCTTCGCCGCCTTGGGTTTGGCGGTTTTGGGCTTGACCGCCTTTACCTTCTTGGGGCTCTTGGCTGCTTTCTTGGCAGCTGCTGGTTTCTTTGCCTTCTTGGGGCTCTTGGTCGCCTTCTTTGCAGCCGCGGGCTTCTTGGCTTTCTTAGGGCTCTTGGTCGCCTTCTTCACAGATGTGGCCGCCGGTTTCTTCACCTTCTTGGGAGATTTCTTAGCGGCGGGTTTCTTGGCAGCAGGCTTCTTGGCTTTTGCGGCGGTTTTCTTAGCTGCCTTCTTAGGCTCGGCTTGCTTCTTGTTCAGCTTGAATGAACCGGAGGCGCCTGTGCCTTTGGGCTGGACCAGAGTGCCGTTGAGTACCAAAGCC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00049279 lncRNA upstream 51711 35054513 ~ 35069608 (+) False XLOC_024268
TCONS_00049277 lncRNA upstream 161072 34954400 ~ 34960247 (+) True XLOC_024261
TCONS_00048054 lncRNA upstream 304638 34811038 ~ 34816681 (+) False XLOC_024255
TCONS_00049064 lncRNA upstream 451617 34668706 ~ 34669702 (+) True XLOC_024252
TCONS_00049276 lncRNA upstream 608375 34511205 ~ 34512944 (+) True XLOC_024249
TCONS_00049282 lncRNA downstream 419158 35572873 ~ 35576543 (+) True XLOC_024287
TCONS_00049283 lncRNA downstream 434442 35588157 ~ 35592065 (+) False XLOC_024288
TCONS_00048094 lncRNA downstream 434450 35588165 ~ 35592065 (+) True XLOC_024288
TCONS_00048106 lncRNA downstream 777303 35931018 ~ 35932300 (+) False XLOC_024294
TCONS_00049284 lncRNA downstream 777303 35931018 ~ 35938672 (+) False XLOC_024294
TCONS_00048080 mRNA upstream 53627 35067318 ~ 35067692 (+) True XLOC_024268
TCONS_00048079 mRNA upstream 55206 35065802 ~ 35066113 (+) True XLOC_024274
TCONS_00048078 mRNA upstream 56291 35064642 ~ 35065028 (+) True XLOC_024273
TCONS_00048077 mRNA upstream 57661 35062353 ~ 35063658 (+) True XLOC_024272
TCONS_00048076 mRNA upstream 59661 35061044 ~ 35061658 (+) True XLOC_024271
TCONS_00048084 mRNA downstream 1961 35155676 ~ 35156872 (+) True XLOC_024280
TCONS_00048085 mRNA downstream 35840 35189555 ~ 35244242 (+) False XLOC_024281
TCONS_00048086 mRNA downstream 59204 35212919 ~ 35244242 (+) True XLOC_024281
TCONS_00048087 mRNA downstream 97261 35250976 ~ 35271284 (+) True XLOC_024282
TCONS_00048088 mRNA downstream 151188 35304903 ~ 35343303 (+) False XLOC_024283
TCONS_00048053 other upstream 329853 34791362 ~ 34791466 (+) True XLOC_024254
TCONS_00048052 other upstream 331700 34775558 ~ 34789619 (+) True XLOC_024253
TCONS_00048029 other upstream 1340691 33780513 ~ 33780628 (+) True XLOC_024239
TCONS_00048028 other upstream 1391921 33729284 ~ 33729398 (+) True XLOC_024238
TCONS_00048019 other upstream 1982119 33139075 ~ 33139200 (+) True XLOC_024231
TCONS_00048100 other downstream 727700 35881415 ~ 35881531 (+) True XLOC_024292
TCONS_00048139 other downstream 1303085 36456800 ~ 36456918 (+) True XLOC_024327
TCONS_00048140 other downstream 1355959 36509674 ~ 36509789 (+) True XLOC_024328
TCONS_00048142 other downstream 1690412 36844127 ~ 36844249 (+) True XLOC_024331
TCONS_00048157 other downstream 2212983 37366698 ~ 37366955 (+) False XLOC_024341

Expression Profile

//