RNA id: TU1989738


Basic Information

Item Value
RNA id TU1989738
length 8855
lncRNA type antisense_over
GC content 0.39
exon number 3
gene id G1737422
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048585.1
NCBI id CM023239.2
chromosome length 64935962
location 40220359 ~ 40229315 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

caaatatattttaatatataatataatatttataataattTTAGCACAATGACAAAATGGCATCATTTCAGTTTAGTCTCATGTAAATCAGGACAAAAGCCACATCTGAAGGTCGGTATTTATTTTAATACATATTGTAATACcttatatttgatttatttatttgttgcTGTCATAAATCCTTTTTTCTTTTCTTGGTCCTGTAAAATAAGAATTCTAATAAAATCTAACAGCATATAGCCTATGGCATCCAGTGGGAGATATGATAACAATGCAAGGTGTGGATGTAGTTGTAATAGGTTGCTTTCCAGGCCGAGTACATTGCAGGCATTGAATTGTATCAACCAATGGTTCTATGCTACGTCTTTGAGTACACAGTACGGCATTAAATTGCcatcatatgatgtggttagttaattgTTAAACACCTATCCAGTCGTGAGATCTGGAAGATGTCTGCTATCTAGTCAGTTTGGAATGCGGCCATCCTCTTTACCACATGGTGAGAACAGAGCTTCAAGACAAGCCACTCCTTCAGACTGATGCAACATCCTGTCATTTTGGTAAGATTGAGACCATTTCATTGGCTAATCAGAGGAAACCTGACCTTTGACCTGCATTTATCAAACGTTTTGTTACCACAGAGAGGTTGTGGTTCCGTTATGCTTATGAGTACTACAGTATGCAAGGTACCGCAGGTTGACTAATACTTTTGAACTTACTCACTAAGAACATAGTGGCCTATTGTGTTGTGGCTCAGTGAAGTCAGTCTCCGTCTGTGATGTCATATTTAAACAGGATCAGAAATACAACACTTTCCAACACCCAGATATGATATGCAGTGATCCATTAAGATATACCTTCTCTTACTTTTCTTCACTTCTGAGGGTCAAAATTATGAATAGGGGGAAATGATAATGTATTTAGATAGGCTACTTCTTGCCTGCTTTAAACCCCTGGTGGAATTCCGCCGGAAATCTAAAGCTCCTTCATGTTAAAATCAAACGGTTAGATGCCTATATCTAGGCTACATCCCAATTACCTATCCTTCCACTcaaagtgtgcacttgtacaCTTCCCTTCGCTGCTTTGAAAGGAAATAGCTGTTATACgaaatatggtggaaactccctcTAGCTGGCCCATACCTAGCTACATAGAATGCATTCACGTATGTGTGGGAAGTAGTGACCAGTGTACACTTCAGAAGAAAGGCGATATTATTAGGACATAGACCCTAGTCTATCCTTAACCAAGCACAGGAACGTCATGACTCGTGACCTTACGATGATGACCTCTACTCACGTTGACGGGACCACACCACTGCAGTTACGATGATTAACACTGACCAGCGCCATATATTTAGAGTTCGGCCAACCGTTAGAACGCATAGTGCTTTCAAGTATTCCATTTATCCATTCATGATGAGCGTTTGGATTGTAATTGTAATTCTAGATGTTCAGTTAGATATAGCATTGTTTAAAATGTCAAGAATTCAATGAACTCGATATTGCCAGTGTAATAATGGgaagctaacatggctgccatatgGAATATAAGTGCATTATAGAAACACAATGTCCAAACTCTCTAAATATGTGGCCCCGACACCGACCTGAGGGGAGTTCAACAATGTTAGAATACCTAGGAATAATCTCAGTTGAGCAATaaacattcaaaactgtaacagTGAAGCCGCAAATAgccactttaaaaaaaaagtttcgACCCAAAACAGACTCTTATTATGTTTGCTGCACACTACCTTTTTAGTCTGTTAATGTTAGCAAACGTTTGCAGCTGGCACAAACCAAATGGAACGTGTTAGCTTCTGTTAGCAAACATTCGCATTGTTGAACTCACCTCTCGCAGAGCACCTTAAAACACGGCACAACAAATGTTGCTAGCTAGTCTCTACTGCAAAAACACACACTTAAAAGGGCTTCTTACAGCCGCCAAAAACGGCCTTCAACTTCCGTCTAAAATAAAGAGTCTCCATCCCGATATCCACCCTAGCATTCATACTGCTGCATTCTAAATAGTACGCCAGTGTGGAATTCGGGACGCAGCCTCTTGAGAGATTGTTcagtacacatactgtacacttgTTTTTATTATTCTGTCATGTTAACAGCACATACAAGCATCAGGATTTGTCAAGTCTCCCATCCGCCTCCCTAGCGGTTTTGCAACTAAACTATAAAGTTGGCACTTTTACTATATGGTGTGAAAGCTTGCTTCTTGTGCATATTAATGTAAATGTTTATTTGAAAATTGTCACGTCACATTTTGCTATTTAGTGCTAGAAGGTTGAATAGTCAGGCTTTAAAAATGCATGGTcacaatttaaattgatttttgctctttcactctttctgtcACGCAATGAACGTGAAAATATATATGTTTGTCAATGTTGTTTCTGCTGTACAAATATCTTCCAACTTCAGACATTCAAAATCCCCAACCTCACTAACTTCTTTCCAAGCACACAAAACTCCACATAAAAATACTCAACACAACCTCTCTAGCCTACTATACAGCATCATGTGTGAGTCCTGAAACATTCAACACCTTAAAGGATACGTTTGTCATTTTGCTTCCTAATGTTGGATGGTTCCTTACCCTGAACGTAGTCAATGAGCCAGGACAAACTGTAATGGATAAGGAACCATCAAACATTAAGTTGTATAATAATTAACTTATTCTTTAAAGACCTTTGTAATTTATAGTTCACCAGCCACTTCAAATCCAACTCAGGCCCCAAATTCAATCTACCTTAGATAAAGGAAATCACAATGCAGGTTCACATACTATGTTAACACTGTTGGAATTGTGAGCAGCTAACCAGTTGAAACGTGTTAAAACCGATAAACTTAGCAAGTTGTTAGTCTCAGGGAAATGATTTGATTTGCAATTAGTGTAATTTGGGCCTGGGTTTTCATCTACTGCTACACTGCACTGACTCCAAATGcatccctcctctacctctctatccaTGGGGTCACAACTGAAAATCAACACTTTTTTTTCCACAGCtagaaaaaaaaaagacaagaAAATGAACAGAACAAACTCTTCTGAGTGAGACTTTTCTACCCAGCGGCCTGCCTTCAGATAGTTACATTTCACGGCACAACAAACAAAAGCATCTCTATCAAAAACAAAGACAATAATCCAATAAAAACAACCAcaatgaaaaacaacaacaaatgacgTGAAGAGATAATCACAATGGATATCCTGTTGCAATTTAGCAACTGTCTGGGTAACAGTTTGTGTAGTTTGCGTGTGTGTTGTAAAATACATCCAACGATAAGAAGACAAATTAAATACAATAATAGAAtacaatctgtttttttttaaggaaGGACGGTTGTATCTCCTAACTTAATAAAAACAACGCAACCCCTAACTCCATATTTAAAGATAAAAACATGGATAGAGATACAGAGATTAAAATCTAAATTGAAGTGTGGTCTCTGATCAATCCTTATTTAATATCAGATAAGTGACACGTTTTTACCCCGTTTAGTGAACATATCAGAAtacttaaaaaatacaaaaacaaacaatacattGGCATAAAATAAATTAATCCATTACGAAACCAACATATTGATATAAATTCATCATATATATGTACAACCTAATCCCCCAAAAATTGAAAAGTAAACATAGGAAAATGAACTACTGTCAAATCCCTTCAATCATAACTTCAGTATATTGAATGTAAACGAAGGGATAAAGGGAAAAGTCAAAACTCCTGTAGCTTGAATAGTTTGAATTTGAATTGTAGTTTGATGAGCTCTCTATAACGGTTAGCTTTGtcttacattttaaaatgttcagtaTAATTTTAGGTCTACGTATGTCTTGGTTATATTGTTACATATCTATTTGTCATATAGGctatgtttattttttacttcgattttatgatttttttaatacacattttttttgcagCATTCTTTTGTAACTTGATATGTAATTGGTACACGGAATTccaaattgacatcatttgtgaGTGATATGTTGTTATTATTTGTGCCAATGGCCACATAAAAAGCACAGCGATGTCATACACGTGACTTCTAACCAATAAGAAATATATAAAATCCACACCGAGCGCCATGGGTTGGACCCTATTGAGAGTTTTaccatagatatagaacactTGATAGATAGGCTgattcatggggggggggggggtctgaggaAGACAAAGGgtaaaagagggggaagagagaaaaagggtaTGGTGGAATGAAAAGGGGTTGTCATTCTACCTTTTCACAGGAAAGGGGGTTTGCATTCTTAGTAACGAATATGGCAACTTCGCTTCAATGATTTTTCTGGGTGTGAGCTGAAATATAgaaatatgtatatacagtagctaCAACCAAACAAACATGGATAACCAAACACATATGTGTTTAGACATGAGAATCATTTGAATGTTGTAAAGTGAAGATTGATCCTTATTGGTATCTGGCCATTGatttatattattaatttgttAATTGGTGCAttatgagtgtttgtgtgtgtatgtgtgtaaggtTTATCCATTTCTCTACTGATATCCTACCACACAAATGCTAACATGACACAGTCCATGACCTGTAATGGAATTCTGACTTGAAAAAATTGTCACTTGTACACAAACACAGAGATTCACAATTCCCTACATACTGTAAgcatgaaaaaaacaacaacaacacgcaaaacaaaaacaagacaaaaacaaacaagaaaacacCTCCCTTGTGATCCTCATAAGAATCTACACCAAAGaatttataaaaaaacaaaaaaaacatttcccccCCAAAGTTTTACAGTAAGGACAATTCCTATGTTTATCTCCAGAACTCTGTAAGTGGTTAGTGCGATAATAGGCCTAAGAGGATCTACAATGGTTGTCTGTCGCAAACTCCCCAGCAAGACGAGCacgtacctacctacctacctgcctacctacctacctaccctgt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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU1989674 lncRNA upstream 65938 40153063 ~ 40154421 (+) True G1737377
TU1989616 lncRNA upstream 86874 40130152 ~ 40133485 (+) True LOC110500397
TU1989612 lncRNA upstream 104142 40113093 ~ 40116217 (+) True LOC110500396
TU1989611 lncRNA upstream 104204 40113093 ~ 40116155 (+) False LOC110500396
TU1989688 lncRNA upstream 108068 40112092 ~ 40112291 (+) True G1737391
TU1989771 lncRNA downstream 41503 40270818 ~ 40379666 (+) True G1737449
TU1989846 lncRNA downstream 157639 40386954 ~ 40388237 (+) True G1737519
TU1989855 lncRNA downstream 172189 40401504 ~ 40403685 (+) False LOC110500409
TU1989856 lncRNA downstream 172189 40401504 ~ 40403685 (+) False LOC110500409
TU1990145 lncRNA downstream 206003 40435318 ~ 40437210 (+) True G1737789
XM_021577758.2 mRNA upstream 25885 40166092 ~ 40194474 (+) False LOC110500400
XR_005038601.1 mRNA downstream 26675 40255990 ~ 40257045 (+) True LOC118942929
XM_021577764.2 mRNA downstream 92855 40322170 ~ 40352889 (+) False LOC110500405
XM_021577765.2 mRNA downstream 92857 40322172 ~ 40352889 (+) True LOC110500405
XR_002470100.2 mRNA downstream 172137 40401452 ~ 40404840 (+) False LOC110500409
XR_002470101.2 mRNA downstream 565134 40794449 ~ 40837182 (+) True LOC110500418
TU1989649 other upstream 157034 40062706 ~ 40063325 (+) True G1737353
TU1988631 other upstream 343409 39875756 ~ 39876950 (+) True G1736484
TU1988209 other upstream 930689 39233664 ~ 39289670 (+) True G1736098
TU1988123 other upstream 1010874 39179287 ~ 39209485 (+) True nat16
TU1987950 other upstream 1295431 38867967 ~ 38924928 (+) True arrb2b
TU1989857 other downstream 172189 40401504 ~ 40403685 (+) True LOC110500409
TU1990244 other downstream 322696 40552011 ~ 40553853 (+) True G1737866
TU1990461 other downstream 763840 40993155 ~ 40997320 (+) True G1738057
TU1990529 other downstream 795395 41024710 ~ 41029136 (+) True G1738119
TU1991654 other downstream 1659496 41888811 ~ 41891367 (+) False G1739103

Expression Profile