RNA id: TCONS_00061712


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00061712
length 592
lncRNA type inter_gene
GC content 0.46
exon number 2
gene id XLOC_030149
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007116.7
NCBI id CM002889.2
chromosome length 72500376
location 29241794 ~ 29243160 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CCAACAGGCCCTGGAGGTCCACTGAGAAGTCTGTATCTTCTTCCATCCTTGCCTAATATAACATCTCCATGTTTACGGATAACTCTTGAAAACTTGTTGTCAGCTCTTACAGTGCCTATAAGCATTTCATATCCTTTTTGTGAGGAAACATCGACCGAAGGCTGTTTAACTACTTGACTAGAGTACCCAGAGATGCTCTGTGAGGAAAGTAAGAAACCTTCTTCAGTCAACTGGTTTAACTCGGGATGGACTGTGGGCCTGAGCAGATCCTTCTGACCAGCTGACGTCTTTACATTTAAGCTAGAATCCAGCTCAGAGATGTCCCCAGACGGCTTCAAATGGTGCTGCTCCAGACGACCTTTACTCAAATCAGCTTTCAGTTTTTGAGTTGTGAAAGTCTCTGATGATTTGAAGGTGGTGGACTGGATCTTTTTGTCCTTGGTGTCCTTAAACCTGCTATGTGTGCTTACGACAGGAGACGCGAGGCGCTCAGACTCATCCACCACCACAAAGCCACGGACCGACTGCTTTGAAGAAGTTCTGTTCGGATGAGAAGAAATGGCCCATTTTTGAGAGACACTGGAGTTCAGAT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00061711 lncRNA upstream 322833 28916519 ~ 28918961 (+) True XLOC_030145
TCONS_00058935 lncRNA upstream 467893 28773214 ~ 28773901 (+) True XLOC_030138
TCONS_00061710 lncRNA upstream 679657 28561003 ~ 28562137 (+) True XLOC_030137
TCONS_00061437 lncRNA upstream 738617 28497934 ~ 28503177 (+) False XLOC_030136
TCONS_00058932 lncRNA upstream 738617 28497934 ~ 28503177 (+) True XLOC_030136
TCONS_00061713 lncRNA downstream 316899 29560059 ~ 29562497 (+) False XLOC_030150
TCONS_00061714 lncRNA downstream 317495 29560655 ~ 29565825 (+) False XLOC_030150
TCONS_00061715 lncRNA downstream 319488 29562648 ~ 29565825 (+) True XLOC_030150
TCONS_00058959 lncRNA downstream 541012 29784172 ~ 29792624 (+) True XLOC_030153
TCONS_00061717 lncRNA downstream 658993 29902153 ~ 29952916 (+) False XLOC_030159
TCONS_00058949 mRNA upstream 64522 29159911 ~ 29177272 (+) False XLOC_030147
TCONS_00058950 mRNA upstream 64648 29160132 ~ 29177146 (+) False XLOC_030147
TCONS_00058948 mRNA upstream 64728 29159777 ~ 29177066 (+) False XLOC_030147
TCONS_00058951 mRNA upstream 77616 29160324 ~ 29164178 (+) True XLOC_030147
TCONS_00058946 mRNA upstream 239472 28972935 ~ 29002322 (+) False XLOC_030146
TCONS_00058953 mRNA downstream 409038 29652198 ~ 29672144 (+) False XLOC_030151
TCONS_00058954 mRNA downstream 409353 29652513 ~ 29667421 (+) False XLOC_030151
TCONS_00058955 mRNA downstream 428521 29671681 ~ 29711948 (+) True XLOC_030151
TCONS_00058956 mRNA downstream 471626 29714786 ~ 29745566 (+) False XLOC_030152
TCONS_00058957 mRNA downstream 471880 29715040 ~ 29745260 (+) False XLOC_030152
TCONS_00058952 other upstream 27148 29214530 ~ 29214646 (+) True XLOC_030148
TCONS_00058939 other upstream 415654 28824612 ~ 28826140 (+) True XLOC_030141
TCONS_00058938 other upstream 423181 28812453 ~ 28818613 (+) True XLOC_030140
TCONS_00058916 other upstream 1199275 28041984 ~ 28042519 (+) True XLOC_030128
TCONS_00058863 other upstream 3008726 26221016 ~ 26233068 (+) False XLOC_030104
TCONS_00058961 other downstream 550916 29794076 ~ 29799058 (+) True XLOC_030154
TCONS_00058963 other downstream 560251 29803411 ~ 29812612 (+) False XLOC_030155
TCONS_00058970 other downstream 588035 29831195 ~ 29847899 (+) False XLOC_030157
TCONS_00058972 other downstream 588245 29831405 ~ 29843117 (+) True XLOC_030157
TCONS_00058974 other downstream 746987 29990147 ~ 29990221 (+) True XLOC_030160