RNA id: TCONS_00061943


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00061943
length 6326
lncRNA type sense_over
GC content 0.37
exon number 4
gene id XLOC_030864
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007116.7
NCBI id CM002889.2
chromosome length 72500376
location 10765611 ~ 10946379 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

tctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctcacacacacacacacacacacacacacacgagcacgGCGCCACAGCCTCTTTCCGTTCCTCCCGCGCGGCTGCACGGACACTCGTACCGTTGGAATACTTTCTGCGTTCACCGGAAATGTGGCGTACAGCCGATTTGGATTCACCCCGACTGTAGTTCATCCCCGCTCCCAGTGTGACTTTCGCCAGCTCTCGTCAATCCTCCGGGCTGCTCCGTTCGCGTCGGCAGCGAGACGCAGATCTCTTGAGTTTGGATGTTACTGTGATTGTGTCTCTGCCCAAATGACTGAGAGAGGAACCACCGGGAGACGCTGCTCTCCGTCCCGCGCCCGCACGGCCACCGTCGGGTAAAGTTTGACCGGCAGGGATGACGGTGGTTCATCTTCCGTGAGAtttgcaaattaatttaaatttacaacAGTGAGGAAAAACACCGTGTTCTCCAGTTCAACGGGGACCTCTTTCTGGGATTTACTTATTTActggatttattaataaacatgaaGACCTTAATCGTGGAGGGTACTGTACAACAAGTTTCCTTTGCTGAGTTCCTTGGTCAGGGGTTAAACACATTTTCTGTCCAGTACTGCAGTTGGAATTTTCCGTCAacatttttatgTTTTCACAGTACTAGGGTGCAGTAAGAGCACAAACACAGAGTTCAACTTTGATTCAACTCCGTGATTTTCTCAAGAGAGCCGACCAAAATGTTTGACCTGCCATAAAATGATTCGACTATCTGCCGACCAAGAGAGgtggcgcagtgggaagtgctctcacctcacagcaagaagatcgctagtTTGATTCTCGACTggatctgttggcatttctgtgtggagtctgcatgttctcccagcgttcgcatgggtttcctccgggtgctccggtttcccccacaagtccaaagacatgcggtataggggaattgggtaagttaaattgtcgtagtgtatgtgtgtaaatgaaagtgtatggatgtttcccagtgatggtttgcagctggaagggcatccgctgtgtaaaacatgctggataagttggcggttcatttcgctgtggcgaccccagattaataaagggattaagccgagaagaaaataaattagtatttatttaacttaatgttaatataacactactgatgatttttagctgaatctgtggtACATGGTGATTCAAATAATGGCAGCGAATGAGGATGGGTTTTTCAGTTTAAGAATAAAGTCCAAATCTAAAGCCATGGCTCCTGATGAAGGTCCTGTAAAGTGAAACGATTGGTCTGTGTaagaaatttaacattatttgcaatattagCATTAATCCACGGCCTGGTCAAACAGATGGTTTttgggttgtgagacgtagtttagacgaagttgtcggcgattcttcctattgtaaagtcatgcaatgttcaagtccctgtcgccgatccatcttgcagtgaaaataaagcagcaacgactactttcaaaatcatgcagtctgaactcggcattagttaaTGATTAAACTTAGAGACCTGGATATCGACACGTCTCTCTGCAACTGGATTATGTACTTTCTGACTAAaagacctcagaatgttagatcaggccacatctgctccaccatcTTCACACTTAAccctggtgtaccacagggctgtgtgctgagcctcTTCCTCTACTTCTTTTTTTACTAtcaactgtaggcctgtgaaTAGATCcaacatcatcaaatttgcagatgacaccacagtgattggtctaatcagcaataatgatgagacggcctacagggaggagatacatcATCTGTCCACTTggccactaccaagccgaccaatcacagagcttgcgctacgcgtcgtttcgatgtgtagttacattttttgagaggtacacgtcagcgacgccgacggccacggcgaagggctttgcatcagcgccgtagcattggcgtgcgtttgacgcagaagtataaatcagccttaaggaacAGCACTTTCCTCAGAGCTGTACCTTTTTTAACTCTATCCCCCACTAATTATTTTGCCCTCCTAATACACCCCCACTGTCCTCATAACTTGTACTCCTCATTATCAttgcactatttaacatttgcacatttaaaaattacacattcattgcactacattagactgattcattcatttgaactatacatatactgtacacttgtaattgtttatctatctgtacacttctgattattaatagcaacctgtacatataataatttattttaaatctctgttcatagctaatacaacctgtatataatgttgatagtacatccatctgtaaatatcactaaaGTTTTTCTATATCTGCACTTTATAAACTGATTTTCATTGCATTGTACTTATACAtgtgtaatgaaaataaagtttaatctaatctaatacatttcttaacgttttccaatttgtcatttatgtatttaactaatcaaatttgtattatttacagaCAACCGATGTCCATGTCAAAAGAGCGTCTATTCTTTAAGCTCTCTTTACTTACCTTTGTGAGGATGAGGCATGCCTGGTGAAAGAATACATGGTGAGTGCATCATAGTACTAGTGCTTGCACCTGGGCTATAAGAAATAACTGAGGGTGGGGTTACAGTGGCCAATGAGACAAACAAACTTTTTTGAGTGCCATATTTGAATTAATAGGTGAACCTAATGTTGAACACATTATGGTCTATTCAAATCACATTGCGCTGCACAAACACTTGCTAGATTCGTGCAAGTAAGTTGCATACTAATTCAATGCAAAAGTATAAATAGaacaatgaacaaaatattttaatatctcaaaaacaaaattaataattttaaagaatttgaaaatagtgttttcactgtatgtcaatggcttttttcttttttcaaatgcttTCTATTTCCATATATTTGTACatgaagttaaaaaaaatgcCATTGGTCACTACACGCGTAAGAGCAACCTATTATCTTTTGCCTCAAACTCTTGCATTGTAATGGTAATACACACTGTTATTGAACCGTGAGAAAACTATCAGCTTGTTGAGTGTGACATCACATCGCTTGACTATATCAAATAGTattgggagactcaacaaatggtaataataaacatttacaaagcgatgaaATACTTTTTGAAAATCGCAATATATGTGCCTAATATTAGTATGCCTAAAAATACTAAATGATTAAAAGTTGCATATGTTTCTTAATCCTTTGACGTTCTCAGCATTGGGTTCAGATCTGTGTTTGACCCCAGAGATATTCATTGTTTagcccaggggtgtccaagcttggtcctggagggcctgtgtcctgctaagtttagttccaattccaattagacacacctatgctagctaatcaagctcttacctgGTGATCTATAAactatcttgcctcaacacacctgcaaggatgagcTAAAATcggcagaacactggccctccaagaaggagtttggacacccctgttttagtcTTTctaaacagtattattatttctaaattacaaacaaatagTCACAGAATTACAAGTAAACCACTTttttccaaaaaagagaaaatttatgtttatgttaagattaaaattactgtttaaaagcaacttgacttgaattacatttttaggtcaatGGGTGGCCGTACTAACAATCAAAAATGTATcgctgaataattcttcaaaaatgtttaatctaataatgaaacatgacgttttttttaaagtatgaattcaagttttaaatttgtatatttacttataaatttaaaatatacttaatatatttgaattattttggtttaattaatgacacgtaaaaatactaattaaataaatatacatgtttattaatttgtccaattaaatttgttttattattgtactttttttttattatttgcagagGTCCTGTGGGTCTTTGAAAAGTCTTAAGTATTAAATTAGATGTTTACAATTTAAggtcataaaaagtcttaaattttgcaTCAAGGTGTGACATTTCTACTGAATTTCATTCgctgatgtttattttacttgtgCATAATTATTCTTAagccttgtgtgctgttgaggaTATTAATTTTGCGACAGATTTCTTTGTTTGAGCGCatgaaatgatttttggtgacatgttatttttactcatattttgggaaaatgcttttaaatttttaaaaacctcaacaatacactctgggcaaatgtattactcttttgttatgtttgtggctgattttgcctcattgacttccattataacaataTTCTTTAATTGCAAGGTCATGACAGTATATTGAATATTTTCGATCTCTATTGGTTTTTCTTGTTAGGAAaaggtaaaatttgtcatttttatagttgatcatcagttgcagagcAAAACAGTGCAAAGGTTTGTGGTTTTTATATAGAGTTATACGGagtattgtttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtaagtgcgtgtgtgcgtgcgtgcgtgagacttttgcacacattgttttgaaagttgcttatttacattttttcagacatatagtaaacatagtaagtgtatttatgcacacatacacacacacacacactatcatttactgtttatactccaaagaactccatataaaagccagaaacttttttgGACAGGACTATCTAAATGGTTATGCTGTCAACTGatcatcaacagtaaaaatgacaaaatatacatCTACCGAAAAGGGAAGAAAACCATCAACAATGCGTGATTACATGCTGTCATGGATTTGCATCCAAAAaatgttataatggaagtcaatggggcaaaaaaacCAGCAACTAACATaaggaaagggtagtaaatttaaataatacagaagGGTTAAGGTGAACAA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Function

GO:

id name namespace
GO:0050919 negative chemotaxis biological_process
GO:0048936 peripheral nervous system neuron axonogenesis biological_process
GO:0007411 axon guidance biological_process
GO:0048495 Roundabout binding molecular_function
GO:0005515 protein binding molecular_function
GO:0008201 heparin binding molecular_function

KEGG:

id description
ko00537 Glycosylphosphatidylinositol (GPI)-anchored proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00061939 lncRNA downstream 435940 10497471 ~ 10500797 (-) False XLOC_030861
TCONS_00060011 lncRNA downstream 436053 10488937 ~ 10500684 (-) False XLOC_030861
TCONS_00060012 lncRNA downstream 436053 10499188 ~ 10500684 (-) True XLOC_030861
TCONS_00061521 lncRNA downstream 440911 10488994 ~ 10495826 (-) False XLOC_030861
TCONS_00061938 lncRNA downstream 719131 10215514 ~ 10217606 (-) True XLOC_030859
TCONS_00061522 lncRNA upstream 21478 10967799 ~ 10968681 (-) False XLOC_030865
TCONS_00061523 lncRNA upstream 21478 10967799 ~ 10970573 (-) False XLOC_030865
TCONS_00061944 lncRNA upstream 21518 10967839 ~ 10968697 (-) False XLOC_030865
TCONS_00061524 lncRNA upstream 23916 10970237 ~ 10971601 (-) True XLOC_030865
TCONS_00061945 lncRNA upstream 90856 11037177 ~ 11038305 (-) True XLOC_030866
TCONS_00060016 mRNA downstream 168479 10766547 ~ 10768258 (-) False XLOC_030864
TCONS_00060009 mRNA downstream 697658 10232193 ~ 10239079 (-) False XLOC_030860
TCONS_00060010 mRNA downstream 700138 10233011 ~ 10236599 (-) True XLOC_030860
TCONS_00060008 mRNA downstream 854493 10055980 ~ 10082244 (-) True XLOC_030858
TCONS_00060007 mRNA downstream 923766 10011922 ~ 10012971 (-) True XLOC_030857
TCONS_00060018 mRNA upstream 295970 11242291 ~ 11271209 (-) True XLOC_030867
TCONS_00060021 mRNA upstream 556257 11502578 ~ 11573490 (-) True XLOC_030870
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TCONS_00060023 mRNA upstream 778107 11724428 ~ 11809710 (-) False XLOC_030872
TCONS_00060022 mRNA upstream 778107 11724428 ~ 11809710 (-) False XLOC_030872
TCONS_00060014 other downstream 212072 10720894 ~ 10724665 (-) True XLOC_030863
TCONS_00060013 other downstream 427923 10507826 ~ 10508814 (-) True XLOC_030862
TCONS_00059993 other downstream 1730846 9203723 ~ 9205891 (-) False XLOC_030847
TCONS_00059992 other downstream 1749831 9179822 ~ 9186906 (-) False XLOC_030847
TCONS_00059990 other downstream 1757301 9173538 ~ 9179436 (-) True XLOC_030846
TCONS_00060031 other upstream 1036043 11982364 ~ 12031921 (-) False XLOC_030876
TCONS_00060039 other upstream 1246577 12192898 ~ 12193014 (-) True XLOC_030880
TCONS_00060044 other upstream 1407400 12353721 ~ 12372897 (-) False XLOC_030879
TCONS_00060045 other upstream 1419888 12366209 ~ 12366325 (-) True XLOC_030881
TCONS_00060054 other upstream 1778141 12724462 ~ 12725315 (-) True XLOC_030886

Expression Profile

//