RNA id: XM_034313334.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_034313334.1
length 7381
RNA type mRNA
GC content 0.38
exon number 9
gene id syt1a
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047612.1
NCBI id CM018558.1
chromosome length 23372418
location 2966599 ~ 3201217 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

TTTGGGACAGAGACGCTTGtgtcctcctcctcatcctcctccacaTCCGATCTGTCCATCCTCGTCCTCCATCTCCACGGTCAAGAGAGACACACGGGAGGAGACGCCGCGCTGCCAGctcGTGCCTGGCTGTAGATTGTAGTGATGAGTCGGCGGGAGGCGTTAGTGGGGAACCCGGTGCCGAGTGCTGCGCCAGAGGTTCGGGTCAACAGCACTGAGTCGTCCTCTCCCGGAGCGGCCGCGCCCAAAGATGAGGCTTTCTCTAAACTCAAGGACAAGTTCATGAACGAACTCAACAAAATCCCACTGCCATCATGGGCCATTGTGGCCATTGCGTTCGTGGCTGTGGTTCTCGTCGTGTCCTGCTGCTTCTGCATCTGCAAAAAGTGGATAttcaagaagaagaacaagaaaaagGGCAAGGACAAGGGCAAGAACGCCATCAACATGAAGGACGTGATAGACGGAGCCAAGACGGAGGACGAAGACGAAGTGGAGACCGGACTCTCGGAGGGTGAAAAGGAAGCCGAGCCTAAGGAGCAAGAAAAACTGGGCAAATTACAATACTCTCTGGATTACAATTTCACCGAGAATACGCTCATAGTGGGGATCATCCAGGCCGCCGAGCTGCCCGCCATGGACATGGGCGGGACTTCTGACCCCTACGTGAAGGTTTACCTCCTTCCtgacaagaagaagaagtttgAGACCAAAGTGCACAGGAAGACTCTAAACCCGACCTTCAACGAGCAGTTCACCTTCAAGGTTCCGTACACAGAGCTGGGAGGAAAGACTCTGGTGATGACGGTGTACGATTTTGACCGTTTCTCCAAACACGACGCCATCGGAGACGTTAAAGTGCCGATGAACAAGGTGGACTTCAGTCATGTGACCGAGGAGTGGCGGGATCTCCAGAGCGCCGAGAAAGAGGAACAAGAGAAGCTGGGTgatatctgtttctctctgcgcTACGTTCCCACCGCCGGCAAACTGACCGTCGTCATCCTGGAGGCCAAAAACCTGAAGAAGATGGACGTGGGAGGTCTTTCAGACCCGTACGTGAAGATCCATCTGATGCAGAATGGTAAACgtctgaagaagaaaaagacgaCAATCAAAAAGAACACCCTGAACCCCTACTACAATGAGTCCTTCAGCTTCGAAGTGCCATTCGAACAAATCCAGaaAGTTCAAATCGTTATAACCGTTCTGGACTATGACAAGATCGGCAAAAACGATGCTATCGGTAAAGTTTTCGTAGGGCTGAACAGCACAGGCACCGAGCTTCGCCACTGGTCGGATATGTTGGCCAACCCACGGAGACCCATCGCCCAGTGGCACGTGCTCAAGCCAGAGGAGGAAGTGGACGCCCAGCTGTCcatcaaaaaataaaagctcTGCTCCCTTTAGCCATTAACCCCGCCCCTTTTAGTGGTCCTAACCCAGTGCGTGTACATACCTCAGTGATGTATGGATCCTTTACACCCTCtaaaatcttcttcttcttcttgtctgGCAATGAAAAGCCTTCTTTTATAATAGTTGTCGGCATTTTGACCGCCCACTTGccccaacacacagacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacccctcaagAGTTGTGTTTAACATTCCTTCCTGTCTTCGCCTGCTGTTTTGACCATCATCCATGACCTTTAACCCCCTTAAACCCTTCTTTTAAGCAATATGATCTGTGTAGATAGCGCATGAATGGAAAAAAACGTGTACCACAGGTGTATATATCCGTATGCAGACAAAAAAATACGATTTctagtttgtgtttgtatgttgttACCTGTTTCCTAATCTGTGTATATCTTGATGTTTTTACTAAGATATtctattttaaattatgtaaatgcaGATATAGCAGAgccaatattatatataataacagcAGGATTTACGATATCTATCTTATTGCATTCCAGttcaatatatacatatagatttcatacatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgtatttgaaAGAATTTCAACCTGCAAGACGAGAGTTTAGGGGTATTTCACAAAACTTTCCAAACTCTTTGGCTTAAAgaattattagaaataaaaatagagaataCAGAGAAACCCCGTATAAAATggaatattgtaatatatacgTATAACATCTTcagtatattacattttagTATGGAAATATAGGCCATTAACTGATATGGTTCAGTCGGTAAAATATGCAGGAAGTTCTACAAGCACATGAGTTCTTAAACACTTTGCTTTTGCATTTCCTTATCATTGTTTAAGCAGCTCCTTAATTTCCCCCAAATCCTCAATCTGAACCTTATATTTTAAAGCCCAAGCATGAAGAAGTCACTAACCGTAGCCATTTAATCCTCAACGCTTTACCTTCCGTTAATTTGTTAAACTTTGTTAACAGACGTATTTCGTTAAATTTGTTAAAGACTCTAGCtttgaaattaatatttttggtaattgcatgtttttttaaattctacttTATTCTACACCGTCAGGCCTTTTGCcgtaagggaaaaaaaaattaaaagttatgCGTTTTTTAACGAAATGATGCTGATTTTCTCCAGAAAAAGTCGGTATGTAATAATAACATACTGACTCTAAGAGACAAGCTTTTAAACACTGCCATTATTTTCAGGGAGGTGAGAAACGTACGTGACTTTCTCCTCATGCACATGCTCCACTTAGTGGCTGTAGCTTTTGGTTCTTTGGGAACAAGTATCCATTATTTTGGCCTTGAAGGTGCAAGATtgaaattttttacttttcGTTGCCTCTTTACGCAGTGACAATAGCCTTAGCCATGCTTTTACTGCCAATCTCCTTACACAATGGCTACTGTTTTGCACTGTAGTTTGGACCAAcgacaataaaaatacaatggtcggtgatttttttttggatgagaCTGGAGACAGGTCTTAGTTCAGAGTAActttattcagtattcagtcAAAAAGTCACAACTTTTAAATGGATAGAAATGTTCAGTggattgtttaaaaattaacatatctattaaaaaaaaacaaaacacgtAACCGTAAAAGTtaatggtctgtagaggtgatATTATCAGCCAGGAATGTCCTTTAGTTCAGGTATAACATGAAAACACAATTTCACACAAAttgctaaaataataaaccagccaaaaatggctaaataaacaatattaaagAGTGATTGTTATAAACTCGGATATCAGGTGGTCATGACAGGACATGTAAATTCTGTACATATTCAAGTTTGCCATCAAGAAATCTGTTAAAGCTTCCTCCGTTTGTTCCTccccaaaaaaattaaacaaaaactttAATAATGTTCAGGATAAACAGGTTTAAGAACATTAATTAGTGACGCATTTTCAGGCCACTTTGTTCTCGTTtagatatctttaaaaaaaaaaaaaggtaaccgTAAAAAAGTTAATGGTCTGCACATATTAGTCCATAAAGTCCTTTACTACGGGTTTAATGTAACAACATTAATGGTCTCGCGATCGCAAATTTGTAAGAATTCGTAACAAAACCACTTGTGTTAACAATCAGTAAGAAGTATCACTCGTTTGACTACGAAACATTCAAGTCCAAGTCTGACAAGACAATGTGGACTTCTTACGATCATCGGAGATTAAAAGTGTTTTACGTTAAAATTTAAGTAAATTTTGTTGAGCTTCTACAAATTTTGTGACATCCAGGGTGAAGCAGCAGGTTTGATGTCGAACATCGTTGTTTCACAATTCCTGTTTCAGAGGAATTCCTGATGATCTTGTACGAAATTGCTTATTTCACAATTCAATTTAACAGTCGCAATTTTTAAGAAATTCTTCGTGATACAACTTGTACGAAATTCTTATTGATGGATAAGAAATTCTTAATGATCCTATAAAATTGTCTCACAAATTTGTACTAACTCTTAATGATCCAACTCGTATGCGACATTGAAAGGTTTAACAGGACATTTATTgcttttcttaaattttttgCATACAAATTTGCCAGGAATTTTTTCCAAATGTGTTCAAATGTGACCAAAAAAATTGGCCCTAATGTCCGCGGGTTAATGACTTACCATTTTGATGTAACATTTAAGAAAAGTTACGCTTTGCTCACGACTTCTGTACAAATTTCCTGTTTGAGattctgagggaaaaaaaaaagacatgctttAGTACGGGTTTGCTGAGACCACACGACTGAATGAGCCCAAAAACATCGTAACTTCTCTCATAAATCCACTTGTATGAaatccaaatgttagtattCTTACGAATTTCTTTTTTTCGTGAGATCGCATGCGACAAGAGGACAAAGCAACAAGCATCAgtccattaaaaccattaaaacctcTTGTCATGGAGGAACCTCTTATGTATCCTAGATGCTAGCTTCAGGAggagtttttaaatgttttcaatgTTATCGTGtaggtgattaaaaaaaaaaaaaaagatagcaaACGAACGCTCTTTGTCATTCCATAGACGTCTCTGAGGACTGCTTCGTGTATCACTGTgactgccgtgtgtgtgtgtgtgccgtagAGATGTAGAGTTTTATCAATAACtatctgtagtgtagtgtgtcgTGCAGCCATTTTTGTCCTTGCTACATACCGAGAAATACGGACGCGGACGCGTAGCGCGTGTACGGCGTCGTCGGTTTCCGAGCGATTCATCGCTCGATTCGATTTTATTTTTGAGCACTGTGCAATACTTCTATGTTCATCCCCATAGTGTTAAGTGGGTGATGTTGCCCGAGAACGATGATAatgatttagaaaataaaaagaatataatgTACGTTATAATCACGATGTCAGTAGGACGCAGCACATGTagattgtgtgtatatattctaTCTGAGCTCAACTTCAAATGTGTTAAGGCTTCCTccctttttttaactttct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Function

GO:

id name namespace
GO:0006810 transport biological_process
GO:0008021 synaptic vesicle cellular_component
GO:0016020 membrane cellular_component
GO:0005215 transporter activity molecular_function

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU326668 lncRNA upstream 112494 2989161 ~ 2989428 (+) True G275629
TU326632 lncRNA upstream 209193 2892493 ~ 2892729 (+) True G275610
TU326614 lncRNA upstream 279798 2820862 ~ 2822124 (+) True G275592
XR_004579882.1 lncRNA upstream 501469 2596445 ~ 2600453 (+) False LOC117599473
TU326693 lncRNA downstream 17738 3218955 ~ 3219678 (+) True G275653
TU326703 lncRNA downstream 56437 3257654 ~ 3305834 (+) False G275657
TU326704 lncRNA downstream 56437 3257654 ~ 3260282 (+) False G275657
TU326746 lncRNA downstream 81537 3282754 ~ 3283327 (+) True G275693
TU326772 lncRNA downstream 126938 3328155 ~ 3330854 (+) True G275717
XM_034313098.1 mRNA upstream 157284 2837590 ~ 2944638 (+) True nav3
XM_034312984.1 mRNA upstream 346925 2732180 ~ 2754997 (+) True LOC117599442
XM_034312983.1 mRNA upstream 377567 2710145 ~ 2724355 (+) True LOC113524705
XM_034312979.1 mRNA upstream 456533 2633602 ~ 2645389 (+) True LOC113525606
XM_034312977.1 mRNA upstream 473377 2625402 ~ 2628545 (+) True LOC117599437
XM_026909927.2 mRNA downstream 191943 3393160 ~ 3413821 (+) True myf6
XM_026909928.2 mRNA downstream 217619 3418836 ~ 3423562 (+) True myf5
XM_026909969.2 mRNA downstream 300780 3501997 ~ 3542750 (+) True acss3
XM_026909949.2 mRNA downstream 533075 3734292 ~ 3736671 (+) True llph
XM_026909958.2 mRNA downstream 587362 3788579 ~ 3793136 (+) True guca1a
TU326343 other upstream 463715 2635508 ~ 2638207 (+) False LOC113525606
TU326361 other upstream 468928 2632436 ~ 2632994 (+) True G275365
TU326323 other upstream 748880 2170002 ~ 2353042 (+) True LOC117599502
TU326697 other downstream 56437 3257654 ~ 3260282 (+) True G275657
TU326698 other downstream 56437 3257654 ~ 3260282 (+) False G275657
TU327267 other downstream 504593 3705810 ~ 3709250 (+) True G276159
TU327305 other downstream 580993 3782210 ~ 3785110 (+) False LOC117599546
TU327302 other downstream 581096 3782313 ~ 3785110 (+) True LOC117599546

Expression Profile