RNA id: AMCG00003533


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00003533
length 6589
RNA type mRNA
GC content 0.36
exon number 7
gene id AMCG00003533
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030121.1
NCBI id CM030121.1
chromosome length 57050121
location 8317038 ~ 8337650 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

AGACCTCCTCTGACACCATGACTACTGCCCGGTATCGGCCTACTTGGGACTTGGCCCTTGACCCTCTGGTATCCTGTAAACTGTGCCTTGGGGAATTTCCATTGGAGCAAATGACAACCATCTCGCAATGCCAATGCATCTTCTGTACACTGTGCCTAAAACAGTATGTGGAAATCCTGATCAAAGAGGGCCTAGAAACTGCGATCAGTTGCCCTGATTCTGCCTGCCCAAAACGTGGGCATCTACATGAAAATGAGATCGAATGCATGGTTGCGGCAGAAATTATGCAAAGATACAGAAAGCTACAGTTCGAAAGAGAGGTGCTATTGGACCCGTGTCGTACGTGGTGCCCCTCTTCATCCTGCCAGGCTGTGTGCCAGCTGAAGGAGATGGAGACGCCCGTTCCCCAGCTGGTGCAGTGCTCCGTCTGCAGCCTGGAGTTCTGCTCAGCCTGCAAAGCCAACTGGCACCCGGGGCAGGCGTGCCAGGAAAATCTGCCTATCACATCATTTCTGCCAGGGGAAACCAGttcATTCTATAAGAGTGATGAAGACGATGCTCCTATAAAAAGGTGTCCAAAGTGTAAAGTGTACATAGAGCGAGACGAAGGCTGCGCCCAGATGATGTGCAAAAACTGTAAACATGCCTTCTGCTGGTATTGTCTTGAATCTCTGGATGATGACTTCCTTTTGATACATTATGACAAAGGACCTTGCCGCAACAAGCTCGGCCACTCCAGGGCGTCTGTAATCTGGCACAGAACTCAAGTGGTTGGGATCTTTGCAGGCTTTGGTCTGCTCCTGCTGGTTGCCTCTCCTTTCCTGCTCCTCGCCACGCCGTTCGTCCTCTgctgcaaatgcaaatgcaacaaAGGAGATGACGACCCGTTGCCTACCTAAGGGGGCCGGACGGCAACATGTTTCAGCACAGGGGCCGAACTGGGGGCCGGGGCCACTGGGTTGTGTTCTAAAGACGTGGTTGGCAAGGGAGGTATCTAGGCATAACCACTTCCAAAGAGCCGGCGCCGGTTGCAAGTGGCAGGAACTCGTTTATTTTCAGGCTGAGGGAGTGCAAGAGAGTTAACTTCTTAAcgtgtttttataaatattatgttatatatCACAGCtctgttaaaatgtgtttgaccGTCAGAGAATCCCATTTcccattaaaaacatgaatatcaAAACCCTAGGATTCAGGTTATCTTGCAAAAAACATCACTACATTAATGTTAAAAAGAGACTTTACAATGTCCACAGGAATGCCGCTCTTTAATGGAATCTGACTACATTGACTACCTATTAAATAATTGCTGCAAATACATTGAACAAAGCCATGGGTTGGTTTACTGTTCATTTTTTGCAGTGGTAATCAAAATTAGTGTTATTTGTGTCAACAGGTGCTCACAAAAGTAGGAActttgtgaaagaaagaaaatctaacAGTCCCAATTTCATTCAATTCTAAAAACTGCAGATTAAATGGTAAATTGGTGATTTTCAAAGGTGTTCGAGTGCAGATtttgcttcctgttttattttaaagcagttgtaaatgtttacagataggaacacacaattatatctacattattattattattcttttcattttaacataacTGAGGACAATTATCTATAGTTTAAAGGAAATGTTGCACCAGAGCAAGTCTAGGAAAGTCATCCTGTGAAAAGCAGTAATGCAGCAATCCTAcctgaattgtttttctttgtttttcagctttaaACGTTTCCAAGTTTGTTTTATGTGCAACAGCATATAAAAGCCAATTTCAAAACTCTGAATATTGTTAACTGCCAGTGCTAAAAGTATTAATCTGTACTGTTTGTAGAATTTAAGCCTCTTTGTGAAATGGGGCTAAATGGTTGTAAATAAAGTCTTACTATTGTTATATCCTTTTCAATTTACCTATACAGCTtgaacacacatttacatttgcaaaaacCTGTAGCATCTTTCCTGAAAAGTTTTTATTCGAACAGGGGGACAATTTACAATCGTAACAGTTGTAATCTTTTAAGTGTGTCCATGTGTTTTCAAGTTGAATTTCGCATCCATGTAAAGCATCTCACTTGTCTGGTCTGTTCAGTTCCACCGCTTCAGAGAATAGTTTCTGTTGTGAACAAagtgtttgctttttatatcaCATTAGGGTCAGTTTTAAGGTCTACTTGacttttcaaaattgaaaacagctttgattaattaaaagatAACAAAGTAATCTTGTCAATGATCCGTATTTAAGGATcgtatctaaatatatatatatatatatatataattttgcatAAAAAGTAAAAGGTTCAGGTAATGGGCAGTGTTCTGCAACCCTGTGGTGGTTAACGTAAACACATTCttgaataaaatacttttttttttttcctcaagaatcttgtaattaaaaatgactgtTCATGTTCCTGTACAACGTACCCAAGGTCATACTGAGACCTAATGGCAGATGATACCAATTCATACATTCAGCTGTAATTGTGGCAAATAATGGTTAATGCATCTTTGTTGATGATTTCAAATTGCTTTAGATTGTTGGATTTCTATGTGGatatttgctaaaaaaaaaaaaagaaaaaagaaaaatacaaatccgAATGCTATGTTTTACACCTCACAATTGTACAGCCATTAGCGAGTACGGTGGGCTAGTTACTTTCATATCAATACAGCTCTGTCCTTTATTGGCTGAATACAGGGTAGTTTAGATTTAGACAGGGTGAAGTTTTACCCATCTACTTTGAATATAATCTGCCTCGCCCTAAATTGGGTgtgatcaaatatatttaattgatcaaTTGTTTTAGATCATGcacatatgtaaaatatatcaacCAAAAAGGAATTCACTGAACTGTATGAATGTATGATGAAgaagatgatgattattaataataatctccaGTTAGCTTACAATAGGTCCTGTAAGCCACACCACAGTATCTATGCAAGTTTATACAGATTTGCAAAACAATGTAGAACCTATAACGTCGGTTAATGTGACATATCGTGAGATGTATGAAACTTCAGTTAATACCCAATGCGGTGGTAATGTAATGCCCATTGTGTCACAAAACAAAGACTGGTGTATGAAATTGTATCAGGGACAAACAAgcctatttttcattttgaattcagTCAGGTTAAATTTATCTTGGCTTCTGTCAGTCCTACTTTAAGGAAATCCAAAGAAGAGAGGCCTCAGAAATTGTGCCTGCGCTGAATCCTTTTCAAAGATATATAGCAGTCATTGGGGACATTTGGATTCTGTTGTATGTACATTCACCATTAAGTGTGGCATATGGCAAAGATGACACTTGGAACAATGATGctgcattgcattattattattattattaatgttattgtatttcataGAACAACTTTTTAGGGTAAGGCATATCTCAAAGATCAAAGCACCATGGTGGAATatgatttgtctttttgtttctgaagcTCAACCTGTCTCATTATTTGAAATTGATCAAATCAGAACAGTATATAGCAGTGTTACAGGCTTTCTTGCTTCAAAAAAGGAAAGGTAgaaaagtgaaatgtaacaCAAAGCCTCCACTCTTTTTTTGGCGTCCGTGTGGTCCattaagaagagaaaaaaacttaCAAAATCCTGTGCTCCCCTGGTAATTCATTCTCgcaatttacttaatttaaaggaaataatacaggAAGATTGACCCATttacaagaaacacaaacacaaaaatgagagagaattaccacaaagattaaaataatggtGCAGTCCACTACAGGGCTTCCCTTTCACGAATACAGTATTGccaaatgtatttgtctatATCTTTACTTATCTGCATGACTCTTCACAGACCCTTTAGTGAAGGACgtcatcatttatttacatgCTCTAGTCTGTTTTTATAGTTCCATTCACTGTAACGGACCCTTTGGGAAGTCAATTTGCTAACTTGCACCGGCCTAATTATATACTATAGCTGCAAGCAATGCCTTGCAGCAGTTTTTATCTACTGTAGCATTGATCGGGCACCCGTTTCATTCAATTGTAACATGTTTAGCCAATATCGGTCGGTGAATCTTCCACATTAGGTATGCAGTCTTTTGTTTCCATTCTACAAAATGTGCTTTGTAGGCCCTGTAAGATGTTTTGTTGCTGTTCGTGACTATGAGTTAGTGTTGTTTTCATCCAAAAAATACCATTGACCCATAAAGTGTGGAGATTTtcacaaaatcaataaattaattgcCCGTTAAATTGAAAACTTTGCATATTGTCACCATTATAGGCTTGACGATGACAGGGATGTAAATGTTCGTAAGACTTCTTACTGAAGATCAGCGCAACAAATTTTATGAtctccttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtattttggggACATACTTTGAAAGATCAATTCTTAAAAAGATTGTGACCACTGTTGTCACTTCTGAAAGTCCCTAAGCAACATTTAATCACTATTTAATCTCTTATTTTGCGGGCCGAATTTGAATTAAATCATCTTTTCAATCAGTTACATGCCCCATTTTCTAATGCATTGTGCCAGGATTTACACTGTAGTGAAAGACATGAACAATGCAAGTCTTACATTTAGAATCATTTGCAAATATGAATGATGTGAAGTCCTTTTTGTTGCATCTTGCAGTACTTTAAATTCATCAGCCAACTTATGTATTTCCTCCTATAAGCATGTATGTATCTGGTTCCTTTTCACTGCTACAGTAATACCACAGTCAGTATGTTGCCATGTATCCAGGAGGTTTATTATAagtgctgaaaataaattaggaCTGAATTTACCCATcagtatgtgtttatatacatttctagtACCTAGTAAGTTACGAAAAAACTCTAATCCATTTATTTCCATCTTGCATTTTCCCCAGTCATATATAAGCAAATCTGGGCGTTGTTAatatgctgtatttaaaaaaatat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Function

GO:

id name namespace
GO:0016567 protein ubiquitination biological_process
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component
GO:0008270 zinc ion binding molecular_function
GO:0016874 ligase activity molecular_function

KEGG:

id description
K11975 RNF144; E3 ubiquitin-protein ligase RNF144

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU1499 lncRNA upstream 40055 8275762 ~ 8276983 (+) True G1271
TU1479 lncRNA upstream 520184 7796451 ~ 7796854 (+) True G1253
TU1466 lncRNA upstream 566573 7523861 ~ 7750465 (+) True G1241
TU1468 lncRNA upstream 788580 7526859 ~ 7528458 (+) True G1242
TU1445 lncRNA upstream 818694 7498067 ~ 7498344 (+) False AMCG00003524
TU1519 lncRNA downstream 2616 8340266 ~ 8340592 (+) True G1291
TU1531 lncRNA downstream 106090 8443740 ~ 8444024 (+) True G1303
TU1573 lncRNA downstream 323382 8661032 ~ 8666927 (+) True G1343
TU1577 lncRNA downstream 361816 8699466 ~ 8700554 (+) True G1347
TU1613 lncRNA downstream 506177 8843827 ~ 8844082 (+) True G1375
AMCG00003532 mRNA upstream 24820 8284827 ~ 8292218 (+) True AMCG00003532
AMCG00003530 mRNA upstream 336841 7978775 ~ 7980197 (+) True AMCG00003530
AMCG00003526 mRNA upstream 769484 7532553 ~ 7547554 (+) True AMCG00003526
AMCG00003525 mRNA upstream 785913 7518051 ~ 7531125 (+) True AMCG00003525
AMCG00003521 mRNA upstream 802628 7505463 ~ 7514410 (+) True AMCG00003521
AMCG00003534 mRNA downstream 311507 8649157 ~ 8652470 (+) False AMCG00003534
AMCG00003535 mRNA downstream 481762 8819412 ~ 8842419 (+) True AMCG00003535
AMCG00003541 mRNA downstream 562806 8900456 ~ 8941678 (+) True AMCG00003541
AMCG00003542 mRNA downstream 620491 8958141 ~ 8959534 (+) True AMCG00003542
AMCG00003539 mRNA downstream 628061 8965711 ~ 8977843 (+) True AMCG00003539
TU1202 other upstream 1822133 6487692 ~ 6494905 (+) True G1012
TU1569 other downstream 311475 8649125 ~ 8652404 (+) True AMCG00003534
TU1763 other downstream 918178 9255828 ~ 9263468 (+) True AMCG00003551
TU1883 other downstream 1439858 9777508 ~ 9780902 (+) True AMCG00003570
TU2334 other downstream 3152535 11490185 ~ 11491443 (+) False AMCG00003606
TU2385 other downstream 3236081 11573731 ~ 11577329 (+) True G1989

Expression Profile