RNA id: AMCG00004315


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00004315
length 5963
RNA type mRNA
GC content 0.36
exon number 11
gene id AMCG00004315
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030121.1
NCBI id CM030121.1
chromosome length 57050121
location 42591866 ~ 42634968 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

AAAAAGCCTGTTGCCAAGCCCAAGGAAGTCAAAAAGAAACGGGAACCGAAGGCATccattattctaacaactgagAAGAAACCGGAGGCAAagccaaaagaaacaaaacGTAAAATGGAGAAAGTTATAAAGAAAGAAGCTAAACCAGAAAAAGTTGTGCAGAAAGAAGCTAAGAAGGAGAAAGCTAAAAgacaaaAGCCTCAGGTGAAGAAGGAAGACAAGCCTTCAAAAGCAGCAGAGCCAGTGAAGAAAGCCAAAGGCAAAACAACAAAAGACAAagggaaggaaaacaaacaggaggaaggaaggaaaggaaaactTTCTCATGCTGCTGAAGGCAAACCGGCTGAGCCTGAGAAGAAGGCAGCtaaagaggagagagggaaagGTAGCATGCGTTACTTTCAGTGCGTTTTTGTCGACGGAAACAACAACCACTACCCTGCCTATCCCTTCACACCTGTGCAGAGCCCCCAGCCCGCAGAGAGGAAGTCCAGGGCCCCGGGACATTAGGACATGGACAGCACTATGGAGTTAATTTTGCACTACAGACCTTGCCCCAAGGTTTGCATAACCAGTGCAGTGATCCACGTGGATCGTCAGCATCTTAAGGGGTTTTCACTGTTAGCAGAGACTGAAATCGGACTGGCAGGATGAGCAGTGGGGTTTTTTTCTAGAAAAGGGTAGAGCTTTTTTGGTGATGGAGCATGTCTATACCCCATTCCTTTGTTAACAGCTAGGCGTATGTTTGATGTCAATCCATGTTTTCAAGTCAATGATTGCgttgaattaaaaagaaagtgtcaGTTATTTTTGCATGTAAGAATCTACTCTGATTAAGAACATGTAATATGAAaaagtatgtttgtttttttaaccaacattcaaaaactaaataatgatGTAATATCTGTGATGTCATCTTGACCATAATTCTTAACTTTTCTTTGTTACAGGCTCATTATTTTGACCACAAAGTTCTCGTTCATAATTTCTCTAAAGTTAAATCAGTATATGCAAAgagtattataaaatacaaaaaaactaaacaagaaaaactaaaagtaaCATTTGTATTGAAGAGGTCTAATTTTCTGTATAAAGATGTATATACTGAAAATATGATTAATTGTAACATGATAGCATCAGTATTTGTCATTATCcttatagtttttttaaatacctatttatttttcatgcatttcatgTTCTCACTGTGATaattggccatttacattggcATTCAAATTCTATTTCTCTGTCACTGTGCACAGTATGGTTATGCAGAAGTGCATGATACAATTTCTATCaatcaataatttgttttcattaactaCATCACACACCTTCACATTCCCATACTATGCACAGGGATAGAGTTCAGGCAGTCAAATGACAGTTTATGTATTAATCATAAAAAGTAGAGCTACATAATATTACAGAATCATACGCtatataatttttaaactaAGAAACAAGAAGAGCCTTGTAGTTTTAGCTAGCTTAAACAGGCCAGTGAAGAAACTGAGATGTCATTGTGACTCTGTTGCCTAATGTTGTCAAAGCTGTTTCTCTGTTGTGACTTCACTCTGAGAAGTCCGTCTTTCCTGTGTTTTGTATGCCTTTGTGAATATGTTTCAGTGCACTGCCTTGTTGCTTTGTCTGCTTTGTCtttactgaaaaatacatttctggaattatatatatatacacacacacacacacacacacacacacacacaatttgccATTATTGCTCCTTAAAATAGTATTGGTTTCCAGGTTTCCAGAGTTTCACATATAATTTGCACACCATGTttggcagtaaaaaaaaaaatattatttattaatgtacttatttttattcaacACACCTTAATTATTTCACTGATGTTAAGGAGTTATCTAACTAAACATCAAGGATTGTTTGATGGGAATGAGATACACAGCAGTCATATTTAACTGTTCAAAGCTGACACCAGTGAATTACAGGGAAAACTAACATATAACTGTCTCAGAATTTGCCTTTCATTTGGTTTGTCATTCTGTAAAATATCCAGTTATATAATTTTAGTctcaaaatatgtaatatgtttcAGTGATAATTCTAATTTAATCTGGTTAAAGGTGCTGATTGGCAATTCTGAAGAAATGTATCCCAAACTATCTGCATGGCTTTGGAGGGAAACAAGTGTTCTGTGTAGTTTTGCTTCTTCATTTACTTTTGAGAGCAAAACCGGGGGTTcctcaaaatacattgttatacTTCACCGTGTGTTCATGTCAAATGGCTATGTCAGGTTATGGCACAATGTAACATAATGAGTGACCTGCACTTGTGTAtaatgtgacacacacagatgcatacCTGTTTCATTTTTAGCCCAGTTGAGTTCATGTTTTCATCGTTTGTAGAGCAGAAGACAAAGGACGTTTTTTGGATGAACAGACGATCTGCATATTGTCCTCTAGGATGAGCAGGTGGTGCGCGGCTGATTCAGATAGCGTGCCTTTGGCTTTTCTGTTCCCATCGTGAGCAGTTCTCAAACGTTTAGGTTATAAGTCttaataaatcatttgaattcAATACCCGAGCTCAGCCTGTCTCCAAGGCTGCAGTGTCTGACGTCACTCACGCCTGCAGCAAAATCATCTACAAAAGCACGCACCTGAAGTTGTCATATCTCAGGCAGCTGTGAGAGACATCAGGTTATAGACATTATCTTTCAGGACACTTCTCCCTGCATAATTGCAAAATGACATGAGAAAGTATGAGCATGTTATTGTAACAGATGAAGCATATTGTCTAGAACCCCACTGTTTACTCTCTAAAGTAAGTGAGTCTTTTTGCTGCTTTGCATTTGTCTGTAAAGGAATGAGGTAAGAGTTGTGTGCAATGCTGTTCATCCACAGAGTACTGTAGATAGTAAGTACACATCCTCTTTTAGCATGTCTGTGCACGACAACAACAAGAAGTCAGAAAAGAGATGTACAGCTAGcaagtgaaaacatttaataactcTTGTAAACATAAGGTAGACATAGGTGTGAATGTAAATGCAAGTAGACATAAGCTTCTCGATTGTCATCACTGCTGTTTTCTGCGTGCTTTACAGGAtctattatttatacaattaatttaaatccagaataagtaccaaaaaaaaaaaaaatgtccaagGGAGGAATCATTACATTGGCATCACTGTTTTAAGTGTCTGATCATGATTAACGATAATACTGAACAAGGACAAAATATAATCTGGAAAATGTCCATAAATACATTCTAACTTCATAGGCATTCAATAAAATCCCAAAAGGACGTGGtatgttaaattacatttaattatatatcagaattaattacataatttaatttgttaccagtatatattatatattctataaatatatggtttgtgttttgaataTGTTCAACAGGCATGTAATTTATTGTTGATTTCAACTGTAAAATCAGACTGTGGGAACCTTTATACCGTTATGATACAACTGATGGGACAGACTGTAGCAGCTATTTGGAAATGAGATCAGTGTAAaaactacatatatacatatattgtggaagaaatcaaaagaagagtaaaaatgggatggcgtgcatttggaagaaaggAAATCTATCCATTTGCATGAAGAGAAAAATTattttgatcaatgcatactaccagtgctcacttatggctgtgaaaacTGGTCAATGATCcagtatgcttggaataacaagaagagatagagaaataaattaatggatcgaagaacaaacaacaatatGTGAAATCACTGAAAGTAAGAATGTTAAAATAGCAAAGGAAgatattgaatggatcccaagagatgaaaacagacctaaaagatgaccacataaaagatggaaagatggaATGATAAACTCTGCAGCCTTGACATGGAAAACAGCCTGTAGATCTAAACAAGTAGGAAAATCTTGCAGAggcctttatccagcagtggatcgatacaggctgatggagaattttaattaattaattaattaatttatctatCAAAGGAAATATAACAAGTTAAATCatgtcaaatttaaatcaaataaacatcaGTATATCATTAATAGGTACTATTTGAAGGGTGGACAGCAGTTCAGATACACTGAGGGACAAACTGAAGACACAGAAGAAAGCAGGGCAGTGTATCTTACCTTCAGATGTCTTCTAATGCCAACATACAAGCATAGCTAATTTATATGATCTGCATGTCTTGatttagggccagattaaatcaaaactttgacccacccgctaatagaaaactataaacctgtacatcatagcggttacatttatgattagaagaaagtggcatgttactaaaaatgaagccacaactgagtatagttctgtagttttctataagtgggtgtgtcaaagttttgatttaatctggcccaaagTGCTAGTGTTCAGCTAAATTATAGAAaacaatgcatgctgggaatggGGAGAGTGCTCTGAACCTTGTTTCTCTTCACTGCTCAAGTTCATTATTCTGCACACAAGAGAAAATGGCTGTGTCATTTATCTCAGGAAAAATTCGGACTGAATTCTGACATAACTGAAGAATTtggaaatgaatacatatacgCATGCCTTGACAGGGTAATGATTTTGGACTTTAAAAGAACAGAACACCATGCTTACAACTGAGGGGCTGGTTCTTCAGAATAGTATTGTCTGGTTGCATTGGCGTGATTAATGAGATCTGCCTGTTGAGACCAGTTTTAAACACTCTTCCCAGCTACTGAACAAAATGGCACTTGGGTTGACGAATGGGAGATTCCTAAGGTGCTTCTGTAAGGAAAGTGGTGGGGCGGAGAGGGGAAACAGGCAAACACTTTATCATGTTCATCTATAGCTCAATCCTTGGCTCCTTTaacaatgtattcattaaattaagTGACCAGCTGACAGAGCTATAAAACAGtgaatgtgtaaaaatggtGTTTG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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU8944 lncRNA upstream 115980 42475576 ~ 42475886 (+) True G7293
TU8939 lncRNA upstream 211905 42376625 ~ 42379961 (+) True G7288
TU8928 lncRNA upstream 226212 42364868 ~ 42365654 (+) True G7278
TU8918 lncRNA upstream 255223 42333425 ~ 42336643 (+) True G7272
TU8872 lncRNA upstream 502213 42087791 ~ 42089653 (+) True G7231
TU9117 lncRNA downstream 600850 43235818 ~ 43237653 (+) True G7418
TU9148 lncRNA downstream 711382 43346350 ~ 43346959 (+) True G7441
TU9208 lncRNA downstream 956782 43591750 ~ 43595078 (+) True G7485
TU9307 lncRNA downstream 1443377 44078345 ~ 44081355 (+) False G7569
TU9305 lncRNA downstream 1448130 44083098 ~ 44088037 (+) True G7569
AMCG00004314 mRNA upstream 15308 42548340 ~ 42576558 (+) True AMCG00004314
AMCG00004308 mRNA upstream 236466 42350231 ~ 42355400 (+) True AMCG00004308
AMCG00004309 mRNA upstream 244784 42338514 ~ 42347082 (+) True AMCG00004309
AMCG00004305 mRNA upstream 332125 42220020 ~ 42259741 (+) True AMCG00004305
AMCG00004304 mRNA upstream 377117 42210430 ~ 42214749 (+) True AMCG00004304
AMCG00004318 mRNA downstream 97848 42732816 ~ 42736569 (+) True AMCG00004318
AMCG00004321 mRNA downstream 292100 42927068 ~ 42975785 (+) True AMCG00004321
AMCG00004326 mRNA downstream 478716 43113684 ~ 43114271 (+) True AMCG00004326
AMCG00004328 mRNA downstream 522100 43157068 ~ 43177059 (+) True AMCG00004328
AMCG00004327 mRNA downstream 581138 43216106 ~ 43234293 (+) True AMCG00004327
TU8899 other upstream 375504 42212510 ~ 42216362 (+) False AMCG00004304
TU8679 other upstream 1084635 41459576 ~ 41507231 (+) True G7094
TU7800 other upstream 5591708 36999357 ~ 37000158 (+) True G6369
TU7756 other upstream 5700120 36861547 ~ 36891746 (+) True G6328
TU7741 other upstream 5817343 36774001 ~ 36774523 (+) True G6314
TU9000 other downstream 53811 42688779 ~ 42691109 (+) True G7329
TU9559 other downstream 3327042 45962010 ~ 45968306 (+) True AMCG00004380
TU9841 other downstream 5511920 48146888 ~ 48147156 (+) True G7999
TU9962 other downstream 6297482 48932450 ~ 48934095 (+) True G8099
TU10340 other downstream 7516296 50151264 ~ 50157719 (+) True G8377

Expression Profile