RNA id: TU2780


Basic Information

Item Value
RNA id TU2780
length 7101
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 2
gene id G2294
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030121.1
NCBI id CM030121.1
chromosome length 57050121
location 13247309 ~ 13254443 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

tgttttatttttttaattcaaactggTAACGGCAAACAGCTGCAAACACCAGTTAACCCCTGATATGCCAGCTGTGTTGTAAATAGAACCCTATTCAGGACACTGTTCGTCTTCCCCATTTGACtatccatgtttgttttttgtttgcttttaaaaccctgatttttttctttatttaaaatatgcatacataaCACTTCTCctacacaacattacaaaacagtaCAACCACTTtcataataacacatttaaatgcaaagtaGAGCCCTGCTGACGTCCCACAGAAATGTCCAGAAGACACACAACTGAGATTGGGCAGCTAAAGAACACCAACATTGAAAACTGTTAAAACCtggcaaagaaaataattgtgcatGTTAAAGGCTTTACAGGGGGGGGTTGATTTTAAGGAAACTATaccaattaaaacaagttgcatTAAGGGTTTAGACCAGCTGTTCCACAACAGCGGTACATTTGAAGAATTTGGTTGTCTTGGTTTTGCTTGGAAACGGTCCGACTAGTTCTGATGTTCACCGCTCTTGAATTGGATCGAGGAACAGACTCCAACATACGCGTCATCGCTGGTCATTCCCAGCATCAAGTGGCGTGAAACCACTTGAGACAAATCGCATGAGGAGCCCACTGAGCCCCCTCTTGAAATGGTTTTGAGATGCACACTTTACCACCCTGAGGCATTCCTGGTATGTTACAtccaaacagaataaaatgaatAGACTTCCTTTCTTTCCCCTCCCCAGTCAAGTAATTGTGTTTAAATCAAAAGTACACCCCATTTAATTGGGCTTGATAATGAGCCTTACTCCTTTTACAATTGTTACTTGGGCAAAAGACAAAGAATCAAATTGTTAAATGAGGTGATGATAATGCACCCGTTTCACAATGTTTACAGTTGATGCTTGTTCGGTGAATCAATTATAGTGggtatagtaataataataaaaactaactGTAGTACTAGTAGTTTATAATAAATACTGAGAATAAGAGGCCCAGTGGCaggttatattttaatgtgataatacagaaaaataaaataaatgggaaataaaacaaaataacccaatataatgttaaaagtaaataagtaaCAAAAGTTCCATAAAAACAGATAGACAAAAAGtcttttgaaacatttaatatcAGTCCATAGCAAATAGTTATTACATACCAAAAAAAGCTCTAAATGTAACTAGATCCACCACAACGTCATAGAAATCTTGACAGTTTAGTAATCTTAGATGTGTGAGTATAGATGGtattttgtctctctctgcagctcgGTTCATGATGGAATAAAACCACTATTTTCTTCCATTCTGTTAAACGTGAAATTGAAGCCTAAGCTAAAGGAACTGCATCACTACTAAACTACAATATGGCGAATAAGAAGAATTTAATTTGGCAAAGCAGGGAACCATGTTTTTCAACCAGAGTTTGCAGCTATGAAGTGTCGGCCCTATCTTCCCAACACAGACAACAAGTGGGTCAAAGTGTGCGAAGGCAACGCTGGATTTTAAACGTAACCACCCCCCAGTCACAGGATGCAGTTGAAATCCTGCAGAATAGTTTTTCCCCTTAAGAACAAGCAGCTTTAAATAAACGCATGTACTGCTTAAGCCATCGTTAAACGTGATTTTGTGCTCTCAGACATTTCCAATCATTTGATTTGACATCTTGAGAAATGCCAGTAATTAATGTAGTACATTTTCCTGCTTTCTTTGTGACTAGACCAAgcatattaaaattatatatatataaaaaaaatggtgaCCAAGACCAAACCCTTGTaaagaggaggggaaaaaaaaaaaaatcaaaaggagCACCTTGTCCAGTGGTGGTCTATTGtcaacctttatttatataataaaaagaaaatcctaaAACTGCTATTGTGAGCCAACCCATTTTACTCAGGCACAACAGACAGCAAGGTACACAACATTCAGTCATTGTGGctggttataaaataaaaccggTAATCCCCAATTTTGCAACTAAACTAACACACTGACCGgtattttattaactgaagTACAAGACTGTCAAACATCTGTGAAATGCTAAGGACGGACCCCTGCCCCCCAGCGGCCATGCAaggctgaagaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaactggcctAGTCAAGTCCTATGGTCCTAAAACAGCATCACAATATCAACTGGTTACTAAACTGGGAATTGCTGATAATTGGAGGTTAATAGCCTTACATTGCTGCCTCAGAAAATTAAGGAAGGAGTTGCACTTTAAGAAATTATAAGCAAAATGAAATGGTGTTAAATCTACCAAAGCAGCACCGTGGCGGCACTGCAAGCAGCTCTTACAGTAACAACACCGCctgacagtttaaaaaacaagccACTCGGCAGGGTCACAAGCTCTACTCTTGATGTacctttgtttataattaaaattatatatatatatatatattttttttttttaagaaacttcACTGGCAGAATGACTACAGACACATGCACAGGACTCTTCCACAAAGTATCGTTTGGCTGAAGAGGACTACCGCCCAAGTCTGAAGGAGACACTGAGAAGAGTGGAAAATGACCAATGGCAAAATACCTTTGGATgcaaaaacagtaaaacagaaaacacaaacacacacaatcatactTTAAAGGCTGTGTTCTCACTAAACAGGACTAAAAAAATTGTCAATATCAGACTTCAATAAAGTACAAGATGTAGGTAAAAATACCCCAAATAACTAGGATCACAATTTAAAACCACATttcaaaaagtgtgtgtgtgttaaatatacacacacgtgcgcgcacacatacacaacacatgCGTGTACTGGTACTGGCACTGGGTTGGCTCAAAATAGATAATagactaaaaatatatattcaatttgaATAGAGACCCTTACCCATCTCTGCAAAAgctttaaacattttcagtgttacaGCTGGATCTTTTCTATCAAAAGGTCAGTATAggtcattttcagtttaattttgaaGTGTGGATTctaattttgatgcatttaaatggaagCGCTGTAAGAGATGTatcaattgaaaacaaaaacaagacttttGTAGGACTTCCATCTGCTCTCATCGCTGCGGTGACCCACAGGGATCGAGTCTCCACACCCATGGTTAGAATAGCTGTAGTTTCAAGCCCTTATTGTCCCAACACTGTGAATGCTGAAGTCTAGGCATATTGCCAAATCAAGGTACACAGCTTTATCAGGTACACTCAGATGGTGATATGCTACAGATACAGATCTACATTGTCCAGATATTATGAGGTGATTCGATGCAAAGGCCTGCTGGAATAATTGCATATTAATCCtatgaatgctttaaaaacaatgtaaggtCTCAAATCCTTTCAAATACCCAGGTCCTAGGTCTGACTACTGCAGGGATAGTGTGTAGTCACAGTGGGGTATTCAGTCAGGACATGTGAAGCAGTATGGGAATGTCTTCAGCACGGAGAGTTTTCTTATGAGGAACATACTTACTGCCAATCAAGATATGTCTGGTTCCCCAGGACATGTTAgctaaggtttttttttttttttttttaatcgattGCTGATTGAAATATCAATACTTTACCTAGACAGGGATTACTTTCACCTATTATTTCAATCACCAAATTAAGTTCACACctcacatcctgttccatacaTAACATGCTAGtccaaaacaatttaaataaagtctAAACATGCCAAGTCTACTGATCTAGCAACTGAATTTGTATaggcatttttattattgttttacagttaaCAGTGTTTGTAAACATGTGTATtctttaaacacagaaatacaagcAAAACTGAACAATAGAAGAACACTAGAAGTGCAAGCACCATGTATTTTGTGGGCATCGTGCCCTTAAAGGACTTATGTTGATTCAAAAGGATGGAAGTAATCCAAAATattgaagtttgtttttattttcaataaaaatatgtaaaaaatgtcCATTTCCACATTACTCAGAATCCAAAAGTTGATGAAGCGCCTACAAATGACGCGGGTGCTGTATGTGCGTTTAGCCACACGCTTACGTGTGTACAGTAACAGACAAAGGGAACCCCACTATATGCAAAGACAGGTCTCACTTGCCAGAGTTAAAACATATACACTACGTATCAAGAGTTTTGGGAACTGAAATGTATGTGTACATGCTGACTGGGGAAGAGGAAGGAATTGCTTGTTCATTCCTCCACTCCCAGGATCGCCAATACAGTACTTTTGTGCCCCAAAAAAATAACTGACGACTCCTCTGCCCAGGACATTTTAAATCTATCCATCTTTCCCAGTAAAAGGACGACACTGGGCAGCCGTTACACTTCTGAGATGACTGGTTCAGCCGTCTCTACCGTAAACTTACCCGCTTATCTGTTCAgccacaaaaatatatttgcaaatcaTGGTGATTGAGAAAACAACCACCAACAATTCTTAACTTCCCCCCGAGTCAGCAGGTGCATAATCTGTTGCTTTCAAGCTTTAGAGTTGCAGCATATACCGATGAAATGTACTTTATGCATTACGACATTTTAAATGGCCCAGATTGCGAATGAGCTCTGCAAGTCTATCTTTCACATCTGATCCACTGTTGGGATGCAGACGCCATATCCGAAGCTGTGGATCGGGTACTTCCCAGGCATATTCAAGATTCAAGTCTGGGCTTGTAGGcactaataaaataatctgaatgTTCCTTTTCCAACTTCCAGCACCTTGTTATTTTGGATGTAGTGCaagtgcattttgtttcctcCCCTTCCCCCAAAACTGAAGAACAcctacaataaacaatacatggAAGTCAGAAAGCATTCACCTGTCTTTATAAATGCCTCAGACCTTGAAAATGAAGCAACAGCATGTATGGGAAGAACCCCGATCAGCAATTTATAACCCACTAATGACAGGACAAGACAAAATCATGAACAAATTATTCCTCACCTAAAGTTCATGGCTCCATGTGCTGCTACCAGAAGTGCCAAATATTGtccatattttgtaataatgcaGCAGTTTGGCTAatcatgaaaacatattttCCATGTTAAAATATGGTAATAAAACTGATATAAACAAACATAGCCTTGATGGTATGGCATTTAGACTTAAAATAGACAACGATCTCTGAGCTGTGAGATTGTACCCATCATTCTGCACTGGAGATGCATCTGTATTAATATTGAAACAAGCCAATTATTTCaaagaaacctttttttaaaaaacagaagacattttctactaaaaaagaaacatacctGTTGATATTTGGgcaaattctgtattttaacatgtaaattGTTCCAAATacaaagtggaaagaaagaaaacaaacaaacaattatttaaaataattctctACAAAAATGTAAGCTTTATGTATCTTTTACCCCAGAGTTTACACTGGTCAAGGGCTTTAGAATTACTCGGTGTGAAGAACTTACAGTTGTTAAAATGCACAGTCTTGCATTTCCATAGGCAGGACTATTCTCAAAAGCATCGGCGACTAAATAAGGGTTGAGTACAGAGACCAGTGAGGACTGGAGTAAAGCTGGAATCAAGGTTTCATAGACAGAAATAAGGGATGCAGGTTTCATAATCTACTGATGGGAGATGCAGCCTAGCGTGCATCGTCAccacaaacaaatgtgaaagTGTCATCGGGAATGGTTTGTACAAACAATCAACCAAAGTGCGGTTAGTGTAATAGTGAGTTTAAGAGGGCAGGTCGGGGGGGCAATACATAAAAGAATAGGGAACTAAAATGCCTGTAGTTTGAGATGGCAGAACTATAGACTTCCTTTGAATTCTTGGGTTTTAAACAGTCTTGAACTGCTAATATTGTACCCTTTGACTACACAAAAAGCTGCAGGATGCCATAAGAAAACGACATGTGAACTACTGTCGAATAGTGTGAGGCATCTCGGAGCCGATCGCTATTTCCAATAGACCACACTAACTCTCCCAGAGACTGCAGCAGCAAAGCAGCCTTGTCCAAAGTTTGAAGCAACAACTCAGCACTGTTGAAGATATTCAAATTTTCCCTGCAAAACCTATCCTGTTGTAGACTCCATGTATTTAAAGCACTATTGATAGTGAAGTGTTAATGAGAAAGGTCAGATGTGAGAGAtgatgcagatttgtttttacagaactGTGGCGACGATCACATTGACTACAGTACAGCCACATTCCTTTGGATCCGCTCACGTTACTCCATGCAAAAAGTATTATTGGTGTCTCTGGGTAATTAAGGATGATACTAAGCATACTCTCAGCAGCTATTTATTTCCCAGGATATTGACCTTTAAGATCTGCAGGAAAACCATGAACCGTGCTGTAGAGATACTAAACCAAATGGGGCTAGGAGTCTCAGGGGacttataaaatgaaaacaaaaaaggataaAAGAGATCTCCtattaagtgtatatatattttttttccagactaAAGCACTCCAATTTCACTAATCAAGCCCTCTaaactgttaaataaaaaaaaatatataaatccaaaCAAGCATTTAAACTCCATTACGTAGAAGAACGACAAGAAAGAGAAAGTTGCCAGACCAAAATtggcaaggaaaaaaaaaaaagaaaaaaggtgagTCCAACGGATAGTCTCAATGTATCACAGTTCTTCACAAACCAATGGGGATATTTCAACAAGGCGTCCGACTGCTCTAACGACGTGCTTCTTCTTTGTAACTATGAAGCAAGATGGTAGGATTATTGGCTCCTTATTCGAGTGCCATAGattgttcagttgttttttttctctggttTCTTTAAATGAAGATCATTTCTGTCCAGTAATCGATCGAGAATTTGTTACACCAACTCCAgagccatttaaaatgcaactaatttattttttaggttttatttttttctctttccttcttcttttttataatttttttgtatttttattttttagagaaGTCGTCCACTCCAAAGTCACCATCAACTATCCATGCTACTGCAATCCTCTGTGAGGGAAAAGACAACGAAACAGGTTAGGAATATGGAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU2760 lncRNA upstream 18952 13227235 ~ 13228357 (+) True G2281
TU2745 lncRNA upstream 144643 13102457 ~ 13102666 (+) True G2267
TU2742 lncRNA upstream 145993 13098561 ~ 13101316 (+) True G2264
TU2723 lncRNA upstream 167288 13074688 ~ 13080021 (+) True G2250
TU2631 lncRNA upstream 343687 12902635 ~ 12903622 (+) False AMCG00003643
TU2819 lncRNA downstream 160488 13414931 ~ 13415156 (+) True G2323
TU2822 lncRNA downstream 231149 13485592 ~ 13485807 (+) True G2326
TU2825 lncRNA downstream 253444 13507887 ~ 13509930 (+) True G2329
TU2826 lncRNA downstream 255795 13510238 ~ 13510674 (+) True G2330
TU2827 lncRNA downstream 257092 13511535 ~ 13511829 (+) True G2331
AMCG00003654 mRNA upstream 454 13242051 ~ 13246855 (+) True AMCG00003654
AMCG00003655 mRNA upstream 40470 13156234 ~ 13206839 (+) True AMCG00003655
AMCG00003653 mRNA upstream 155215 13091093 ~ 13092094 (+) True AMCG00003653
AMCG00003647 mRNA upstream 192128 13053429 ~ 13055181 (+) True AMCG00003647
AMCG00003648 mRNA upstream 209711 13025569 ~ 13037598 (+) False AMCG00003648
AMCG00003656 mRNA downstream 65760 13320203 ~ 13325222 (+) True AMCG00003656
AMCG00003666 mRNA downstream 483159 13737602 ~ 13744368 (+) True AMCG00003666
AMCG00003668 mRNA downstream 542836 13797279 ~ 13797599 (+) True AMCG00003668
AMCG00003670 mRNA downstream 755028 14009471 ~ 14013046 (+) True AMCG00003670
AMCG00003669 mRNA downstream 802008 14056451 ~ 14067694 (+) True AMCG00003669
TU2754 other upstream 90682 13155060 ~ 13156627 (+) False AMCG00003655
TU2685 other upstream 204712 13037437 ~ 13042597 (+) True AMCG00003648
TU2385 other upstream 1669980 11573731 ~ 11577329 (+) True G1989
TU2334 other upstream 1755866 11490185 ~ 11491443 (+) False AMCG00003606
TU1883 other upstream 3466407 9777508 ~ 9780902 (+) True AMCG00003570
TU2954 other downstream 1164073 14418516 ~ 14419732 (+) True G2440
TU3283 other downstream 2781220 16035663 ~ 16039640 (+) False AMCG00003712
TU3719 other downstream 4427374 17681817 ~ 17683988 (+) True G3047
TU3792 other downstream 4883312 18137755 ~ 18142633 (+) True AMCG00003779
TU3794 other downstream 4892217 18146660 ~ 18152314 (+) True G3108

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) TU375744 True 3159 lncRNA 0.42 2 NC_048568.1 21793795 ~ 21796979 (+)