RNA id: TU124405


Basic Information

Item Value
RNA id TU124405
length 2266
lncRNA type inter_gene
GC content 0.42
exon number 3
gene id G99596
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030132.1
NCBI id CM030132.1
chromosome length 32980562
location 15999802 ~ 16004030 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

TTATTAGTTTAAGTCTTTATTGAGATTAATATGGCTCTACTTTGAGTTTTTAGTATAATTGTCATGCTTTCCGCTTAGCCAATTAGGGGCTGGAAATGTAAGAGCCATAGTAAAGGAAAAGGTGaattttctgaattaattttattgtttatgtatttattagttcatttaaaaagaatgttatctatattcataattattttgaaacccCCCATTAGATCCCCATCAGTTTAATGTGACTGATGTCAAAGTACTGTCATCAATGCTAATTTTGTAAGCAGGAAGGAGTATATGGAGCAGCACAGTTTTTGaccatgtaaaatataattcttggtattgtttttttatttttcaaagtaaatagtaaaaataagaattgtgttgaaatgtttaaaatgtgtaagaCTCATTGCTTCATATAGACAACCGTggttgcatttttaaagaaagctgCGCCACTACAGTGGTGAAAGTGGGAATTGTTCTAGTGATGATAGTTGGAGTTGTACTTGCAGTGGGAGTTGCAGTTGTTATGGTAGTGCTAGTGGGAGCTGTAGCTGTTGAGTTGGAGTTGTTGAAGTAGTGAGAGTAATGGTAGTGGTGATAGTGGGAGTTGTAGTTATTCTGGTAGTCGGAGTTGTAGTTGTGGTAAGTCAGAGTTGTGATTTAAAGTTGTCATGGTAGTGGGAGATGAAGTTCTGGTGCTACTCAGAGTTGTTGTCATTGTGGGAGTTGTAATTGTGGTAGTCAGAGTTGGAGTTGTGGTTGGTAGTGGGAGTTGTAGTTGTCATGGTAGTGGGAGTTGTAGTTGAGGTAGTCACAAAAAAGTTTACAGATAAGAGGAGgtcattcaacccatcatgcttgtttggtgtccattaataaccgagtgatccaagAAACCTGTGCAGTCTATACTTGTGGTGGgagtaagagctgtagttgtggTGTAGAGGAAATGTTGGTAGTGGTGAAATCTGTAGTTGGAGTAATCTGAGTCATAGTTAGGTGGAAGTGGCAGaagtagttgtggtggtagtgggtgttttttttaattgagtggCAATGGGAGTTTATGTTTTAGTGATAGGAGTTGTTGTGCCTGTAGTTGGAGTTCTTGTTTTGGTGGGAGTTGTAGTTGTTGTGGGAGTCTGAGTTGATGTTGTCATGGTATTGATAGTTGTAGTTGAAGTTATGGTTCTCGGAGTTGTAGATGTAGTTGTGGTTGAGGTGGGAGCCATGATGGTGGTGTTAATGGGAGTTGTAGTTGCGGTGAAAGTGGTAGTGGGAGTTATTGTTGTGGTGCTAGTGGGGGTTGTAGTTAATCTGGTAGTGGGAGTTGTAGTTGTTCTGGTACTGGGTGTTATGTTCTTGTGGTACTGGCAGTTGTaattgtggtggtagtgggaagATTTGTTTTGGTGATAGGGGGAATTGTATTCGTGGCTGTAGTGGGAGTTTTTGTATTGGAAGTAGTGGGAAATTTTGTTGTGGTGGTACTGGGACTTTTTTTTGTAGTGGTATTTGTCTTATATTATTGTTGGTAGAGGGAGTTGTAGTTCTGGTGATAGTGGGAGGTGTAGTTATTGTGGTAGTGGGAGGTGTAGTTGTGGTAGTGGTGGGAGTTGTTGTTGTGGAAGTGGTTGGACttgtagttgtggtggtagtggggggtgtagttgtggtggtagtgggagttTTTGTTGTGGTAGTGGTGGGAGTtttagttgtggtggtagtgggaggtGTAGTTGTGGTGATAGTGGGAGGTGTAGTTGTGGTTGTAGTGGGAGTTGTTGTTGTGGTAGTGGTTGGACttgtagttgtggtggtagtggggggtgtagttgtggtggtagtgggagttTTTGTTGTGGTAGTGGTGGGAGttgtagttgtggtggtagtgggagGTGTAGTTGTGGTTGTAGTGGGAGTTGTTGTGGTAGTGGTTGGACttgtagttgtggtggtagtggggggtgtagttgtggtggtagtgggagttTTTGTTGTGGTAGTGGTGGGAGttgtagttgtggtggtagtgggaggtgtagttgtggtggtagaGGGAGTTGTTGTTGTGCTAGTGGTTGAACttgtagttgtggtggtagtggggggtgtagttgtggtggtagtgggagttTTTGTTGTGGTAGTGGTGGGAGttgtagttgtggtggtagtgggagttgtagttgtggtggtagtgggagttGTTGTTGTGCTAGTGGTTGGACttgtagttgtggtggtagtg

Function

GO:

id name namespace
GO:0004055 argininosuccinate synthase activity molecular_function

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU124396 lncRNA downstream 10920 15987084 ~ 15990263 (-) True G99594
TU124372 lncRNA downstream 41352 15902451 ~ 15959831 (-) True G99576
TU124360 lncRNA downstream 117662 15879418 ~ 15883521 (-) True G99565
TU124299 lncRNA downstream 247157 15753816 ~ 15754026 (-) True G99535
TU124272 lncRNA downstream 368575 15632395 ~ 15632608 (-) True G99516
TU124443 lncRNA upstream 56166 16060196 ~ 16068129 (-) True G99614
TU124452 lncRNA upstream 126034 16130064 ~ 16130295 (-) True G99623
TU124513 lncRNA upstream 307678 16311708 ~ 16311970 (-) True G99679
TU124575 lncRNA upstream 420720 16424750 ~ 16428626 (-) True G99724
TU124598 lncRNA upstream 466877 16470907 ~ 16473177 (-) True AMCG00015681
AMCG00015667 mRNA downstream 186824 15792513 ~ 15814359 (-) True AMCG00015667
AMCG00015666 mRNA downstream 298062 15687642 ~ 15703121 (-) False AMCG00015666
AMCG00015664 mRNA downstream 443407 15555165 ~ 15557776 (-) True AMCG00015664
AMCG00015662 mRNA downstream 662121 15338036 ~ 15339062 (-) True AMCG00015662
AMCG00015660 mRNA downstream 748462 15249977 ~ 15252721 (-) False AMCG00015660
AMCG00015672 mRNA upstream 53772 16057802 ~ 16060001 (-) True AMCG00015672
AMCG00015676 mRNA upstream 248389 16252419 ~ 16272647 (-) True AMCG00015676
AMCG00015677 mRNA upstream 311458 16315488 ~ 16324527 (-) True AMCG00015677
AMCG00015680 mRNA upstream 441942 16445972 ~ 16448187 (-) True AMCG00015680
AMCG00015683 mRNA upstream 456692 16460722 ~ 16463940 (-) True AMCG00015683
TU124288 other downstream 297893 15701078 ~ 15703290 (-) True AMCG00015666
TU124200 other downstream 740699 15259461 ~ 15260484 (-) True G99454
TU124167 other downstream 811789 15102617 ~ 15189394 (-) True G99426
TU124175 other downstream 829511 15170615 ~ 15171672 (-) False AMCG00015659
TU124002 other downstream 1305813 14690870 ~ 14695370 (-) True AMCG00015645
TU124430 other upstream 13553 16017583 ~ 16102456 (-) True G99605
TU124478 other upstream 217735 16221765 ~ 16222155 (-) True G99646
TU124562 other upstream 525347 16529377 ~ 16535468 (-) True AMCG00015691
TU124837 other upstream 1833550 17837580 ~ 17837942 (-) True G99939
TU124970 other upstream 2624313 18628343 ~ 18630665 (-) False AMCG00015723

Expression Profile