RNA id: TU112485


Basic Information

Item Value
RNA id TU112485
length 4557
RNA type TUCP
GC content 0.35
exon number 5
gene id AMCG00017422
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030131.1
NCBI id CM030131.1
chromosome length 33043351
location 2687420 ~ 2695453 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

CTGGGTGAGGCTGCTGGGAATCGAAAGTGTGCTCTGTGTTGGGATCAGCTGTTGTCGACTGGGATTTCATGTTTAGCTGAAATGGCCGGGATTAAAGCACTCATTAGCCTGTCCTTCGGAGGAGCTATTGGACTTATGTTTCTTATGCTTGGATGTGCTCTTCCTGTGTACAATAAATACTGGCCATTGTTCGTTCTTTTCTTCTATATCCTCTCTCCGATTCCTTACTGCATTGCACGGAGAGTGGTTGACGACACAGATGCTGCGAGCAATGCCTGTAAAGAGTTGGCCATCTTTCTTACTACGGGGATAGTCGTCTCAGCCTTTGGGTTGCCCATAGTTTTTGCCAGAGCTCTAGTGATCGAATGGGGAGCCTGTGCACTTGTGCTGACTGGCAATGCTGTGATCTTTACCACCATTCTGGGCTTTTTCTTGGTCTTCGGGTCAAATGATGATTTTAGTTGGCAGCAGTGacTTATTTGCCGAGGGAAGACACCCAAAAGAACGATTCTGCCCCCGTGAATCCATATCTGAAGAAGGAAGATGCAGAACCATTCTACTTTTAAGCTCTTTAAAGCATCTCCAAGGTGGTATGTTCCCTCAGAAGGACACCTAATGGTTAGTGTTCGACtggagagagaggtgtgtgtttggttCGACTCTTTTCATAACTTAATGCTAACATTGACTAAGTCTGCTATCTCAGGAACCATTAGATTAGTGATAAGCCCAGTTAGTGTGAGGCAGAAGGGTTATACCATTCTTCTCCCCGAAATACCAattttgcaaaaatgtaaatgtatgcatgttCTGCACAGGACTTGGGAGATTCAGTAATTAGAAGTATTTGTTAGAACGGGGATACAGGGtcctctggttttcattccaattaACATTTTACTTAATTGGATATGTTTCAAAATCTTTAAATCCACTGGAGATCTATAAGTGATGTCTTGCTGTTCCCTGGTGTACTGTTAAATTTGGTTATATACATGTAACTTGTGTTTTAAAGCAGGGGTGTCCAATCCTGGttctggagagcccctatctagcaggttttagaggtcacccttgTGTCACCAATTtaaaacacctggaagtatttaaTTCTGGTCAATGAAGCAGGTGGTGTGGTCTTTTCAGTCCTTTAtcaattatctgaatacctgcagcctcctaAAGGAAGAGTTCCCTTAgttgacttgcttaattggATTGGGACTCTCCACAACCAGGGATCAATATCTTTATTTGTTCATTACAAATTGCTTACACtctatgcattttctttacTACCAGTTAAGAATAATTGGGAACAAATGCTTCCTGTTCACCCAGATAAGACATTTTCAGCACAATTTGAGGCAAGTTTCTTATCATGGCTGGAGTTTACATTAGGGATACTTACTGCTGGTCCTGAAGAGTTGCAGCATCTTCAGaatttcattccacctgaggaCTTAATGAATTCAGTAAAATAATTAGTGACTTAATTATTCCCAAATTGTCCTAGTCTTTAGCCATTACATTTCTCCCCTTATAAGCATATAACTTGATCAATGTCAGTCTATAGTGACAATTAAAGCTATACAATAAATTATCCTACTCAGAAAAGAGTGGTTATCAAATTTAGATGCATAATCCTATATAACCAATACATCAGGTAGAGGAAACTTCATCCTATTATTTTGTAGCATGAAACCAATGTAACAGGAACTGTACCTCATAATGATTATAGTTTACATAAGCATTATTGttcctgtgatttttttttttttttgtgtgttttttgctttgattCTGTGTTCTTTCTGTTCAGAATACTTTCCATTCAAAGGGATTATtccagcaaaaagaaaaaaatctaaacaaacattaatatgCTAGaggaatatatttacattaaatgcagATTATATAAATTACTCTTAAGTTGTTATTCATTTCAGGAAATATTCATATAAACGTACAATTTAAGTGTTCCCCTTGTAGTTTGTATCATTCACACAGtgcttatttcttatttttctctgatTTAGTTTGTtactaattaaaaattaattttcaCATCAATCaaatttttcagaaatgtatgaatCACAATGAAAAAAGTCTTAGACTGTAAACATGCCATTCtgctgtgatttaaaaacactttgttcactctgtaatattatattttggaaaTAGTACATGGAATTTAGGAAAACTGTCTTAAGACATCAGTATTTCCTAATTGTGAAACTACATCTTATGAAGGGAGAGTGTTGAAAACTCATAGTAAATGCTGAGAAGTAGAAGAGATTTTGACTGGCCTTGCAGACTTCATAATGAtgatgtaattgtattaaaggCTTTCCGGTAAAAAGGAGACTGGAGGTGAAGCCATTACTCAATCTTTGATTCTGAGATAAGTGACCGTGATTGCCGCTTATACTTTACAATGCGTTCACACTAGCCTTCAGGAATATGGGCTTTTCATGTCAGTCCAGCACCAGTTCGTTTTATTTAATACATCGGTTAAACAATTAGCATATAGACAGATTTTGGTACATTCGAGGATATTAGACCTCCTTTATGGTTTAGAACAGaggttctcagccctggtcctgaagttcttaaatcagagacttttgaCAGTAgaggttttaagttaagtataaaattgtataaggaacttaaaTCAAAGATAAGCAagttattacttcaattaagggttaaattaagtaattgagctcggttggaacaaaaaaatgtaaggtAGGGGgtttccaggaccaggattgggaacccctgatttagAATTCAGAAACCAACATATATTACTTTTCATGTGTAGATGGATAGAAAACTAAGGGAACATAGGACCACCATTTTATTATCATAAAATGTATAGGTTTAAATGTACGGTTTGTATTTCCCCCTGTACTTCCTTTGGTTTTTCACTTTAAATCTGCAAAAGGAAACCAAATTGCAACTTCTGGAAATTCCTGCTACAGTTACTGCCACCAAAATCTGTGAGTCAACTGTGTGATAGACAGATTGATGCCCTAGAGCAGAGGTCCctaatcctggtcctggggaccccctgccctggtAGTTTTAATTCTAACTGAGCTGTCAATTACTGAATATGTACACAGATGCTGTACTAATGGTTTAGAGCTGACCGATTCCTTGGTTCTCTCTAGAATTTGATTTATAGGTTGATTGCACCTATTCAGTTTATTCAGGTTTATAGTGTAACCACAAAGGAGTGTCAGTCAAATAGGTACTCATCATTTGCACATCCAGAGACTCTTCTGGGCTGCATTTTACAGATTATTTCCATAAATATAGATGTGCAATGGTTTCTGGAATAGAATAGAATTGACAGAAAAttaccatacattttaaaatagtttccaGTTTCAaggcagtgtttttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagtttcatagAATTGTCTTACTATgaaatgttactaaatatttttatattactttaagTATAATACTTGGTAATGTTCTTTTAAGTCcttgcattttgcatttcagttggtgtgctgtattttgttaaatttattttcaatatctcCTCTTGACCGATAAGCAACGAACAGAATTATCCCCACATATGCTcatctttcaattttaaatcctAAAAATAAGTATTAGATTGTCATATATTCAAAACTTTCCCACAAGAATGCAAATCTGTGGTGTACAGAGAACAAATTAATAAGTATCAATGTGGTTAAAGCAGTGTTTTCACTTTGGAGTTGttcattattgttataaatTTAAAATACCCATAAGTAAACGGTTCCAGTGTTGCTGGAAAaagtgtaatgtttattttgtaagaaGTTTAAATTTTCTGTACCATAAATTAACAGATCTTCTTTTATAAagctataaatacaattatctgAATGCTGAGAAGCAATTTGGCATTGTTGTAATTGATGTCTAATGTACCTTGTTATCAGTGGGGAAAATAGCTGTCACTTAATTCTGTATGGTGTTCAGCCTCTTCCTGCAAACATTTGGGAAATGTCTGttacttttctttcattttatttattttgtataatattatttGGGAATTGAATGTCCACCATATACACTGGAAAGAATCCTTTAATAATTTTATGTTAAGGTTCATGGTTTCCTCAAAAGGACTAACTATACTTGTGGGTATGTACCAGTAGTTCAACTGATTTACATATATCTGATGTTTTCCTGTAGTCATTTGTCTGtatatttttgcaattttttgCAACAAGCTTCATGGagtcatttttgttattttaatatattctttgATCAATATAAGTTTGTGTTAGATGCGCTGTCATTGTGGTGAACCTGGAAcctttttggaaaaaaaaataaaaacattttgaataccTGCCTAATGTTCAATTTTGTTATTCCAGTCAGATGATTACATAATTGCTAGCAATAAGAACTGCTACAGATCAGGGGAAACGGACAATAAGACCATGAACATGAGACTCAAAATAACTGATCAGGGGATGCATATTGGTC

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU112419 lncRNA upstream 158619 2491907 ~ 2528801 (+) True G90149
TU112409 lncRNA upstream 183256 2461882 ~ 2504164 (+) True G90144
TU112325 lncRNA upstream 682814 2003038 ~ 2004606 (+) True G90070
TU112326 lncRNA upstream 682814 2004076 ~ 2004606 (+) False G90070
TU112288 lncRNA upstream 752636 1929142 ~ 1934784 (+) True G90042
TU112532 lncRNA downstream 541992 3237445 ~ 3237726 (+) True G90248
TU112571 lncRNA downstream 1202365 3897818 ~ 3898125 (+) True G90284
TU112621 lncRNA downstream 1616805 4312258 ~ 4312475 (+) True G90333
TU112625 lncRNA downstream 1634917 4330370 ~ 4330583 (+) True G90337
TU112626 lncRNA downstream 1689788 4385241 ~ 4390541 (+) True G90338
AMCG00017424 mRNA upstream 3912 2674951 ~ 2683508 (+) True AMCG00017424
AMCG00017419 mRNA upstream 22867 2662686 ~ 2664553 (+) True AMCG00017419
AMCG00017416 mRNA upstream 37937 2646274 ~ 2649483 (+) True AMCG00017416
AMCG00017415 mRNA upstream 88450 2573489 ~ 2598970 (+) True AMCG00017415
AMCG00017413 mRNA upstream 226901 2427893 ~ 2460519 (+) True AMCG00017413
AMCG00017421 mRNA downstream 656 2696109 ~ 2708643 (+) True AMCG00017421
AMCG00017420 mRNA downstream 13618 2709071 ~ 2712473 (+) True AMCG00017420
AMCG00017423 mRNA downstream 17704 2713157 ~ 2726827 (+) True AMCG00017423
AMCG00017427 mRNA downstream 580210 3275663 ~ 3481722 (+) True AMCG00017427
AMCG00017428 mRNA downstream 871807 3567260 ~ 3568720 (+) True AMCG00017428
TU112033 other upstream 2475484 207586 ~ 211936 (+) True AMCG00017388
TU111991 other upstream 2589037 48007 ~ 98383 (+) False AMCG00017386
TU112690 other downstream 1967206 4662659 ~ 4667830 (+) True AMCG00017446
TU113125 other downstream 4034285 6729738 ~ 7184790 (+) False AMCG00017486
TU113143 other downstream 4034285 6729738 ~ 7184790 (+) False AMCG00017486
TU113159 other downstream 4034285 6729738 ~ 7184790 (+) False AMCG00017486
TU113167 other downstream 4034285 6729738 ~ 7184790 (+) False AMCG00017486

Expression Profile