RNA id: TU42066


Basic Information

Item Value
RNA id TU42066
length 4363
lncRNA type inter_gene
GC content 0.34
exon number 1
gene id G33585
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030124.1
NCBI id CM030124.1
chromosome length 51038645
location 17315673 ~ 17320035 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

ATTCACTGCCACCTGTGTGAATTTAGTTTCCATGGCAGAGTTCCACCGAAGAAGACTGTCCAGTGACAACATAAATAGTGAAGTCTGAATCACTCCCAAGTCCACTGGAGTCATGTTTTGTTGTCAGGTGTGATGTATCCTCTAGTCCTGGTGTCCATGTTAGTTGTGGATAGATTGATGCATTGACTATAGTATACCAGCATAATTTAACCAAAATAAGTTGATCCCCCTGTCCAAAATATACTTTCCAATAATTGGAAATACACATTAACAACTATGCTTCAAtaagatgtttaaaataatataaaattgacTCTTGATTGGCTatccagacctcaatccaaagAACATCTGTGATAGGAAAACAAGAAAGCTGTTCACAAGCACAAGCAGTGCAACTCGTAGGAGCCCCGAGATCTTAAACCAGTGGGAGTGGTGGAGAATCCCTCCCGAGAAGTGCCTGATCCTATTAAAGACTAAAGGAAGTGCCTTCTCAAGGTTCATAAAGCCAAAGGAGAATCCACAAAATAGTAATTGCCATTATGTGAATATCTGtgaatattgtgtatttagaaatatacgtaacacttttttaaacaatatgctATTCATATCATGTCTATTGACAAATGTGCTATTGGTATTAGGGTTCTGATAGTCATGGATTTTGTTTACATATGGTGAAGAATAGTGAATGTACATCTGCAGTTTATTTGCcaaatcagattttattttctgtccaaAATACAGTTGGAGGCAAGAGTATATTAGATTAGGTATATATTACCAAAATCAGGTGCTAAAATTGCCCGAGACAGTGAACTATGGGGAAGGGATATTGCATGTCTTTGAACTAGTAATCACATTGTctggcaaaggaaaaaaaagcagctgGGAACAACTCATCATTAACACAAATACCCCAAATGGCATTTTGATTACTAGATAACCAAATAATTGTAAAACCCTTAGTAAGAGCTCACAAATTAAACCATTGCTCATATGCataagcatttttaaaactatattatgACATACAGGgttatattttttgtgatgtAATGCCAGGTActtgtttaatactgttttcCTATACTAATAAATATTCTGATGACATTCCTAGCATATCAAAGCCCCTCATATTCCTGAATTTGTTAACCAATACAACATTCTGTCATGCAAAATATGGTTTTACCTAATTTAAAAGGGCTTgggtttttgttattttaataataatcaaccaCACTGCCAGATCAGGTCATaagatgtatgtttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttcccttttttatgtttctttaatgCCATATACactagaaatacaaaatgtatacacttataatttccttttaaatggaTAATGAGAGTGTGTCAATTTACAGGACCGATCATAAGGCAACTTGCGTACTACACTGCATATAGAGTGTCTGTTATGAAATGGagagtaatataaatatatgtgttagACATTTGCAATGATGTGTTCAGAAAATATCACTATAATGAAACATATAAGCCAACAGGAAAAGAAAGTTACTTTCTGCATAGAAcatgctattttgttttattgtttcttttttcttttttcttttttttacatatatgaACATTTATTGTTTGGTAAAAAAATTGATTCACTTTTTTTGGTAAGAATGATCTGAAACAGAGAAAATAAGTGGTTATGCATTGTATCTGCCTGAGTCTGCCACACGAGACTGCTGAAGTCCTGTGTATGTTTAAATTACCAGCTAGGTAATGTAATTATAAGCAGCTCTAAGCTGTGGGTTTGACCACACTTCATTCGTTCAGTATCACATCTCCCAATAATGCTAATAAAGGATAAATGGGCTTGTAGGCCTGAACTAAGGACTGATACATACAGTTGCATTTACACGTTGTACCACATGGCTTGATCGATGCTACTACCAAAAACAGTCAAAGCTAAATCACTCCATCCATCTTAAGAGCTCAAATCATTTCAAGCCAGCCCAATattgtgtaatattgtgtaaaatgtCAGACATACCGATTCTGACCCTTTCCAAGAAAAATATGAGgcaatggaaatgtaaaatgaaaacaaaacctcttGTAAGTTACCATTATATTAGTAAGCACAGCTGTATGAAAAAAACTGTGTTGGAGTCAAATTAAGAGATGTAAGTTTCAAAGGATGATATCAAAATAGGTAATTTAATGTAAACCCACCAAACTTGAGTTCCACCTTCAATAGTACTTGGAGCTGTGAGCGAATAATACCAACTGTGAGAATGCAAACGTATAAACCTTTCTTTAAGGGATCACAGGTGTATTGTTAAACTTACACTCAAGAGATTTTAGCAAAATGAAAATCACTCctcttttaccttttttaagCTCTCAGTTCCTTCCACTTCATTTCTCAAACTAGTTTCTATATCAATAGAAATGGAGTGCACATTcttgttacatttcattttctgttttttattgcattgtttaaaagaaagtttaatacaatatgttatacatttaacTACCTCAACTTGGTTTGTAGAAACAGAATACCCTCCATCCTACCATTAAAACTCTGCTTTAGCTGGATGTTTTCCATAAATATGTGGTTATCAGTTTCCAATGCAACAATGATTGAACGGTACTAAATGTGAAGAAACTTACATAGAGATTATAGAAATAAGGTTAACGGTACTATTAGGGTGGAGGGTATCTTGTTTGTTGCTATTAGTGCatccaaaaactaaataaaaaaccaGGAAACCTGCACTTAAGGACAAGATCACTTCTTGGTTAGAGAGAATCATGCAATCTTGTTGTTACAATAAGCTGCttatatctgtttattttgcCTTAAAAAGACTTTTATGCTCTTGTCTCTCTTCTGTCTtgtaaacactttaatttcCTTAAAGTATCCCTGATGGCATGGTAAATGCTATGTGGAACAGAGCAAGTCAATAGATTTCTCAGTTTTTCTAGTGTGAAATTGTTCAGTaatattgattgtgttttgggatggttactgtgtttatactatagtccacacacaATTTGACAAATTTActggatgaaaaaaaacatttgcatttccattacCAGATAAAAAGGGAGCAGATGGGAGCAGGTTCAGATGGAAATCTATGGATTGTAAAGTCTTATGGAGTATTACTGTGTTGCTTTTGTGTCAGTCCCCTTTAATTGGCCTAAATAAAAGTTGATTTGGTGCATGCAGTGCATGGAGAAGCTGTGTGAttggataaaaaataaagcaggtcATAAGTAATGATGTCGGTAGGAGGCGGGTGTGTGTCATGCGGTGTGATGCAGTCTGCACACACAGAATTCAAAATGAGCAGCTTTCCCTTTGTGTCAATCACGAAGGCCTGAAAATGGAGCTGCCAAAcactttacttttactttactttactttcacCTTACTTTTCTCCTGAATACTcaattttaacacttttaaaaagatTCAAAGCATTTTTGGGAAAAAGCAAAGcatctttttcttgtttgttttagtcttATAATCTTTACAGTTCTTAACCATATTAGTTCAGTTTGATGCAAGAGACTGAAGAAATAATCATGATTTTGCTCAGGGTGAGATAAAAAGTCTGGATACAAGATATTTATATTAGAAATCTTGTAAATTCTTATGTAAATTGCTTGagactttatttttcagttttgtatagCAGTAGTACGCACCctaatgtagaaaatgtatatcaGCTATGATATACACATGTGAGTAGTACAAGCACAGTAACTAATAACAAATGGGAACAATGGCATTAAATTGTGATTGACGTGTAAacataatgtacaaatgtacttggtattttatttgcaatggaagattaaaatagttattgaaaaatattttactgtatataaatgtatgcaaatttCCATGTTAAAAACATTCCTTTCTGAGTCCTGATTGTGAAGGGTGTCTATTGACTAGAGGCTGCTGCCTCAAAACGGCAGTGACATATGATATAGTAAAGATCAAACTAGTATGATGTATGTgatgtattaaaaaagaaacaaaaaaaagaaaaaaaataccatgGTTATTTTTGGTCTGTTGAGTAAGTTGCATTTTGTGATGAAAGTCTGAAATTGtgcttaaaaacacatttaattggtTACTTAATTTTGTTGTAAAATTAAACTCTAAACAAAAGAACCTTAACATTTTGTATATCTTggatttttgtacattttttttttattttactgcaacaCAAGGTAccaaattcattaaataaagtaCACTGTGGTCATTTTATCAGCCTCTTCTGCTCAGTTGAT

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU41992 lncRNA upstream 257453 17057586 ~ 17058220 (+) True G33521
TU41941 lncRNA upstream 514746 16798149 ~ 16800927 (+) True G33474
TU41910 lncRNA upstream 811597 16496841 ~ 16504076 (+) True G33448
TU41906 lncRNA upstream 824620 16488871 ~ 16491053 (+) True G33444
TU41880 lncRNA upstream 949331 16366114 ~ 16366342 (+) True G33422
TU42100 lncRNA downstream 102589 17422624 ~ 17424898 (+) False G33615
TU42102 lncRNA downstream 102589 17422624 ~ 17424898 (+) True G33615
TU42111 lncRNA downstream 102589 17422624 ~ 17424898 (+) False G33615
TU42132 lncRNA downstream 110918 17430953 ~ 17432628 (+) True G33634
TU42143 lncRNA downstream 129285 17449320 ~ 17452659 (+) False AMCG00019376
AMCG00019373 mRNA upstream 11807 17298706 ~ 17303866 (+) True AMCG00019373
AMCG00019374 mRNA upstream 99129 17215654 ~ 17216544 (+) True AMCG00019374
AMCG00019370 mRNA upstream 101262 17154870 ~ 17214411 (+) True AMCG00019370
AMCG00019369 mRNA upstream 194726 17119348 ~ 17120947 (+) True AMCG00019369
AMCG00019367 mRNA upstream 224555 17090069 ~ 17091118 (+) True AMCG00019367
AMCG00019371 mRNA downstream 25587 17345622 ~ 17370582 (+) True AMCG00019371
AMCG00019375 mRNA downstream 65815 17385850 ~ 17415697 (+) True AMCG00019375
AMCG00019376 mRNA downstream 129316 17449351 ~ 17452653 (+) True AMCG00019376
AMCG00019382 mRNA downstream 308357 17628392 ~ 17636437 (+) True AMCG00019382
AMCG00019388 mRNA downstream 387495 17707530 ~ 17708615 (+) True AMCG00019388
TU41862 other upstream 1233730 16043942 ~ 16081943 (+) True G33406
TU41707 other upstream 2145832 15164348 ~ 15169841 (+) True G33283
TU41554 other upstream 2828967 14439253 ~ 14486706 (+) True G33159
TU40734 other upstream 6906176 10404639 ~ 10409497 (+) True G32539
TU40438 other upstream 7687011 9369898 ~ 9628662 (+) True G32293
TU42780 other downstream 3287439 20607474 ~ 20610889 (+) False G34170
TU42783 other downstream 3287439 20607474 ~ 20610889 (+) True G34170
TU42785 other downstream 3287439 20607474 ~ 20610889 (+) False G34170
TU43058 other downstream 5295588 22615623 ~ 22625205 (+) False AMCG00019475
TU43194 other downstream 6352090 23672125 ~ 23695801 (+) True G34511

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus) TU371029 True 1615 lncRNA 0.37 2 NC_047615.1 2121968 ~ 2123604 (-)