G454091


Basic Information

Item Value
gene id G454091
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000320
NCBI id null
chromosome length 3894707
location 838744 ~ 844185 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU521349
TATTTGAGCTATTCCGTCAGTGAAACAACACACTACAGCCTGTAAAACTATTAAATAAATATCGGTAAATAATGGTAACCTAAATAATAAGAAAGTTAAATATTATTTAAAAACATTCGTTTTTTTATTTCCACACAAAGATGCGTCATATAGCCTATCGCTCTGCGCTTTGAGAGGGATGTGAAACACGAGCAGGAAAGAGACCATTTCTCTTTAATAATATCTTCATGTTATCTCCAGATGTTACAAGCAACTGACACTTGTTGTAAAAGGTCTGAAGAGCTAGTTTTATCCTCTGCAGAGGCAAGACATTCAGGCTATGTTTGATTTTGCGCTGTCAGAAAAAAGCGAAAGTAAAAATCACCGCCGTGTGTGATACGCGCTATACAAATAAACTTGACGCGCCTTATAAATTCTAATAACAAGCACAAACTAAATTAAATAGAAATTGACGCGCAAGCAGAAGGGTTTCTGTCCTACGGTGTTTTTACTACTTTACCACAGTGAAGAATGCGAATAGTCTATAATAGGCCTAAATGCGAACGAAAGGAAGAAACGTTTATAATCCCCTTCGTGAGTGAAGATTTGGGAAAAGAAACAGAGATTCCATGTTCAGTGGAATAACTAATGGAATATTGTTAAATTCTCTGCTAATCGGGTGACCAGATCGCGATTCGCAAAACAGAATACAAAGCTTAAATTTATGGACTCTCGTACCTCTCTCATTCGACATGAACCAAAATGTTTCCATGGCTGCGACGTCACATTTAATTGCTAACCTATTATTTCTTTTGTAAACAAAGCTTTGTGCTTCACTCGTTTCATATTCAAGTAAATACTGGCACAGCCCTAAATACCCGGATTCTCAGTACTACAAAAATGCGGGTATCATCACATTTTCAAAATTTCAGTACCGACTTGGTACCGAAGTACCGGTACTTTTGACAACACTAGATATGACGATAGTTTCATCGAATGAAATGGAGAAATGCTGGTGAAGTGACTCTCAGAGCTGGTCTGAAGAATAAGTTCATGTGTTCATGTCCTTATATAGTGAGATGGCAGCTGCTAAAAACATCACAAGCATCTCGCGTGCCTGAGTACTGTATGTGTATAGACGAAACTGATCACCTGCTGCGCTCATTCACACAGAGACAAGCAGAACTTGCACAAAACTGTTTAAATAGCAGTCTTTTTGAGCTTTAAGATTGACAGACATAAGTTCATACTCATACTTTTGATTTATTCATCCAAAATTTGGCAAATTCTGTGACATAATGTAAATTAAATTTTTATGACTAGATTCTGTGATTATGTCCGCGTTTTCTCCATTATGGAAATCATAGGGCCCTGAAAATATTTTGCGGACCCCACTTTGAAAACCCCTGATATACATGACCCTTTTCAGTATTTCAGTTTGTTCTGTTGTATTTTTTTTCATACCACACATCATTGCCATTGTTCATTCTTGAAGCAAACTTTTAACTGTAAGGTGCTTAGATTTACTGTTTTGGACTGCAACTTAAGCATTCAGAATGTATTAAAGAACTATGCATCTGGTGTGAAATACCTGTGCATTGTCCTGCATTGTCAAAATATGTGCAAAAATTGTACCTTTGAAGGTACAACAGTTTGAGTTGCATTAGGAGCCGGGTCAGTTTAAAATGAGTGAGAATACAGGAGATTGGATGTCTGAAAACACAACTTTACTCTTTGAAATTCTCATTGATCAGCGGTTGCCTATATCAGAGGGTTTCAGCAAATGTTAAAATTTTCTCTGCGTGCTTGTTATCCATGTTAGGATACCAGGAAGAGATATGGAATACTACTTTCTTTACTGTCCGTGAACTATACCTTCCTCTTCCTGCTTTTTCTTCTACCATGCAAGATATGCCCTGTGTTTCTGGCCCCTCCCATAAAAGCTCTGATGTTGTCAGGGTCACAATTAGCTCAATTGGATAAGCCTCTTTGCACAGGAGCAGTCTCGAGAGAGCTCCCTAGAGCCTTTCCTTCATCTGCAGAGGTAGGGATAGGGAGTCCCAGCAGCTTTGCAGTGGTAGAGGGTCACTTCCATGTCAAAGTTAGAAAGTGAAATTGCACCAGTGCATCTGTCATGGCCACATCTCCACCACAGCTACTTAATGCACTCAAGAGACTACAGTGGAGCAGAATTTTAAAGAATATAGGACACATGGTGACCCAAAGAGACACTTGCTACCACCTTCAACCATGCTCATTTTTTACCTCTCTGTTTCAGTCTGCTATTTAATGGCTAGTTCACACCACCCCAACAAACTCCCAACGATTGTTTGGTTTTGGAGTTTCAGGGTGATAATAACCATGTTTGTGTTTCATTAGGCGGTGACTGTTTCCCAAAATTCTCAATCGAACAGCCAACTTTAAACTCTATAGGGTTGCCACAAATCTAGCAGACATTCAGTCACTCCTTCTGACCTCATATGAGTGGCACACGTCTTGACTGTAGACAGGAAGAAGCTTGATCTCTGACAAGCTTATCCTTCCGTCGGGTGCCATTGGACATACATCAATCAGTCAGTGACAACCCAATCTGATTGGTTCAAAGTATTCAATTCCCTCCCCACCTGCGAAAAGAGAAAAGGATTTGGTCAAAGTAGCAAACGGGTGGAGGCGCACACCGAGACGCTACACTGTGTGAAGCCAGGGAAAATGGTGGTAAGTCGATATTTCACCAAAATGTCAACACTTAGATTGGTGACGACTCTGCTGAGGTGTGCTTTTAAGTATTTTTCAGTCTCAAATGACTTCTTACTAACTTATTTGATCTCTCTGAACTCTCACTTTTGTGTAAAACCACCAATAACAAGGACAGAAAAACTAAAGGAAGGGATAGGACTATTGGTTGGGTGCAGGTGATTGAGGCCAATGCTTGCTACCAAGGAGTCATGAGCGAGCTGTAGGGGTTCTCAGAGTCAGAGATCAGCCCGGCAAACTCGGGGAAATAGTCTGTAGTGATGCGGGGACTATGTAGGGCAGGGTGTTTGAGCTGGCTTACAAGAATAACAGTAAGCTCATTATTCTAAGGCATGAACTCCATTTCGGTGCAAGGAGAGAGAGAGGGAAAGAACTACACAGTGAGAGGCGATAAAAAAATGGCAAACGTTGGGGTGTGACATCTTCCTTGAAGGAAATGTGCCAGATCTTTTAAGTACTGACACAAGTGTGACTTGAAGAGCTGTAGTTGAGTACTGGTCGTTGTCCCGGTGGACATGGTTGAGTAAATCAGCTTTGCGGAACTTTAACTTGCCACGGTTTGGAAGAGGTGGTGTAGCAAAGACGGATTATCAACAATATATTGTGACTACAAAGAACAGATTCTTTTTTCCTGAAGATGCTGGGGATGGTCTACATATGAAGCTTCGACGAATGGCAAATGCTTCTGGTTTGTGAGGCATGGTGTATGTTAAAGCAGAAGTAATGTCTACTGAAGTAAGCTTTTACAATGCTCGTTCTTTTCATGGTAGAATACAGATACCATTGCTTGTTGGCAGGGAAATTGGGAGCAGGATGATGCAATGTTGGCGGCAGTAATCAGACTTCTGCAATATTAAAGTTTCTATGCTGTATGGTAGGATACAGTTGTTGTTGTTTTTTTTTTAATTTATTATAGTGCTTTTGTAATATTGCAACGAATTTGGCTGTTAAAGTTATGGATGCAAAAAAAAAGCCATATTTTTCATATTCAAACTACAGCTTGGTTTCTTAATTAAAGATATTGTTCCTTCTGTACTGACAGTACAGTCACAGGTAACTATTTTGCACGTTTCAAGTGAATCCTATGATGATGGTTTACATAAATGAATCCAGTCCAGCTTGTTTTGTACTGATAAGAAGGTATCAGTACAATATTACTGCATTGCAATCCCATCTACTTGCTAACCCTTGTAACCAATTGCAAGTAAAGAGAAGTATTGTCAGATAATAAGTCTACTAGTCATACTGACAAAATTGAACTGTTATCGTTGGAAAAAAATACTTTTAAAAGTAATGCTTTACTATGTTAAAACTATATATGTTAATGTATTTATAATAGAAAATTTGCACAATGTATAATATGTTAAATGTCCCATTATCAAAATTTAACATCACAGCAAAATAGTATGCACAGCAAAGAGCAATATCAAACAGCAATGTGTCTTGTGTACAACCAACCAGATATAGATTTCTTAACTAAAAACTGAAATGATGCTGTCTAGATGTATGGTAGTCAAATGATTTACTTCAGTGGAAAACTGTCAGATGTTGAGCTAATAAGCTGATAGAAGCTGTCTTTTTCTTTCTGCCAAATTGTTGTTTTGGTGTTTTGTAGTTTTGGTGTTGGTTTTTATGTAACATTATCACCCATGCTGGGTTTATGTAACACTATAGACCTTTAAAATATCTGTATTTGTTGTTGCTTTCCATTTTTGAATAGGTAAATGTGTGTATAAAAGTAATATTAATTACTAATATGTTAATTTAAAGGGATAATTGACCCAAAAATGAAAATTCTGTCATCATGTAGTCACCCTCATGTCGTTCTAGTCCTGTGTGACTTACAGTCTTCTGTGGAATGCAAAAGAGATTTTTTTTTTTAAAGAATGCTCTGGGATTTTTTTCCATGTAATTACAGTGAATGGGGACCATAAAAGTAGTCTTTATGACCTGTGCATTATATTCTAATTGATACGGTAGCTATAATCAAAAGACCCAAATTTTCATTGATAATCTTCAAAACCATTGAGTTCTTAACCACTGCAATTAAATAATTGAGTCAGTAAGTTTAACTCTTGAATTTATCATTCCAATTCATTAATAAATGAATTGTGATTTATTTTTGTGAACTAGGGATGGGCACATCAATACTGCAGTATCGATATATCAAGCTATTTATTTGGTATCGATTGCTTTAAAAATATATCAGTACAAATGTGGGTTTCTGCATCACTTCCAGATGTTTTCAGTACTTTTTTTAATGTTTGTGCCAAAACACCACTGACATATTTAGCTGACCTATGTCACATGACTTGTGAGAAGTCACATCACACACACATACTCACTTTTGCATTAAACTGAGAGATGGAGAGAATGGCAGAAAGGAAATGTAGCATGGTATTTATTCATATTTATGTTATAATAAATTACTTTATTACTATTTAATCACAATATTTCTGTAAAATATGAGAATATTTTTTATTACCTATTAGTACACACATTTTTTATTTAATTGAGCTCATATTTGCTTTTGTGATAAATTTGTTATTAATAGCCAGTATGTGTTATGTAGATGCGCTTTGCCTTTAAGCGTAATGATCTTTTTTTTTCCTTCTTCTAAAAATAAACATTATTTTGAAAAACCACAGACAATTTAAGAATTAATCAGTTCAAATATTGGTATGTC

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU521349 True 5419 lncRNA 0.37 2 838744 844185

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000320_00783563_00803806 NA coding upstream 34389 783563 ~ 804355 (+)
CI01000320_00735525_00742322 CTHRC1, CTHRC1A coding upstream 95860 734864 ~ 742884 (+)
CI01000320_00672652_00673710 MC5R, MC5RA coding upstream 163970 672652 ~ 674774 (+)
CI01000320_00645879_00646515 NA coding upstream 189875 645879 ~ 648869 (+)
CI01000320_00596242_00605090 RNMT coding upstream 233508 596116 ~ 605236 (+)
CI01000320_00915850_00922116 NA coding downstream 68908 913093 ~ 922286 (+)
CI01000320_00998626_01009523 NA coding downstream 154441 998626 ~ 1010590 (+)
CI01000320_01018345_01040605 ZFPM2B coding downstream 172978 1017163 ~ 1041214 (+)
CI01000320_01050034_01055863 SRSF4 coding downstream 205570 1049755 ~ 1056107 (+)
CI01000320_01062113_01063824 NA coding downstream 217748 1061933 ~ 1064327 (+)
G454083 NA non-coding upstream 80108 741677 ~ 758636 (+)
G454076 NA non-coding upstream 212538 625957 ~ 626206 (+)
G454074 NA non-coding upstream 214247 624289 ~ 624497 (+)
G454070 NA non-coding upstream 224010 614510 ~ 614734 (+)
G453873 NA non-coding upstream 297902 535081 ~ 540842 (+)
G454149 NA non-coding downstream 88366 932551 ~ 933335 (+)
G454157 NA non-coding downstream 124727 968912 ~ 969132 (+)
G454174 NA non-coding downstream 134400 978585 ~ 978815 (+)
G454179 NA non-coding downstream 144107 988292 ~ 988549 (+)
G454183 NA non-coding downstream 147389 991574 ~ 991795 (+)
G454251 NA other downstream 370393 1214578 ~ 1215032 (+)
G455129 NA other downstream 1346132 2190317 ~ 2197008 (+)
G455393 NA other downstream 2255639 3099824 ~ 3100289 (+)
CI01000320_03117532_03169741 NA other downstream 2273362 3115820 ~ 3169749 (+)
G455404 NA other downstream 2276631 3120816 ~ 3121105 (+)

Expression


Co-expression Network