XLOC_015430 (gorasp1a)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_015430
gene name gorasp1a
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 23808640 ~ 23820280 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00030868
GTTCGATTGCTCTCCCCTGTCTAGATGGACAACATGGCCACGATGCGATGAGTAATCTCTGTCTGGGTCGTTTGTTTCGGAAAAGCTAAACATAACTCTACAAAACATCGAAACACTCAAGAGCAATGGGTTTGACGCAGAGCAGTGGTGATGGGCCCGAGGGGGGAACAGAAGGATATCATGTCCATGGGGTTCAGGAAGACTCACCTGCAGAAAGAGCTGGTTTGGAGCCCTTTTTTGATTTCATCATATCTATTGGCCATAACCGCCTTAATCAGGAGAATGATATGCTCAAGGACCTCCTCAAAGCTAATGTGGAGAAACCAGTCAAGATGGAAGTTTACAGTACAAAGACGATGAGGATGCGGGAGCTAGAGGTGGTTCCCAGCAACATGTGGGGTGGACAAGGACTTCTGGGAGCCAGTGTTCGTTTCTGTAGCTTTCAAGGCGCTAATGAAAATGTCTGGCATGTTCTTGATGTGGAGTCAAATTCGCCAGCAGCATTGGCCGGACTCCAGGAACATTCAGATTTCATTGTTGGAGCTGACCAGGTTCTGCAAGATTCTGAGGATTTCTTCTCCCTAATTGAAGCCCATGAGGGGAAACCATTGAAGCTGCTGATTTACAATACGGAGACAGATAAATGCAGGGAGGTCATTGTTACACCAAATGGTGCCTGGGGGGGAGAAGGAAGTCTTGGCTGTGGTATTGGATATGGCTACCTGCACCGAATCCCAGCACAACCCGAAGGCCCAAAATCTGAAAAGGTGTCGCTGATGGCGTCTGGTCAGTCATTGAGTGGCATGGATCTTGAAACCCCACTGCCTCCTCCCATTCAGAGAGTCATGGATCCTGGCTTCTCGGATCACTCAGAAGTGGCCTTGATGAATTCGGAAGTTTCAGACATTGCAGATCGACTGGACCTCTCCACTTCTTCCATCGACATGACAAACACATCTCTGGCTGTCAAAGAAGATGCAGACGTATCAGGTGTCGAGGAGCTTCAAGACAGTGATTTCCATAGTGGTGATCCTGAGGAGCAAATTACAGAGGAATATTCTGCAGTGGATTTCAGCTCCTCCATTACACCACCTTCAAATgcttctcctcctctttctctGTCACACTCTCTTCTCCCAAATCCTACTCTCGAGAATAGCGTGCCGACAGACGTGGCATCTTTGATGAATTCTTCAATCCCGCCTCTCGACTCTTCCATACCTGCACTAGACATCTCTTCCCTGCTCATTGACCCCGCCGCTCTTCATTTGGAGTCGTCTGCTCTGCCTGAAGAACATTTCCCCTCAGAAACTGATGGTGTCAGTCAGGGTTTTTCAGAGAAGCCTCAATCATTTGAGGGCCAAGAGGAGCCTGTTTCCTCTGATCTGACCTCATTTGATTCTCATAATGCTGATGTTGAAGCTGAAGCTGCTCTCCAGTAGTGTCAATACCAGGTACAGTCTTGTATCTTGTTTACGTGGTTGCTCAACAATCATCGAGTGTGTGTTTTCTAATGGCTTTGTTACTGTTAGAATCTTGagagtgtgtttttttaatggttgtgtgcaatttattttatttagtggtTTTTGTGCTGATAGGCTTTATTATAGGCTGTTGGAATGAAAGTAGGCCACTGGTTCCTTTTAGATACACGATCTTAATTTAGTTTTATGTTActaagttgaaacctgattaactctGCTTAGATTCCTTAGACTTGTTTAAGTCCCACGGTAAGTTGAAAGTAGCACACTAATCCTTTATTTAATTGACAGTTTGTTctaaatattttagtatttattcagCTACTTCACGAGCACTCATGGATGGCTGCATTCAATTGAATAACTGTAGATTGTGTAGAGTTAAAGGCAGAATATATAAACAGGATCATTGGAACACTGTGACGCAATAGACTTATTTTGTCTAGACAAAACATTACAATAATTTGTTGCTATTTAATCGTTAAGAAGTTTTGCAACATATTgggtttttattgattttctttgGGTGTTTGTAAAGCAAAGCACAGTTTTTAAAATACTGGATGTGGGTTTTGTGTTTTAATCAAATTCTTACTTgttactttgaatttttttcccgCTGAGTACACAGcctttctaattaaaaaaaaattgataacatatatatacagttgaagtcagaattattagcccctctgacgTATTAGCggccgtttattttttccccaaatttctgtttaatggagggaatattgtttcagcacatttctaagcataatagttttagaaacctatttctaataactgaattttttttatctttgtcatgatgacagtaaataatattttacttaatatttttcaagacacttctgtatcgtttaaagtgccatttaaaagcttaactaggttaataaggtgaactaggcaggttagggtaattaggcacgttattgtgtaacgatggtttgttgtgtagactatcaaaaaatagcttaaaagggctaataattttgtcccaaaattgttttttaaaaaatttaaaactgcttttattctagccgtaataaaacaaataagactttctccagaagaacaaatattatctgacatactgtgaacatgtccttgctctgttaaacatcatttgggaaatattaaaaaaagagaaaaaaaatcaaatgggggctaataattctgacttcaactgtatatatatatatatatatatatatgtttatgttttgtgttaTAAGTAGgcctgcacgattaatcgaaagcGATTGTGTTTGCATTTTGTCAGTTAAGCTGGTTCTGTAATCAGTAGGAATGTGCTTTTAAatggagcagcatttactacacagagtCTTAGTTTACTGACAAGCTATGCAAAATCACGTGCATAATCACAGACAATTTAATTGTGTATTTCTAAAATCTGCAGTGTGACCGCTGCTTTCGTTATTTCTAAGTGATCTATGGGTGTGTGTTGCTTCTACACCTGAAAGTATATTAATATACTACATTTAATAacagtataataaataatttcataGTTTTGAGATTATTAGTCGATGAATTAATGAAGGCAGTTAAATCAGCTCTGTTTGATATCTTGAGTCTCTTCTGTTGCGCCGTATTTACAGTTTGTGCATGAGAGTGCCCTGTTAggatttactactgatcacagagCCATGCTTTCCTGACCTGATGTGCATGATAGTTGCAGCTTATGCTAAATTGCGATATCAGTTTCAAATCGATTTGATCACATAGCTTTAGTAAATGAGTGACAACATTTTTGTactcatttaaaacaatattttaaacccCTTACACAAGTGTGTGAATACAAGTGTCTATTGGTTTTGCTGTCAGTGTTTTTTCAATTGCTGTTCTTGTTTTATTCCCCTTATATGTTGTTTGTGAAACAGTAGCACAGTTTTGTTTGATACCTTGTGGACAGACCAAGTTCTAACAATCATGACATTCTAATCAATCATAAAACTAAACAAGGATGAAAGTTTGTATGTGTTGGGTTTATGGTTTATAAGGCTGTGAGTTTGACTATACATGTATCCATAAAAATAATCGATGTACACTTTGGGCTTTAGTTTTTGGGCCTGTCCAAATACCCACATTTGCTTTTTTGGCCACTTGAAGTGTGCACATATCTAAAATCCCACTTCAGAGCAGTTTTTAACGCTAAGTGTATCTCCTCATGCATTATGTTCTGgaaacaaatgataataatagacTTTTTGTCAAGATCTTGCTATAATTTGGTAGGTTCATAGTGCAGAAATGTTTACTCTATCATTTAAAGAAGAACACCacaactattaaattgttttgtttgttatatgaAATATACAGATTTTGTTAGTctaataataaaacagttaaatatcacaaaatataatacaatgtaaattcagatttacagttaatatactttaaaatcgtacaaaataatacatattactCTTTATTATCCTccagcaaaatcctctgagtaaaatttactcagttcagagagtatttggtccctctttatAATAAGGCACACAGGttagtaataagtaaagctgctgtttgttgaTTTGGTTATTGATCGAGTTGAtcttctgctgagattttgagagattcaatttattatatttaaggctgtgactgaagtcagcAGTACATaaagttttgtgtttctcttctgtgtttctgcttaataacagcaggtgttcatcatcagtcctTAATCATCACCTAATAttttcattgtctcattaacttgatTAACAttaactcaatttagagagggaccaaatactattGAAACTGAGTCAATTTCACTTAGAGGATTTTGCTGTTCACCCACTTTATGAACACATAATTTAAATACACGAAAAATATCATTCAAGTAGACATGTGTTTAAGTGACCAAGACTGTAAGTGTGGGTTTGTGGACAGGTCCTTTCTCAGGTGTGTAATTTAGGCTGGAGAGAGTATTGCTATATTCATGCTTAAATGTTAGTTGACAATAGTGTTAAAGCAACACTAGAAAAAGTTGTCAAAGTTATATATTTTGCcacttttaactttttttgacATGTATTCGGTTGTTAATTGTTTTGGATGTTTATTTGTGATTAGTCATTTATTGATCTATGCAAATATGGGTATTGTGTTGAAAATTCAGTGGTGTTAAGATGAAGTGCAACTATCACTGCAACATTTAAGAATAGTGTCATATCTTTACACTTCTCTGTGTCTTGTTGATGGGAAGGTCTGAATAATACAATACCTCTTTGATCTGATGTTCTTAATCATGAAGAGTTTCAGCTATGAATAAAGACTTTATATGTGTCCATTCCTGAAGAAAACATCTCTTTGGGTTAATATTCATTAATGGTACGTTGTTATGGTTATGAGGAAAAACTATTTGacttttttaaagacaaatgtACAGAATATCTGTTCTTCCTgatatgtatatttttgtattgtaatgcTACCAATGCTTGACAAGAAGGTTAAACACAAAAATGGTTTAATTTTACTGCACAAATTGTATTCTTTTGGTTTGTGGGGAAATAACAAAGTGAAAACACTGGAATCGTACATGGCAATAAAAGATCCAAACAATTAA

Function

symbol description
gorasp1a Predicted to be involved in Golgi organization. Predicted to be located in membrane. Predicted to be active in Golgi apparatus. Is expressed in axis; notochord; polster; and solid lens vesicle. Orthologous to human GORASP1 (golgi reassembly stacking protein 1).

GO:

id name namespace
GO:0007030 Golgi organization biological_process
GO:0005794 Golgi apparatus cellular_component

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-030826-23 Predicted to be involved in Golgi organization. Predicted to be located in membrane. Predicted to be active in Golgi apparatus. Is expressed in axis; notochord; polster; and solid lens vesicle. Orthologous to human GORASP1 (golgi reassembly stacking protein 1).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000003068

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00030868 True 5133 mRNA 0.36 9 23808640 23820280

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_015429 csrnp1a coding upstream 3501 23790748 ~ 23805139 (+)
XLOC_015428 NA coding upstream 29211 23772918 ~ 23779429 (+)
XLOC_015427 slc22a13a coding upstream 63350 23731194 ~ 23745290 (+)
XLOC_015425 oxsr1a coding upstream 82035 23677179 ~ 23726605 (+)
XLOC_015426 BX649335.1 coding upstream 128651 23679873 ~ 23679989 (+)
XLOC_015431 si:dkey-24c2.9 coding downstream 3342 23823622 ~ 23837423 (+)
XLOC_015432 NA coding downstream 116255 23936535 ~ 23940330 (+)
XLOC_015433 CR788285.2 coding downstream 192970 24013250 ~ 24014943 (+)
XLOC_015434 NA coding downstream 202518 24022798 ~ 24024448 (+)
XLOC_015435 kcnh2a coding downstream 260414 24080694 ~ 24168670 (+)
XLOC_015422 NA non-coding upstream 199364 23541727 ~ 23609276 (+)
XLOC_015423 NA non-coding upstream 251125 23550186 ~ 23557515 (+)
XLOC_015420 NA non-coding upstream 357239 23450772 ~ 23451401 (+)
XLOC_015437 BX000358.1 non-coding downstream 440937 24261217 ~ 24261296 (+)
XLOC_015440 CR384062.1 non-coding downstream 528309 24348589 ~ 24351040 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000004_07366683_07372144 GORASP1, GORASP1A coding CI01000004 null 7366683 ~ 7372438 (+)