XLOC_017606


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_017606
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007131.7
NCBI id CM002904.2
chromosome length 55201332
location 44563932 ~ 44567256 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00036677
AGTCAGTATGACTTCAGTAGGTTTATTGCAAGCAGAGGTCTTTATATCAGAGTCTCTGTCACAGGCAAAGTGCATAAAACATTTGACATGTAGAACTTAACAGTGCACATTAAGACATACCAGCAATGATGATCAAACACAACTCCATTAAGCTTATGATCTGACTTCTGCATTGATCGATACATGTAAACGTGTATAATAGTGAAGGTTAAAGACTTGGCTTTCGAGTACTGCATTGCATTAGAAAAGGCCAACATATCTGGTTGTAAAAGAACATGtcggaaaaaacaaacaaacttgaaaaTGAGAAGAAACAATTCATCCAAATTTGAAAATACTGCCATTTATTAATCACACATATCATATTTTCAGAGATATTGCAGCCTTACATCTACACCAAGGCAACACTAATACACCCAAAAAAATGCCGGACTCAAAAACTGACTTCTGCTATATTATATTTTCCAATATTGGTTGAACTATTTCCCATATATTTGTGATAGATGACCCTTAAAGATCCCTTTAAGGTCTTAAAGATGTCCAAATGACCCACTtctccaaaatcaaacaaacaaataataaataaataaataaataaagagcgtGCATATGTAAAATACTGGCCTTTATGaagcttaaaggaacactccacattttatttgaaaataggctcattttaaaattCCTTTGGAGTTCAGCATGgttgcagcaggcacaatgatattttGGCTGACTAAAGTAAATATGTTCTGAAGTCTGCACTGTTGCAAGGCACTCCCTCTGTGCAAGCATGTCATCACGTTGGATTATGTTGACGAAGGTTAGCTTATTTTATGGTGCTGCGTAATATTGCGACCTGCTGCAGCAATGGTACTGCAGATTTGTTCCTTGGTAATTTCGCTAAGCTTTCAACCAAATTCAACCAATTGCTTTGCATAATTATTTACTGCTTTGAAGCATTAGAAACAGGGACAAAATCATGTGAATTCAACAAAATTCAATTAGAATTGACTTTTTCAAACATTGTGAACTTGAAAGTATAAACTATAAATGTGCTTATTCTAGCATCTAATATAATATTAAGTGTCTGCataatttttaatagattttctAGACTTACACATTGTTTGTTTCATGGTGGGCTCAAAAAGGGACCATTAACtattattaactaattaaatattataataaattaactaatattaatccttttcacaatgtttttacaaatgtcTCAATTTAAACATCTGCAAACTCGGAAAACTGATTCAAGATCAGGTAAAAACTAGGAAGCCTCTTAAGTGATTCACCACTGAGGGGGTGATCTGAATGAAGCCATGTGATTCATGTGGATCGTAGGGTATTTATTCCCAAGTGGAGAACTATTGAATCATCGAAATGAATAATGGTAATGAGGTAACAAAACCGTTTACCGAGATCCCGTGATCTTGCCGATTTGATACATATTCCGAAAACCACTGATACGAAACAAAAGATTCATAAAGGTTTCGAAGCTTCATGAAGCAGTGCTTCAAAAACAATTATCACTACCGGAATGAGAGTGTAGTTCCTAACCATatcgacctagaaaatagcaacttttcattttctgttgatGTTAGTACACGATGAAACTAgaaaagagtcaagctttaaataggaaaatagtCAAGCGTCTtatttttttgagcaagatgctaa
>TCONS_00036678
AGTCAGTATGACTTCAGTAGGTTTATTGCAAGCAGAGGTCTTTATATCAGAGTCTCTGTCACAGGCAAAGTGCATAAAACATTTGACATGTAGAACTTAACAGTGCACATTAAGACATACCAGCAATGATGATCAAACACAACTCCATTAAGCTTATGATCTGACTTCTGCATTGATCGATACATGTAAACGTGTATAATAGTGAAGGTTAAAGACTTGGCTTTCGAGTACTGCATTGCATTAGAAAAGGCCAACATATCTGGTTGTAAAAGAACATGtcggaaaaaacaaacaaacttgaaaaTGAGAAGAAACAATTCATCCAAATTTGAAAATACTGCCATTTATTAATCACACATATCATATTTTCAGAGATATTGCAGCCTTACATCTACACCAAGGCAACACTAATACACCCAAAAAAATGCCGGACTCAAAAACTGACTTCTGCTATATTATATTTTCCAATATTGGTTGAACTATTTCCCATATATTTGTGATAGATGACCCTTAAAGATCCCTTTAAGGTCTTAAAGATGTCCAAATGACCCACTtctccaaaatcaaacaaacaaataataaataaataaataaataaagagcgtGCATATGTAAAATACTGGCCTTTATGaagcttaaaggaacactccacattttatttgaaaataggctcattttaaaattCCTTTGGAGTTCAGCATGgttgcagcaggcacaatgatattttGGCTGACTAAAGTAAATATGTTCTGAAGTCTGCACTGTTGCAAGGCACTCCCTCTGTGCAAGCATGTCATCACGTTGGATTATGTTGACGAAGGTTAGCTTATTTTATGGTGCTGCGTAATATTGCGACCTGCTGCAGCAATGGTACTGCAGATTTGTTCCTTGGTAATTTCGCTAAGCTTTCAACCAAATTCAACCAATTGCTTTGCATAATTATTTACTGCTTTGAAGCATTAGAAACAGGGACAAAATCATGTGAATTCAACAAAATTCAATTAGAATTGACTTTTTCAAACATTGTGAACTTGAAAGTATAAACTATAAATGTGCTTATTCTAGCATCTAATATAATATTAAGTGTCTGCataatttttaatagattttctAGACTTACACATTGTTTGTTTCATGGTGGGCTCAAAAAGGGACCATTAACtattattaactaattaaatattataataaattaactaatattaatccttttcacaatgtttttacaaatgtcTCAATTTAAACATCTGCAAACTCGGAAAACTGATTCAAGATCAGGTAAAAACTAGGAAGCCTCTTAAGTGATTCACCACTGAGGGGGTGATCTGAATGAAGCCATGTGATTCATGTGGATCGTAGGGTATTTATTCCCAAGTGGAGAACTATTGAATCATCGAAATGAATAATGGTAATGAGGTAACAAAACCGTTTACCGAGATCCCGTGATCTTGCCGATTTGATACATATTCCGAAAACCACTGATACGAAACAAAAGATTCATAAAGGTTTCGAAGCTTCATGAAGCAGTGCTTCAAAAACAATTATCACTACCGGAATGAGAGTGTAGTTCCTAACCATatcgacctagaaaatagcaacttttcattttctgttgatGTTAGTACACAATGAAACTAgaaaagagtcaagctttaaacaggaaaatagTCAAGCTTCTtatttttttgagcaagatgctgatggtctaatccaattcaatgcattttgctaagctaaaagtgcttccttcagacctggagatcagctgagtGGATTCAGAAATGGTAAAAATCAACTGTTTAACTATTAAGAGatatgtaaaatgagcctattttttaatgaaaagtggagtgttcctttaaaagagaAGGATTCATGAAAAGTTACCCACACATGGGGCAAAACCAATATATTTGAGTCTCTGTTTAAAGAAGGAACAGTCAGGAGTGCCCAAATGGAGCATGTGTGTTAACAGGCCTCTGAACGATGACAGCGTTTGCCAAGTCGGCTTCCTCCAAACTCTGAGCCTCATCTGTCAGCTCTCTGAACGGCAGCGATGTGGTCAGGATGAACGGAGTGTCCGTGATCTGAGCCTGCTCCACAAAACGCTGCACATCGCTGATCCTGGATGAATTACAAAAAGCACAGCATCAGTGCATCTTCCCTTTACAGCTGCATCTTAGCATTTATGTTCAAGTCAGAGCCATGCGAT
>TCONS_00036679
ATGACTTCAGTAGGTTTATTGCAAGCAGAGGTCTTTATATCAGAGTCTCTGTCACAGGCAAAGTGCATAAAACATTTGACATGTAGAACTTAACAGTGCACATTAAGACATACCAGCAATGATGATCAAACACAACTCCATTAAGCTTATGATCTGACTTCTGCATTGATCGATACATGTAAACGTGTATAATAGTGAAGGTTAAAGACTTGGCTTTCGAGTACTGCATTGCATTAGAAAAGGCCAACATATCTGGTTGTAAAAGAACATGtcggaaaaaacaaacaaacttgaaaaTGAGAAGAAACAATTCATCCAAATTTGAAAATACTGCCATTTATTAATCACACATATCATATTTTCAGAGATATTGCAGCCTTACATCTACACCAAGGCAACACTAATACACCCAAAAAAATGCCGGACTCAAAAACTGACTTCTGCTATATTATATTTTCCAATATTGGTTGAACTATTTCCCATATATTTGTGATAGATGACCCTTAAAGATCCCTTTAAGGTCTTAAAGATGTCCAAATGACCCACTtctccaaaatcaaacaaacaaataataaataaataaataaataaagagcgtGCATATGTAAAATACTGGCCTTTATGaagcttaaaggaacactccacattttatttgaaaataggctcattttaaaattCCTTTGGAGTTCAGCATGgttgcagcaggcacaatgatattttGGCTGACTAAAGTAAATATGTTCTGAAGTCTGCACTGTTGCAAGGCACTCCCTCTGTGCAAGCATGTCATCACGTTGGATTATGTTGACGAAGGTTAGCTTATTTTATGGTGCTGCGTAATATTGCGACCTGCTGCAGCAATGGTACTGCAGATTTGTTCCTTGGTAATTTCGCTAAGCTTTCAACCAAATTCAACCAATTGCTTTGCATAATTATTTACTGCTTTGAAGCATTAGAAACAGGGACAAAATCATGTGAATTCAACAAAATTCAATTAGAATTGACTTTTTCAAACATTGTGAACTTGAAAGTATAAACTATAAATGTGCTTATTCTAGCATCTAATATAATATTAAGTGTCTGCataatttttaatagattttctAGACTTACACATTGTTTGTTTCATGGTGGGCTCAAAAAGGGACCATTAACtattattaactaattaaatattataataaattaactaatattaatccttttcacaatgtttttacaaatgtcTCAATTTAAACATCTGCAAACTCGGAAAACTGATTCAAGATCAGGTAAAAACTAGGAAGCCTCTTAAGTGATTCACCACTGAGGGGGTGATCTGAATGAAGCCATGTGATTCATGTGGATCGTAGGGTATTTATTCCCAAGTGGAGAACTATTGAATCATCGAAATGAATAATGGTAATGAGGTAACAAAACCGTTTACCGAGATCCCGTGATCTTGCCGATTTGATACATATTCCGAAAACCACTGATACGAAACAAAAGATTCATAAAGGTTACGAAATTTCATGAAGCAGTGCTTCGAAACAGCCATCACTACCGGAATGAGAGTGTAGTTTCTAACCATATCAACCTAAGAAATAGCAACTTCTCATTTTCTGTTGGTCTTCGTACACGATTTAACTAGAGAAGAGTCAAGTTTTAAATAGGAAAAGTATCAAAGCGTTTattttttagcaagatgctaatggtctaatctgatttaataaattatgctaagctaatctaaaagTGCTGCCTCCAGACCACTGATACGAAACAAAAGATCCATAAAGGTTTTGAAGCTTCATGAAGCAGCGCATCGAAAACAGCCATCACTAccggaatgagagtatagttcagAACCATAgcaacctagaaaatagcaacttttcactTTGTTGATCTGTGTACACCATGAAACTAGAGAAGAGTCAAGTTTTAAATAGGAAAAGTATCAAAGCGTTTAtttttttagcaagatgctaatggtctaatctgattcaataaattatgctaagctaaactaaaagtgctccCTCCAGACCATTGAAATGAAGCAAAAGATTCATAAGGTTTCGAAGCTTCATGAAGCAGTGCTTCAAAAACAATTATCACTACCGGAATGAGAGTGTAGTTCCTAACCATatcgacctagaaaatagcaacttttcattttctgttgatGTTAGTACACGATGAAACTAgaaaagagtcaagctttaaataggaaaatagtCAAGCGTCTtatttttttgagcaagatgctaa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00036677 False 1701 lncRNA 0.34 2 44563932 44566462
TCONS_00036678 False 2212 lncRNA 0.36 2 44563932 44567256
TCONS_00036679 True 2253 lncRNA 0.34 2 44563939 44566462

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_017605 CR545466.1 coding upstream 26145 44516163 ~ 44537787 (+)
XLOC_017604 wdcp coding upstream 55541 44498056 ~ 44508391 (+)
XLOC_017603 opn8b coding upstream 216310 44311448 ~ 44347622 (+)
XLOC_017602 opn8a coding upstream 276444 44250691 ~ 44287488 (+)
XLOC_017601 LO018405.1 coding upstream 365117 44198698 ~ 44198815 (+)
XLOC_017607 atad2b coding downstream 15062 44582318 ~ 44792557 (+)
XLOC_017608 CABZ01035143.1 coding downstream 367783 44935039 ~ 44935155 (+)
XLOC_017609 NA coding downstream 857135 45424391 ~ 45425819 (+)
XLOC_017610 hnrnpa0l coding downstream 1052820 45620076 ~ 45622385 (+)
XLOC_017611 NA coding downstream 1098902 45666158 ~ 45669350 (+)
XLOC_017600 LO018405.2 non-coding upstream 424071 44139745 ~ 44139861 (+)
XLOC_017598 NA non-coding upstream 568019 43974533 ~ 43995913 (+)
XLOC_017593 NA non-coding upstream 974151 43588656 ~ 43589781 (+)
XLOC_017613 NA non-coding downstream 1269642 45836898 ~ 45841825 (+)
XLOC_017616 NA non-coding downstream 1326912 45894168 ~ 45896540 (+)

Expression


Co-expression Network