XLOC_019005


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_019005
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007132.7
NCBI id CM002905.2
chromosome length 45934066
location 28816583 ~ 28827128 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00039420
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>TCONS_00039421
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TGTGAGGACTGCAGAgatggagaacacacacacaggtaacATCCAATTCTTGTTCATATCATCCATGCACAATGCTGTTTACCACCAGCACTATTAGCTTCATGAGTctcaaatgaatgaaattgggGGGGCAAAAATGCCCCCTTAATGAAGAGCCACGCTAACTTTGAGCTACTGTGGTTTACATAAGTTATATATGCTTTTTGCAAGTCCGACAACTTTTGGAAGTTCAGTATTGGCCCAATTATTAGTGCTGCCCCAACTGTCCTGACAGGTAATGTGAGCGTATCTCCCTATAATTGGAAAGAAGGGGGGAAATAGCATTTGGCGATACATGCAAATGTACAAAGACCATTTTTAACTGCTCATAACACAGATTTGAAGGAAGACGTAAAGTTTGGTGGTCTGCAGTTTTTTCGCCAAACAATTCCTAACGAGATTGTTTGGTTCGAGCATATGCGAGATGAAGATTATGAGCATGATTTAATGAAGGCTCAATGGCATTGGCCACTTCAGTGGTCTGTCTGAGATGTCCAATTccaaataattgtttgcattgtccTTCACCCAATGGCTGCAATacttgattgtgtgtgtgtgtttgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtgtaggtggacAGAAGGCCTTGGCGTGACCTGCCACAGCCTCTGAGGAAGCGAGCTGACATAATGAGGCCGGTAAACAAGCGGCCGTCACCC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00039420 False 5420 lncRNA 0.37 2 28816583 28827128
TCONS_00039421 True 5718 lncRNA 0.37 1 28821411 28827128

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_019004 zgc:100829 coding upstream 22505 28747069 ~ 28794078 (+)
XLOC_019003 puraa coding upstream 87458 28724099 ~ 28729125 (+)
XLOC_019002 CR749775.3 coding upstream 248489 28535203 ~ 28568094 (+)
XLOC_019001 otub1a coding upstream 303528 28502340 ~ 28513055 (+)
XLOC_019000 cox8a coding upstream 315879 28496194 ~ 28500704 (+)
XLOC_019006 NA coding downstream 112735 28939863 ~ 28943876 (+)
XLOC_019007 ppp3ca coding downstream 131343 28958471 ~ 29075815 (+)
XLOC_019008 ecscr coding downstream 250381 29077509 ~ 29088928 (+)
XLOC_019009 CU463029.1 coding downstream 278870 29105998 ~ 29106120 (+)
XLOC_019010 si:ch211-57b15.1 coding downstream 352759 29179887 ~ 29186128 (+)
XLOC_018999 CR749775.1 non-coding upstream 324824 28491642 ~ 28491759 (+)
XLOC_018996 NA non-coding upstream 960216 27856092 ~ 27856367 (+)
XLOC_018995 NA non-coding upstream 1189784 27614988 ~ 27626799 (+)
XLOC_018986 BX530031.1 non-coding upstream 1481322 27335125 ~ 27335261 (+)
XLOC_018980 NA non-coding upstream 1995468 26819062 ~ 26821115 (+)
XLOC_019012 NA non-coding downstream 459112 29286240 ~ 29317094 (+)
XLOC_019013 NA non-coding downstream 470029 29297157 ~ 29328497 (+)
XLOC_019014 CR847571.3 non-coding downstream 779199 29606327 ~ 29606450 (+)

Expression


Co-expression Network