XLOC_019167


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_019167
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007132.7
NCBI id CM002905.2
chromosome length 45934066
location 42663889 ~ 42677526 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00039489
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>TCONS_00039490
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>TCONS_00039491
GCAGGATAGCGAATCAGAGGAAGAGTTTGAACCTTCCCACTAAGGTAAACCAGCTTGAAGCTTATCACATTATCCAAAGGAGCAGCTGCCTGGAGGAATCAGATGTCCGAGTCCTGTCCAGGTGATTCCTCCAGCACCTGGGCCATGTCAGCAGAAGCGTCCGTCAGCCTGCGGGAAGCGGCACTGACCTCTTTTATGCGCAAGAGAGAGTTTTGAGCAGTCTGTTTGCCTGTTGTGTggactttttttctctttttcttcttttttctttccttttgaCAAGCCAAAGCATGTGCACTCATGCAGACAGCGATACAGACCAACTGGCTGCTTCTGAAATGCTTATGAATCTTCGCTGGAGACAAGAGCAGGAAGACTGCAGCCAGGTTTCATCAACACAATGTGTGACAATGCAAGTTGTTGAATCACCGGAGGAGCGGCACAAACCATTCTCGCTTGGTAAACATGCCATTTAAAAAGGAATATATCACAATAATGCACTGCAATGCGATTCAGATGAGAGCTTGGCTCAGTGTTCCCTTCAGATTATTTCGTTTACCGAGTTGAACAGCTGCTTATGTGTCATTGTGATGTGAGCACCAGATTAAACAGACGGCATTCTGGacattcatttattaaacacatttttttttcaagatttttgtGAATGGTGTCACAGTTtcgtatttattttgttgttgttgttgtcattttgtagtttttttaatattaattgatGTTTCTTTTCAGCGAAGCAGTGgcaaagtaggtagtgctgtcacctcatagcaagaaggtcactggttcgagcctcggctgggttagttggcatttctgtgtggagtctgtaaattgtccatagtgtatgtatgtgtgtatgggtttcccagtgatgggttgcggctggaagggcatctgctgcgtaaaataaatgctggataagtggttcattctgctgtggtggcccCAGATTAATGAATGGACTTTATCTggctgaaaagagaatgaataattgaatatttcttttctttagactaaaggctcctacacaccgggacgcttttcgtttttgtgtttatcgtcagcgttttacgagacgtatTTCAGTATTCAGACCCAAGCGCTTTCACTgacgtcaagcagaagagtatgcaaaatcactcttttgacgttagatggcgctgcacaactttttagcttctgacacccgcttataacacaggagaagaggaggagaggaagttcacacgtttgttgataaagttactggtgactcgaacaatcATGGATTATCAAAGCAGCAGCTCCAGATCTAGAGATAAAGAAATGATTAGTGATcacaagagcaataagcagctccacgttcatctCGCCTCTGGGTGTcgtcttcaatgtgcgctcgcattgacagttttgcacttgagcgcctccaagtgttAATTACtataacttcagcagctctgcacgtgaacaaaagtggcgatctgattggtggagaaggttttattctccaccaaaaaaaaaaaacaagcatgaggcgtttttttttttaaatgacgcttttgcgcctgccgttttgcaCGGTGGTGTGCACGATCGAATTGACGACCGTTATTTAGtcgcgaggcgttaaacgtcgatgaaaaacgcgagcaaaaaaagtcttggtgtgcacgggccttaactCCGCCTTGCACCTGTCGTTAATCAGGATTGTCGGCTTTATAAGCGGAAGCTGAGTGTGCATTTGGGTGGCTCTTTGTTTTCCAGCACGTGTCTGACTGATCCTCTTGTTTTTGCTCTGCTGAGAGCAAGACCTGGGGCTTGTTTCAGTAAGAAGGTTCAAcaaactcggagtttaaacttgaactctgagttgactaAACGAAAGATTAAAAACCATggcaagtgcacttttaaatttattaaaactgatcaacatgtataaaagtgggaacgtccctgctgaaaaattcagcttaacccagcctaggctggttggctggttttagctggttgaccagcctgattttagaggagttttggccacttccaggctggtttccagccatttccagcctggtcttagctggtcaggctggaaaatgaccagctaaaaccagcaaaccagcCTAGGAAGGAACAATTCGTCCTTTCAGCGTCAAGGTTAGTCTGAACCCCCCTCCGTTGCACTTGAAGAAAAGGCTGTTATACATTATTCAATACTAGTTTAAGGGGAACATGTAAAGAACAACTGGTTTCTTGTTAAATGCTGTGTTTTTAAGGGCAGGAAATTGGCTGCTCCCATTTGCGGGTTGAAATGCCGTGGTTCTTGTGCTCTTTAAAGTGGGTTAGAGCGGTGGCTGTTCATTTGTCATCCACGAcaatgtgattaatcatgatggGGCCGGTGTTGAATCCCCATTGGGCTGCGTTCACCAGGTGGCTCATCCAACTGAATGTCATTGCTCAGCCTCAAGGAGCTCAGTGTGTCTCCTGGAAATCTGTCAATCAAGTGAGCCGGTTCAAAGCGGTTCTTGATTGTTTCGGTTCTCACTTTTGAACACAGTGCTTGATTGCAAGTCAGAAAATctggttttgttttttaatgcacaATACCGCGTATAATTCGctaatgcatattattattaagaaaaacTGTGATGTGATTTGTTCCCCCAGATCCCATAAGTGTCCAAACCTGCTCCTGGCTGTCCAACAGAGCTTAGTTTCTTCCCTAATTCACTGGAATCCATTGGAAACCCTTAGGCAAGAGTGTTGAGGCTTATTTGCAGGACAGTCATTTTCCATTCAACAAGAAGTCAAGGTGATTTTTCTCAATTACATTGCCTAAGTCATTGGACATTACATTTTTAACTGACACAAGCTGCAACTTGCACGGGATATCTCAAAACTCGAATCTAATAGACAGCTATAATCACGTTCAATCGTTACTAACATAGCTCAATGAATTAGCTTGATTTCAGCATGGTATTGATCTGGGTGTTTGATAGGAAACATccttcatgattttttttatatgtgttaGGGCTGGCCAATATGACTAAAACCTCATAACTCTTATCCTGATAACGATACATATCAAAGCAATACATTTTCTGTAAATTAAATGAAGTAGTAGTTTATATA
>TCONS_00039202
ACTAACATCTTCTACATTCAACTTCATATGTAGGTAAACCAGCTTGAAGCTTATCACATTATCCAAAGGAGCAGCTGCCTGGAGGAATCAGATGTCCGAGTCCTGTCCAGGTGATTCCTCCAGCACCTGGGCCATGTCAGCAGAAGCGTCCGTCAGCCTGCGGGAAGCGGCACTGACCTCTTTTATGCGCAAGAGAGAGTTTTGAGCAGTCTGTTTGCCTGTTGTGTggactttttttctctttttcttcttttttctttccttttgaCAAGCCAAAGCATGTGCACTCATGCAGACAGCGATACAGACCAACTGGCTGCTTCTGAAATGCTTATGAATCTTCGCTGGAGACAAGAGCAGGAAGACTGCAGCCAGGTTTCATCAACACAATGTGTGACAATGCAAGTTGTTGAATCACCGGAGGAGCGGCACAAACCATTCTCGCTTGATCCCATAAGTGTCCAAACCTGCTCCTGGCTGTCCAACAGAGCTTAGTTTCTTCCCTAATTCACTGGAATCCATTGGAAACCCTTAGGCAAGAGTGTTGAGGCTTATTTGCAGGACAGTCATTTTCCATTCAACAAGAAGTCAAGGTGATTTTTCTCAATTACATTGCCTAAGTCATTGGACATTACATTTTTAACTGACACAAGCTGCAACTTGCACGGGATATCTCAAAACTCGAA

Function

GO:

id name namespace
GO:1905332 positive regulation of morphogenesis of an epithelium biological_process
GO:2000543 positive regulation of gastrulation biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00039489 False 3176 lncRNA 0.43 2 42663889 42677526
TCONS_00039490 False 3209 lncRNA 0.42 2 42664072 42677526
TCONS_00039491 False 3150 lncRNA 0.43 2 42664898 42677526
TCONS_00039202 True 686 lncRNA 0.45 2 42674388 42677296

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_019166 GABRB2 coding upstream 289661 42226113 ~ 42374228 (+)
XLOC_019165 NA coding upstream 509433 42150564 ~ 42154456 (+)
XLOC_019164 NA coding upstream 613462 42043839 ~ 42050427 (+)
XLOC_019163 NA coding upstream 760361 41895144 ~ 41903528 (+)
XLOC_019162 rnf14 coding upstream 801810 41837610 ~ 41862079 (+)
XLOC_019169 si:ch1073-204b8.1 coding downstream 31095 42708621 ~ 42715847 (+)
XLOC_019170 sh3pxd2b coding downstream 39898 42717424 ~ 42780082 (+)
XLOC_019171 CABZ01024683.1 coding downstream 163430 42840956 ~ 42841071 (+)
XLOC_019172 NA coding downstream 200262 42877788 ~ 42887367 (+)
XLOC_019173 CU462980.1 coding downstream 214092 42891618 ~ 42985641 (+)
XLOC_019160 dre-mir-146b non-coding upstream 1023831 41639979 ~ 41640058 (+)
XLOC_019159 NA non-coding upstream 1061907 41598139 ~ 41601982 (+)
XLOC_019174 CU459082.1 non-coding downstream 381722 43059248 ~ 43059365 (+)
XLOC_019175 NA non-coding downstream 454693 43132219 ~ 43134435 (+)

Expression


Co-expression Network