XLOC_022475 (hbs1l)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_022475
gene name hbs1l
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 31764061 ~ 31810391 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

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AATCCACTGGGATTAGATgtctttaatttatattttttaacaacagGCCGGTTGTATTCCTGTTTGGATCAGATGAGGACCGTACTGGGAGACTCAATTCCAGACTCCACATTGACTCAGGCAGCTCTTAAATATGACTGTGATCCTCACCGAGCCCTTGATTTCATTCTGAGCGAGAACACCAATACACAAGCCCCTTCTGCCAGAACCAACCCACAGCTGGAGCCTAACACCACAGCTGCACCACagaaagGAGCCTTATTTCCTCTCTTACACAACAGTAATAAGACTGTATCCAGTGCACATTCATGCAAACCCCTAAAACAAAATCCATCATACAACCTCAGTGATCTGTTAGCAGTGCCCGAGCCAAACATGACCAAACCTAAAGCTCAAAATCCTCCCCCTGGTTTTGGAAGTTTGGCAAAAGACCATTTAAAAGGAGTTTCAAGTCACAATTTGGGCAATGGGCAGTCAACTACTGGACAGAGTTCACTTGCTCATCTAATAGCTCAGCATGAGCACAAGCATTCAACTGTTCCTCCTCTAGTTCCCTCCACTGGTCTCTCAACGGATTACACAATTCCCCTCACAACCAGTCCTCTTGGCTCTTTTAATGGTCCGTCTGGCCCACTTTCTACAC

Function

symbol description
hbs1l Predicted to enable GTPase activity. Predicted to be involved in translation. Human ortholog(s) of this gene implicated in beta thalassemia. Orthologous to human HBS1L (HBS1 like translational GTPase).

GO:

id name namespace
GO:0006412 translation biological_process
GO:0003924 GTPase activity molecular_function
GO:0005525 GTP binding molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-030131-2987 Predicted to enable GTPase activity. Predicted to be involved in translation. Human ortholog(s) of this gene implicated in beta thalassemia. Orthologous to human HBS1L (HBS1 like translational GTPase).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000036778

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00044331 False 7444 mRNA 0.38 17 31764061 31810391
TCONS_00044330 False 7535 mRNA 0.38 16 31764061 31810391
TCONS_00044332 False 2424 mRNA 0.49 18 31768417 31810228
TCONS_00044333 False 1204 mRNA 0.49 5 31802842 31810222
TCONS_00044334 True 643 processed_transcript 0.45 2 31803082 31804360

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_022473 aldh8a1 coding downstream 308 31752604 ~ 31763753 (-)
XLOC_022474 BX927365.2 coding downstream 9193 31754752 ~ 31754868 (-)
XLOC_022472 BX927365.1 coding downstream 46351 31693368 ~ 31717710 (-)
XLOC_022471 sgk1 coding downstream 70752 31640239 ~ 31693309 (-)
XLOC_022470 slc2a12 coding downstream 130751 31608259 ~ 31633310 (-)
XLOC_022476 mtfr2 coding upstream 90959 31901350 ~ 31913289 (-)
XLOC_022477 si:dkey-126g1.7 coding upstream 110449 31920840 ~ 31932076 (-)
XLOC_022478 ormdl2 coding upstream 151992 31962383 ~ 31969786 (-)
XLOC_022479 BX927210.1 coding upstream 161993 31972384 ~ 31974060 (-)
XLOC_022480 NA coding upstream 196514 32006905 ~ 32007796 (-)
XLOC_022466 NA non-coding downstream 340539 31420811 ~ 31423522 (-)
XLOC_022461 NA non-coding downstream 497440 31253300 ~ 31266621 (-)
XLOC_022458 NA non-coding downstream 843050 30906424 ~ 30921011 (-)
XLOC_022482 NA non-coding upstream 300927 32111318 ~ 32141320 (-)
XLOC_022484 CU469363.1 non-coding upstream 329452 32139843 ~ 32139958 (-)
XLOC_022489 NA non-coding upstream 537608 32347999 ~ 32352704 (-)
XLOC_022492 NA non-coding upstream 598387 32408778 ~ 32570699 (-)

Expression


Co-expression Network