XLOC_033491


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_033491
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007118.7
NCBI id CM002891.2
chromosome length 74282399
location 11689658 ~ 11819578 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00065542
AAACAATGCAGTACCACAACAGCCAATCACAAAACAAGAGTTACCACAGATGCCAAGCGACCAATCAAAGGAGAGAAAGAAAAACGTTCACGCTACGCTACCAATATTTTGAATGGTTATTTGGAGTAAAACATAGGACAAACAATCTGAAAGAACGCTCTGATGTTTATATGCAGTTAACGTTATTTATGGAAACAGCAGGTTGAAGAGTCTATTTTACACAAACACCCTGTTGGCGTATCTAAAGGCTTTTGCATCGTTACAGAAAACTTTATCGTTAACTTGCCTGGATTCTCAGCTGACGACCAACGAACGCGTTCAAGATGGCGGCGAGGTTTTCACGAGGACAGACGAAACACTGGAACGGATTACTACAGGATTCTCATCAGAACGGCGTTACATCTGCCCTCTACCTCCATTACTTCCATAGAGCATTGTACTTTCCTCTCCGACTGAAGGACATTACAGGAGTAAAGGTTGCCAGGAAAAATAAAGCTGTCGGCTGAATTTGGAATGTTGGAAAATGAATCGACTGCCAGCAAACAAAGAGATGTAGTCAACCGTTTGCATTGAGTGCTGCGATTGGTTGGAGGGACAACCTTGTAGCAGAGCACCTAAACAACCAGCACACTCCAGTAGGACCTTGATTAGTTCACAAGTGCCAGTTGTGTATTAAACCTGCAGTGCTTGCCTGCTGTGTCTGATAACATGACTAAACGGGAATGTCAATTGTAGAGAACATATTTAATTTGAACACATAGGAACACAAAAATATTGTAGCAAATGACTAATGGATGCCTGTACACATTTTCAGtagtgtttatttgttacttgatTACATTTGTTTTAGTCCTGACTTGCTATGCATTAACAACAGCTatgtttacatacagtataattAGATTGATGGTTCAGATTTAAAAGCATTCATGTAAACATCTTCATTGATCAGATTGAACTTAATCCGAATGAAATTTCAATTGTATTGAAAGCTATTGgacttgttttctttttctgagcTGTTTCAGCAGTTAAAAAAGACCTTAATCACTTTCTCAATCATATTCAGAAGTAACCAGGACACATGCAAAGTGCAATGTAATTTAGACAGGCATTAACCTGAGCATATTTCGATAAGTGCATGATAAATCATGTAAAATCATTGGCTGCATATTTTTATTAGACTtcttaatgatttttaaaaattatttatttcaaaaaacGAGCCATAAACTAAATAATTACACATTAGCCATATAGataatttatttagaataaaaaaatgcagtaGAAGTAAAATATTAGAATTAACACACAGCAGACACTGGAAAAAAATACCattttattcaaatgtatttctATTTTCAGACACTATAAACtacaataaaacatacaaaaacatttgTATATACTTATTTATATTCATCCTAAtctttattaaatacaaaataattgtatttaattgtatataaacagataatttaatcagattacaATGTTTAGTGTACATGTAAGccagagttgggtgtaacacATTTCACAGTAGTATGTTATTGTATTTGGGGG
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>TCONS_00068785
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>TCONS_00065541
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>TCONS_00068786
AAAACGTTCACGCTACGCTACCAATATTTTGAATGGTTATTTGGAGTAAAACATAGGACAAACAATCTGAAAGAACGCTCTGATGTTTATATGCAGTTAACGTTATTTATGGAAACAGCAGGTTGAAGAGTCTATTTTACACAAACACCCTGTTGGCGTATCTAAAGGCTTTTGCATCGTTACAGAAAACTTTATCGTTAACTTGCCTGGATTCTCAGCTGACGACCAACGAACGCGTTCAAGATGGCGGCGAGGTTTTCACGAGGACAGACGAAACACTGGAACGGATTACTACAGGATTCTCATCAGAACGGCGTTACATCTGtcttacctgctttctggaaaggTTCTTTGACTGACTCAGTGGTCAACTCTGCTCCAGGTCACAAGTCTCCGGATGTACATAGCGagccactgaacaaactggtaacagcgcaaaagccgtccatacagaggtaaatGGTCAGCTGATTAGCGTGAAAAGGAACTGTGTCATACCGCCCTGTTGCGTTCGTTCTAAAGATAAAGTCATACATAGCTCTGTCCACACAATTCACCATCTtcagaaatgtactgtatatagggctacttttTTAGAATGATTCTGTGTTGGTCTTAGGTGTTAGAGACATTATATATTTTGCCGTTGACAGTAATATATAccgaaaaaaaagattttagatagaTTTGGATAAAAATAAACTGATATCAATTTTCtggataaaataaacaatttgaaaATCGTTTTAAACAACACACTCCAAAAAAGTGCTAAAAAAGTAGCTTGCAATTTGGGGAGTACCATTTAAAGGACATCATATACCTTAACAAGGTGCACATTAGTACTATTTTTTACATTAAGGTACAAATATGAACCTTTTTTGTGATTGATAAGGTACAAAGATATTCTTTTAAGGGTACTGCCTCAGTGACAAACATTTTTCTGTCAAACAAGTGCAATGTGCAATATACAGTACACAATGTACATTTCTTTCATCCTTTCGTTTGTTTGTTGTCATAAACATTATGCTAggcttaattaaaaaataaaacctgtaaaaaaatatttataataaacacatacacacagagttgaagtcagaaatattagccctcctgaattaaaac
>TCONS_00065543
GACAAACAATCTGAAAGAACGCTCTGATGTTTATATGCAGTTAACGTTATTTATGGAAACAGCAGGTTGAAGAGTCTATTTTACACAAACACCCTGTTGGCGTATCTAAAGGCTTTTGCATCGTTACAGAAAACTTTATCGTTAACTTGCCTGGATTCTCAGCTGACGACCAACGAACGCGTTCAAGATGGCGGCGAGGTTTTCACGAGGACAGACGAAACACTGGAACGGATTACTACAGGATTCTCATCAGAACGGCGTTACATCTGGCACAGGATggcaacatgacgtcagattgaagtTGTACGCTAATGTCATGGGATGTTGCATTTGGTTTGGAAATGAAAGTCGAGTttacatcagaacccaacatcaaaccaacgtcaatgtccaacatcagaCAGACAATGCATTCTGGttgctttccaacacaacctaaaaacaacaaaatatcaatgtatattaatgttacagcttaacgttgtgtggatgttactaaaatgtattttaattgccatacttaacaaataaatgcctgtatttgacatcaa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000099543

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00065542 False 1566 lncRNA 0.35 3 11689658 11734096
TCONS_00068784 False 1178 lncRNA 0.37 3 11689677 11819578
TCONS_00068785 False 1528 lncRNA 0.34 3 11689685 11734096
TCONS_00065541 False 1007 lncRNA 0.43 3 11689691 11704566
TCONS_00068786 False 1128 lncRNA 0.36 3 11689738 11819578
TCONS_00065543 True 551 lncRNA 0.39 3 11689794 11694022

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_033489 il16 coding upstream 64825 11459235 ~ 11624833 (+)
XLOC_033490 NA coding upstream 94142 11593801 ~ 11595516 (+)
XLOC_033488 tlnrd1 coding upstream 296465 11390462 ~ 11393193 (+)
XLOC_033486 cemip coding upstream 347047 11197022 ~ 11342611 (+)
XLOC_033487 CR847996.1 coding upstream 476134 11213408 ~ 11213524 (+)
XLOC_033492 NA coding downstream 49056 11868634 ~ 11869584 (+)
XLOC_033493 CU914775.1 coding downstream 352551 12172129 ~ 12172246 (+)
XLOC_033494 saxo2 coding downstream 551483 12371061 ~ 12380200 (+)
XLOC_033495 cx36.7 coding downstream 1015470 12835048 ~ 12836225 (+)
XLOC_033496 CABZ01068862.1 coding downstream 1033525 12853103 ~ 12853217 (+)
XLOC_033485 NA non-coding upstream 654045 11034549 ~ 11035613 (+)
XLOC_033482 LO018300.1 non-coding upstream 1006051 10683487 ~ 10683607 (+)
XLOC_033481 NA non-coding upstream 1008002 10667471 ~ 10681656 (+)
XLOC_033501 CU571326.1 non-coding downstream 1520565 13340143 ~ 13340268 (+)
XLOC_033509 NA non-coding downstream 1978066 13797644 ~ 13800139 (+)

Expression


Co-expression Network