RNA id: TCONS_00065543


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00065543
length 551
lncRNA type lincRNA
GC content 0.39
exon number 3
gene id XLOC_033491
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007118.7
NCBI id CM002891.2
chromosome length 74282399
location 11689658 ~ 11819578 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GACAAACAATCTGAAAGAACGCTCTGATGTTTATATGCAGTTAACGTTATTTATGGAAACAGCAGGTTGAAGAGTCTATTTTACACAAACACCCTGTTGGCGTATCTAAAGGCTTTTGCATCGTTACAGAAAACTTTATCGTTAACTTGCCTGGATTCTCAGCTGACGACCAACGAACGCGTTCAAGATGGCGGCGAGGTTTTCACGAGGACAGACGAAACACTGGAACGGATTACTACAGGATTCTCATCAGAACGGCGTTACATCTGGCACAGGATggcaacatgacgtcagattgaagtTGTACGCTAATGTCATGGGATGTTGCATTTGGTTTGGAAATGAAAGTCGAGTttacatcagaacccaacatcaaaccaacgtcaatgtccaacatcagaCAGACAATGCATTCTGGttgctttccaacacaacctaaaaacaacaaaatatcaatgtatattaatgttacagcttaacgttgtgtggatgttactaaaatgtattttaattgccatacttaacaaataaatgcctgtatttgacatcaa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000171902

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00068783 lncRNA upstream 94278 11593801 ~ 11595516 (+) True XLOC_033490
TCONS_00068782 lncRNA upstream 654181 11034549 ~ 11035613 (+) True XLOC_033485
TCONS_00065529 lncRNA upstream 888908 10732411 ~ 10800886 (+) False XLOC_033483
TCONS_00068787 lncRNA downstream 174612 11868634 ~ 11869584 (+) True XLOC_033492
TCONS_00065557 lncRNA downstream 1548614 13242636 ~ 13310989 (+) False XLOC_033500
TCONS_00068556 lncRNA downstream 1643136 13337158 ~ 13338283 (+) True XLOC_033500
TCONS_00065562 lncRNA downstream 1761889 13455911 ~ 13471148 (+) False XLOC_033502
TCONS_00065564 lncRNA downstream 1787313 13481335 ~ 13484788 (+) True XLOC_033502
TCONS_00065540 mRNA upstream 64961 11583266 ~ 11624833 (+) True XLOC_033489
TCONS_00065538 mRNA upstream 105836 11459235 ~ 11583958 (+) False XLOC_033489
TCONS_00065539 mRNA upstream 109046 11543999 ~ 11580748 (+) False XLOC_033489
TCONS_00065537 mRNA upstream 296601 11390462 ~ 11393193 (+) True XLOC_033488
TCONS_00065535 mRNA upstream 347183 11197940 ~ 11342611 (+) True XLOC_033486
TCONS_00065545 mRNA downstream 677039 12371061 ~ 12380200 (+) True XLOC_033494
TCONS_00065546 mRNA downstream 1141026 12835048 ~ 12836225 (+) True XLOC_033495
TCONS_00065548 mRNA downstream 1233922 12927944 ~ 12936708 (+) False XLOC_033497
TCONS_00065549 mRNA downstream 1237374 12931396 ~ 12936398 (+) True XLOC_033497
TCONS_00065550 mRNA downstream 1256485 12950507 ~ 12956434 (+) False XLOC_033498
TCONS_00065536 other upstream 476270 11213408 ~ 11213524 (+) True XLOC_033487
TCONS_00065525 other upstream 1006187 10683487 ~ 10683607 (+) True XLOC_033482
TCONS_00065522 other upstream 1107169 10578349 ~ 10582625 (+) True XLOC_033479
TCONS_00065516 other upstream 1441607 10248072 ~ 10248187 (+) True XLOC_033477
TCONS_00065503 other upstream 2384213 9290965 ~ 9305581 (+) False XLOC_033469
TCONS_00065544 other downstream 478107 12172129 ~ 12172246 (+) True XLOC_033493
TCONS_00065547 other downstream 1159081 12853103 ~ 12853217 (+) True XLOC_033496
TCONS_00065558 other downstream 1646121 13340143 ~ 13340268 (+) True XLOC_033501
TCONS_00065588 other downstream 2522948 14216970 ~ 14266258 (+) False XLOC_033514
TCONS_00065590 other downstream 2587071 14281093 ~ 14281225 (+) True XLOC_033515

Expression Profile

//