XLOC_036363 (si:ch73-222f22.2)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_036363
gene name si:ch73-222f22.2
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007119.7
NCBI id CM002892.2
chromosome length 54304671
location 19213867 ~ 19216684 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00071072
ATTACCGAGCCCCATTCAAGCACTGCAGCAGAGAGCGTTGTCATGGAAACGGAGCAACGACACGACACCTGACCGTCAACAGCACTTCTCTCATGCGGCAGTTTTCACtaatttcagGATTGACAAAATTACCCCTACAACAGAAGAAAAGAGCCAAGATGAAGGGAGCTAATCACAGAGCTGGAGGAAACACAGATTTTGGATCGTCCTCCACTCACTCTACCACTTTGTTTTTCCTTGCCAGACTTCATTCAAGGATAAGAAAGAAGCCTGCTACAAGAGAGACAGCGGAAGGGAGCCTCAAAGACATTTTTATTAGGATCTGCTAATCATGAGGGGGCAGACAAAAGAACctgcattttccttcagcttaatatcaggggtcaccacagcgtaaggAACTGGATAttactttggcatatgttttacacagccttccagctgcaacccagcactgtgaaacacccatacactctcgtatTCACAGACACTTCTACACTATgttcaaattcacctatagcacaagtgtttggactgtggtggaaacccacaccaaaacagggagaacatgcaaactccacacagaaatgccagcggacccagccgggactcacaccagcaacctttttgctgtgaggtgacagtctgagccactgtgctgccccagtGTAGTTATTAATAACCTCCAGATGTTTTACAGTttgattttgtaataataatgcaCGTTTAGATTTattgtaatatgttaatatttattcgcaatgtaatttatttttatgttatttataataacGTTAAATGTCATAAGAAtggtataatttaatataatattataataaataattataataatgttaaaatataaataatactaatttttttaatagtttatttttataatgagaaGTCTCAAAGTTTGTCTTTATTATAGAAAACTCATTGTTGAATGGCtaccactttacaataagattgtatgtattatttaatgtatttactaacataataaacaatacatttattacagtatttattcatctttgctaatgttggtaaatggtaaaaagttgttaattgtttattcatgttaactcgcaatgtattaactaatgttaacaagcatgactgattttattaatgcattagtaaatgctgtacatAAATTATGCTGTACAGGTATTGTTCATATTAGTTCATATTTAAACCATGAACATTACttataaaactactgtaaaatgtaactgttgtatgtatgttgttatattatatttgtatgtattttatatgtattttatatttattttgttatatttgttaacgtatgtgtttttgaaacatttcattaagtgtttaatgtatgttcgttatgcagtattataaataaatgttataatgatTA
>TCONS_00071073
AAACGGAGCAACGACACGACACCTGACCGTCAACAGCACTTCTCTCATGCGGCAGTTTTCACtaatttcagtgctcTGTGGTTTCAGGATTGACAAAATTACCCCTACAACAGAAGAAAAGAGCCAAGATGAAGGGAGCTAATCACAGAGCTGGAGGAAACACAGATTTTGGATCGTCCTCCACTCACTCTACCACTTTGTTTTTCCTTGCCAGACTTCATTCAAGGATAAGAAAGAAGCCTGCTACAAGAGAGACAGCGGAAGGGAGCCTCAAAGACATTTTTATTAGGATCTGCTAATCATGAGGGGGCAGACAAAAGAACctgcattttccttcagcttaatatcaggggtcaccacagcgtaaggAACTGGATAttactttggcatatgttttacacagccttccagctgcaacccagcactgtgaaacacccatacactctcgtatTCACAGACACTTCTACACTATgttcaaattcacctatagcacaagtgtttggactgtggtggaaacccacaccaaaacagggagaacatgcaaactccacacagaaatgccagcggacccagccgggactcacaccagcaacctttttgctgtgaggtgacagtctgagccactgtgctgccccagtGTAGTTATTAATAACCTCCAGATGTTTTACAGTttgattttgtaataataatgcaCGTTTAGATTTattgtaatatgttaatatttattcgcaatgtaatttatttttatgttatttataataacGTTAAATGTCATAAGAAtggtataatttaatataatattataataaataattataataatgttaaaatataaataatactaatttttttaatagtttatttttataatgagaaGTCTCAAAGTTTGTCTTTATTATAGAAAACTCATTGTTGAATGGCtaccactttacaataagattgtatgtattatttaatgtatttactaacataataaacaatacatttattacagtatttattcatctttgctaatgttggtaaatg
>TCONS_00071074
AGATTTTGGATCGTCCTCCACTCACTCTACCACTTTGTTTTTCCTTGCCAGACTTCATTCAAGAAAGAAGCCTGCTACAAGAGAGACAGCGGAAGGGAGCCTCAAAGACATTTTTATTAGGATCTGCTAATCATGAGGGGGCAGACAAAAGAACctgcattttccttcagcttaatatcaggggtcaccacagcgtaaggAACTGGATAttactttggcatatgttttacacagccttccagctgcaacccagcactgtgaaacacccatacactctcgtatTCACAGACACTTCTACACTATgttcaaattcacctatagcacaagtgtttggactgt
>TCONS_00071075
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>TCONS_00071076
GCAGAGAGCGTTGTCATGGAAACGGAGCAACGACACGACACCTGACCGTCAACAGCACTTCTCTCATGCGGCAGTTTTCACtaatttcagGATTGACAAAATTACCCCTACAACAGAAGAAAAGAGCCAAGATGAAGGGAGCTAATCACAGAGCTGGAGGAAACACAGATTTTGGATCGTCCTCCACTCACTCTACCACTTTGTTTTTCCTTGCCAGACTTCATTCAAGAAGCCTGCTACAAGAGAGACAGCGGAAGGGAGCCTCAAAGACATTTTTATTAGGATCTGCTAATCATGAGGGGGCAGACAAAAGAACctgcattttccttcagcttaatatcaggggtcaccacagcgtaaggAACTGGATAttactttggcatatgttttacacagc

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000094271 ENSDARG00000095763

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00071072 False 1396 mRNA 0.33 4 19213867 19216684
TCONS_00071073 False 1026 lncRNA 0.36 4 19214207 19216638
TCONS_00071074 False 339 processed_transcript 0.44 2 19214725 19215684
TCONS_00071075 False 416 mRNA 0.44 3 19214725 19216180
TCONS_00071076 True 397 processed_transcript 0.45 4 19214829 19216657

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_036362 sema6bb coding downstream 161961 18936603 ~ 19051906 (-)
XLOC_036361 rorca coding downstream 314440 18885108 ~ 18899427 (-)
XLOC_036360 sh3gl1b coding downstream 333468 18842278 ~ 18880399 (-)
XLOC_036359 NA coding downstream 440858 18771607 ~ 18773009 (-)
XLOC_036358 stap2b coding downstream 546174 18650414 ~ 18667693 (-)
XLOC_036364 abhd17ab coding upstream 15554 19232238 ~ 19246342 (-)
XLOC_036365 zgc:77486 coding upstream 36521 19253205 ~ 19266413 (-)
XLOC_036366 zgc:77486 coding upstream 51790 19268474 ~ 19280856 (-)
XLOC_036367 rgl1 coding upstream 66459 19283143 ~ 19342111 (-)
XLOC_036368 colgalt2 coding upstream 147884 19364568 ~ 19395110 (-)
XLOC_036356 NA non-coding downstream 614511 18594067 ~ 18599356 (-)
XLOC_036355 AL844185.2 non-coding downstream 629060 18584693 ~ 18584807 (-)
XLOC_036336 NA non-coding downstream 1428956 17777860 ~ 17784911 (-)
XLOC_036335 NA non-coding downstream 1552673 17659597 ~ 17661194 (-)
XLOC_036374 NA non-coding upstream 769158 19985842 ~ 19989233 (-)
XLOC_036380 NA non-coding upstream 1190969 20407653 ~ 20413849 (-)
XLOC_036381 BX511253.2 non-coding upstream 1198162 20414846 ~ 20414961 (-)
XLOC_036382 BX511253.1 non-coding upstream 1231437 20448121 ~ 20455202 (-)
XLOC_036384 BX004774.1 non-coding upstream 1625450 20842134 ~ 20844502 (-)

Expression


Co-expression Network