XLOC_037988


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_037988
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 34069736 ~ 34083226 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00075405
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>TCONS_00074545
gttggtATCGGCCGACTGAATAAATCTGCACCGTGCGGAGTTGGTCGGGTATTTGCCAGTCGAAAGTCGATGATAACAGATGGTGGATCTCCTCGGTTCAACTCTTGGTTTTTACTCGACAGAATTGCTACAATAATGCTAGGATCCACAGATTGTGCGGCTCCATTTGATCCAGtttcaagacctgtgaagagaggAGGCCAATGCAGCGAGAACTTCAAGATCAGCAAAATTACTGTAATGATCAGATCATATGAAGGCATCTCAAGCATTTGTGGTTCCATCCTGTTTCCAGTTGCAGCGACCTCAACAGCCCGTAAAAACTAGAATCAGAAAGATGGTGAATTGTGTGTGATATCTGGACAGCAGCCCTGAATTAAGCTCCACATTCAAGACGAACATGAAAAGGAATGCCTGTCCTGGGGCTTCTAGAGATTACGCAGcaccattgatgtgatccaagaactgtaaagagatgatgccaaccattgaAGACTtcgaggacaacacatacacatcattaaatatgcacacatagacatcacctacagttaaagtcagaattattagcccccctttgaattttatttttaaaatattttccaaattgttTAACGACAAGAAAGTGTTTACAGCATGTCAGatcatatatttttcttctggagaaagtcttatttgctttatttcagctagaataaaagtagttttaattaaaaaaacaaaacaaaacattttaaggtcaatatgattagcctctttaagccaTGTTCTTtccctgatagtctacagaaacaATCGTTATAACTttcctaactaccctaacctgcctagttaacccaattaacccagTTGAGCCTATAAAtctgactttaagctgtatagaagtttcttgaaaatatctagtaaaatattgtttactgtcatcatggcaaagataaaataaatcagttattaaaattgagttatttaaactattgtttagaaatgttgaaaaaaatctcttaaatagaaaatgggaaaaaaacaggggctaataattctgacttaaactgtatttaaaaaggAACTGCAGGTGTTATATAATAAAATTGCATGTTTATAACAACTTATTTGATTGTAACTAACTTAATgtgattgtaatgtaataatgtgcgCCTTTTGTAAAGAAAATGAGAAATTTTATAGaatttgtgaatgttttattttttttttatctatgcaTCACTGTTACAACTATCATGTTTAGTTGCTGTGGTTTTCATTGACTTTATGGAGTTTGTTTCTTGTTATTGACgatgtttcttttttcttattgTTTCTAGTTTGTTTTCATGAGTTGTcttggttgttttttttcctccacaCATCATCTACTTCGTTCATTATGTTCATTGCTATATTCCCCCAGTTCTGGCAATGTCTTGGGTGTTTGTGCTTCACAAGTCATTGTATTCAATTGATGTACCCAAGTTTTCAGCTGCCGAAGATTGTTGGCTGAATTTGgctgaaaaagaaaaactgctGAAAATAAGCAGAACAAAAAATTGTTCTTCCCCaccaccaacaaaaaaaaaaaaaaataattattacatttcttAACATAGTGGCAAACAACCtcgatgcatttaaaaaaaaaaaaaaaaaaagcaatgtaccagaattaatacatattcttagaaaaataaaaaatatgaagtgtaagaacaatttataaaaatttttttacactgaatactaaatctttatttttttgatgtatgccataaaatatt
>TCONS_00075406
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>TCONS_00075407
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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00075405 False 1832 lncRNA 0.33 5 34069736 34083217
TCONS_00074545 False 1772 lncRNA 0.33 5 34069736 34083226
TCONS_00075406 False 659 lncRNA 0.41 5 34071941 34083217
TCONS_00075407 True 609 lncRNA 0.42 4 34076831 34083217

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_037987 NA coding downstream 4130 34064509 ~ 34065606 (-)
XLOC_037985 dre-mir-222a coding downstream 113797 33921464 ~ 33955939 (-)
XLOC_037986 NA coding downstream 126600 33942193 ~ 33943136 (-)
XLOC_037984 dre-mir-221 coding downstream 148712 33920932 ~ 33921024 (-)
XLOC_037983 dipk2b coding downstream 192222 33863523 ~ 33877514 (-)
XLOC_037989 slc35a5 coding upstream 28841 34112067 ~ 34121839 (-)
XLOC_037990 dcaf6 coding upstream 82838 34166064 ~ 34219365 (-)
XLOC_037991 me3 coding upstream 163158 34246384 ~ 34260214 (-)
XLOC_037992 ildr1b coding upstream 177378 34260604 ~ 34269066 (-)
XLOC_037993 ildr2 coding upstream 191275 34274501 ~ 34300707 (-)
XLOC_037977 NA non-coding downstream 710692 33356651 ~ 33359044 (-)
XLOC_037995 BX294189.1 non-coding upstream 243204 34326430 ~ 34328502 (-)
XLOC_037996 NA non-coding upstream 267291 34350517 ~ 34355550 (-)
XLOC_038000 NA non-coding upstream 463440 34546666 ~ 34587807 (-)
XLOC_038001 NA non-coding upstream 508800 34592026 ~ 34812883 (-)
XLOC_038002 BX601644.5 non-coding upstream 669818 34753044 ~ 34753159 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G51558 NA non-coding CI01000009 null 3117858 ~ 3118356 (+)