XLOC_004255


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_004255
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 35438013 ~ 35441417 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00008835
gaTTAATAATCAATGATTTCAGCATGAACTCTCCATGCAGCATATAAGAAATAACTCCAAACGGCCATATTTAATCATTCAGGATGTGTTTATTCTGAAAGCATGAAAGTCAGTTGAAGAATACAGAGGTTAAAGTGGAGAGAGGCCAGTCCTCAGTGTATTCACAGGTTCACAGTCAACCACACTGAGATAAAACATCAGAGAGAATGTGGAAATCAACACACATCGAACACCAAAGGCAATAGTGAAGCACTATTTCAAAAAAATTGCTTTGAGTTGTGTAACACAGTATCTAGTTGCGGTTTTAGTATACACAAATCCTATAGAAAAACTTTCAGACCTACATGAAACatcTCAAAGATAGAACAGATCAAGGTATGGCATAGGGTTCATAAGGTAATATAATAGTAAAGAGAAAAGAAATGACAATGACACATGTGAGATCTAAGCTGACTACAATAGAAACCTGTaacagaacacacacacgcaaacacacacacaatccatgTGGTGTGTCATCTTGAAATCAATAGACCACTGACAGCGTAATTGCAGATCAAGGCCTTCTTCAGTCAAACCTCCACTGACTCCTATGATGTTTGGAAAATTACAGTATGTCGCCGCTGCACAACAATTACAGATCATTGGCCACCGGAGGGGAAACTGCTCTTGTTCGTGACAGGCTGTTAATAATTGTCCGATAGTTGCACTGGCTTCATCTGTCCTGCTTAAGTTTTGACCTGGATAACATTACTATTGTCAACTTTAACGTAGGACACGTCAATCAGAAATTGAGCGCTCAGACGGACACCGACATTGACGTTAGCATCACAGTATCGCAGTTGTAGACTATTGCTCATATTAAGAGGTCGACCGTTTCTTTTGCTTTCAATAAATATGCTCTTTTAATCCTACATCACCTGCCGTTTCTGTGCTAAAACATGTTCGTGTACTGAACTTAGGACAGCACAAAATTAGTTGTCAAATTTAAAAACGCATAAACTGAAATGAGTAAATACTGGCAGAATGAGTTACAGATGTGTCTAGTGAAGCATGAATGAGAAAAATCTGTATAAAATTGCAAAATCTTGCTGATGGGAGACTTTTAAAATGAGGGTTTGTTTACagtacaatgttaaaaaaaaaagttgtcaaaaaaaaaattcccatttacacacaaaaacaacttAGAATGCTTTATTCTGCCTAATATTTGTTGGCTCCAAGACAATATAAATGTCcctgaattaaaaattaaaatataactaaTAATTAAAATTGTTCATGTTTATGATCAGATTAACAGGGCTAGATTTCATtagcattaataaatgtttatcgTTCACAAACAATAGAGTGCTGCAGGGAGGATTTTTGTAGGTCAAAGTTACTACATCTTGGTTCCctctaaaaaattaaataaaataaaaaaaaaataaaataataataataataataataaacatctaCAAAAGTCAGAACAAGACAGGCAAAAGGCAGAAGTAAAAAGGTAAGCTAAGCATCATCTACGCTATGGTCAGTGAGTTTGAATACACAAaaaagttgacttaaaataagtgagtaaagctgttgcttttaaaatgattagttgacttaaagtgagtaaaccctttTCCATaacatttttaagtaaatgaactgcataattataataattaagttaATCAACTTAACAgttagggtgtcacggtggctcagtagttagcactgtcacctcacagaaaaaaGGTTGCAGGTTTAAGTTCTGGCTGAGCCAGtgggcatatctgtgtggagtttgcatgttctccctgtgttggcgtgggtttgctccggttttccctcacagtccaaaaacatgcggcaTAAATGAATTCGATGAACTAAAGTGGCCTTAGTGGGtgttaatgtgagagtgtataggtgtttcccagtactgggttgcagctgggagggaatctgccgtgtaaaacatatgccggaaaagttggcggttcattccgctgtggtgacccctgatagactaagccaaagaaaaatgcatgaataaatgatatTAACAGTTCAAAGTTACAGTGGGTTTACTCCCTATCTAAGTTGAGTTAACTTTTGTCAATTGTTGAAGGCCACAGCCTTGATTGGTTTGGGAcatgtggagctgcacattgatggatttgcccttcagtgtttggattttcagctgtgaactgaactgaattaaccTGACTttcaaaactggactgacacaatctcaatttattagaacttctatgttaatctGCTTTCACACagtctatattgtaaaagcgctatagacaTAAAGGTTAATTCAATTGATGCTACCTTcgaggcaatgggtttactcactttaaaatagATCACTTTTTACTGTGTACTTTTCACTATAGTGTGATCATGAGCATTGAGAAGctgaaaaataatttgtttttctgtttggtCTCATGACTTGCGATGTCAGCCGGTGCTGTGCTGTTTAATTGGTGTCGGTAAACTGGCTGTTTCAGTTATTGTACAACGGCTGCTATCATTTCTACAGAGAGAGATGAAGATTAAAAAAGGTAAGATAAACATATTATCCCTCCtgtgaattgtttttattattattcacatatttcccaagtgatgtgtaacagagcaagaacatttttcacagtgttttctattatatttttcttctgaaaaaagtcttgtttgttttgttttttttttttttgctggaaataaaaatatatatttaaaaaaaagaagttgattacagaacaaaccactattgtctaatgacttgcctaattatcctaacttgcctaattaccctagttaggCTTTTAACTAAGCTGAAAACTCGTATCTTggaaaatgttatgtactgtaatCATTATGAAAactaaagaaattagttattaaaaataattttaaaaatgtcttggaattaaaaaaaaaacctattcaAAATTACAgtagggctaatagttttgttttaACTGTACTGCATATACACACGCTGTTAATAACTTCTGTTTGTTAGATGCAGCCACTTGTTAGCCACCTTTTAAAGACCAGTAAAGGCTTAACAGATCTATCTTGTTGAAGAAGCAGAATTATTTGACCCTGGACAAACCAGACTTTATTTCAGGcattcaaaaatgcaaaaacaaaagtctttcctGCAGCACTTTACTTCATGGAGATTGTTTTATAATCTGACCTAATTCACATttgctaaagagaaaaaaatattaacaatgaaATTTCTTTGATACAATCTGTATTATATAAAgcactatattaataaatatgac

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00008835 True 3320 lncRNA 0.35 2 35438013 35441417

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_004254 BX293991.1 coding downstream 212874 35225022 ~ 35225139 (-)
XLOC_004253 traip coding downstream 266245 35162684 ~ 35171768 (-)
XLOC_004252 chchd4a coding downstream 654075 34779610 ~ 34783938 (-)
XLOC_004251 dnah1 coding downstream 717383 34633392 ~ 34720630 (-)
XLOC_004250 mapkapk3 coding downstream 809224 34580085 ~ 34628789 (-)
XLOC_004256 sema3fb coding upstream 6000 35447417 ~ 35575830 (-)
XLOC_004257 NA coding upstream 137313 35578730 ~ 35741444 (-)
XLOC_004258 arl8bb coding upstream 303501 35744918 ~ 35756468 (-)
XLOC_004259 bhlhe40 coding upstream 318235 35759652 ~ 35763323 (-)
XLOC_004260 itpr1b coding upstream 335912 35777329 ~ 36020005 (-)
XLOC_004063 CR854846.1 misc downstream 19310335 16127382 ~ 16127678 (-)
XLOC_004019 CR450764.8 misc downstream 22746322 12691395 ~ 12691691 (-)
XLOC_004015 CR450764.4 misc downstream 22816246 12621518 ~ 12621767 (-)
XLOC_004013 CABZ01022569.1 misc downstream 22846717 12590999 ~ 12591296 (-)
XLOC_004008 BX000700.19 misc downstream 22924751 12512966 ~ 12513262 (-)
XLOC_004249 NA non-coding downstream 860907 34550847 ~ 34577106 (-)
XLOC_004247 BX548160.2 non-coding downstream 971500 34466395 ~ 34466513 (-)
XLOC_004244 NA non-coding downstream 1079324 34315525 ~ 34358689 (-)
XLOC_004245 BX548160.1 non-coding downstream 1082351 34355544 ~ 34355662 (-)
XLOC_004264 NA non-coding upstream 800642 36242059 ~ 36246756 (-)
XLOC_004269 NA non-coding upstream 1042975 36484392 ~ 36687161 (-)
XLOC_004270 NA non-coding upstream 1127507 36568924 ~ 36569266 (-)
XLOC_004271 CR457444.8 non-coding upstream 1179300 36620717 ~ 36627322 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000306_08521837_08523740 NA coding CI01000306 null 8521033 ~ 8523770 (-)