XLOC_004401


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_004401
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 44852582 ~ 44858601 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00008883
TTACAATTCTGCTTTCCTTGTAAAATCGTTGCGGTAAAACCTGTCcctacacaaatatatttaatcatttacacATCCAACAGATTTTCCAGAAAAAGCACACCAAACACGTGTGAAATACAAcatattcttttattattgtattatattgataAATGTCCATCtgaggaaaaaaagagagaagagaATACAACAAGAAATCAAGAATAAActgtaatatcaataataaaatatgtacaggAGGAGTATAGCATTTATTATTAACACAATCTGTCCAGACACAATCTCTCTATACAAGCAGAGGGGTCAAAGGTCAGTGCCTGCTCATGACATCATCGCCAGACCGTCCAATCACATCGCACCGCCTCCCTCCGCTGTTTTCCACATTAATGGATCCGTAACCAATCATCTGGAGTCTCCATCTCTGACCAGCAGGTGGCGCCAACTACACTATTATCCTTATTATCCGCTTCTTCCGCAGTGGATTGGCAGGTTAATATACAGCGTATTCTGCTTCATAAATACATCCGCGATCAATACTTTAAAACTATACATATCCAGAAGATTCTCTCTTATATCTAAAATTAATACGCACCAAAATGAACGAAATCAGAAAATATCTTTACTAGTACGaaaacacacgcgcacacaaacacacacacacacacactcactcacgctTCCCGAACACATCCCAGAGCTCACGGTTAAAGGAGTAGAATATTCTGAATATGAAAAATGAAGGATTTACATCACCCCCGTGTGGACAAATGACGTTATTAAAAATAAGGAATGCAGAACTTTCTTAGAATTAAGACTTTGTAGCTTTGCAAATTAAAAAGCAAACTTGCAACAGtgagaaactgaaataaaagCGCAATATTTAATGATGATTAAGATTTGTTGATTGCAATTTTAATTTACAAACTCACAATTGCAAAGGAGAAATAAGTTCAAATAGCAAAATATAAACTGAACGCTTAGCAGTTATAAGTTCTCaagattttgctttttttttcttacactTTGCAAAATAAATGTCAGAATTATGTGATGAAGTGTCATAACAAGCTTATTTTATCATGTGATATAAACGTAATCTATATTTTATCGTGAATTACGATTTTGTAGCTTCGCAAGTAACGAGAAACTGCTGCAATTCTGAAAAGGAAAAACCTAgtaacttgttttttattttcacgGTTGCACCTTTGTATCTGTGCATtgcaattttgagaaaaaaatcatttgaagATGTAATAAACAAGTGCAGGAAAACACACGTTCTCAGAAACAGGAGGAATTATATAATAAACATATGAttaaactcaaaaatgtctcgCAATTCtgtgaaaaaagaaaagttttcagATATAAACTTCTGTTTTCTCAAACGTTTTATCTCTTTCTctcaaaaatgtgatttttttctcagatttttagcacttttattattattttatttttatataataaataaatgacagaagtATAAgcaaatgtaagaaataaaaagATTTGCAACCTAAAACCCCAGAATCTCAATATTTCATTGCAATTGTGAGAATTTGAATCCTAAAATTCCCtcaaaattcagatttttcattGTTCTAAATTGCAGCTCtttattgttaattgtatttCTGAGGAAAAAACTCTCGTACTGCAAGATCTGAACCCACAACAGTGAGAAATAACGTTGCAAAAATATCTCAcaatttgtttttgcttttttttctctgaaatttGGAACCATAAGATATAAActcaaaggacttttaatttgcaatTCTCTCATGATATCTTTTTCCAATTTTAACGTACAAAGTCACAACTGCAACTGAGAAATAGAGTTAAAATATACACTGAAAGCTCACAaattgtttgatttttaaaatataaacttcTAATGTTTTCTGAAAATTATAATCTTTTTCTCagattgcaaaaaaaatgtggaaaaaaatgacaaaaataatagcAAATGCAGAAAATGAAGATTCCCCAAAGAACCCCAAAACCAGACAATTGTGAATTGGTCTTAAAATTCCCCCTAAACTCATTTTCATTAATGTGATTCTCACTTGTAATTCTGAGGAAATAAAACTCTCAAAGTGCAAGACCTAAACTCACAATAGAGAAAAACTATTGCAAAGACTGAGTCCTTTTTGAGTTCATGTCTCAcaatttgctctttttttttctcaaaaatgtgaGCAATTttaaattctgagaaaaaaaacgCAACCAAAACTCagagggcttttattttgagtTACTCTCATGATATTTTTGTGCAATTTTAATGTACAAAATCACAATTGCAATTGAGCAAAAAGCTTAACATATAAACTGAAAGCTCACAAATTGTGGCTCTTAAgagtttttcagcttttttcttaAACTTGGCAAGAAAATTAATGTCAGAATTATGTGATGAGAAGTCATAATGACCGTATTTTATCACGCGATATAAACGCAATCTATAATTTATTGTGAATTAAGACTTTGTAGCTTcgcaattttaaaaagtcaacttgcaatagtgagaaactgaaataaaggtgcaattcttaaaaagaaaaactttagaacgtttaataaaactttttattttaattgttttatataattttgtttattatttgtatttctttgtatttttgcATTGCAATTTTGAGGAAAACAAATGGCAAGATGTAATAAACAGAAGTCCAAGAAAACTTCATAAACGCGCAGGTTCTCAGAAACGAGAGCAATTATACGTCAAAATTGCAGGAGAAAATCTCAGAAATGTCCTGCAAttctacaaaaacaaaaaagtttgatTTTTCAGATATCAACTGCTGATGTTTTCTCAAGATTATGATCATTTTCTCTCAAAAATGTGAGTTTTGCACCTGTATAATTTAACAAATTGACAAAAATATTAGCAAAGTTAAAAAATGAGAAGATTTGCAACCTAAAACCCCAAACTTCTGTTTTTTCAATGCAATTCTGAATTTGTATCTTAAAATCCTCCTAAATTTAGATGTTTTAAAGATTTACAATTTGCAGTAAAACCCTTAAAATTGAGATTATTTCCCCTCGCACTTGGCAAGAAATTAAATGTCAGAATTATCTGAGAGGAAGTCAAAACCAGCGTATTTCATCATGTGATATAAATGCAATCAATACTGCAGAAAACACACGAGGGCGAGTAAATGCTAGCAGATTTCACCATGCTAAACTAGTCCTTTAACAGCATTTGGTAAAACAGCAAACGTCCTCTTTCCACTGGGAAACGCACAAACACTGCGCTCCTGTAGTGCTCATGGCATCAGTTAAAGGCAAACCATTCCCAATAAAAGCAGAAAATCTCTATGCTAGCAGttcaaaacacgcacacacacctgcacacacacacacacacacacacacacacctagagaGTTCAAGTAATCACAGaccagttaaaaaacaaaaacaaattaaaagtaaTCCTGGAGCTGCCCACCAGCCACACCGCCATTAAAAACACACACCTTCACATATGAAACGTAAAAGCGAAGGTGAGTTATACGTCTTATTTAACCGCTCCTGACGCTCACGTTTGGCATTACAGAAAAAacaaggccaaaaataaataaacatcaacaGATTTCCCACAAATATAGAGATCCGGATCATTGTACGCGTCAAAACGACGCAAGATTTATCGACATAAAATGCGTCAAATATTCTGAACTTGTTTACTCCATGTTTGTAGGTTAATTAATGAGatgattttaaatattaaacacacaaaatggCGTCAGATtgagtttaaatattaaatttaaatgtttatatgcaAAATTTAcgtaaatatgattaataatgtATAGTGTCAAATAAATCGTGATCGAGAGATGTACGTCCTGATGTTTTTGAGTTTTGAGAGTCGATGATTTCTTAAATCGCAAAATCAAATTTTATGTCTCAAGCTTATGTTAATGATTTAGATATTTACGAcagtattatttttgttaatcatCTCAACGCAAATCGTAatgcaatcagttttttttttgggtcGGCTGCAAACCCTCCTGCaggtttatatataaaaatgacgtgaatattatttaatgtatagCTTTGTAAAATTTTGATCTAGAGACGTACGTCATGATGTTGAATTatattggaaaataaataaataaaaataaataaataaaatttacgtCACAAAGTTCAAGCCAGTTTTTATGTAGCTGTGTAATATTATTGTCGTTAATAATCTGTAAAACAAGTCAAATTTAATCATGACGCTAAAACGTGTGCATTTATAATCACAAACAGGCAGAAATTTAGTAGCTTTACTCAAAAATTCACACAAAGTCACGTTTTTTGTAATGTTATATACAAATTGAATAAATCGGTTGCGTTCGATTTTAGTCTTTTATTCAAAGCATCTCCAATATTGTTCACAATAAAGACTGAATGTTACTGAATTTATGGCAAAAtgttgaaaatattattattaatgtatagctttaaaaacatgtatatctAGAGACGTAAGTTTGGAGCTTTGGAGTGTCGAGATGCTTTTTcaacacaaaattaaacaaaatcataTTTTTCGTCACAAAATTGAAGCCTGTTTCGTTTAGCATTGcagcattatttttgttttaatctcGCAATGCGAAAAATGATTAATTCTGCGTTGAAACTAGTCAAATATGATCCTGAGGCTCAAACATGTGCATTTACAATCACAAACTCGCAGAAATTGAGTAGATTTACCACAAAATTCAAACATTAAAGTGAGTCACGTTTGTTTTCTTCTGACCGCAAACCCTATTGCaggcttttatttaaaaatgacgtAAATATTGATGTATAGCTCTAAAAAATGTTAATCATAAGACATACATTTTGATGCTGAGGAGCTTTGGAGTGTCGAGATTTGATGGTTTTCATcacaaaatttaacaaaatccTATTTTTACGTCACAAAATTGCAATATAATTTTCATTAGTAATCTCTCAATGCAAAAACGAACCATTGTGCAATGAAACGAGTCACGCCTGCATCTAAAATCACAAACATGTAGAAATTTAGTCGTTTAACGTCAAAAATTCAAACATCAAAGTGAGTcacgtttgtttttgtaataGTATGTACAAATTGAATAAATCTGCCGCCTTTCGATTTTAGTCCTTTAATTGAATGCATCTCCAAGATCGTTCGGATAAATCCCGCATGACTGAGAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00008883 True 5244 lncRNA 0.32 2 44852582 44858601

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_004400 map1lc3c coding downstream 50614 44798056 ~ 44801968 (-)
XLOC_004399 BX569779.1 coding downstream 96099 44750935 ~ 44756483 (-)
XLOC_004398 NA coding downstream 130251 44716828 ~ 44722331 (-)
XLOC_004397 tomm20b coding downstream 205267 44637516 ~ 44647315 (-)
XLOC_004396 tbce coding downstream 230104 44605727 ~ 44622478 (-)
XLOC_004402 opn6a coding upstream 378 44858979 ~ 44876005 (-)
XLOC_004403 eif4a3 coding upstream 19970 44878571 ~ 44898129 (-)
XLOC_004404 zgc:171772 coding upstream 40113 44898714 ~ 44906703 (-)
XLOC_004405 pfklb coding upstream 52014 44910615 ~ 44931962 (-)
XLOC_004406 orc2 coding upstream 78604 44937205 ~ 44945636 (-)
XLOC_004063 CR854846.1 misc downstream 28724904 16127382 ~ 16127678 (-)
XLOC_004019 CR450764.8 misc downstream 32160891 12691395 ~ 12691691 (-)
XLOC_004015 CR450764.4 misc downstream 32230815 12621518 ~ 12621767 (-)
XLOC_004013 CABZ01022569.1 misc downstream 32261286 12590999 ~ 12591296 (-)
XLOC_004008 BX000700.19 misc downstream 32339320 12512966 ~ 12513262 (-)
XLOC_004395 NA non-coding downstream 248957 44601861 ~ 44603625 (-)
XLOC_004393 NA non-coding downstream 327652 44522806 ~ 44524930 (-)
XLOC_004390 NA non-coding downstream 400922 44451240 ~ 44451660 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) G185014 NA non-coding NC_048566.1 CM023220.2 75435433 ~ 75435638 (-)
striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus) G177271 NA non-coding NC_047605.1 CM018551.1 7294000 ~ 7344522 (+)
tiger barb (Puntius tetrazona) G142101 NA non-coding NC_056718.1 CM032087.1 26134018 ~ 26143317 (+)