zgc:91976 (sgms1)


Basic Information

Item Value
gene id zgc:91976
gene name sgms1
gene type misc
species eurasian perch (Perca fluviatilis)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053130.1
NCBI id CM020927.1
chromosome length 36824488
location 15209839 ~ 15233875 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome

Sequence

>TU263343
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>XM_039783471.1
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Function

symbol description
sgms1 Enables ceramide cholinephosphotransferase activity; ceramide phosphoethanolamine synthase activity; and sphingomyelin synthase activity. Involved in sphingomyelin biosynthetic process. Acts upstream of or within ceramide biosynthetic process. Located in Golgi trans cisterna. Is integral component of Golgi membrane.

NR:

description
PREDICTED: phosphatidylcholine:ceramide cholinephosphotransferase 1

GO: NA

KEGG:

id description
K04714 SGMS; shingomyelin synthase

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU263343 False 3842 lncRNA 0.41 1 15229947 15233788
XM_039783471.1 True 6099 mRNA 0.43 6 15209839 15233875

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC120547654 NA coding upstream 104121 15104804 ~ 15105718 (+)
LOC120548156 LOC101486407,LOC100696412,LOC102210308,LOC102297040,LOC100699992 coding upstream 110856 15095768 ~ 15098983 (+)
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LOC120548312 neurl1,LOC103360891,LOC104929534 coding upstream 250576 14930575 ~ 14959263 (+)
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LOC120548217 dkk1 coding downstream 106252 15340127 ~ 15342013 (+)
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LOC120547683 bfsp1,LOC102795616 coding downstream 431492 15665367 ~ 15678608 (+)
gtpbp2a gtpbp2,LOC106513626 coding downstream 536020 15769895 ~ 15777416 (+)
G193957 papss2,LOC103355675 non-coding upstream 38197 15169606 ~ 15171642 (+)
G193947 pten,LOC104929647,LOC103360879 non-coding upstream 50170 15158382 ~ 15159669 (+)
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G193935 NA non-coding upstream 136529 15072898 ~ 15073310 (+)
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G194128 NA non-coding downstream 914478 16148353 ~ 16156796 (+)
G194183 LOC103386989 non-coding downstream 1103425 16337300 ~ 16340067 (+)
LOC120548058 NA non-coding downstream 1124020 16357895 ~ 16359362 (+)
G193730 mettl10 other upstream 1133382 14074642 ~ 14076457 (+)
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LOC120548560 plekha1,LOC103359314,LOC101483871,LOC102289782,LOC102791929,LOC104931082 other upstream 2836568 12351323 ~ 12373271 (+)
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oprm1 LOC104946549,LOC106536872,LOC107375811 other upstream 2931464 12246951 ~ 12278375 (+)
LOC120548468 NA other downstream 561095 15794970 ~ 15803515 (+)
lrmda clg13h10orf11,LOC102312243,LOC101474007,LOC106515339,LOC102208092 other downstream 678887 15912762 ~ 16129667 (+)
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hif1an hif1an other downstream 1415993 16649868 ~ 16659077 (+)

Expression


Co-expression Network