exd2 (exd2,LOC107558452)


Basic Information

Item Value
gene id exd2
gene name exd2,LOC107558452
gene type misc
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047604.1
NCBI id CM018550.1
chromosome length 29376037
location 14190691 ~ 14200797 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU195855
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Function

symbol description
exd2 Predicted to enable 3'-5' exonuclease activity. Predicted to act upstream of or within nucleobase-containing compound metabolic process. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be active in cytoplasm and nucleus. Orthologous to human EXD2 (exonuclease 3'-5' domain containing 2).

NR:

description
exonuclease 3'-5' domain-containing protein 2

GO:

id name namespace
GO:0006139 nucleobase-containing compound metabolic process biological_process
GO:0008408 3'-5' exonuclease activity molecular_function
GO:0003676 nucleic acid binding molecular_function

KEGG:

id description
K20777 EXD2; exonuclease 3'-5' domain-containing protein 2

RNA

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Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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LOC117598330 LOC108269659 coding downstream 56601 14130929 ~ 14134090 (-)
LOC113538826 tmem179,LOC107679825,LOC107569011,LOC107732500,LOC100537383,LOC107758559 coding downstream 64212 14122964 ~ 14126479 (-)
arf6b arf6,arf6a,arf6.2,ARF6,LOC105893149,LOC106608083 coding downstream 335678 13852304 ~ 13855013 (-)
numb numb coding upstream 2022 14202819 ~ 14250800 (-)
galnt16 galnt16,LOC107707671,LOC107687852 coding upstream 53553 14254350 ~ 14285363 (-)
vps39 vps39 coding upstream 90534 14291331 ~ 14305951 (-)
LOC113538539 LOC108270105 coding upstream 107798 14308595 ~ 14318114 (-)
ralgapa2 ralgapa2,LOC107687934 coding upstream 268897 14469694 ~ 14569098 (-)
G165352 erh,ERH,LOC106607637 non-coding downstream 13015 14172660 ~ 14177676 (-)
G165261 NA non-coding downstream 306832 13883517 ~ 13883859 (-)
G165242 NA non-coding downstream 331026 13859197 ~ 13859665 (-)
G165233 NA non-coding downstream 349204 13841271 ~ 13841487 (-)
G165232 NA non-coding downstream 349512 13840965 ~ 13841179 (-)
G165494 LOC108270031,LOC108428624 non-coding upstream 207996 14408793 ~ 14412667 (-)
G165581 NA non-coding upstream 446402 14647199 ~ 14648296 (-)
G165721 NA non-coding upstream 659252 14860049 ~ 14860606 (-)
LOC113538627 NA non-coding upstream 661357 14862154 ~ 14874192 (-)
G165856 NA non-coding upstream 740904 14941701 ~ 14942043 (-)
G165451 LOC108269968 other downstream 206 14188238 ~ 14190485 (-)
trnal-uaa_1 NA other downstream 334899 13855388 ~ 13855792 (-)
tbpl2 tbpl2,LOC107729258,LOC107693101,LOC107586674 other downstream 1104229 13079534 ~ 13086462 (-)
timm9 timm9,LOC107729247,LOC107693171,LOC107689314 other downstream 1285089 12903776 ~ 12905602 (-)
fzd3b LOC108270052,LOC108428681,LOC107665105,LOC107729283,LOC107589599 other downstream 1377027 12791829 ~ 12813664 (-)
nkx2.2a nkx2-2,nkx2.2a,LOC107558480,LOC107707659,LOC107737280,LOC108435751 other upstream 526336 14727133 ~ 14772881 (-)
nenf nenf other upstream 878899 15079696 ~ 15082205 (-)
capn3a capn3,LOC108269768,LOC108435782 other upstream 906323 15107120 ~ 15117364 (-)
pgfb pgf,LOC108435746 other upstream 1102438 15303235 ~ 15322051 (-)
ktn1 ktn1,LOC107668535 other upstream 1432205 15633002 ~ 15663495 (-)

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