AMCG00004702


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00004702
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030121.1
NCBI id CM030121.1
chromosome length 57050121
location 56664140 ~ 56896215 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00004702
CGTGAACCAACCACAGAACCGCGGTTTGCGGGACCGTTAAAGAAATTTGACCTAACTGAGAAAGTGGGTGTCGAGAGAAGAATcggtgtttttattaatatcagctgtaattgttgttttatccCCCAAAAGCGAGAGCAGCACAACTCGGACAGATAACGAAGTCAGTGTGCGGCTCTGTCTGTCGCAGCTGCTTTATGCGAAATAAACGTCAACAGAGACTCGGACGTGAGCAGAGTTTCTGTGCAGCGAAAGTGTCTTTGCGCCAGgaTGCTGGGTGTCTGCGGCATGGCGCAGTGTGAGCGGGCGGCTCTGAGGCGGGTCTCGCGCGGTCCGTCCGCCTTCAGCAGCCTGTGCTCAGCGCTGCACAACACCGAGCAGCAGCACCTGGCCACGCTGCTGACTGAGCAGAGGGACCgcgagagggagaaagagaCGGACGGCGcacctcctctccctctgcccaCCCAGGACACCCTGAACGCCAAGAGAGCCAGGAGACACGtcGTACAGGATGTGCTCTCGACCACGGGGCCCGGCGCTGGTCATCAGGCGGACGCCTGTGTCGTGTGTCTTCTCTCCCACGGTGTGGAGGGCTCTGTGTACGGCACTGACGGACAGCTGGTGGAGctgGACTGGCTGTTCCAGGACACAGACAGTGGGGTGGACCAGCGGGACGGAGAGGGCGAGGGTGAGAGGACAGCATCCCCAGGCTGCGAACAGAGAGACGCTGCCAAGGAGCCGGAGCTGACCGTGCGACTGCCCCAGCGCTCGGACATGATCTGCGCCTACGCCTCCCTGAAGGGCACAGCAGCGATGAGGAACACCAAAAGAGGCTCATGGTTCATCCAGGACCTGAACACCGAGATGTCAGAGTTCACCAGCTGCCTCTGTAAGGACCTCTACCTCTTCCCTGGGTACCGCCCCCACCCC
>TU12302
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>TU12303
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>TU12305
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>TU12306
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>TU12307
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>TU12309
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Function

GO:

id name namespace
GO:0042981 regulation of apoptotic process biological_process
GO:0008152 metabolic process biological_process

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00004702 False 933 mRNA 0.60 10 56888346 56894912
TU12302 False 786 lncRNA 0.44 6 56664140 56890472
TU12303 False 425 lncRNA 0.42 3 56664140 56725562
TU12305 False 805 lncRNA 0.50 3 56664140 56762564
TU12306 True 2394 lncRNA 0.71 6 56664140 56896215
TU12307 False 462 lncRNA 0.44 3 56664140 56733594
TU12309 False 434 lncRNA 0.40 2 56664140 56683686

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00004683 NA coding upstream 20858 56634846 ~ 56643282 (+)
AMCG00004680 NA coding upstream 128877 56528156 ~ 56535263 (+)
AMCG00004679 NA coding upstream 140503 56512067 ~ 56523637 (+)
AMCG00004668 NA coding upstream 434426 56227798 ~ 56229714 (+)
AMCG00004670 NA coding upstream 478858 56184424 ~ 56185282 (+)
AMCG00004701 LOC103393816,LOC101468857,LOC106519603 coding downstream 19107 56915322 ~ 56926198 (+)
G9908 NA non-coding upstream 5868 56657860 ~ 56658272 (+)
G9903 NA non-coding upstream 49682 56614032 ~ 56614458 (+)
G9863 chd4,LOC107587864,LOC107671917,LOC107724784 non-coding upstream 209858 56453374 ~ 56454282 (+)
G9842 NA non-coding upstream 213208 56436762 ~ 56450932 (+)
G9852 NA non-coding upstream 236059 56424270 ~ 56428081 (+)
G9942 NA non-coding downstream 11961 56908176 ~ 56954608 (+)
G9978 NA non-coding downstream 63019 56959234 ~ 56959738 (+)
G9988 NA non-coding downstream 119666 57015881 ~ 57019723 (+)
G9989 NA non-coding downstream 129297 57025512 ~ 57027870 (+)
G9889 NA other upstream 122077 56538254 ~ 56542063 (+)
AMCG00004681 NA other upstream 164556 56490093 ~ 56499584 (+)
AMCG00004673 NA other upstream 304343 56315612 ~ 56359797 (+)
AMCG00004650 NA other upstream 862872 55758271 ~ 55801268 (+)
AMCG00004642 NA other upstream 1051099 55607539 ~ 55613041 (+)
AMCG00004707 NA other downstream 65298 56961513 ~ 57002024 (+)
G9982 NA other downstream 90691 56986906 ~ 56987644 (+)

Expression


Co-expression Network