XLOC_006194


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_006194
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007124.7
NCBI id CM002897.2
chromosome length 52186027
location 41859004 ~ 41863031 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00013413
cgagtcagtgACAGTAATACTATGGTTAAGAGTTTTCATAAGGAATCATTCAAcacgttctcactcccaactcgtcacatactgacgcttggtcaggaaccctcggcgtcagttattgacgcacagggtacccctttagcgtcatatttagacgtgcagggattccctatagaatctgtgcctgagcctgaggcgtcatatggagacgctggaggctcgtataattaccaatagatgtcaacaaactttttaaaacctgatttacgcctattatcatagttttcttattttaaaaatatgtaatttttattttgtttatgaaaagcgtctgtaaacggggtcaaaactactgtatgaataaacttcggcccacgtgacatcccttcacggtgagtttaacgccgctctgctattggtcaaactgcatcagcggtgagttctcagatgagttcaactgtcaacattaaatattacgttaatgctgcataatatatttttattggagattagttggtgtttataaatattttatcatttactttatatttaatgagtgaaaatatattcggttgtccagtttagggtaactatgcctaataaaactttgattcattcatattatttattatttttttactttaaaaaaatattaaatttcaagtactaagtttaaaaatgttttcggctgatatttttcattttaaattatttattaaagttggggtcattgtatgtggcgatctattttttacagtctatgctcgctatcccaaggttcattgcgatcccaaggttcactgcggttttccacaagCCTGTTTCTGCCTATCACCATGAGTGATTCCTCAATACTCAGATTTATCATCAAGATCTCAATTATAAGCTCAAGTTTTGATGACAACTTGGTGATCTGCAGAAAGCACCACCATGTAAGGAAGGCCAAGACCACTCTGGAATCAGTCAAGGGTTAGTGAAGTTTTTCATTccatgtatattaaatatctacattgtttaggcatatgtgattgtatgag
>TCONS_00013414
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>TCONS_00013415
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>TCONS_00013669
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>TCONS_00013670
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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00013413 False 1034 lncRNA 0.36 2 41859004 41860745
TCONS_00013414 False 980 lncRNA 0.37 3 41859004 41862007
TCONS_00013415 False 977 lncRNA 0.37 3 41859004 41862086
TCONS_00013669 False 3256 lncRNA 0.34 1 41859776 41863031
TCONS_00013670 True 1975 lncRNA 0.37 2 41859778 41863031

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_006193 NA coding upstream 4620 41821631 ~ 41854384 (+)
XLOC_006192 CABZ01066611.1 coding upstream 36519 41819817 ~ 41822485 (+)
XLOC_006191 NA coding upstream 59254 41796967 ~ 41799750 (+)
XLOC_006190 dkk1a coding upstream 832606 41022502 ~ 41026398 (+)
XLOC_006189 NA coding upstream 869643 40988415 ~ 40989361 (+)
XLOC_006195 polr1b coding downstream 54575 41917606 ~ 41940467 (+)
XLOC_006196 cyp1b1 coding downstream 148254 42011285 ~ 42018948 (+)
XLOC_006197 CABZ01080781.1 coding downstream 179195 42042226 ~ 42042342 (+)
XLOC_006198 cdc42ep3 coding downstream 261535 42124566 ~ 42143637 (+)
XLOC_006199 opn3 coding downstream 382190 42245221 ~ 42265585 (+)
XLOC_006186 BX294129.1 non-coding upstream 1050568 40754580 ~ 40808436 (+)
XLOC_006181 NA non-coding upstream 1439700 40360160 ~ 40419304 (+)
XLOC_006202 NA non-coding downstream 680929 42543960 ~ 42551434 (+)
XLOC_006206 NA non-coding downstream 956314 42819345 ~ 42819715 (+)
XLOC_006210 NA non-coding downstream 1727736 43590767 ~ 43610001 (+)
XLOC_006212 NA non-coding downstream 1991589 43854620 ~ 43855787 (+)

Expression


Co-expression Network