XLOC_006488 (manba)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_006488
gene name manba
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007124.7
NCBI id CM002897.2
chromosome length 52186027
location 11714869 ~ 11743973 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00012582
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>TCONS_00012581
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Function

symbol description
manba Predicted to enable beta-mannosidase activity. Predicted to be involved in glycoprotein catabolic process. Predicted to act upstream of or within carbohydrate metabolic process. Predicted to be located in extracellular region. Predicted to be active in lysosome. Human ortholog(s) of this gene implicated in beta-mannosidosis. Orthologous to human MANBA (mannosidase beta).

GO:

id name namespace
GO:0006516 glycoprotein catabolic process biological_process
GO:0005975 carbohydrate metabolic process biological_process
GO:0005764 lysosome cellular_component
GO:0004553 hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds molecular_function
GO:0004567 beta-mannosidase activity molecular_function

KEGG:

id description
ko00511 Other glycan degradation
ko04142 Lysosome

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-040426-721 Predicted to enable beta-mannosidase activity. Predicted to be involved in glycoprotein catabolic process. Predicted to act upstream of or within carbohydrate metabolic process. Predicted to be located in extracellular region. Predicted to be active in lysosome. Human ortholog(s) of this gene implicated in beta-mannosidosis. Orthologous to human MANBA (mannosidase beta).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000008238

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00012582 False 7789 mRNA 0.36 16 11714869 11743973
TCONS_00012581 True 7690 mRNA 0.36 17 11714869 11743973

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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XLOC_006486 si:ch211-195e19.1 coding downstream 35383 11674764 ~ 11679486 (-)
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XLOC_006484 dctn1b coding downstream 47208 11581942 ~ 11667661 (-)
XLOC_006483 si:ch211-132e22.4 coding downstream 136565 11577407 ~ 11578304 (-)
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XLOC_006490 zmp:0000000662 coding upstream 23630 11767603 ~ 11800281 (-)
XLOC_006491 arl3a coding upstream 219816 11963789 ~ 11971161 (-)
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XLOC_006338 rn7sk misc downstream 10888644 825904 ~ 826225 (-)
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XLOC_006476 AL928999.1 non-coding downstream 802267 10912486 ~ 10912602 (-)
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XLOC_006496 CR792443.1 non-coding upstream 361805 12105778 ~ 12105894 (-)
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XLOC_006507 NA non-coding upstream 1004679 12748652 ~ 12756661 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000228_00017667_00028066 MANBA coding CI01000228 null 17667 ~ 28544 (-)