G147831


Basic Information

Item Value
gene id G147831
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035912.1
NCBI id CM008315.1
chromosome length 41032606
location 39990966 ~ 40050330 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU200015
ATGTAAAATGAtagtgtatgtgagagagagagagaaagagaaagaaagagtgattgATGAGACAGTTTGTAAACGTGTGTTAGTGTAAGTGTGACAGAACTTTGAACTTAAGTCCTTCTATCagttgaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacggtacCTACAGATTCACATTCTCATTCTACAgcctcagaaaatgagaatgcacttgaatagacacacacacacacacacacacatgtcttTATATATCTGCAACTACCAGCCAGTATAGGCAAatgcaagcacacacacacacacatacacacacacacagaatgcaCAATCACAATCCATTCTGCCATTCTGCTTGCACATGGATGCTGATTACTTCAACAAATGAATTCTGATTggagtctcacacacactcacacacacacactttcactcacccatatacacacacatcaacacacacgTTCTGATTGCACTCATGCAGTTCTGGGACTAGAGAACACACACCGAGCCGTGTGTCTCCCTTGATTGTGCCGACATGagtcttattatttttttatttttcatttcaaaaATGTGCTCTTTTACAttgctgtgtgtgcgtgtgtttgtgtgtgtgtgtgtgtgtaagtgctgGTGGCAGAAGGTGTGCGTAACCATAAGCTATGCTACTACTTTACTTGTGCTACAGctaatcagtgtgtgtgtgtgtgtggtgttgctTGAGCTGGAGTGAGACTGAAGGCCTCACACGAAACACACGCATtaatacacactgtaaaaacGATTGGTGCCttaaaatttagattttattccACTTCGATTTAACGGGTTAACAGAATGTAAGACACAAATTATTGTTCTGTTAACTGTCAGAAGTCCGATGAATTCACAATTGTAAGGCAGCCAGCCTTTAACCCATTACTGTCCACAtcgtaaatgttattttttttttttctgcttgtttGATTTTTGGTCCATATTCTATTCAGGCTTCTGAGAAATGAGATGTAAAGCTGTTTATCTTAGCAgtaagtgtttgtttgtttgtccgGAAAACTCtctaacattagaataaatgcaaatgaataaaagaaacaGTACATTTGTGAGTTGATGTGTCTGGCAGGGTTCCCACATGTGCTGAAAAAATCTGGAAAACCTGGAAATGCAGAGgctgttttctctgcattgtCGCATggatagatatttagatatgaCAAATGGCATCATCATGTTTTACAGTTTCTAACATTAGAACTTGGTATTTAAGCCATTACCTATTATTCATATTGTCACTATCCTGCAAAAACAGTGCATCTCCATTAATGCCATTTATCACTTTTCGACAAATTTTGAATATGCCCATTGTTCTTTACTTTGTGTCAAAATAttgtgatgaatggaccaatagaaatgctccaaaatggctTGGAATAAAATCGTGTTACAATTTTTCCTTTGCTAATGAATAAGATGAATTTTaagaacaatttaaaacattatctATATGTGCAAGTTTTCACTGTGTTCATAACATTCCGTCTAATCTGCAACTTGGCGTTCCTtctatattgtaatttttatggATTTGCAGAAGTATTTGCCTCATATGATAAATATCTGCAGTCCCAATTAATAGCAATTGactttaataactgtgtaattagaCACACATTCAGTAACAATAGCAAATGTCTAGCTCAAATCATAAACAAGTCCCTGGTTTCAGGAATCTActgtctatttttttgttttaagaaaaGAGTGGGATCCCTGGTTTTGTTCAGTGTATAAGTGTTTAGTAGTAgataaacagtgttaaactTATGCATTCCTCAAGACCTCAAGAAAGGTGACATTCATATTgccgctgtccaataaaaaaacttcaaaagaGCAGCttcacaggagagagataaaactctTCTTAggaagaggtttttttttttttataatttctggAGAATTTCGATTCGTCTGTTTATTAAGAAGTTTGTTTTATGtaatcattttaaagtaaaataaacaaaaatggagattttagttttttcattggacagcaacaatatccAGATCTAGCTATCCATCCttcattaaagaaaaaagcttTAATATAAGCTGCTGTTGGAACTGAACAAATCATACAATATCTGGATGATCTCGTTACTATGTTACTTCTAACCAACTTATTAACTGCAATAAGTGTGCTGACCAACAACACTTCATAAATCCTACTGGAGTTCtggaattatatttatttatgtttatttgaaggtttttaatgttattttaatgttttaaagagaGACACACTTACTGTTGagataaatacttttaataagccatttaatgttttggctgcttttTTTCATGCAGCAGTGCTTGCCTGAGAATGTCAGTAGATGATGTCCTCAGAAGAactgaggatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgttttatCACTTAAGTTGTAGTaaattcagtcttaatgaacaTGCACTTGTTGACTATGAtaaaaccaatagaaatgttcagttttattaattaaattgaattaaagcATGAACGCACTGAAAATCACTTGcaatttaaagttaaattaacaGGGACCTATGAGCCTGTTTACACCTCGTCGTCTCGTGTGAGTAGCATCAGGATTGTAATCACATTTTGTGTTAAGGGACCGGGTGTAAACGGGGTctgtagctctacaccacaTTTCATCACTTTATAAACTAGATCTGCAGCATTTTTTCTGGTCATGCTTAACAAGTTTTAATATGTGAAGTTAaaccaaatctttttttttttttttttacagcacatacacagacacacacatgcagacacatCAAAATACACAAATGTTTAGGTATTGCACCACACTAATGGTGGTGTGAATCGCACTAGAATCGGGAGTGCATCATGATGGAGGAAAACGCAGTCCCGATTTGAGTGCTCTGGAGTTTGGAGTTGTTTCTGGTGTAAAACTGCAGTGAGTAATACATGTGTTTGGGGTGTCATGTCAGTATTCTGTTCAGGCGTCACGGTCATGTCAGTGTTTCTTTGCTGTTAAGCTGCAGTTGGTTGAATTTGGTGTGTTTATTTGCCACTGTCTGTAGGTTCTCAACACATCAGCTTTCCAAATCGTGTCCGTTCCGTAACTTAAGTTGAGATATCGCCATGTTTCTGTCCTGTGgatgctctctctcacacatcacacacacttcatGAGCCCCAGCATCCAAGGACTTTGTCTGACTGGCGAGGAGCTTGTTGCCACTGAGCTGGAGGAGATGAATGAAGCATATTTTCTTCTGGACAATAACGGCTGCCACAACACCGAAGACGCCTCTGGAAATACAAACGTTTCTGgacttgtgtttgttttttccacATCATTACATCTCTGGAGCTgcgtttatgtgtgtttttttcttcatttcgcGCTTTCTCGTTTACTCTGTGTGCTTGCTTTGAAGCCATGGATGCTGGAATATGTATTTTtgcaagcaaacaaaaaaaaacgagaggaaaaaaaaaaacagaagcagagGAAGCGAGTGAgaatctgtttttgttttttttctgttttggtttatttttgtttaaagtaGAGAACGCTTCAGtatgcgtgcgtgtgtgtgtacatgtttcTCTGTGCCAATAGCCACCGAGCGACGGCCGCTTTAAGGACCTCCGTTGCTCTCGACTTGCTGTGTTGAGACTTTTGTGGGACACTGCATTTGTgtgtgagatgtttttttttttctgtgtttatccCTCCATCCTTCTCTCCCGCCCCtcacctctctttcttttcctcctttccCTCCACCCCATACACACCTCCTGAACTGggggttttaaaaaaatctagtaCATTCCTTTGAAGAaatgttgattaaaaaaatgacaaaaattgtTTAAGCACCATTGTTGGACTTtggttctatttttttctttatattacatatgtgtgtatttcagtgtgtgcgtgtgtgtgtgtgtgcgcgtgtgtgtgcgtgtgtgcgcgttGATATAAGACAGGTGAAAATCGCATGGTGGTACCTCACTATTAAAGGTAATCATTTCATTAATTCTATTAGATGTGTTAATTGGTTAATTCATTCTGATTTGGCCCCGCAGTGAACCAAATCACAGGAAATTACACCttcagagtctctctctctctctctctctctctctctctctctctgtctcgctctatCTTTCCCAACATAATGTACTGAACG
>TU200016
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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04360 Axon guidance

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU200015 False 4268 lncRNA 0.38 2 39990966 40050330
TU200016 True 4327 lncRNA 0.39 2 40045652 40050008

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103029815 NA coding upstream 64032 39915343 ~ 39926934 (+)
wrap53 wrap53 coding upstream 77613 39897281 ~ 39913353 (+)
gigyf1 gigyf1 coding upstream 102814 39849959 ~ 39888152 (+)
epo epo coding upstream 146646 39835170 ~ 39844320 (+)
LOC103032665 LOC103032665,LOC108434836,LOC106608812,LOC107595334,LOC107753995,LOC107659717,LOC107750788 coding upstream 175898 39812532 ~ 39815068 (+)
LOC103029487 NA coding downstream 134735 40185065 ~ 40220557 (+)
dnah2 dnah2 coding downstream 183346 40233676 ~ 40467494 (+)
kdm6b kdm6b,kdm6ba,LOC107707072,LOC107675439,LOC106577775 coding downstream 493340 40543670 ~ 40592706 (+)
LOC103028651 tmem88,LOC108410821,LOC107597044,LOC107664278,LOC107719780,LOC106525123 coding downstream 553593 40603923 ~ 40610409 (+)
trnak-cuu_2 NA coding downstream 561380 40611710 ~ 40611782 (+)
LOC107197641 NA non-coding upstream 94893 39888210 ~ 39896073 (+)
G147771 NA non-coding upstream 255736 39734891 ~ 39735230 (+)
G147747 NA non-coding upstream 358214 39632499 ~ 39632752 (+)
G147711 NA non-coding upstream 499349 39490582 ~ 39491617 (+)
G147702 NA non-coding upstream 578774 39411544 ~ 39412192 (+)
LOC111194400 NA non-coding downstream 419967 40470297 ~ 40506590 (+)
G147993 NA non-coding downstream 443506 40493836 ~ 40500283 (+)
G147995 NA non-coding downstream 465710 40516040 ~ 40532680 (+)
G147984 NA non-coding downstream 483949 40534279 ~ 40536642 (+)
G148038 NA non-coding downstream 580228 40630558 ~ 40633451 (+)
G147592 NA other upstream 839766 39147599 ~ 39151200 (+)
G147496 NA other upstream 1375611 38614878 ~ 38615355 (+)
c16h4orf48 cunh4orf48 other upstream 2948739 37038935 ~ 37042227 (+)
acap1 acap1,LOC107595305,LOC107731905,LOC107683535,LOC107675497 other upstream 3271679 36690693 ~ 36719287 (+)
G146805 acadvl,LOC107731915,LOC107595296,LOC107675499 other upstream 3496509 36491512 ~ 36494457 (+)
c16h20orf27 cunh20orf27,c7h20orf27,si:ch211-74f19.2,LOC107755635,LOC107697474 other downstream 616910 40667240 ~ 40694778 (+)
G148036 NA other downstream 711068 40761398 ~ 40787138 (+)
LOC103041218 LOC108411459,LOC108267979 other downstream 785994 40836324 ~ 40870513 (+)
LOC107197094 NA other downstream 844214 40894544 ~ 40902605 (+)
LOC103036120 NA other downstream 946748 40997078 ~ 41000503 (+)

Expression


Co-expression Network