LOC103035785 (ppm1a,LOC108434987,LOC108258036)


Basic Information

Item Value
gene id LOC103035785
gene name ppm1a,LOC108434987,LOC108258036
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035899.1
NCBI id CM008302.1
chromosome length 74127438
location 60351272 ~ 60364744 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU39772
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>TU39775
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>XM_007256668.3
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AGAATGATAGAACCACTAAttcctaactaactaaccattTTATTCAAAATGCCCAAGTGACATTAATACAGGTCCCCCAAGCTGCCTTCATGGTTACATGACTACATATTTTTTATGGAATGCTGTTTTGAAAACTTGGAATGAGTACAGCTTATGGGCATGCACAAGAAATATGGAAATGTGGgtcttttttaatcattttcctTTTGGGCTGTTAATTTCCATTTACCAGTGTAAGGATGGAATTCAGTTGGTGAATAGAGAAGCCTGGAGAATTTGTCTTAAGATATCATGTGtgatgtggtttctgacactagTTTTAATTTGGTGAAACAAAAGCGTTCTGCAGACCTACTGCAGCTTTAAttgacttttaattaaaaagccAGGTGAATTGAAATTCTGTCTTTCTGATTTAATGAATATGATACATTACTTCTTACAAACTGAATGATGTGAAAGGATTTTTATTTCCACAACCCCTCCAGCACCTTCAAACACTGAATTTCTGTTCAGCTAATCTTTTAACCTCCTTGTCGTATTAATGCATCTGTACTTTTTGCAACCAAATAAATTGATTGCAGATT
>XM_022663936.1
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Function

symbol description
ppm1a Enables R-SMAD binding activity and calmodulin-dependent protein phosphatase activity. Involved in peptidyl-threonine dephosphorylation; positive regulation of transcription, DNA-templated; and regulation of signal transduction. Located in cytosol; nucleus; and plasma membrane.

NR:

description
PREDICTED: protein phosphatase 1A-like

GO: NA

KEGG:

id description
K04457 PPM1A, PP2CA; protein phosphatase 1A

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU39772 False 1612 lncRNA 0.46 1 60351273 60352884
TU39775 False 409 lncRNA 0.36 1 60355469 60355877
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XM_022663936.1 False 3263 mRNA 0.44 5 60355200 60364744

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103035477 six6b,six6,LOC103035477,LOC108434975,LOC107697293,LOC107589092,LOC107743981,LOC107701490 coding downstream 39626 60307935 ~ 60311646 (-)
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LOC103033873 hif1a,LOC107589062,LOC107743977,LOC107563689 coding downstream 173918 60163340 ~ 60177354 (-)
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LOC103034188 LOC108434976 other downstream 189206 60149397 ~ 60162066 (-)
snx17 snx17 other downstream 798362 59506926 ~ 59552910 (-)
G29478 NA other downstream 912974 59437600 ~ 59438298 (-)
LOC103023855 xkr6b,xkr6,LOC103023855,LOC108435015,LOC107746102,LOC107701509,LOC108258067,LOC107589046,LOC107723320,LOC107684793 other downstream 1265386 58998541 ~ 59085886 (-)
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LOC111191938 NA other upstream 4302 60369046 ~ 60369614 (-)
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LOC103043586 mark3b,LOC108412004,LOC107697167,LOC108258043 other upstream 1467097 61831841 ~ 61890729 (-)
fryl fryl,LOC107683942,LOC107665346 other upstream 2772207 63136951 ~ 63288108 (-)
G30376 NA other upstream 2965300 63330044 ~ 63334846 (-)

Expression


Co-expression Network