G229274


Basic Information

Item Value
gene id G229274
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NW_019170708.1
NCBI id APWO02000306.1
chromosome length 628061
location 481000 ~ 494237 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU311682
GTGATtttaatttcacatttaaatacaaattaaagccagaaatgaaataaatcaaacaaataagtaaataacaTCAGCCATCCCTAATCATCAGTGTTTCCTGtgctggagatacaaggttaATGTTGTTAGCAGTGCTCTGTATGCATATGTATATTCACATGCcattcaatacatttttaatttaacggCATTGgttataaattagattttttttttttgaacagagtaatatagaaaaaaataaatctaaattacAGTTTAAAGTTTCACTGCTTTATAAAGATCAATAAGGCAACAGATATGAACCTAAATGAGGcagagctgtgattggctgagagattCGTTTAATTGCTGCTATAATTGGTCAAATTCTGAGTTCAATTCTTTTCTGTGGcctaaatttatatttatatatttctgagTTTTGAATTGAAAATATCTAAatttataaaatgattaatgctttttcttaatatttcatTTATGTTACTCTTTTGATTCTCTATTGATTTAATAcctctcttttcttttgatTGGTTTTGGATGAGAgacattaaaatatatggatctaatttttaattttattttatttggaaattgtaAAAGCTTAAATTTCATCACCTCACACGTTcaaataaaattttttttttttttttttacgaattaTGCCATTAAATAtatcaaatgtattaaattcaatgtgaatatatttcaaatataaaaatttgacctTTACCCCAGTCAGAGGTTGTGTGGAGCGCAGCCCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGCAGTCTCAGTTCTGAGTGCAGGGCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGCAGTCTCAGTCCTGAGTGCAGGGCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGGCGGTCTCAGTTCTGAGTGCTGGCCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGGGCGTCAGTCCTGTAGGCGGGTCAGTACTGACTCTGCTATTGCTCTGAGTGAActgtaggtggcgctctctGGAAACGCCTGCAGGAAATCCCGACCTTCCTCTATACTCTCCGCTAACAGAGGATCCAACGGAACAGaacctacagagagagagagagagatacagagagagagaga
>TU311684
CTCAGTCCTGAGTGCAGGGCTCTGATTGGTGAATCTGCAGTGGGGGCGGTCTCAGTCCTGGATGCAGGGCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGGCGGTCTCAGTTCTGAGTGCTGGCCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGGGCGTCAGTCCTGTAGGCGGGTCAGTACTGACTCTGCTATTGCTCTGAGTGAActgtaggtggcgctctctGGAAACGCCTGCAGGAAATCCCGACCTTCCTCTATACTCTCCGCTAACAGAGGATCCAACGGAACAGaacctacagagagagagagagagatacagagagagagaga
>TU311685
CTCAGTTCTGAGTGCTGGCCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGCAGTCTCAGTCCTGAGTGCAGGGCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGCAGTCTCAGTCCTGAGTGCAGGGCTCTGATTGGTGTATCTGCATGGGGGGCGGTCTCAGTTCTGAGTGCTGGCCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGCAGTCTCAGTCCTGAGTGCAGGGCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGCGTCTCAGTCCTGAGTGCAGGGCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGCGGTCTCAGTCCTGAGTGCAGGGCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGCGGTCTCAGTCCTGAGTGCAGGGCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGGCGTCAGTCCTGTAGGCGGGTCAGTACTGACTCTGCTATTGCTCTGAGTGAActgtaggtggcgctctctGGAAACGCCTGCAGGAAATCCCGACCTTCCTCTATACTCTCCGCTAACAGAGGATCCAACGGAACAGaacctacagagagagagagagagag
>TU311686
CTCAGTTCTGAGTGCTGGCCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGCAGTCTCAGTCCTGAGTGCAGGGCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGCAGTCTCAGTCCTGAGTGCAGGGCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGCGTCTCAGTCCTGAGTGCAGGGCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGGCGGTCTCAGTTCTGAGTGCTGGCCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGCAGTCTCAGTCCTGAGTGCAGGGCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGCGTCTCAGTCCTGAGTGCAGGGCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGCGGTCTCAGTCCTGAGTGCAGGGCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGCGGTCTCAGTCCTGAGTGCAGGGCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGGCGTCAGTCCTGTAGGCGGGTCAGTACTGACTCTGCTATTGCTCTGAGTGAActgtaggtggcgctctctGGAAACGCCTGCAGGAAATCCCGACCTTCCTCTATACTCTCCGCTAACAGAGGATCCAACGGAACAGaacctacagagagagagagagagag
>TU311688
GTGATtttaatttcacatttaaatacaaattaaagccagaaatgaaataaatcaaacaaataagtaaataacaTCAGCCATCCCTAATCATCAGTGTTTCCTGtgctggagatacaaggttaATGTTGTTAGCAGTGCTCTGTATGCATATGTATATTCACATGCcattcaatacatttttaatttaacggCATTGgttataaattagattttttttttttgaacagagtaatatagaaaaaaataaatctaaattacAGTTTAAAGTTTCACTGCTTTATAAAGATCAATAAGGCAACAGATATGAACCTAAATGAGGcagagctgtgattggctgagagattCGTTTAATTGCTGCTATAATTGGTCAAATTCTGAGTTCAATTCTTTTCTGTGGcctaaatttatatttatatatttctgagTTTTGAATTGAAAATATCTAAatttataaaatgattaatgctttttcttaatatttcatTTATGTTACTCTTTTGATTCTCTATTGATTTAATAcctctcttttcttttgatTGGTTTTGGATGAGAgacattaaaatatatggatctaatttttaattttattttatttggaaattgtaAAAGCTTAAATTTCATCACCTCACACGTTcaaataaaattttttttttttttttttacgaattaTGCCATTAAATAtatcaaatgtattaaattcaatgtgaatatatttcaaatataaaaatttgacctTTACCCCAGTCAGAGGTTGTGTGGAGCGCAGGGCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGCGGTCTCAGTCCTGAGTGCAGGGCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGCCGGTCTCAGTCCTGAGTGCAGGGCTCTGAATTGGTGTATCTGCAGGGGGGCGGTCTCAGTTCTGAGTGCTGGCCTCTGATTGGTGTATCTTGCAGTGGGGGCGGTTCTCAGTCCTGAGTGCAGGGCTCTGATTGGTGTATCTGCAGTGGGGGGCGTCAGTCCTGTAGGCGGGTCAGTACTGACTCTGCTATTGCTCTGAGTGAActgtaggtggcgctctctGGAAACGCCTGCAGGAAATCCCGACCTTCCTCTATACTCTCCGCTAACAGAGGATCCAACGGAACAGaacctacagagagagagagagagag

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU311682 False 1124 lncRNA 0.35 4 481000 494237
TU311684 False 325 lncRNA 0.56 5 481000 493085
TU311685 False 557 lncRNA 0.57 3 491920 492783
TU311686 False 607 lncRNA 0.57 2 491920 492783
TU311688 True 1160 lncRNA 0.37 3 491920 494237

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103036421 NA coding downstream 10036 452117 ~ 470964 (-)
LOC103026596 LOC107667128,LOC107752991,LOC101471794,LOC100697574,LOC105908578,LOC105030909 coding downstream 60217 404550 ~ 420783 (-)
LOC103022950 LOC108415555 coding downstream 78396 309323 ~ 402604 (-)
LOC111196372 NA coding downstream 331217 143901 ~ 149783 (-)
LOC103036123 LOC108237137,LOC106516477,LOC107745898,LOC106517404,LOC107376678,LOC108413863,LOC107552490 coding upstream 4032 498269 ~ 518817 (-)
tbc1d24 tbc1d24 coding upstream 34166 528403 ~ 546704 (-)
LOC103029896 mss51,LOC108276074,LOC108416967,LOC108416985 coding upstream 67669 561906 ~ 568087 (-)
LOC103039379 capn15,LOC107753037,LOC107677277,LOC107754538 coding upstream 95585 589822 ~ 624742 (-)
G229272 NA non-coding downstream 79388 401180 ~ 401612 (-)
G229271 NA non-coding downstream 98750 379058 ~ 382250 (-)
G229270 NA non-coding downstream 102026 377375 ~ 378974 (-)
G229268 NA non-coding downstream 108496 372055 ~ 372504 (-)
G229267 NA non-coding downstream 111845 368692 ~ 369155 (-)
G229293 NA non-coding upstream 15620 509857 ~ 510167 (-)
G229287 NA non-coding upstream 30234 524471 ~ 528387 (-)
G229298 NA non-coding upstream 60682 554919 ~ 555164 (-)
G229288 NA non-coding upstream 91365 585602 ~ 589097 (-)
G229304 NA non-coding upstream 104490 598727 ~ 599324 (-)
G229233 NA other downstream 257687 173215 ~ 223313 (-)

Expression


Co-expression Network