G163858


Basic Information

Item Value
gene id G163858
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000030
NCBI id null
chromosome length 11638347
location 11028116 ~ 11034985 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU186143
ACGCGAGATGTTCCCTGCGTTCTCCGTCTCCGGTCTGACCAGCATCCACCTGTTCCTCCCTGCAGCGGGTCACATGCGGGTGATCAGCACGCCTCCGCCTGCTACTGTACGTCCCAACCGACCCCGATCGCTCTCACTTTAAACATGAAATCATACGAATGCACAGAAGTTCTCCAGTGGATTCCGCTGGACAGAGAGCTGGTGTGTGTGGGTGTCTCTTCAGAAGGGAAATAATAGCAAGGGATTACAGGAGCTCATTAATTGGGACTCTTCCCCCTTAAGAATGATTGACAGACGGTTTCTGCTCAAGTAATTGCTCTAAATGGAGCTTGAATTCACCCCACAGGAGGGGGGCGACACTAATGAAGCCGTTTCTCCTTCCCCTTACAAATTTCAATTGTTTTAGAGACAAAAGGATGAACTGAAAGTTTTATCTGAGGCCTGTAGTATCAATTTGATTGTTCACTGGAACGCTTTATTAAATATTGTTGAATTATAGCATCAAATACTAATACAATTTAAATTATTATAAAATGTACAAAATATTATATTTAGATTATTACATCAGACATAGATCGTGTGTTGGATCGTTGTGTAAACTGCACGCTTCACAGCAGGTATTACAGTAAATACTCAATACTATCGCGTCAGGAATAATTAGCCAAGTAATTAAAGTAAATGACATGAGCGCAGACTCATTTAACAACTCATTAAAGAGTTAACTCAGGCAAACTCATGAGTGATCGGTGCTTATTGAGAGAAATGACCTCGGAACAAGATTAACTTGACCGCGTTCAAATGAAGCCATGAAAATGATCTTTTTGCTTAAATTCTGACACAGCACTATGCTATTTTGGAATATTTACACAACCCAAGCAATAATTTCAATTAAATATAGAGTAGAAACACTTATCTGACCATATAAAGTTTCATATGGTCAGATCAGTGTTTCTACTGTATATTTAATGGTTTTTAGACACTATTCTTTAAAATCTCATTTTGTATGTTGGACTCAATAATTGGAAGAAGTCCAAATCCTTGATTGGCTAATTGAGGTTGATCAGCAACACCTCCAATGAGGCTGAAGACTGAAGATTTGCTCTGACCTCAATGAAGTCTTAAGATACTTTGAAGAAACTCAATCCCTGCATTTGTTTTGGGTCAGTGTTAGTGCATCTCATACTGTGCCAAACTGGGATGAGCCATAAATGATAAAGAAATGGTCTAAATTTTGGTGAATGGACTGCAAATACCTCATGGATCTCACTGAAATACAAAAAACCTCGGATCGACCAAATGTTATGAAAAGACGAATGTAAGGCCTCAAGCTAAGATTGACTTTAACCATATGTTTGCGTACATGTTGCCAGATAAATGTCTAAGTCTCGTAAGCAAGACGCAATCCTCGAAGGACAATTTAGTGATCAGAACTAGCGAAAGGTCGGAGATAGAAAATACCTGGAAAGCTTGGAGTTTGACCGTATAGGCCAAACAGCTGCTGCTCACGTGCACAAGATCCCTGTTGATCCCTGAGTTCCTAGAAAGGAATGGGAATATGTCCATCCATACATCCTCCGATCCTTCTACTTATTGCCATTTATCTTCTGATATATTTTTTTGACATCAGAGGCAATGCGTCCAATCAAACTCTTGAGTATTTTAGAGCAATTCAATTTTACTTTGTAGAAGCTAGTCAAACATGGACAGGTTGAGGAAATGCCTCTTGACAGTCAAATTGCATTAAAACCAACCCCAATGGGCCAAGAGAATAAATATGTCAGAATTCAATTTTGTACAATAAACAATTGTGGTGGAGTGTTGGGGAATGTCAAGCAAAACCAGTTGAGAACCACTGATCCACACTATCAGTCTGGTCATAGAGTCATCAACGATTCGAGTTCTCGGTTTGATGTTTGATGGGATTGGGCAAGAGACAGTGCAATTATTCGATCAAGCTGATGTAGTTCCTGAAGCTCTGCACTTGTTTCCTCATTACGCTAATTGAGTACAAATTGGCTCAGAAGGTGCAGCGCAGCTATCAAGAGGATTAGGTTTATCAGATGACAACGTAAAGCCCTCTGATCCTATTAGACACAAAGCAGCTAACGCAGAGGAGCTGTGTCAGCTCACCGGGGGGAAGCAAGGAGAAAGACGAGAGGCAGAAAGTTGTACACAACATTTTGTGTAACAAAAGCATTTCACGCAATTCAGCTCATCAACAGTACAACTAGCTCATGATAATTATGAGTGAAATGGATTTGGTGAATCCTTAAGATATTTCCAAAATTAGATCCCATGCTTGACGAGCAGTTTTTGCGTTGTTTTTAATTATATAATGACCTTTGGTTTATCCCAGCTTTTAGCATGACTTGCTATTGCTAATTTGTAGGATTGATCCAGACTTTATTAAACAAAACATTTGTGTGCCCAGGCAAACAGCAGGACTCACTGAGATTTTAAATTTGATTTGTTACATCTTGCCAGCTTTGATGAGCACACTAGCTATAGATGCTAACATCAAAAGGCTAGCTATCAGACTTTGTGGACTAAATCCACAAAACTTTATTTAATGGGCATTAGATGTACAAACCTGACCCATAAATGAGATTCAGTGAGATGAATGTGAATGCTAATGGACTGTTAGTGATGTAGCTTTTGCCTTGGACTTACATTAACACCTAACCAGAGTTTTTTGGTTATGGATGTTATAGCCAAAATGCACTATTAGCAACTATTAGTGTACTTCTAGTGACACAGGAGTCAGAAAAGGTGTGGTTTTTGGCTAGTCATTTGATCTCAAGATGTCTGCTCTCCATTAGGTGAAAAAGACGAGAGGCAGAAAGTTGGCTGCTGTACACGTTTCGTGTAACAAAAGCAAATGCTAATGGACAGATAGCGATATGCTTATGGAAAATGCTAATCATAGTTAACGAAATAAAAGTCAGCTTGGAATGACACCTAGCGGTGAAAGCAAATGCTATATGCTAATGGGAAATGTTAATGGATAGTTATCAATATAACAATTGCCTTGGACTTACACTGACACATAGTGGTGAAAGTAAATGCTATATGCTAAAGAAAAATGCTAATGTATAGTTAACAATATAACAGTCACCTTGGACATACATTGACACATAACGGTGAAAGCAAATGCTATATGCTAATGCATAATTAACTATATAACTGCTGCCTTGGACTTACACTGACACCTAGTGACCTGGAGATTTTGGTAACTGAAGCCACTGCGAAATGCACTATTAACAATTATTAGCATGATTAGTGTATTTCTAGTGACATGGAGAACACTAGGATGGTTTTCCTAGAGAGTGGTTTTCGGCTAGTCGTGATCAAGAAGTCTGCTCTCCATTAGGTGAGAAAGATGAGAGGCAGAAATTTGGCTGTCGTACACGTTTCGTGTAACAAAAGCCAATGCTAATGGACAGATAGTGATATGGAAATGGAAAATGCTAATCACAGTTAATGATATAACAGTCACGTTGGTCTTACACAGACACTTAGCGGTGAAAGTAAATACTATATGCTAAAAGAATATGCTAATGATAGTTAGTGATATAGCTGTCGCATTGGACTTACACTGACACCTAGTGGCCTGGAGTGTTTTGGTCACTGAAGCCACTGTGGAAATGCACTATTAGCAATTATTACCATGTATTTCTATTGACATGTGGGTCACCAGGATGAAGTGAGTGGTTTTCGGCTAGTTATGTAATTTCAAGATGGCTGCTCTCCATTAGGCGACCCACTCAATGCAGAACAAAATGCTTTTAACATCCTTTTAATATGTGCTAGATAGAAAAAAATGCACCTTTAAAACAAAATTTGGTCCCAAACCGAAAGCCGTACCAAGACCCGAAATGAACCCATCTTGTTCAGAATGACTGACATGCGTTTATCCCTCAGTGATGTCCTCCCTCAAGTTCCTGTTCTCCTGACATCTTTTAGTAATCTGTAGATTAGCACATAAGACCCCTCTGTCAACCCAATAAATGCATGACTGTATACAGTTCACCTGTACAGCGATTAACCAACCATATGGAGGCTCACGCTGGAATCCATCGTTGTTTCCATCAGATTCTCACATGAATATGAATCTCTTTGTTCCCTCAAAAAACATGCATGTTGATCACGAGTGGGACAGGACCCCTGTGGGGGAGAGACTTAAAATGTGTGTCAGTTTAATTTAATCAAATTAACTTAACTCTCTAACCTTTTGCAGATTGAAACCAACGCAATTACTAGCGGTCAATTGCATAATATGTTGTTAGATGCGTCAAACGTGTAAATTGCTAAACTAGTTATTATGTAGGTGGTTTTGTAATTAGTGGCCAAGTCAAGGGCTAACGTGTTCCTGGATCAACATCTTTTTGGATCCTGGAACAACATTCCAATCAACCAATCAGATTTGAGGGACAAGTTTACAGTATATTTCTTCTACTACAGTACATAATTTCTCTCTGATTTTAGGTTAGTTCAGGTTAGGACTATCTTTTCAGCCAGGAATGTTGTTCCAGGATCAACAAAGTATGTTTTCTTGGCGAAATCTTGGTGACCCAAGTCAAGCATCACCAGTGCTTATAGTTAATATTAGTGATCTCATCAAACCCTTCACACCAAGCACTAACTTTTGCTGTGTAACTCGTCCAGACATCTGTGCTCCAAACATGAATGATTCCTCAGATCTGCATAGTAACATACTAAAAACACCATGAACACCTTAGTGATTGTATAGCAACAGGTTAAAAATAAAATACCTTAGCAAATGCATAGCAACCACATAGTGACATGCTAAAAAAAACACCACTAATAAAAAAAAGAAAAAATGTTCGCATAGGTAAATGTCACACACTGTTAGAAAATATAAAAATGTTGTTTTTGTTAGTAACACACTGTTGATTATTAATGTCTTTTTAACAGATCTCAGAGGTTTCTGCTGTGTCAGTGACTGTTTCATGCCCTTAATTTGTGTTTTTGGCCTCAAT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Function

GO:

id name namespace
GO:0016071 mRNA metabolic process biological_process
GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions biological_process
GO:0000377 RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile biological_process
GO:0006397 mRNA processing biological_process
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome biological_process
GO:0016607 nuclear speck cellular_component
GO:0005681 spliceosomal complex cellular_component
GO:0005685 U1 snRNP cellular_component

KEGG:

id description
ko03040 Spliceosome

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU186143 True 6493 lncRNA 0.37 2 11028116 11034985

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000030_10987288_10989182 ATCAY, ATCAYA coding downstream 38492 10986291 ~ 10989624 (-)
CI01000030_10982784_10985399 MIBP coding downstream 42161 10982515 ~ 10985955 (-)
CI01000030_10977260_10979944 NA coding downstream 48172 10977224 ~ 10979944 (-)
CI01000030_10971452_10974167 MYDGF coding downstream 53949 10970857 ~ 10974167 (-)
CI01000030_10944729_10953518 CERS1 coding downstream 74598 10944729 ~ 10953518 (-)
CI01000030_11059372_11062362 NA coding upstream 24295 11059280 ~ 11062577 (-)
CI01000030_11094055_11098495 NA coding upstream 58338 11093323 ~ 11098606 (-)
CI01000030_11134706_11152138 NA coding upstream 99393 11134378 ~ 11152410 (-)
CI01000030_11179086_11180765 NA coding upstream 143788 11178773 ~ 11180867 (-)
CI01000030_11199783_11206126 NA coding upstream 164679 11199664 ~ 11206532 (-)
G163694 NA non-coding downstream 6217 11017444 ~ 11021899 (-)
G164370 NA non-coding downstream 103469 10924310 ~ 10924647 (-)
G164368 NA non-coding downstream 107853 10920004 ~ 10920263 (-)
G164364 NA non-coding downstream 117699 10910164 ~ 10910417 (-)
G164363 NA non-coding downstream 119183 10908547 ~ 10908933 (-)
G163840 NA non-coding upstream 51563 11086548 ~ 11102629 (-)
G163678 NA non-coding upstream 52623 11087608 ~ 11189504 (-)
G164397 NA non-coding upstream 140532 11175517 ~ 11176036 (-)
G163677 NA non-coding upstream 149197 11184182 ~ 11185015 (-)
G163703 NA non-coding upstream 181017 11216002 ~ 11216767 (-)
CI01000030_10343879_10366274 NA other downstream 661761 10343865 ~ 10366508 (-)
CI01000030_10103451_10131419 NA other downstream 906396 10102944 ~ 10133765 (-)
G164071 NA other downstream 1551852 9475188 ~ 9476264 (-)
CI01000030_11494792_11495184 CTXN1 other upstream 459353 11494183 ~ 11495854 (-)

Expression


Co-expression Network