CI01000049_08357834_08391102


Basic Information

Item Value
gene id CI01000049_08357834_08391102
gene name NA
gene type misc
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000049
NCBI id null
chromosome length 9665442
location 8357699 ~ 8394596 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>CI01000049_08357834_08391102.mRNA
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>TU238377
GATTTGTTATTTAAAAAATCCATGACATATTTGGACAATGGGCGGCGCCATTTTGTTTAGGTGCATTTTGTCTTGTGCATCACAGCTCACACGCGCTTTGAGGCAGTCTGTCTCAATCGAGATGTGTTATAGGCTTACCTTCGTCAGTCTCCACGACAGGTGCGGAATTTGGTTAAAGCACACACTTATATCCATCGGCAACTGTAAGCTCTTTCAGCTGTGGTCTTCTAAAAGCCTCAAAGGCACCAGGGCTTGTAAAGAGAACAAAAACGCGGATCTTTAGGAAGTTTTATTCATCCACATTCTTCACACTTCCCATTCTTCTCTCATCTTATCAGTAGTAAAGCAGTAAATACTTACATCGCTGCTCTTGTGGCTCATCGACTGAAAATTACAACCAAAAGCTGCACAATGTGGCATCATATATTATATCCCGAGTTGTGTTGAGGTAAAAATAGCAATAGGACAGTCGCTCAGTGAGTGCAACCATTTGACGTCACGCACTGTGCACCTAAACAAAATGGCGCCGCCGATTTTTTTTAAATAACGTAAATCTTTCATGGGTTTTCTACTACATATTTCAGTAAGAGACATCATTTACGTTATATTAAGCCATACAAGTCATACCAGGGGTTCCCTTTAAGCATCAGTCTTTATTCTTCCTGTGCATATAGCTGACAGAAAATAAGACATGCACTGAATGTCATGACAACAGCAGAGGGATCATTAAACACCTTTAGAGTCCATTTCTTTTTGTCCCAGGTTTTAATTAAAGGAATGTTCCAGGTTCAATAAAAGTTAAGCTCTATCGACATCATCCTTGGCGTGTCGTCGATCACCACAGAAGAACATTTCCACTCATCCTTTAGTGAGCAAAAACTGGCAAAGTCATGTTTACGGTAATGCACTTACAATGGAATTCAATCAGGCCAGTGCATTTAAGAAAATCTGTACTGTTAAAAAAGTGAAGCAATGAAACATTATACAGAAGACTAGTGTGTAAAAACATGTTTATATCCAGTTTTTCAACTCCTAACATGACAGTTTAAACCCAGTAAACCCAGAAAAGGACAGTAAAGAAAAAAAAAAAAACACTCAAACAGGTGTTACATTGGTAACAAGTATATACACCTATAATTACTTGTGATACATTATTTGTAATGAATATTTAGGAACTATTTAAGATGAAAGACTTTATCTGCTCACTTGAACATGTACAGTGAACATTCCCCTCATTTCATGGCCATACAAAATCATCATCATTGGCATGAAATGTCTTTCTCTGGTTTATTTAAAAGCTTACTCTACCATACTGTGAGAGCATGTCAGTTATATAGCTTCCCATAAAATGTAGCTAATGACCTTTATACAGCTCTGCAGCCTTTTTTTATTTTTTTGAGCACTCTATCAGTTGTAGCCTGGCAACCGTTGCTATCCACCATTAACTTGATCAGGCTGGGACAGCCATAGCATTGACTTTATGTAAATGCATCACAGATGGAAAACATGGCTAAATTGCAAGACTGGATGATAAATAATCCACATCTAATTTCTTCAGGTCCCATTTGGCTTTTGAGTTTGCAATGACACCAGTACCAGAGCAAACCAATTTGCAACCATACGCCATTCAGTAAGCAGAAAACTAGACATGGCAGGATCATTATCAAACAATGAGCTAAATATGGCAGGGAAATTTATGTTTAATGTACCTGGCAGTATTTGATTATTAAAAACACATAGCATAGGCTTGTTATGCTGGCAGTAGCCTCTGACACCTAACCTGTGATATTGGTTTTCTCTTTATTCTGTGCAGTCACTCGAACTTGATAAATTGATTGCTTTTAATGGCTTTTGGTCATTTGCAAAGGTATTTTTTCCTACATTCTCATTCTTATGGAAGCCTGTTTCCACCTCAGAGTACAAAATAAAAAGGTTTCGGGCCGGCTTTAAACGGGTTTTCCGCTGGTGCCCGTTTGTGAGGGTGTCTGACTACGACGAGCTTGAGCTGCGGGCCATGCGGCATAAAGTAGCGCGTCAGAGCAGCATGTACACGCTCTCACGAATGGAGACCACCGTTGTCGCTGTGTGTGACCCCTCAGAGCCAACCGCCCACCCAGGCCGGAAGAGCCTTCACAACCACCAGCACAACGGCTGCTCCAACCCGGCCAAGAGCAAAGAAGTAACGTATATGCAAAGCGACCCGAAGGAGGAATTCTGTTGAGATGGACTTTTGATGTAAGATTCACACTGAAGTATCAAGCACAGCCATTTTAACAAACCTCATTCTGTAAATTTGCAAGGGATGTTAAGAAGTAAAAAGCAGACTGTTTCAGTTTCATTTTCGTCATATCATTAATTAAATATGCTAGTATAACAGCATCCTCGTACAGTAATTTTTCAAGAAATGTGTTTTATGGAACATGTTTGGTGTGCTTTGCCTTGAAAACTTGAGTCACCCCACAGCACTCGTCATCACAAAGACCAATATTGTCCAACATCTGAGGAGCACTTTGTCCGTCCCAGAAATTGTAGATAGAGGTTGCCCTTTGATGCCAATCAGGTACTGTTCTCTTTCATCATGTGGTTAGCAAGGTTAGCATGCTACATGAATGCCAAAGGTCTGATTTCTCCCTGGAGCTGAACACTCAATTCTTGTTAAAATATCTCATGTTTGAAATGGTTCAGACTGATGCTACATCCTGGGCAGCTATGTGAGTAGGTTGCTTTTCCAGCACACAAGCTACTTGGCTGAATTGGTTAGCTTCATATTCTCTCTCAATTAATCTAATACATTTAATTTATCTGATGAGATGGTAAAACCAGTTTTGCATCAGTTGTAGAATAGCAATTTGGAATTGTTTGGAATTATTACTACTGCACTGTGTATGAAGATTTTCATTTTGCATGGAATAACTAGATAAACTGCTCAAGTGCACTGTGTGGGATAATTTATCCTAAAATGCAATGCGCATGACTTTATGAACTTTCATTTCAAAGAACCAGCGGTGTTCTTTGTTGTTACATTGTTTCATTGGTCTGCTGATCAAATTTGTATTTGTTTCTTTGATAACTGGTAGCTACTTGCTGAATTAAACATGCACAGAGCAAGGTAGCGTGCTGCTCTTTAAAAATGTGTGCATAATGTGTACTGTTGTACATCCTATTTTTAAAATATATATGCAGCATACAGTGCTGCAGGAGATTTGGTCAACCAATGCTGTATTTATTTGATCAAAAATACACTAAACAATAATAGGTTACACTTTAATTTAAGGTGTCAGTATTACAGTGTAATTATACATTTAAGTACTGAGTAATAATAATTAACTACATGTACTTACTGTAGGGTTAGGATGAGGGTTTGGTTTAGGGTTAATTGCATGTAATTATGCATAATTTATAGTTATTACTACAGTAACTAAATGTAACGTGTAACAATGACACTGTAAAATAAAGTGTTACCCAGTAATATTTGAAATATTGTTACAATTGAAAATAACTGATATCATTTTTTTATTTTAATATATTTTAAAACTTAATTTATTTTTGTGATGGCAAAACAGACATTACTCTAGTCTTCAGTGTCACATGATCCTTCAGAAATCATTCTAAAGGCCAATTCACACTCCACCGACAGACGGCAACAGAGCTTGTTTTCGCCGTTTGAACATACTGAATCGGCTCTTGCCGGGTTGTGGAATGTCTGAGAAATTACATATTATAATTTGGTGATTGTCTGTGCTGGTCATTGTCTGCCGGTGCGAATTGGCGGTGCGGTGTCGGTGTGAATTGGCGTTAATATGCTGATTTGGTGCTTAAGAAACTATTAATTTGTTTTTAAAAAATCTTACTGACTCAACAGTTTTGAAAGGTAGTGTTCATAATATACTGTAATTTTACGATATAAAACAGTATGCTGGCTAGAACTTAATTGAAATGCTTAAGCAAAGTGAATTCATTCAAAATTCACTGATACTATCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTAATTGTATATTGTCCATTGACATGGCTGTAAACCATCTGATAATCGGCTAAGCAGATATAGTTAATCAGCTGATGAATCTCAAAATGTCCAAATATTGGTCCATAATCGACCTGGCTAACTACGAAATATGCTAGTTTGTTCCATTAGCACATTATGGTGACTGGGAGGGGACATGTTCGGTTCACTTATTCATTTGTGGGAACATCATATTAACTCGTAGGAACATGATAATATGTCGTGGCCACAAGATCATTTTGTCGAGGTAAAGACATCCTTATGTTCTGGCCTCGAGAATGACATATTCTTTTCGTGGTCATGACTTATGTTGAGGAAACATCTATTTCTTGGGACCACAAGTTTAATGCTGTAGTGTAGTGTCAACATGGCAGGGTGTAAGATGACTCAGATTTTCTTGTAATGTTTTACAAGAAAACATTACAAGAAAATCTGCAAAGAAAAATAGGTAGTGTTTTGGTTTACCTGTGTCAGGTAAGCTGAGACTGAAAATGGTGTGATTTATCTGGTCTGTTAGATTTCATTGGCATTGCATCATTACTTGGAATTGAAGTTTTGGGAGCAGTGCTGCATGGTGTAACTACTTGCTTATCTGCCAGATCAGTGAAGTGTCTGTTTTTGCACAGACTCTAACTGAATGCTATAGTAATGATTATAGTACATGACTTATTATCACACCTTATTATCACACAGTACCCAAAACAGACCAACACCTCAAGAGTCATTCATCTATAAAACTCTTTTCTAATAATTTATCTCCCAATCTTTGAGTTATTTTGTCTATTCTACCCCCTACTTCTTATTTTTCAGTTTTAGGCATTTTCTTTGAAACTCTGCCAGCAAAGCTGGTGTTTCCTGTGTACCCTTCAGTGAAGCTTCCAGCTGAGCACCATGAGGGGTCGGTTTCTCAAACTAGAGACTGTGATGTATTTGTCCTGCATTGGGGCCGTCCACTTTCTGTCCTGGTTAGATTTAGTTTGCT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Function

NR:

description
tachykinin receptor 3-like protein

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
CI01000049_08357834_08391102.mRNA False 1638 mRNA 0.48 8 8357699 8391237
TU238377 True 5715 lncRNA 0.37 2 8387901 8394596

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000049_08336944_08342116 NA coding upstream 15558 8336944 ~ 8342141 (+)
CI01000049_08332719_08335569 NA coding upstream 21904 8332535 ~ 8335795 (+)
CI01000049_08326623_08329601 NA coding upstream 27800 8326285 ~ 8329915 (+)
CI01000049_08324408_08325532 NA coding upstream 32146 8324071 ~ 8325553 (+)
CI01000049_08319289_08322822 NA coding upstream 34458 8319289 ~ 8323241 (+)
CI01000049_08426993_08448781 NA coding downstream 35756 8426993 ~ 8449074 (+)
CI01000049_08454444_08471856 SUCLG1 coding downstream 63105 8454342 ~ 8471856 (+)
CI01000049_08707784_08716438 NA coding downstream 314764 8706001 ~ 8716635 (+)
CI01000049_08918472_08920408 LRRTM1 coding downstream 527117 8918354 ~ 8920583 (+)
CI01000049_08933819_08935755 LRRTM1 coding downstream 542464 8933701 ~ 8935930 (+)
G210270 NA non-coding upstream 124746 8232719 ~ 8232953 (+)
G210241 NA non-coding upstream 125758 8231251 ~ 8231941 (+)
G210262 NA non-coding upstream 202639 8154659 ~ 8155060 (+)
G210228 NA non-coding upstream 289602 8067658 ~ 8068097 (+)
G210227 NA non-coding upstream 290287 8067038 ~ 8067412 (+)
G210369 NA non-coding downstream 269743 8660980 ~ 8661202 (+)
G210545 NA non-coding downstream 627430 9018667 ~ 9018976 (+)
G210424 NA non-coding downstream 725810 9117047 ~ 9261427 (+)
G210625 NA non-coding downstream 807872 9199109 ~ 9228087 (+)
G210666 NA non-coding downstream 872812 9264049 ~ 9264288 (+)
G210091 NA other upstream 478843 7873750 ~ 7878856 (+)
CI01000049_07219171_07224229 NA other upstream 1060637 7218811 ~ 7224268 (+)
G209660 NA other upstream 1475669 6878133 ~ 6882030 (+)
CI01000049_04473766_04475768 GM10043, LSM6, SNRPF, BRAFLDRAFT_125735 other upstream 3881429 4473662 ~ 4476270 (+)

Expression


Co-expression Network