XLOC_001413 (si:ch211-71k14.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_001413
gene name si:ch211-71k14.1
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 42281308 ~ 42289861 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00002315
ACAGAATCCAGTCAGATGGAAGCAAGACGCCAGAGCCGGATTTCTGTACATCCATTTGCACAGTACTGTACAACAAGTTTCCTTTGCTGAGTTCCTTGGTCaggggtttaaacacattttctgtCCAGTACTGCAGTTGGAATTTTCCATCAacatttttatgaCAACCAATGTCCATGTCAAAAGAGCGTCTATTCTTCAAGCTCTCTTTACTTACCTTGGTGAGGATGAGGCATGCCTGGTGAAAGAATACATGgaCAATCAAAAAGAAGAATTTTTGAAGGACCTGACAAACACCGCCATGGCCATATGTGTCATCAAAAAGGAAAGAGGAGATTATGAGGACATTGGCATCGTTGTGGATGGAACAGTGATTATTGAACAGATAAAATCTGTTGCACAAGCCTGTGCACTGATGTTGGGGGCAATTTATGTGCTTGATTTGGCCtacccaaaagaactcaaatacTATTACGAGTTTGCCCAAAAAGTACTTGTGCAAATGAACTCTGACAAGCTCTCCTCAAAGGTTCTCATACTGGAAAACAGTGTGATACTGTAATTTTAAGCATTGAAGTGTTAATAAATGCTCAACAACCAAAATGTATATCATATATAAATTGCAGTTTAGTGTAGGAATTGTTTAATAAGTGAATTCAGTTTTCTTTGTGTGCAAAATTAATTAGCTGTAGGAACTTGTTTTAaatggtgtgcgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgagagagagagagagagaacatgtGCATTCTATAAACTTTGTATTTATTCCATTTCATACAACTTGTAGTTGCTCAATATGTTAATGAgtcattttttaaagttaattagttgattattttgtgtattggggtgtgtgtgtgtgtgtgtcataaggATTGCCGTTTGCTCCAAGACTTCATACAGTTTCTTTTATGTgttggtttaaattaaatgtgctgTACAAACTGTTTATTGTGTTATGGTGTGCTGCTAAAGCATTTTTAGGCAGTGATTtaggttttgttaaaaaaaatgcatcttaaaaagtcattaaaatgaattcaaaacaAATGTG
>TCONS_00003461
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>TCONS_00002316
ATGTTCCGTTGCCTCGGCGCCAAAGCCCAAAGGAAGGTTTACAGAATCCAGTCAGATGGAAGCAAGACGCCAGAGCCGGATTTCTGTACATCCATTTGCACAGTACTGTACAACAAGTTTCCTTTGCTGAGTTCCTTGGTCaggggtttaaacacattttctgtCCAGTACTGCAGTTGGAATTTTCCATCAacatttttatggtaagtaactgCAAAACATTTATCACTACACATTACAGTAAACAGTTTCTTAACTGAATATGTTGCTCTGAAAAATCTAAATAGTCCCAAAAAaggaaatttactcactattcactCACCATGTTTccatggttccaaacctttgagtttcttttatctgt

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000087061

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00002315 False 1070 mRNA 0.36 4 42281308 42289704
TCONS_00003461 False 3341 lncRNA 0.36 1 42286521 42289861
TCONS_00002316 True 364 lncRNA 0.39 2 42288236 42289744

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_001412 BX927206.1 coding downstream 3658 42277523 ~ 42277650 (-)
XLOC_001411 adra1d coding downstream 298726 41957210 ~ 41982582 (-)
XLOC_001410 NA coding downstream 404531 41874937 ~ 41876777 (-)
XLOC_001409 rnf24 coding downstream 463524 41770842 ~ 41817784 (-)
XLOC_001408 NA coding downstream 520146 41757056 ~ 41761162 (-)
XLOC_001414 lrrtm1 coding upstream 486692 42776553 ~ 42779075 (-)
XLOC_001415 CR925858.1 coding upstream 684899 42974760 ~ 42974875 (-)
XLOC_001416 NA coding upstream 841029 43130890 ~ 43155453 (-)
XLOC_001417 NA coding upstream 1228348 43518209 ~ 43617169 (-)
XLOC_001418 suclg1 coding upstream 1362619 43652480 ~ 43684584 (-)
XLOC_001406 NA non-coding downstream 672606 41599218 ~ 41608702 (-)
XLOC_001407 BX005288.1 non-coding downstream 680156 41601035 ~ 41601152 (-)
XLOC_001427 CR385050.3 non-coding upstream 1662437 43952298 ~ 43953627 (-)
XLOC_001440 BX908740.2 non-coding upstream 2244764 44534625 ~ 44536218 (-)

Expression


Co-expression Network