rcan1b (rcan1b,LOC108258573,LOC108429864,LOC107555267,LOC107698909,LOC107718018)


Basic Information

Item Value
gene id rcan1b
gene name rcan1b,LOC108258573,LOC108429864,LOC107555267,LOC107698909,LOC107718018
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047620.1
NCBI id CM018566.1
chromosome length 19313417
location 5363553 ~ 5381998 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_026931967.2
tcactttattaattCTCGCGCGCGCTGTTCACATGCTGAAGCAAAGCACTGCTGCACCGGCAAAACCGTCATGCCATTTTCTTGTACTTCTAATTGCTTTTACATGAATCGTCGTCATTTCCGCTTCTGGAAACAATTTAATTCGGCGCCATAAAAACCACTGACGTGGTCCGTTGTGCCTGACTGCACGGGGGACCTGTGAAAGTCCCTCAATGATGAAACAGCGCTCGGACCGCTGTGCTGTGGCCGCGGACGCCTCCGGACGGACCACTGCGGCACGAACACAGCCGTCTGCTTGAAAGAGCTTGTTCTTATCTGACATCAAAACGGCTCCAGCGTGTGCAAGCTCGACCATTTTTTGTTTACATCCGCCATGCAGGAGTCGGATAAACGAAAAGGGGCGGCGACGACGGACGTGCAGGTCGACGAGCAACCCAACGCGCTCATCGCGTGCAAAGTCCCCGACGAGGTCTTCAATGACACGCGCGTGAAGgACCAGTTTGAGACACTGTTTCATCAGTTTGATGTAGGAGTATATTTCCAGTTCTTCAAAAGCTTTCGCCGTGTACGCATTAATTTCACCAACGCAGTGGCTGCTGCTCAGGCGAGAGTGAAACTTCACAAGAGTGATTTCAATGGCAAAGAGATGCGCCTCTATTTTGCCCAGTCTGTACATATAGGCAGTCCTCGACTAGAGCCCCCAAAGCCAGAAAAGCAGTTCCTCATTTCTCCTCCAGCTTCTCCTCCAGTGGGTTGGGAGCAGTCTCAAGATGCTACGCCCATCATTAATTATGACCTACTGTGTGCTGTCTCCAAACTTGGTCCAGGTGAGCAGTATGAGTTACACACTGGAACCACCACCACTCCTAGTGTGatagtgcatgtgtgtgaagacGACAGCTCAGATGgtgaagaagaaacagaaggagGAACCCGGGCCCGCCCCAAAATCATTCAGACTCGGCGCCCAGATTATGCTCGCTCTGTCAAGAAGTGAATTTACTTGACGATCCTGGCAAACTAGTAATCAAACTCCACATCACCAAGGAAGCAGCAAATATAAGCACCTCTTTCTGATATGGAATATCCCATCTTTACCATCACATATGCTTCTGATTTAAATCTGGTTAATTACAGTAGAACAAGCCATTTAGAAgtgaatttgattttatttgatttaacaAAGGGCCCTTCTGCTTGGCATTACATTCATATACTGCGAAAGTGGCATATGGAGGGTGCTagcttgtgttgtttttttcttgaattttctaaaatacattttcttcatGTGTGAAAGTTAACTCTGCATTGTTGAGGGCCACTCACTGTCATTATGTTGTAGCCTGTTGTCTGTCTATGTTGGTTCTAGTATTGtgcaaaaatgtaattattgttgCTACAGTTTTCAAAATTTTCTCTGATTATTATGCACTTGgggccatattcagagctgAGTTAACCATGtgtagtgaggagttaatactGACATTGCACGGATTCAGACCTCAGAGACAACTATAGACTTGATCCATGCTCACGCCAGCCTTATGCCCTACAAATTTATTCATTGGGCTGGAACAAAATCAGGTGGTGATGGACATGTCTGGAGGTAAAACACTGCTTCAGTGAACACCTAGTTTCTTGTTTGTCTTGTTGACTAATCTTTGCGTAGTGCTAATAGCCACTAGATTGTTAGCTTGTTAAATAGCCTATTACCAGCAGGGTTGATTTATCTATATTTAATAGCTAAAcaatagctaaaaaaaatatgtattcattttttataatgttattgTATGACACAGGGTGTTCTGAAACAGTAAGAGTAAGCATTTCCTCCTGAGCTGGAGTCAACTTTATGCAGATTAGAAGTGGCAGCCCCATGGTGCTTGGCTCAGGAGCCAAGGTGCTATTGTCTGACTGCAGCTAATAATGGTCCATGGTAATGGATAGTTCCATCTACCAAAGtgtcctcccaaaaacatattgcatgaaaaattatttataggAGTATCATGCTTCTCTGTAATGCAgaggtgtccaaacttttttcaATGTGGGCCAGATTAGACCACATCAAAATACTACTTAGGAATTATgcaaaatactaaatatttacGATATAATATGTATACATGCAAATCATAATGCTATTGCAAATGAAAAAGTATTATTGTTTCCAGCTCTTTTGAAATCTCACCTTCTTACTGTtaactttgtgcttttttttctgcagccATCACTAAATATCATTAATATGCAGGTATAgtcagaggaggaaaaaagggtCTTGCAATTTAGCAATTTCTGCAATATATTAgactattattatattgttaaatTAGTCAATTTGAATCTTTGTCTTCTTTTCATTAATTGTAAACTGTAATTTATTGTATCTTgctttaatgatattttttttattgcaattgacagcaaaaagaaaaaaaaatgtaatatgctTTGTGAGTCAACACTTTCTATCACCTTTTTTCTGGCTTAAAGAAAAGTGCTTATCTTTAAATGTGGTATATCCAGACAGAACTGCAAAACTCCTGTCCCAAGAGCTCTACACAAATTAAAATCAGATTGACTGATTGTTAATGAAAGAAAGGCAACTTCtgaggcatgaactacacatGGGTAATTTTAATAAgtgaataattttaataatctacCCAGAAATTCAAGTTAAAGAGAACTTTCCCTGCATGAATATTGACGTAACTTTTGAACACAAGTCACCACCTCTGAATACGGCCCTTGAAGAATAACGCCTTATTATGTGGTACACATTTGACATGACTTGAGTGTCGCTTCATATCTGTTACATAAAAGAATCTAATGTGATCTGTTGATCTGCTGTACTCTATTGTCTGTGGAGATTACTCAAAACCACTGTCAGAGGATAAAGAAAGTGAAACTTCAAAA
>XM_026931968.2
AGTTCCTCAGACGCCTCGCGCTGTAGCTGCACCTTTAACATCGAGGGGCCTAATCGCTTTTCAGACCGTTTACTCTACTCCTCATTTAGGCTGTGACACTTACATGCAGGTGAGGTGTGCGATGAATCATCATGAGTCAGTAGACAGCGAGCATCCACACGCAacggACCAGTTTGAGACACTGTTTCATCAGTTTGATGTAGGAGTATATTTCCAGTTCTTCAAAAGCTTTCGCCGTGTACGCATTAATTTCACCAACGCAGTGGCTGCTGCTCAGGCGAGAGTGAAACTTCACAAGAGTGATTTCAATGGCAAAGAGATGCGCCTCTATTTTGCCCAGTCTGTACATATAGGCAGTCCTCGACTAGAGCCCCCAAAGCCAGAAAAGCAGTTCCTCATTTCTCCTCCAGCTTCTCCTCCAGTGGGTTGGGAGCAGTCTCAAGATGCTACGCCCATCATTAATTATGACCTACTGTGTGCTGTCTCCAAACTTGGTCCAGGTGAGCAGTATGAGTTACACACTGGAACCACCACCACTCCTAGTGTGatagtgcatgtgtgtgaagacGACAGCTCAGATGgtgaagaagaaacagaaggagGAACCCGGGCCCGCCCCAAAATCATTCAGACTCGGCGCCCAGATTATGCTCGCTCTGTCAAGAAGTGAATTTACTTGACGATCCTGGCAAACTAGTAATCAAACTCCACATCACCAAGGAAGCAGCAAATATAAGCACCTCTTTCTGATATGGAATATCCCATCTTTACCATCACATATGCTTCTGATTTAAATCTGGTTAATTACAGTAGAACAAGCCATTTAGAAgtgaatttgattttatttgatttaacaAAGGGCCCTTCTGCTTGGCATTACATTCATATACTGCGAAAGTGGCATATGGAGGGTGCTagcttgtgttgtttttttcttgaattttctaaaatacattttcttcatGTGTGAAAGTTAACTCTGCATTGTTGAGGGCCACTCACTGTCATTATGTTGTAGCCTGTTGTCTGTCTATGTTGGTTCTAGTATTGtgcaaaaatgtaattattgttgCTACAGTTTTCAAAATTTTCTCTGATTATTATGCACTTGgggccatattcagagctgAGTTAACCATGtgtagtgaggagttaatactGACATTGCACGGATTCAGACCTCAGAGACAACTATAGACTTGATCCATGCTCACGCCAGCCTTATGCCCTACAAATTTATTCATTGGGCTGGAACAAAATCAGGTGGTGATGGACATGTCTGGAGGTAAAACACTGCTTCAGTGAACACCTAGTTTCTTGTTTGTCTTGTTGACTAATCTTTGCGTAGTGCTAATAGCCACTAGATTGTTAGCTTGTTAAATAGCCTATTACCAGCAGGGTTGATTTATCTATATTTAATAGCTAAAcaatagctaaaaaaaatatgtattcattttttataatgttattgTATGACACAGGGTGTTCTGAAACAGTAAGAGTAAGCATTTCCTCCTGAGCTGGAGTCAACTTTATGCAGATTAGAAGTGGCAGCCCCATGGTGCTTGGCTCAGGAGCCAAGGTGCTATTGTCTGACTGCAGCTAATAATGGTCCATGGTAATGGATAGTTCCATCTACCAAAGtgtcctcccaaaaacatattgcatgaaaaattatttataggAGTATCATGCTTCTCTGTAATGCAgaggtgtccaaacttttttcaATGTGGGCCAGATTAGACCACATCAAAATACTACTTAGGAATTATgcaaaatactaaatatttacGATATAATATGTATACATGCAAATCATAATGCTATTGCAAATGAAAAAGTATTATTGTTTCCAGCTCTTTTGAAATCTCACCTTCTTACTGTtaactttgtgcttttttttctgcagccATCACTAAATATCATTAATATGCAGGTATAgtcagaggaggaaaaaagggtCTTGCAATTTAGCAATTTCTGCAATATATTAgactattattatattgttaaatTAGTCAATTTGAATCTTTGTCTTCTTTTCATTAATTGTAAACTGTAATTTATTGTATCTTgctttaatgatattttttttattgcaattgacagcaaaaagaaaaaaaaatgtaatatgctTTGTGAGTCAACACTTTCTATCACCTTTTTTCTGGCTTAAAGAAAAGTGCTTATCTTTAAATGTGGTATATCCAGACAGAACTGCAAAACTCCTGTCCCAAGAGCTCTACACAAATTAAAATCAGATTGACTGATTGTTAATGAAAGAAAGGCAACTTCtgaggcatgaactacacatGGGTAATTTTAATAAgtgaataattttaataatctacCCAGAAATTCAAGTTAAAGAGAACTTTCCCTGCATGAATATTGACGTAACTTTTGAACACAAGTCACCACCTCTGAATACGGCCCTTGAAGAATAACGCCTTATTATGTGGTACACATTTGACATGACTTGAGTGTCGCTTCATATCTGTTACATAAAAGAATCTAATGTGATCTGTTGATCTGCTGTACTCTATTGTCTGTGGAGATTACTCAAAACCACTGTCAGAGGATAAAGAAAGTGAAACTTCAAAA
>XM_026931969.2
GCTACAGTTCCTCAGACGCCTCGCGCTGTAGCTGCACCTTTAACATCGAGGGGCCTAATCGCTTTTCAGACCGTTTACTCTACTCCTCATTTAGGCTGTGACACTTACATGCAGgACCAGTTTGAGACACTGTTTCATCAGTTTGATGTAGGAGTATATTTCCAGTTCTTCAAAAGCTTTCGCCGTGTACGCATTAATTTCACCAACGCAGTGGCTGCTGCTCAGGCGAGAGTGAAACTTCACAAGAGTGATTTCAATGGCAAAGAGATGCGCCTCTATTTTGCCCAGTCTGTACATATAGGCAGTCCTCGACTAGAGCCCCCAAAGCCAGAAAAGCAGTTCCTCATTTCTCCTCCAGCTTCTCCTCCAGTGGGTTGGGAGCAGTCTCAAGATGCTACGCCCATCATTAATTATGACCTACTGTGTGCTGTCTCCAAACTTGGTCCAGGTGAGCAGTATGAGTTACACACTGGAACCACCACCACTCCTAGTGTGatagtgcatgtgtgtgaagacGACAGCTCAGATGgtgaagaagaaacagaaggagGAACCCGGGCCCGCCCCAAAATCATTCAGACTCGGCGCCCAGATTATGCTCGCTCTGTCAAGAAGTGAATTTACTTGACGATCCTGGCAAACTAGTAATCAAACTCCACATCACCAAGGAAGCAGCAAATATAAGCACCTCTTTCTGATATGGAATATCCCATCTTTACCATCACATATGCTTCTGATTTAAATCTGGTTAATTACAGTAGAACAAGCCATTTAGAAgtgaatttgattttatttgatttaacaAAGGGCCCTTCTGCTTGGCATTACATTCATATACTGCGAAAGTGGCATATGGAGGGTGCTagcttgtgttgtttttttcttgaattttctaaaatacattttcttcatGTGTGAAAGTTAACTCTGCATTGTTGAGGGCCACTCACTGTCATTATGTTGTAGCCTGTTGTCTGTCTATGTTGGTTCTAGTATTGtgcaaaaatgtaattattgttgCTACAGTTTTCAAAATTTTCTCTGATTATTATGCACTTGgggccatattcagagctgAGTTAACCATGtgtagtgaggagttaatactGACATTGCACGGATTCAGACCTCAGAGACAACTATAGACTTGATCCATGCTCACGCCAGCCTTATGCCCTACAAATTTATTCATTGGGCTGGAACAAAATCAGGTGGTGATGGACATGTCTGGAGGTAAAACACTGCTTCAGTGAACACCTAGTTTCTTGTTTGTCTTGTTGACTAATCTTTGCGTAGTGCTAATAGCCACTAGATTGTTAGCTTGTTAAATAGCCTATTACCAGCAGGGTTGATTTATCTATATTTAATAGCTAAAcaatagctaaaaaaaatatgtattcattttttataatgttattgTATGACACAGGGTGTTCTGAAACAGTAAGAGTAAGCATTTCCTCCTGAGCTGGAGTCAACTTTATGCAGATTAGAAGTGGCAGCCCCATGGTGCTTGGCTCAGGAGCCAAGGTGCTATTGTCTGACTGCAGCTAATAATGGTCCATGGTAATGGATAGTTCCATCTACCAAAGtgtcctcccaaaaacatattgcatgaaaaattatttataggAGTATCATGCTTCTCTGTAATGCAgaggtgtccaaacttttttcaATGTGGGCCAGATTAGACCACATCAAAATACTACTTAGGAATTATgcaaaatactaaatatttacGATATAATATGTATACATGCAAATCATAATGCTATTGCAAATGAAAAAGTATTATTGTTTCCAGCTCTTTTGAAATCTCACCTTCTTACTGTtaactttgtgcttttttttctgcagccATCACTAAATATCATTAATATGCAGGTATAgtcagaggaggaaaaaagggtCTTGCAATTTAGCAATTTCTGCAATATATTAgactattattatattgttaaatTAGTCAATTTGAATCTTTGTCTTCTTTTCATTAATTGTAAACTGTAATTTATTGTATCTTgctttaatgatattttttttattgcaattgacagcaaaaagaaaaaaaaatgtaatatgctTTGTGAGTCAACACTTTCTATCACCTTTTTTCTGGCTTAAAGAAAAGTGCTTATCTTTAAATGTGGTATATCCAGACAGAACTGCAAAACTCCTGTCCCAAGAGCTCTACACAAATTAAAATCAGATTGACTGATTGTTAATGAAAGAAAGGCAACTTCtgaggcatgaactacacatGGGTAATTTTAATAAgtgaataattttaataatctacCCAGAAATTCAAGTTAAAGAGAACTTTCCCTGCATGAATATTGACGTAACTTTTGAACACAAGTCACCACCTCTGAATACGGCCCTTGAAGAATAACGCCTTATTATGTGGTACACATTTGACATGACTTGAGTGTCGCTTCATATCTGTTACATAAAAGAATCTAATGTGATCTGTTGATCTGCTGTACTCTATTGTCTGTGGAGATTACTCAAAACCACTGTCAGAGGATAAAGAAAGTGAAACTTCAAAA

Function

symbol description
rcan1b Predicted to enable nucleic acid binding activity. Predicted to act upstream of or within calcineurin-NFAT signaling cascade. Human ortholog(s) of this gene implicated in Alzheimer's disease. Orthologous to human RCAN1 (regulator of calcineurin 1).

NR:

description
PREDICTED: calcipressin-1-like

GO:

id name namespace
GO:0019722 calcium-mediated signaling biological_process

KEGG:

id description
K17901 RCAN1, MCIP1; calcipressin-1

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_026931967.2 True 2934 mRNA 0.40 4 5363553 5381998
XM_026931968.2 False 2607 mRNA 0.39 4 5364055 5381998
XM_026931969.2 False 2555 mRNA 0.38 4 5364050 5381998

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
kpnb3 ipo5,kpnb3,LOC107677849 coding upstream 127304 5198794 ~ 5236249 (+)
LOC113537771 NA coding upstream 155822 5207595 ~ 5207731 (+)
si:ch211-132g1.7 LOC108258292,LOC108258945 coding upstream 176160 5137584 ~ 5187393 (+)
knl1 knl1 coding upstream 710629 4627756 ~ 4652924 (+)
LOC113535752 LOC108439359,LOC100334711,LOC107723198,LOC107564241,LOC107692626 coding upstream 772078 4586287 ~ 4591475 (+)
LOC113537535 LOC108258302,LOC108429863,LOC107568777,LOC107709315,LOC107718016,LOC107555266,LOC105889574 coding downstream 16698 5398696 ~ 5407644 (+)
runx1 runx1,LOC108429862 coding downstream 92674 5474672 ~ 5515006 (+)
LOC113537746 donson,LOC102310661 coding downstream 136378 5518376 ~ 5528811 (+)
gart gart coding downstream 188596 5570594 ~ 5588637 (+)
LOC113537511 adamts5,LOC107698897 coding downstream 417475 5799473 ~ 5815365 (+)
LOC113537354 atp1a1a.4,LOC108429865,LOC100136184,LOC106575572,LOC100136390,LOC107568776,LOC107653679,LOC107555265,LOC107717913,LOC105889581,LOC106536549,LOC106525268 non-coding upstream 21068 5312577 ~ 5342485 (+)
G370807 atp1a1a.4,LOC108258576,LOC108429865,LOC108429869,LOC107717913,LOC107653679,LOC108429867 non-coding upstream 26345 5270716 ~ 5337208 (+)
LOC117596163 NA non-coding upstream 94049 5266169 ~ 5269504 (+)
G370811 NA non-coding upstream 110992 5252117 ~ 5252561 (+)
LOC117596136 NA non-coding upstream 247065 5113455 ~ 5116488 (+)
G370876 NA non-coding downstream 3639 5385637 ~ 5385841 (+)
G370882 NA non-coding downstream 13437 5395435 ~ 5395726 (+)
G370899 NA non-coding downstream 45889 5427887 ~ 5429408 (+)
G370902 son non-coding downstream 157988 5539986 ~ 5543237 (+)
G370959 NA non-coding downstream 178662 5560660 ~ 5561845 (+)
dmd LOC108258700,LOC107095375,LOC108439357 other upstream 449706 4653715 ~ 4913847 (+)
mpc2a LOC108258922,LOC107564279,LOC107692629,LOC107665976,LOC108439361 other upstream 813787 4536432 ~ 4549766 (+)
LOC113535386 LOC108258920 other upstream 835037 4518121 ~ 4528516 (+)
spry2 LOC108259026 other upstream 948654 4407472 ~ 4414899 (+)
LOC113535805 NA other upstream 2985553 2357669 ~ 2378000 (+)
LOC113537319 LOC108258902 other downstream 178084 5560082 ~ 5569295 (+)
G372351 u2af1,LOC102219527,LOC107380862,LOC103389252,LOC105917412,LOC101158751 other downstream 2767962 8149960 ~ 8153855 (+)
LOC117596101 LOC103370040 other downstream 3083710 8465708 ~ 8470214 (+)
LOC117596102 sh3pxd2a,sh3pxd2aa,LOC107692111 other downstream 4457098 9839096 ~ 9876553 (+)
pdxkb pdxk,pdxkb,LOC108258310,LOC108428208,LOC103021965,LOC105019670,LOC107376125,LOC106574311 other downstream 4831035 10213033 ~ 10259531 (+)

Expression


Co-expression Network