G130166


Basic Information

Item Value
gene id G130166
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030137.1
NCBI id CM030137.1
chromosome length 27060302
location 22799097 ~ 22805058 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU163171
AAAAATTGATATTATACAGAAGATTTGTTGACaccatatttataaacaaagaaagaaagaggctGTTCATTCATggactttaattaaattaatagcaTGTGAAATAAAGATGGCACCTTATCCAAGttgcaaatatacaaaaagaaacaaaaaagagattatcttgaaatgaaaactaTACAGATGCTAACTCatatataatgttatgttaAACAAATccaatattaacaaaacaaagttgTACAACTCTATCTTAAATgtttagctttaaaaaaataattttgaagacttttgGTACTGTGCAGTTTCCTTTAGTCACCAAAGGTGagattacaaacacacaaacaaacaaaaagaccaCACAGAGACCAATAGGCAGTCAGTGTGTATTAGTACAAAAGCCATGACACTGAAGATACTTGAGTAGAAAGGGATGAGACGTGTTGTATCTggaatacagtatatttttttattcaatatacGTAAGTATTTAGTCTTTTGAATTTGAACACATCATATGgataaacttttttattttaaattaaaatattaacaaatacatatataaaacaaagtccTAAAACAGCTGAAAGTAACTGAGGTTTTGACTGTCTGCAGTGTAATACAACTTTAAAGCTCAAATGAAAATTTGATTACACtgaatatacatgtatatgttatACCAATTCACTATAGTATGGTCAGAAAATAGCATTAATAACTGTGTTATTAAGTAGTAGCAAGTGTCCTTTATGCCCATTGTCACTTTAAATGGTCTGTAATTGGGgcataacacacatacacagtcagACTCttcattaatgtataaaatatatatgaaacactGGAATCGACTGCATTGCCTAAAGAAATTGGAAAACTATTCCCTTTTaatcaatcattaaaacaataaataaataaatacaaaatcttgaTATACAGtagtattatattttaacattttattattacaaatattccataaacttttattttgttcataaacaTTGGGAATTTGAACTGGTAACTACTATATTCAGCGCACAAATTGATAGTATTGAGTATCCTTTtgatttatagaaaataataatattctattCGAGATGCCCAAATTGAATACGttcattcttgttttgtatggatcaaataaagaaaagtctcccaaaatgaatttgaattaaaattaattccacTGTTAATGTAGAAtataagagtgtgtgtgtttatacttcagagaacaaaaacaatcagctttttaaaaaacatttcttggCAAAACTGTCTCAGACTTCCAGTTTAGCGGGTAGACCATGGGTTACATGTTGGTTCCAGTTCAAGCAGTACTTATTTAGtgggttaatatatatatatatatatatatatttaataaCCCACTAAATACCTTTGTACTTCTCAGAGGGCTGCTCACATGAGAGAAAACCCATACTGGAATCTAATCctcatgaaaaaaatacataaatacacaaataatgataataataaatgtcgAGATTGAGATTATAGAAGTATCAACTATGGACAGCTaagaatattttcaattttatgaacatcaataataatgacTGTCTATGTAATTAAACATCTGTGTCCATAGTTGATACTTCTATAATCTCAATCTCGACTTTTATTCTTatcattatttgtgtatttatttattttttcgtgAGGATTAGATTCCAGTATGGGTTTTCTCTCATATGTGAGCAGGCTGTCTGAGCAGTACAAAGGGACTTTACAAATTTAAAGTCTTAGATTGCAGGAATATTCattgacaaatatttcaaatgggCGATGTTAAATTTGAGGGAAGCAACTTGAAAAAGGACCTGCAACCTGCAATATCTTCATCTAGACAatttgtagaaaaaataaaccaggaTATAAATCAAAAGTCAACAAGTAACATGTTGGATTTTGGCATTTCCCTATTAAACCCTAATTCAGATTATTGTAAACGCTTGTGCTCAACACACTACAAGAAGGACATGATGCCCTAGAAGGACAGAGTAATGCCTTGTTCCATATAATTGTCTTACATGGACAGGTACAGAGGATGGTTAGTCTCAAAGAGAAATTTGGTTATTCGAAATATTAATCACACTAAGAGTTTCAGGGGTCTGGAACAATCTCCCCAGCCATGCACATGAAGCTCACTTTAGGGTTCCTTCAAGAAACATCTTGATGATTTTCTATTGGGCTGTTGGATGTAACCTTACCATACCTAGCTGCTTAGTACTTGCAGGAACGATTCCTAGTCACAGTCTAAAATCAACTTGTTGATGTTGGTTCCCAGATTACTTTTTGTAGTAAAAAGAAGGCATTGTTTCAGTTGTTATACAACATTTTGGTATGCTATTACATTAAGGATAatgaaaccaaatacaaaaagatttttaaaatataatatatatatcaggcACACAACACAAAGTCCATAGCTGCCTCTGCTGTTAAATTGAAGACACATTCAACAGCAGTTACATATCTGAGACAGCTTGTTCAACAGAGGAGTCAGTTATCTTTTcatgtagaaaaatatattagcAATCCAGGGAGTAGACAATAGAGCCTGGTACAAGAAAAATGGTACAAGAAGCATGAAGCTGTTTGGTGTTCAAGAAGGCAATATGATGTGGGCTGGGATGATTCCCTATGCATGTGGACCAATTTCCATTGCCCTACAGTTTACCATTTGCATGATACAGTTATTTGAACATGTATTGTGTATACATGTGAATGGCTCAGCTGGTTTGAATGGTTCTAATAACATCAATCTCTGTCCATTCCTATATGCTCACCAGTCAGTGGATTGACAATGGCTGGAGGCGGAGatgcttataaaatataaatgtacactgTGTTCCAATTTGACTGCAATCTTCCTAAGAAAGTAGAACTATACATAAACCATCAGCTTATGCAAAAATTTATTGTCGATTTCAAAAGTAAACGTAACAGGGTATCTATCTAGGTCTAGAAAAAGGGTATGTTTTACTGGCATTTTAGCTATGTTACTcctattcaattattttccctTAGAAGTTATCACATAGAAATCTGATGATCATGTGTCTATTATCACCCTGTTATATTACATAGGTTGAAGATGGCAATGCAAGATCATTTTTTGAGTATCCATGCAAGAAAACTATGCGTCAAACTGCAGGGCTAGAACAGTGAGCTGCAGTTTGAtggtaaattgtattatttgattgattaattgaatagTACCTCCTTGCACTGTTGTCTTCCAAGGGACAGATTTCAGAACatgacacaaaacaaatctagaGCAGGAGACCCCCATACTggtcctggggggctgcagtatcttcaggttttcattccactaGAGAACTGTGCCTAATCTGTGCTTACTCTGTCCAGTTCTGAGAGTGAATTTTATGAAGACATGCAAACACCAGCTGGTCTGTAgcactccaggaccaggactgatCTAGAATGATCAGCTTTCCCATTTCTCTGGTATTTGAAAGTAATCCTCAGCATTGTTCAGTAATGTTGGCAATGTGCTGAAGACCCATTCAACTGGAAATGCATCCCCACAAAATCTGGTTCTAGTCCTTGGTCCTTTTGAGCCCCAATCCAACATGTTATATAGGTCACCCTTACATTATCAACTGAAATTCAGTCCTTTAGAGATAATGAGACCAATCTTGCTTTCTAAtcctaataataactaatagCATGACACACACGAAAGCTAAACCAAGTATGTGCTCCATTTCTACACTTCACAGATGACACTTGCTAATCTGCTTGaacctgattttttttcctcttcatgtAATCACATGAGTGGTTTGTTATCAGTTATCATGCTTTTCGTGAACTGGAAAATTCTAATAAGAATACCAGGAACATTTCATTAAAGTTTGAATTGTTATCTTTCTTTTACTGTTCAGACTTAAGATTGAATGATATTTTTGACAGATACACTTTTAAAAGATTATATTAGTTTCatagtattttgttattttttagcACCCCTTTTCTTTTGGATTGTCTTCAGAAATCCCTGCAAGCAATCTCCAAGATTTCTTCTGtgatttctttctatttcttctAAAGTTAAGAATTAAGTGGTGGCCCCTTGTGGGAAAATATGTCAActcaaccatttaaaataatgataacatTACATAATTCAACATAAACCTGTGTTAAAGCATGGGAGtctaaatacaaatttgaataaCCATGTATAGACGTAAACCACATGTTTCTGTAAATCAAGCAAAACTAGAAAGGGATCACTTCAGTATGATATTGATCTGAAGAAATTAGATTTTTCTTATGaattgttaattacatttattaagctgatttgtaaatatataaataaaatataccagCTACGAAAGCAGATGTGTCATGTCCCAGTCTAAAGCCAGGATTAAATCCTAAGTGCAAAACCCACCCACCAGACTCTGATACtctttttattgtctttttctgtTTACCAGAGGCTTCTACTCAATAAGATTACTATAATTAAGTATCTGagtttgtaatattatattgGCTGTTGATTTAATCCTcatcttaatgttttattttgtataaaaaataaacatattattgtttgaacaattttacataactggtgttattttaaattgctctgCAATTTTTTTAGTAAATTAATCAGCAGTCTAATTATTAATTGTGACCATTAACATGGACACATGGACATTTTATGTGTGGGTGGTCAGTGCTGCCAAAAAACTGCAACTTTTCCACCTTTGATCTTAACATCtccacaaatgtattttgttctgtacCAGTGCAAGATACATAATGTATCTGGAAATAATTCCATCTGattaataaattagttttttcaaCCCAATTTTTTATGAAACAATACAACTGAGAGGAAAGTAAGGAAATCAAACAATGAATACCAGAAACCACTCTTTTGTCAATATGATGGGCCTTATCTAATGTGACACAGT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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04976 Bile secretion
ko04974 Protein digestion and absorption
ko04975 Fat digestion and absorption

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU163171 True 5934 lncRNA 0.36 2 22799097 22805058

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00001279 NA coding upstream 46241 22646113 ~ 22752856 (+)
AMCG00001276 NA coding upstream 191842 22584027 ~ 22607255 (+)
AMCG00001275 ercc3,LOC107706662 coding upstream 233477 22551140 ~ 22565620 (+)
AMCG00001277 ercc3,LOC107660024,LOC107705543,LOC107584836,LOC107677608,LOC107706662 coding upstream 256844 22540350 ~ 22542253 (+)
AMCG00001272 NA coding upstream 348207 22384720 ~ 22450890 (+)
AMCG00001284 NA coding downstream 226246 23031304 ~ 23033499 (+)
AMCG00001285 NA coding downstream 295849 23100907 ~ 23119955 (+)
AMCG00001294 ino80d,LOC106582458 coding downstream 916765 23721823 ~ 23759069 (+)
AMCG00001300 NA coding downstream 1098270 23903328 ~ 23913809 (+)
AMCG00001298 NA coding downstream 1143391 23948449 ~ 23990082 (+)
G130160 NA non-coding upstream 173894 22624958 ~ 22625203 (+)
G130144 NA non-coding upstream 182940 22615284 ~ 22616157 (+)
G130153 NA non-coding upstream 216133 22582698 ~ 22582964 (+)
G130152 NA non-coding upstream 216476 22582316 ~ 22582621 (+)
G130125 NA non-coding upstream 472219 22326640 ~ 22326878 (+)
G130346 NA non-coding downstream 409879 23214937 ~ 23217500 (+)
G130348 NA non-coding downstream 418974 23224032 ~ 23224597 (+)
G130365 LOC107575789,LOC100846954 non-coding downstream 475753 23280811 ~ 23281334 (+)
G130461 NA non-coding downstream 923947 23729005 ~ 23729229 (+)
G130492 NA non-coding downstream 1050662 23855720 ~ 23856116 (+)
AMCG00001278 ercc3,LOC107706662 other upstream 268261 22500035 ~ 22530836 (+)
AMCG00001269 trak2,LOC107582328,LOC106573853 other upstream 560443 22189908 ~ 22238654 (+)
AMCG00001260 NA other upstream 806765 21971299 ~ 21992332 (+)
G129913 NA other upstream 1522218 21271384 ~ 21276879 (+)
G129877 NA other upstream 1720227 21077135 ~ 21078870 (+)
G130335 NA other downstream 361205 23166263 ~ 23166656 (+)
AMCG00001292 ndufs1,LOC107555450,LOC107748553 other downstream 760093 23565151 ~ 23685121 (+)
AMCG00001312 tuba4a,tuba8l4,tba1a,si:ch211-114n24.6,LOC108251627,LOC107714908 other downstream 1619507 24424565 ~ 24446233 (+)
G130616 si:ch211-114n24.6,LOC107581306,LOC108436424,LOC101061790,LOC103034569 other downstream 1628735 24433793 ~ 24454385 (+)
AMCG00001315 NA other downstream 1779121 24584179 ~ 24606472 (+)

Expression


Co-expression Network