AMCG00021049


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00021049
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030130.1
NCBI id CM030130.1
chromosome length 39556810
location 918006 ~ 926475 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00021049
GTTGAGCTGCACACCTCGCCTCAGCAGCACGATGGATTCTCTGGCTGTCTATCACGGGGGGATTAGCCGGGAAACAGGGGAGAAGCTCCTCAGCTCGGCAGGGAGGGACGGCAGCTACCTGATCCGGGACAGCGAGACGGTGCCCGGCGTGTTCTGCCTGTGCGTCCTGTGTAAAGGCTTTGTCTACACCTACAGACTGTACCAGGTGGAGGGGGGGTCCTGGACTGCAGAGACGGCTCCAGGTGTCCATAAACGAATGTTTCGAAAGATCAAGAACTTGATTTCCGCCTATCAAAAACCAGACCAGGGCATCGCGATCCCGCTCCTCTACCCGGTCAACGTGGAGAATAACTACGTCAGCAAGTCCAAACCTGGACATGTTACTGAACCATAGGCAAACCTCAGACACCCATGATTTGGTGAGCGGACAGCTGGAACAGCAGCATTTTTCTATGGTCATCCCACTGGCTGCATCACAGCTTGCATGAAGATgaaatttaaaactgaattttcCCTGCAGTTCTCCTTATTTGAACTTCCTATCCTTAACTTGACCTCTTTTGAACTGACAAAGTAcgatacatgtttttttgtaattccaTATTAATTAACACGTTAATATGGGTGGCTCtggaatacatatttacattttgtgttgtttgagaGGTTgtaaaaaaactgaattgtaaattataaaaacaacaaggagAATCTATTGTAGAGACCCCGTCCCCCCATCCCCTTCCTATTGTTTGAAAGCAGCAAGAATTACTGCTTTAGCTAAATCATGGTTATAGCAGTATTAACTTAAACTCGcaaattatatacacatttaaattttttatcATGTtgatacaaatcaaataattgacctacatttgtattgtacttcTGCCTTTTGAAAATCTGCCACCAAATAATGGTGTTGTAATTGGCAAGTgcatcaaaatgtatatttaatttggatTATTACCCAGGGTGATATAAAGGGCCGTTTTCGTTTCTTTTGAAGCCAGTGGTGGCAATGACTTTCTCATGCGCCCGGCTGTAGAGCCCAACTCATTCTCTTCTGTATAATAACCACCGCCACTAGTTGACATATATTGATTATTAAGGAATATTGGATATGGGAAATAGATATAGAGGCAGGTTCAGAAACTTCCAGAAATGTTTTTCCCAAAAAAGGACCATTTTCAAATTTGCAGGCAAGCGAAACTGTCTATTATTTTCACATGATACAAATGCTGCAGTCATTTTCTGAATTTCCATAGTCCATGATTTCTGATGAGTTAATCTCCATGGTCTGTTAGTACAGgaataatgtacttttctgtCAAACATCTGATTTTATCATTGCACCTCAGTTAAGCACctaattttaatggtattttCTAAGGGGTGCTTACGATGGTGCATATGAAACTAattctactttttaaaatatttttggttttgttgtattCCTGTTCTATGTAAACCAAggttatgcaaaacaaaaacaatagtaatTCAAAGTCAGTTAGAGGCTACAATTCCAGTTGTGTGGTAAATCACTTACCTGTTTATAGACAGCATGCACATTTGGTCatggaaaacatttcaaagtagCCAATGCACAGAAAACATGCTGTACATGTTCCGTCCTGCTtggttttaaaggaaaaaaataatgccTCATCAGACCTACACTTTTTCAAGTTTAAGCCAGTTGGTTTGCCCCAGTTTGCATCCAGGCTGTATGAGTATGCCCATTCCCTTTCAATGCTCAGTTAAATTACCGTAATCAAAAGGTGGCATTTTAAACTCGAGGAGATCCAATTTCTTGTTCACCACGGTGGGTTCACGCCCCTGTGGCTGAATCATTTTCGGAAAGCGCGAGGGTCGGGATTAATAATTGGCCTGAGTACTAGCAtgaaaaagtttacaaaaatatgtgtCTCTCTCCCGATCTGACTACAAAGATGATTTGAGTAAATgacagttatttggaataaaaaacaagttGCTCATCAAGGTACATTTCTTCacagaaacactgaaaatgccCCCCACCCAACCAACCACCAGAACAATAATGCAAGTCAGTGTAAAAGAAAACCATGAtctttaaatggaaatgaaagaaaaaacattgaaaaggaTTAAAGTATGCAAACGATGCACCCTATCGAATCATACTCCTGGCACAGCTAAACGCACTGCCCATGTGGTTgagtttaaattaaaccaatgaCCACAAAACAGGTGATTTTGTTTCCATGCCAAAGCCtttgattttccatttgtaaaCCAAACTAAGACAATTGCTGAGTAAAAGGTCTGTGTTACAATATACACTTGATGGTCAGGGCAGTTAAAACTCTTagttattgtaaatatatgtaaatatatgctAACTCTGCCCTGGGTGAGAATTTCAAGACAAGCTTGTGTACATTGATTTTCAGTcttgtatttttcagtatttcaatatatatatatatatatattttataatggaagaagaaaatgttttttttttctgttgtaaactgaaaatatttgttttcctatattatggataaaaaaatgtgtgaagaGCACCTTGGAGATGACCAAGGGAAACCTCGAGAAGCCATTAACTCCATCTGGAGGCCAACGAACACTCCTCAATCTCACAGATGTATGAAGTATGTGGTGAAGACAATGTGGTTATGCAGCAGGATGGCATGGCCATGGTGAACAACTGGTCAAACTGTGAGTGATGGCTGTGAGACCTTCATGAAGATAGAAGAATGTGGGTGAAACATGGGACTTGGCAGCTGTGGTGTCGTGCGTTTAATATGTTTAGATCCGACTGGAAACCTGTGGCGTCTGTTTTATATGCTTTTCACCCTTCTAATGTGCCACTCTTAGATCTGGGactcttattttattgtacagaGGTGATTCTTTTCTGTTGCGAGTAAATACAAAACTGGAGACAAAGTGGACAATTACAGCCTCAATCCACTGAGTGTTATTTGAGTCCATCATTACTACATCCTTGATTAATGTCGTGGTTGGCATTGTACTCTGGCTGATAACTgtcaaactgaaatgtaatctgCAATCTATTTTGGAAAAGTAAAAGTGAGAAAcgtgataaaaaacaaaaacaaaaaaaacatgacatggtCTTCAGTATCTTTAGCAGTGGATCCCACTGGAAGGAAAGAGCTTTTGTCCCTGGGAAATGTCTTTGGAAAATAGATGGATCATGACAAATTATATTGGAATATGGAATTGGGTGCTGCTGAAATTTGAGCTAAAACTCTTCAGCCCAATTAGGGGGTCTGTTGAAATCACTTtgtcaaaaacaattaacattcAGACCTGGTACTCACCATGCATATTGTgatctattttatatattgaaaatacattgttatacGTATTTTGCTGTTGTACCAGGCGTGGCCAGGTACCACGTGATTGGCCTGGCTGAGGAGTAGACCTTTCAACCACCAACTCCTCCACCCAACAAACAAGGTTTGCTGACTTCCTGCATCTATACAATCAGGAGGCACTGAAGAACCATGcttgtgtaaacaaggtcacggtcgtactgtgctatagttcaactgTGATTCATCGTACAAActccccttatattaaacattacgtatgccttaattcCCCCctggtttgactatatatggtTCCTCCTGAGCAGTTGTCGGGCAGAAACCGAACCTACACTCAtcatgggacagacatgtgggccgtgaaatttctctcctgtctggtctgcataaaagtgcctgtaacTTCTCTGAGACTGTTGAGATTGATTATTGAATTCCTattaaattccttttgattgacca
>TU103781
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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04650 Natural killer cell mediated cytotoxicity
ko04660 T cell receptor signaling pathway

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00021049 False 3848 mRNA 0.40 3 918017 926473
TU103781 True 3861 TUCP 0.40 3 918006 926475

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00021050 stag2,LOC107561283,LOC107600152 coding upstream 20126 879806 ~ 897880 (+)
AMCG00021047 NA coding upstream 61536 849545 ~ 856470 (+)
AMCG00021045 NA coding upstream 161267 749408 ~ 756739 (+)
AMCG00021046 gria3,LOC105893193 coding upstream 181021 717627 ~ 736985 (+)
AMCG00021043 gria3,LOC104962462,LOC107733408 coding upstream 243429 672030 ~ 674577 (+)
AMCG00021052 NA coding downstream 118700 1045175 ~ 1052182 (+)
AMCG00021058 NA coding downstream 782858 1709333 ~ 1739006 (+)
AMCG00021062 NA coding downstream 1039337 1965812 ~ 1973074 (+)
AMCG00021071 tcp1,LOC107549176 coding downstream 1115349 2041824 ~ 2048003 (+)
AMCG00021070 zc3h12b,LOC106567790,LOC106603314 coding downstream 1150949 2077424 ~ 2081654 (+)
G83153 NA non-coding upstream 135350 777159 ~ 782656 (+)
G83114 NA non-coding upstream 631874 285921 ~ 286132 (+)
G83086 NA non-coding upstream 672687 243756 ~ 245319 (+)
G83221 NA non-coding downstream 419976 1346451 ~ 1346771 (+)
G83325 NA non-coding downstream 1156639 2083114 ~ 2083451 (+)
G83338 NA non-coding downstream 1178707 2105182 ~ 2106906 (+)
G83374 NA non-coding downstream 1274819 2201294 ~ 2201559 (+)
G83397 NA non-coding downstream 1352321 2278796 ~ 2293041 (+)
AMCG00021063 NA other downstream 991013 1917488 ~ 1919366 (+)
AMCG00021076 NA other downstream 1283007 2209482 ~ 2230147 (+)
G83624 NA other downstream 2871366 3797841 ~ 3798783 (+)
AMCG00021113 vma21,LOC107565438,LOC107741184,LOC107680358,LOC108442053 other downstream 3200595 4127070 ~ 4129373 (+)
AMCG00021114 NA other downstream 3276236 4202711 ~ 4233797 (+)

Expression


Co-expression Network