RNA id: TCONS_00003025


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00003025
length 234
lncRNA type inter_gene
GC content 0.48
exon number 1
gene id XLOC_000084
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 7512529 ~ 7512762 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GAGGCTGTTAGCATTGCTCTCTGATTAGGAAGGCTAAGCAGTCTCGAGAGCTGGGAGCGAGAAAAGCGCCGAGtcctatttgttgttgttgttttgggggGCAGAAGTTGTTAATATGGGAGGTATGGTAGCTACACAATCTATTTTCTAGCAGTTAGCAGCTCGGCTATAGTGGCAGATTGACGGGGAGAAAGAGTGAAAGACACTTCAAAAGGGAAGGAGGATCCCAGTCTG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00000156 lncRNA upstream 396615 7092273 ~ 7115914 (+) True XLOC_000082
TCONS_00000155 lncRNA upstream 417055 7092273 ~ 7095474 (+) False XLOC_000082
TCONS_00000153 lncRNA upstream 522502 6956913 ~ 6990027 (+) True XLOC_000080
TCONS_00003024 lncRNA upstream 751599 6759183 ~ 6760930 (+) True XLOC_000077
TCONS_00000148 lncRNA upstream 844190 6665033 ~ 6668339 (+) True XLOC_000076
TCONS_00000159 lncRNA downstream 4687 7517449 ~ 7523930 (+) False XLOC_000085
TCONS_00000161 lncRNA downstream 17091 7529853 ~ 7539716 (+) False XLOC_000085
TCONS_00000162 lncRNA downstream 25646 7538408 ~ 7539716 (+) False XLOC_000085
TCONS_00000166 lncRNA downstream 33921 7546683 ~ 7554215 (+) True XLOC_000085
TCONS_00000171 lncRNA downstream 44237 7556999 ~ 7560854 (+) False XLOC_000086
TCONS_00000158 mRNA upstream 63734 7414318 ~ 7448795 (+) True XLOC_000083
TCONS_00000157 mRNA upstream 64445 7189856 ~ 7448084 (+) False XLOC_000083
TCONS_00000151 mRNA upstream 587122 6817292 ~ 6925407 (+) False XLOC_000079
TCONS_00000152 mRNA upstream 587416 6862917 ~ 6925113 (+) True XLOC_000079
TCONS_00000150 mRNA upstream 587426 6817292 ~ 6925103 (+) False XLOC_000079
TCONS_00000160 mRNA downstream 4692 7517454 ~ 7539716 (+) False XLOC_000085
TCONS_00000163 mRNA downstream 26147 7538909 ~ 7550654 (+) False XLOC_000085
TCONS_00000164 mRNA downstream 28216 7540978 ~ 7550899 (+) False XLOC_000085
TCONS_00000165 mRNA downstream 33497 7546259 ~ 7554463 (+) False XLOC_000085
TCONS_00000167 mRNA downstream 44203 7556965 ~ 7561134 (+) False XLOC_000086
TCONS_00000154 other upstream 448586 7063837 ~ 7063943 (+) True XLOC_000081
TCONS_00000149 other upstream 724725 6787690 ~ 6787804 (+) True XLOC_000078
TCONS_00000134 other upstream 1326997 6182342 ~ 6185532 (+) False XLOC_000067
TCONS_00000123 other upstream 2010445 5497285 ~ 5502084 (+) True XLOC_000062
TCONS_00000121 other upstream 2062085 5438743 ~ 5450444 (+) False XLOC_000062
TCONS_00000208 other downstream 1641332 9154094 ~ 9155273 (+) False XLOC_000113
TCONS_00000209 other downstream 1642231 9154993 ~ 9155521 (+) False XLOC_000113
TCONS_00000213 other downstream 1705886 9218648 ~ 9221616 (+) True XLOC_000115
TCONS_00000230 other downstream 2539012 10051774 ~ 10054771 (+) False XLOC_000126
TCONS_00000231 other downstream 2539022 10051784 ~ 10058057 (+) False XLOC_000126

Expression Profile

//