RNA id: CI01180000_00174532_00175668.mRNA



Basic Information


Item Value
RNA id CI01180000_00174532_00175668.mRNA
length 3350
RNA type mRNA
GC content 0.38
exon number 2
gene id CI01180000_00174532_00175668
representative False

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01180000
NCBI id null
chromosome length 11503085
location 172507 ~ 176762 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence


AAGTTTTTGAAAAGCAAACCTTGCCGCCAGGATCATGTGACACTGAAGACTGGAGTAATGATGCTGAAAATTCAGCTTTGATCACAGGAATAAATTACACTTTACTATATATTCACATAGAAAACAGCTGTTTTACATAATTTACAATTTTTACTCTATTTTTGATCAAATAAATGCAGCCGAAGAGACTTCATTAAAAAAAAATGCTGGATTAAAAACAACCCAAGTTAGGTGGAAAATGGACAAACCCAGCGATTGGGTTGTTTTAACCCAGTGGTTGGGTTAAATGTTTGACCCAACCTGCTGGGTAGTTTTATTTAACTCAACTATTGTTTAAAAATGACTATATTGTTTGCTTAAAATGAACCCAAAGGATGTTGGAAATGAACATTTATTAATATGTTTGATGAATAATAATTAAACAATAAACATTTATTAAAGGATTAGTTCACTTTCCTGATAATTTACTCACCCCCATGTCTTTCAAGATGTTCATGTCTTTCTTTCTTCAGTCGAAAAGAAATTAAGGATCCAGGATTTTTCTCCATATAGTGGACTTCACTGGGGTTCAACAGGTTGAAGGTCCAAATGTCAGTTTCAGTGCAGCTTCAAAGAGCTCTACATGATCCCAGACGAGGAATAAGAGTCTTATCTAGAGAAACCATCGGTCATTTTCTGAAAATAATAAACATTTATGTACTTTTTAACCACAAATGCTCATCTTGCACTGCTTTGTGATGCGCCACACATTACGTAATCACATAGGCGGAAGTACCGATCCAGTGTTTACAAAGCGAACGTGCAAAGACTAAATCAAACGCCCTTTACAAAAAAAGGTAAAACAACGATGTCGGATGATTTTGAAGTTGGAGGAGAAAATGAGATGGAGTTTTTTGCCCTACCGCGGTACTTCCACCGTGACCTTTCCAACGTGATTACGTAATGCGTGGCACATTTTAAGCCAGCCATGTAGTCATTTTTAAACAGTAGTTGAATTAAAACTACCCAGCAGGTTGGGCAAACATTTAACTTTAACCCTAACCCGACTTGGGTTGTTTTTAATTCAGCATTTAGAGTGTAAAGACAGCAACACATGGGTTTTGAACCATCAGTATGTCATCTGATCCAGCATGCTGTGGCTCTGCTCAAAACATTGGTTATGGTTCTGGAGCTGTGCAGATCAGTGAAGGATGATGCGCTGAAGGTGGTCGATGACTTCAACATCCCGTCCTGCTGCATCCAGGCTCCTATCGCTGGGGTCGCGAACCCTCGAGCCGAATGGGCCTTCTACCCCAAGCCACAGTATCCCAGCAGCACCCAGCCTCTGTCTAAGCTCTGAGCGAGTGAACACGGCTTTATGAGGATATGGAAGGCAGTTGAGTGATTTCAGGGAGCTGGCCGGGTCGGTTTGGAACAGCTTTGGTCAATGCACAGGACTTACGAATGCAAAGTTCATCATTCTTTGTGCCAAGAAGAATGGTAGAACTTTCTGCTAATGGCTAAGGCCTTTTCCACACTACTCTTTCTTGTCTTTTTAATAATGTGTGTGTATGAAGAAGGGAATTTCGGTTATGTGAGTTGCACATTGAGTCTTTCATACAGTTTTTGTAATTCTTAAATGCTTCTGTGATTTTAGCCTAATCTATTTAAAATGGGAAGTAGGGATAAACACCAGCCAAACATGAATCACAACTACACTCTAAAAATGCTGGGTTAAAAACAACCCAGTTTGGGTTAAATATGGACAAACTCAGTGATTGGGTTGTTTTTACCCAGCGGTTGGGTTAAATGTTTGCCCAACCTGCTGGGTAGTTTTATTTAACTCAACTATTGTTTAAAAATGACTGTATGTCTGGCTTAAAATGAACCCAAAATAGGTTGGAAATTAAAAATCAGACACATAATTACTAGAGGAAACAATAATAATCAAAAGGTGAACATTTATTAATAAGGAATTTAATAAATGTTTATTGTTTAATTATTAAACTTATTAATAAATGTTTATTTACTACACATATTAATAAATGTGTGTTTTGGGATAATTTTAAGTGAGCAAAACAGTAATTTTTAAACAATAGTTAAGTTAAATAAAACTGCCCAGCAGGTTGGGCAAACATTTAACCCAACCACTGGGGTAAAACAACCCAATCGCTGGGTTTGTCCACATTTAACCCAACCGCTTGGTCAAAACAACCCAATCGCTGGGTTTGTCCAAATTTAACCCAGCCACTGGGCTAAAACAACCCAATCGCTGTGTTTGTTCACATTTAACACAATTGCTAGGTTTGTCCAAATTTATCCAAACCGCTGGGTCAAAACAACCCAATCGCTGGTTTTGTCCACATTTCACCCAACCTTTAGGTCAAAACAACCCAATCGCTGGTTTTGTCCACATTTCACCCAACCTTTAGGTCAAAACAACCCAATCGCTGGGTTTTGTCCACATTTAACCCAACCTTTAGGTCAAAACAACCCAATCGCTGGGTTTTGTCCACATTTCACCTAACCTTTAGGGCAAAACAACCCAATCGCTGGGTTTTGTCCACATTTAACCCAACCTTTAGGTCAAAACAACCCAAGCGCTGGGTTTTGTCCACATTTAACCAAACCTTTAGGTCAAAACAACCCAATCGCTGGTTTTGTCCACATTTAACCCAACCGCTGGGTCAAAACAACCCAATCGCTGTGTTTGTTTACATTTAACACAATCGCTGGGCTAAAACAACCCAATCACTGGATTGGTCCATTTTTAACCCAACTTGGGTTGTTTTTTAACCCAAAAGCATTTTTTAGTGTGTATCTAAATGCCGAACATCTTGCACTTACAGCGGAGCTCTGATAGTCTGGATCTGAGCTGTAACTGTAATATTTTGGTTTAGTTTACAGGTGAGCAGTGCCACAAGGCAGTTTTTACACTTTCTTAAGAAGAGCCTGAATGTAATAGTCATCACATGGCACACAGTAATTGAATATTTATGCAAATGAGCAACGGAAACCACACTACAGTGTTGGACACATAAAATGTTTGTTTAAATAGAAAGATGATAATATATTACTGCTGCTATGGTTTTTAATGCCATTATCAACTGCCATAATTTTATCTGTTTACAATTTGAGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAGTTCTAGTTTTGGAATAATCTGCTCAGTCGAGGTCAAAAGGATGTTCATTTATTTATGCTACTGTTGTACATTTAGTTTGGACCAAACTACCAATTATCTTGCCCAAGTTTTAATGTTTAATCTGTTAACATTTTATAAATGTCCATATCCGCTAATGTAGTCTTTGCACACACAAAATCAGTTTGTTCACAGCAACACGTTTTGCAAATAAAT

Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU800105 lncRNA downstream 456 147933 ~ 172066 (-) True G679371
TU800137 lncRNA downstream 33573 134117 ~ 138949 (-) True G679398
TU800161 lncRNA downstream 43411 126826 ~ 129111 (-) True G679422
TU800218 lncRNA downstream 47798 124489 ~ 124724 (-) True G679479
TU800217 lncRNA downstream 48292 123447 ~ 124230 (-) True G679478
TU800153 lncRNA upstream 10690 187452 ~ 187832 (-) True G679414
TU800130 lncRNA upstream 12177 188939 ~ 192585 (-) True G679391
TU800230 lncRNA upstream 73544 250306 ~ 250666 (-) True G679491
TU800238 lncRNA upstream 80245 257007 ~ 257369 (-) True G679499
TU800256 lncRNA upstream 116210 292972 ~ 294580 (-) True G679517
CI01180000_00165666_00171227.mRNA mRNA downstream 1295 165423 ~ 171227 (-) False CI01180000_00165666_00171227
CI01180000_00087832_00089100.mRNA mRNA downstream 83402 87774 ~ 89120 (-) True CI01180000_00087832_00089100
CI01180000_00196890_00235102.mRNA mRNA upstream 20094 196856 ~ 235272 (-) True CI01180000_00196890_00235102
CI01180000_00326608_00354369.mRNA mRNA upstream 149717 326479 ~ 354369 (-) True CI01180000_00326608_00354369
CI01180000_00356767_00357401.mRNA mRNA upstream 179975 356737 ~ 357401 (-) False CI01180000_00356767_00357401
CI01180000_00365377_00365888.mRNA mRNA upstream 188413 365175 ~ 365888 (-) True CI01180000_00365377_00365888
CI01180000_00377933_00385445.mRNA mRNA upstream 201155 377917 ~ 385445 (-) True CI01180000_00377933_00385445
TU800565 other upstream 993097 1169859 ~ 1170528 (-) True G679801
TU800690 other upstream 1601830 1778592 ~ 1781285 (-) False CI01180000_01776944_01781186
TU800691 other upstream 1601830 1781450 ~ 1781488 (-) True G679907
TU801392 other upstream 2439592 2616354 ~ 2616756 (-) True G680525
TU801369 other upstream 2594285 2771047 ~ 2851916 (-) True G680506

Expression Profile