RNA id: TCONS_00030020


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00030020
length 738
lncRNA type inter_gene
GC content 0.46
exon number 2
gene id XLOC_014219
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 39409323 ~ 39415701 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AGTGAAAGAGGTGGGGCTTATGGACTCAAATAGTGGAAGAGGCGGGGCTTTCAGACTCAAATATTGGAAGAGGCGGGGTTTTCAGACATAAATAGTGGAAAATGCGGTGCTTTCAGGCTTCAATAGTGGGAAGAATTGGGGCTTTTAGGCTCTAAAATTCAAAGAGGTGGATCTTTCAGACTCCAACATTGGAAAAGGTGGAGATTTCCTACACCAGCAGTAGAAAAAGTGGGGCTTTCAGACACCAATAGGAGAAATGGTGTGGCCTTCTGACTTCAACAGTCACAGAGGCAGGGCTTTTAGAGTCCAATAGTAGAAAAGGTGGGGCTTTCTTTCAGGCTCAAACAGTGGATCAGGAAGAATGTGGAAGGGAGTGATCTGCTTGAAGAATGATGGAAGATGGTGTTTGTCTGTCAGAAGTGTGCATACAGTACATCCCATGACCACCGAAGCACGACCAAGCCTcgtccaagaaaaaaaaaaagcttgtgcgCACTTCTGCTTGACCTAATGAATTGTACGTCTGGGCTTTGACAGATTGAGTTGCATCATTTAGAGCGCAATGAGCTGCCAACAACCTCATTGCTGGATGACATATGTGTGTTAACCCTCCCAATGGCAGACGGATCGCCATGAAGAGCTTCAACAGGTTCTAACGCTCATCTAATGCTCGAGACGGGCATGAAAAGCACATTCCCACATAGAAAATGCAGGTCCTCGGCCTACACGATGCTGGCT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00030018 lncRNA upstream 115978 39275973 ~ 39293345 (+) False XLOC_014218
TCONS_00030019 lncRNA upstream 115978 39277003 ~ 39293345 (+) True XLOC_014218
TCONS_00030017 lncRNA upstream 118621 39275973 ~ 39290702 (+) False XLOC_014218
TCONS_00030016 lncRNA upstream 121990 39275973 ~ 39287333 (+) False XLOC_014218
TCONS_00028265 lncRNA upstream 124159 39275973 ~ 39285164 (+) False XLOC_014218
TCONS_00029729 lncRNA downstream 334357 39750058 ~ 39752174 (+) True XLOC_014220
TCONS_00028267 lncRNA downstream 511705 39927406 ~ 39969458 (+) True XLOC_014222
TCONS_00028271 lncRNA downstream 636800 40052501 ~ 40055370 (+) True XLOC_014223
TCONS_00029730 lncRNA downstream 642135 40057836 ~ 40066591 (+) True XLOC_014224
TCONS_00030021 lncRNA downstream 700561 40116262 ~ 40129606 (+) False XLOC_014226
TCONS_00028261 mRNA upstream 941769 38422059 ~ 38467554 (+) False XLOC_014213
TCONS_00028257 mRNA upstream 1081590 38168006 ~ 38327733 (+) False XLOC_014210
TCONS_00028258 mRNA upstream 1081591 38168014 ~ 38327732 (+) True XLOC_014210
TCONS_00028256 mRNA upstream 1151579 38167468 ~ 38257744 (+) False XLOC_014210
TCONS_00028255 mRNA upstream 1482898 37925616 ~ 37926425 (+) True XLOC_014207
TCONS_00028269 mRNA downstream 610340 40026041 ~ 40039906 (+) False XLOC_014223
TCONS_00028270 mRNA downstream 611258 40026959 ~ 40028071 (+) False XLOC_014223
TCONS_00028272 mRNA downstream 653823 40069524 ~ 40113608 (+) False XLOC_014225
TCONS_00028273 mRNA downstream 653823 40069524 ~ 40113935 (+) False XLOC_014225
TCONS_00028274 mRNA downstream 655860 40071561 ~ 40113608 (+) True XLOC_014225
TCONS_00028264 other upstream 460637 38948572 ~ 38948686 (+) True XLOC_014217
TCONS_00028262 other upstream 942672 38464131 ~ 38466651 (+) True XLOC_014213
TCONS_00028260 other upstream 982640 38422059 ~ 38426683 (+) False XLOC_014213
TCONS_00028259 other upstream 1152931 38256276 ~ 38256392 (+) True XLOC_014211
TCONS_00028250 other upstream 1739549 37669660 ~ 37669774 (+) True XLOC_014206
TCONS_00028266 other downstream 459130 39874831 ~ 39874947 (+) True XLOC_014221
TCONS_00028268 other downstream 610227 40025928 ~ 40055391 (+) False XLOC_014223
TCONS_00028276 other downstream 700561 40116262 ~ 40126764 (+) False XLOC_014226
TCONS_00028293 other downstream 921853 40337554 ~ 40344737 (+) False XLOC_014231
TCONS_00028303 other downstream 1542799 40958500 ~ 40958616 (+) True XLOC_014238

Expression Profile

//