RNA id: TCONS_00030038


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00030038
length 588
lncRNA type inter_gene
GC content 0.46
exon number 2
gene id XLOC_014282
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 43250553 ~ 43251194 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GCCGGGAGTGTTTTGTAATTGGCTGGGAATGTTTGTGATTGGCTGAGAGTACTTCATGATGGACTGGTAGTGTtctgtgattggctgagagcGTTTCATGATTAATTGAGAGTGTTTATGATTGGTTGAGAGTGTTTATGAATGCCTGGGAGTGTTTTGTGATTGTCTGGGAGTTTTATATGATTGGCTGGCAGTTTTTTTGTGATTGACTTGAACTGTTATTTGATTGGCTGGGAGAGTTTGGCATTGGCTGAGAGTGTTTGTGATTGGCTGGGAGTGTTTGTCATTGGCTGGGAGGGTTTGTGATTGGCTGGGAGTGTTTGTCATTGGCTGAGAGTGTTTGTGATTGGCTGGGAGTGTTTGTCATTGGCTGGGAGGGTTTGTGATTGGCTGGGAGTGTTTGTCATTGGCTGAGAGTGTTTGTGATTGGCTTGGAGTTTTTGTCATTGGCTGAGAGTGTTTGTGATTGGCTGGGAGTGTTTGGGTTTGTAATTGGCTGGGAGTGTTTGTGATTGGCTGGGAGTGTTTGTCATTGGCTGAGAGTGTTTGTGATTGGCTGGGAGTGTTTGTCATTGGCTGGGAGGGTTT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00030037 lncRNA upstream 170715 43072693 ~ 43079838 (+) False XLOC_014278
TCONS_00028378 lncRNA upstream 170715 43074643 ~ 43079838 (+) True XLOC_014278
TCONS_00028377 lncRNA upstream 170875 43072693 ~ 43079678 (+) False XLOC_014278
TCONS_00028372 lncRNA upstream 223070 43024687 ~ 43027483 (+) True XLOC_014277
TCONS_00028359 lncRNA upstream 452147 42793365 ~ 42798406 (+) True XLOC_014270
TCONS_00028400 lncRNA downstream 169571 43420765 ~ 43424145 (+) True XLOC_014287
TCONS_00030040 lncRNA downstream 295453 43546647 ~ 43549011 (+) False XLOC_014291
TCONS_00030039 lncRNA downstream 295453 43546647 ~ 43549011 (+) True XLOC_014291
TCONS_00028407 lncRNA downstream 341645 43592839 ~ 43599344 (+) True XLOC_014293
TCONS_00028415 lncRNA downstream 464776 43715970 ~ 43724855 (+) False XLOC_014297
TCONS_00028384 mRNA upstream 112813 43119698 ~ 43137740 (+) False XLOC_014281
TCONS_00028383 mRNA upstream 112813 43119698 ~ 43137740 (+) False XLOC_014281
TCONS_00028382 mRNA upstream 113052 43119698 ~ 43137501 (+) False XLOC_014281
TCONS_00028385 mRNA upstream 115710 43123331 ~ 43134843 (+) True XLOC_014281
TCONS_00028381 mRNA upstream 128224 43119014 ~ 43122329 (+) False XLOC_014281
TCONS_00028386 mRNA downstream 5792 43256986 ~ 43272332 (+) True XLOC_014283
TCONS_00028387 mRNA downstream 46352 43297546 ~ 43309596 (+) True XLOC_014284
TCONS_00028388 mRNA downstream 63506 43314700 ~ 43338280 (+) False XLOC_014285
TCONS_00028389 mRNA downstream 63544 43314738 ~ 43331619 (+) True XLOC_014285
TCONS_00028390 mRNA downstream 89921 43341115 ~ 43350352 (+) False XLOC_014286
TCONS_00028380 other upstream 169493 43080925 ~ 43081060 (+) True XLOC_014280
TCONS_00028379 other upstream 172674 43077744 ~ 43077879 (+) True XLOC_014279
TCONS_00028365 other upstream 335012 42915419 ~ 42915541 (+) True XLOC_014274
TCONS_00028353 other upstream 515268 42732688 ~ 42735285 (+) False XLOC_014270
TCONS_00028342 other upstream 913122 42337317 ~ 42337431 (+) True XLOC_014261
TCONS_00028401 other downstream 188207 43439401 ~ 43451947 (+) False XLOC_014288
TCONS_00028411 other downstream 414197 43665391 ~ 43665511 (+) True XLOC_014295
TCONS_00028433 other downstream 758279 44009473 ~ 44032164 (+) False XLOC_014312
TCONS_00028436 other downstream 2257671 45508865 ~ 45508981 (+) True XLOC_014316
TCONS_00028450 other downstream 2992426 46243620 ~ 46280931 (+) False XLOC_014327

Expression Profile

//