RNA id: TCONS_00028385


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00028385
length 243
RNA type mRNA
GC content 0.46
exon number 2
gene id XLOC_014281
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 43119014 ~ 43137740 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATGGGTAAGGAAAAGATTCATATCAACATCGTGGTCATTGGCCACGTCGATTCTGGCAAGTCCACCACCACCGGACACTTGATCTACAAATGTGGAGGCATCGATAAGAGAACCATCGAGAAGTTCGAAAAAGAAGCCGCTGAGAACCTGAGCACGCTTTTAAAGGACTGGCTTATGCTGATAAAAACCCACCGCAAAAGCTTCAGGAGGAAAGGAGGAAAACATGCATTTGTAACACGTTAG

Function

GO:

id name namespace
GO:0006412 translation biological_process
GO:0006414 translational elongation biological_process
GO:0005737 cytoplasm cellular_component
GO:0003924 GTPase activity molecular_function
GO:0005525 GTP binding molecular_function
GO:0000166 nucleotide binding molecular_function
GO:0003746 translation elongation factor activity molecular_function

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000187836

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00030037 lncRNA upstream 43493 43072693 ~ 43079838 (+) False XLOC_014278
TCONS_00028378 lncRNA upstream 43493 43074643 ~ 43079838 (+) True XLOC_014278
TCONS_00028377 lncRNA upstream 43653 43072693 ~ 43079678 (+) False XLOC_014278
TCONS_00028372 lncRNA upstream 95848 43024687 ~ 43027483 (+) True XLOC_014277
TCONS_00028359 lncRNA upstream 324925 42793365 ~ 42798406 (+) True XLOC_014270
TCONS_00030038 lncRNA downstream 115710 43250553 ~ 43251194 (+) True XLOC_014282
TCONS_00028400 lncRNA downstream 285922 43420765 ~ 43424145 (+) True XLOC_014287
TCONS_00030040 lncRNA downstream 411804 43546647 ~ 43549011 (+) False XLOC_014291
TCONS_00030039 lncRNA downstream 411804 43546647 ~ 43549011 (+) True XLOC_014291
TCONS_00028407 lncRNA downstream 457996 43592839 ~ 43599344 (+) True XLOC_014293
TCONS_00028381 mRNA upstream 1002 43119014 ~ 43122329 (+) False XLOC_014281
TCONS_00028374 mRNA upstream 32603 43037657 ~ 43090728 (+) False XLOC_014278
TCONS_00028373 mRNA upstream 33876 43037657 ~ 43089455 (+) False XLOC_014278
TCONS_00028375 mRNA upstream 39266 43037658 ~ 43084065 (+) False XLOC_014278
TCONS_00028376 mRNA upstream 57454 43037665 ~ 43065877 (+) False XLOC_014278
TCONS_00028386 mRNA downstream 122143 43256986 ~ 43272332 (+) True XLOC_014283
TCONS_00028387 mRNA downstream 162703 43297546 ~ 43309596 (+) True XLOC_014284
TCONS_00028388 mRNA downstream 179857 43314700 ~ 43338280 (+) False XLOC_014285
TCONS_00028389 mRNA downstream 179895 43314738 ~ 43331619 (+) True XLOC_014285
TCONS_00028390 mRNA downstream 206272 43341115 ~ 43350352 (+) False XLOC_014286
TCONS_00028380 other upstream 42271 43080925 ~ 43081060 (+) True XLOC_014280
TCONS_00028379 other upstream 45452 43077744 ~ 43077879 (+) True XLOC_014279
TCONS_00028365 other upstream 207790 42915419 ~ 42915541 (+) True XLOC_014274
TCONS_00028353 other upstream 388046 42732688 ~ 42735285 (+) False XLOC_014270
TCONS_00028342 other upstream 785900 42337317 ~ 42337431 (+) True XLOC_014261
TCONS_00028401 other downstream 304558 43439401 ~ 43451947 (+) False XLOC_014288
TCONS_00028411 other downstream 530548 43665391 ~ 43665511 (+) True XLOC_014295
TCONS_00028433 other downstream 874630 44009473 ~ 44032164 (+) False XLOC_014312
TCONS_00028436 other downstream 2374022 45508865 ~ 45508981 (+) True XLOC_014316
TCONS_00028450 other downstream 3108777 46243620 ~ 46280931 (+) False XLOC_014327

Expression Profile

//

Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000054_01231236_01238870.mRNA True 2200 mRNA 0.42 7 CI01000054 1230789 ~ 1239069 (+)