RNA id: TCONS_00036809


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00036809
length 3471
lncRNA type antisense_over
GC content 0.37
exon number 2
gene id XLOC_017953
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007131.7
NCBI id CM002904.2
chromosome length 55201332
location 13309282 ~ 13313010 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ccccttatttatttttttcctcaatttctgtttttaaTGCAGATCAATCAAtgcagatttttttccacacatttctaaacttaatagtttttataactcatttcaaataactgatttattttatcttggccatgatgacagtaaataatatttgactagatagttttcaagacacttctatgcagcttaaagtgacatttaaagacttaaaagacatttaaagactagggtaattaggtcaaCAAGGCAAGTTAGCCTAAACAGGAAatttataatgatgatttgttctgtagactatcgaaaaaaaattgcttaaaggggctaataattttgacctaaacggatttaaaaaaaattaaaaactgcttttattctacccgaaataatacatataagactttctctagaagaaaaaaatatcatcagacatactgtgaaaaattccttgctcaaaaaaattcaaagagaggctaataattctgacttggactgtatacacacacacacatactgtcatACTGAGCATAGGCGGTTGACATTCCGCAACAAGATGGCGACGTAGACCGCATTTTAAGTCCTTAGGggggaaaaacagcattttttagtgtacgtttcaaactacagctgaacaaatcattacagaacaggtaagtgacattctaaggtcgatctctctcttttgtttgttgtagtgcagtatttataccacagaaactggtagtgtttgctttgctttgggcTTTTGGGGGTTAATTATTGTCTCCCGATTATAACAGAAATACCGGGAAATCTTtacagactgatggcattttatgcagTTTAGcactataatcttaaaatgtgagcaaaattacctaGAGAGTCATTATAATACTAGTTCTTAAGTGACGTTGGTAAATAagttctgctgttctgacgtcaacaGATGTttatgaatggcagaagaaagtagttcctctaacaaaaggatttttagactctctgtgtttgattttctttttatatacacaaatatgctgtcgaactgttgtatgaaTACAATATCACagtcgtagcagtgcgatatggctgtgtatCGCCTGGTGGGACACCTGCGGCCTTGTGCCaagcatgcctcccaccagtgccgacaTATTTCgcaaaattaattaacaaataaacaaatcaaaccaatttaaaagtaaaatgtcTAGTCACATCTGCACATTTTTTGCCAAACTgtacagacaaaaaaaatctatatactGTTTTGATCAACTTGGTGTGAAGAAATGTGCCATGCTTCTGTATAAAATCATGTCAGAGAAAAGTAGCGATTAAATTTGAGTGCAtcttcaaaattattattttttggcagTGTAGCTGagaagttttcattttaaatacacacaaaaaagcatAATTTACTGTACCCACACTTTACATCCAAAATAGACttacatacataaaatatattatcttTTACCAAGGGAAAATAGTATTTAGAGTTAGTTTTACATTGTTAATTTAGTTCAAATCAGTTGTTGTAGATGAACTGCAAGGTATATCTGTAATTCTGAATGATGGTGGTGGTGATTTTTGTTGTAGGTGAACTGGATATCGTGTTGCTCTGGATGCTGATTGTTTTTGCAGTAGCTGGTGTATTAGACGCTATGTCTGTTGGTTGTTGTTTTAGTAGGTATACCAGACGTTTTTTCTGTCTTTCAGAATGGTGTTTTTGTTGTAGGTAAAGTGGATGTCGTGTCTGTCAATCAGAATAGAGGTTGTTGTTTCTGTTGTAGGTCAAGTGGATGCTGTTTTTCAAACAGAATGGTAAACCGGACTTTTTGTCTGTCATTCAGaatgtttgttgttgtattattagATAAAATGGACATGTTGTCTGTCATTTAGAATgatggttgttgtttttgttgttgtactaGGTGAACTAGATGTCATGTTCGTTATTCTTGATGGAAGTTGTTGTTGTAAGTGAACTGGACGTTTTGTCTGTTGTTCTGGATGGTGGTGGTTGTTGTAGCTGAACTGATGGTGGTGGTTGTTGCTGTAGGTGAATTTAACATTGTGTCTGTTGTTCTGGATGGTGGTGGTTGGTTTTGTTGTATGTGAACTGGACATTGTGTCTGTCAAACAGAATGgtgattgttgttttttatggAATAGTTGAATTGGATGTGTTTGTTGTTCTGGATAATGGTTGTAGATGAACTGGTCATAATGTCACTCTGAAGAGTGGTTGTTTTGTTTGTAGTAGTTGGTGAACTGGGCATTGTGTCTGTTGTTTTTGAAGGTGGTTTTTGGTAGTGTACTGGAGATTGTGTCTGTCATTCTGAATGGtggttgttgttgctgtagtagATGAACTGTATGTCAGGTTTGTTATTCTGGatggtggttgttgttgttgtagatgaACCAATGGTGGTTGTAGTTGCTGAAGAAGAACCGGACGTTGTGTCTGTTGTTCTGGATGGTGGTGGTTGTTGCTGTAGGTGAACTGCTGAtggttgttgttgctgtagttaAACTGATGGTGGTTGTTGTTGCTGTAGATGAACTTATCGTTGGCCCTCTTGTTCTGGACGGTGGTAGTTGTTGTAGGTGAACTGATGGTGGTTGTTGTGGCTGTAGTTGAACTGAATGTTGTGTCTGTCATTCTGAATggtggttgttgtttttgttgttgctggtgAACTTAACTTTGGCCTGTTTTTTGGCCCTGTTGTTCTGGACGGTGGTAGCTGTTGTAGGTGAACTGATGGTGGTTGTTGTAGCTGTACGTAACCTGAACGTTGAGTCTGTCATCCTGAATGGTGGTTGTTGTAGGTGAACTTGAGATTGTGTCTGTTGTTTTGAATGGTGGTTGTTGTTGTAGATGTACTGGACCTTGTGTATGTCATTTTGTTGTAGCCGAACTGGATGTCATGTTTGTTGTTCTGAATTGTTGTAGTTGTGGTAGGTGACCTAGACACTGTGTTTGTCATTGTGAATGGTGGTTGTTGTTGTAGGTGAACTGGACTTAATATGTGTCGTTCTGGATGTTGGATGTAGGTGAACTGGACATTGTCTATTAGTCAGTCTggtggttgttgtttttgttgttgtagtagGTGAACTGGGCATTGTGTCTGTTGTTCTGGATGGTGGTGGTTGTTGTAGGTGAACTGGACATAATATCTGTTGTACTGGATGGTGGTTGTTGTTGGTTAACTGGACATTGTATCTGTTGTTCTTGatggtggttgttgttgttggtggtggtggtgaacTGGACATTGTATCTGTTGTTCTTTATGGTGGTTATTATTGTAGGTGAACATGACTTTTTTTTCCGTCATTCTAatggtggttgttgttgttgtaagtgAACTGGATGTCGTGTCTGTTGTTCTGGATCATCAACACCTCTTTCATTCTCAGTTCATCCAATCTCCTCCACAGTTCCTCACGCTCCTGCTCTTTCTTCTT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00036457 lncRNA downstream 381327 12927182 ~ 12927955 (-) True XLOC_017949
TCONS_00036456 lncRNA downstream 452236 12854967 ~ 12857046 (-) True XLOC_017948
TCONS_00036455 lncRNA downstream 452847 12854967 ~ 12856435 (-) False XLOC_017948
TCONS_00036454 lncRNA downstream 454477 12853911 ~ 12854805 (-) False XLOC_017947
TCONS_00035405 lncRNA upstream 341575 13654585 ~ 13659433 (-) False XLOC_017958
TCONS_00035410 lncRNA upstream 581908 13894918 ~ 13896672 (-) True XLOC_017961
TCONS_00036811 lncRNA upstream 685301 13998311 ~ 14001001 (-) True XLOC_017962
TCONS_00035414 lncRNA upstream 713843 14026853 ~ 14027677 (-) False XLOC_017964
TCONS_00035415 lncRNA upstream 714304 14027314 ~ 14028035 (-) True XLOC_017964
TCONS_00035392 mRNA downstream 166925 13020673 ~ 13142357 (-) True XLOC_017951
TCONS_00035391 mRNA downstream 168936 13020673 ~ 13140346 (-) False XLOC_017951
TCONS_00035390 mRNA downstream 168973 13020489 ~ 13140309 (-) False XLOC_017951
TCONS_00035388 mRNA downstream 372421 12936096 ~ 12936861 (-) True XLOC_017950
TCONS_00035386 mRNA downstream 666597 12566101 ~ 12642685 (-) True XLOC_017942
TCONS_00035394 mRNA upstream 47646 13360656 ~ 13394780 (-) True XLOC_017954
TCONS_00035396 mRNA upstream 251921 13564931 ~ 13624618 (-) False XLOC_017956
TCONS_00035397 mRNA upstream 255050 13568060 ~ 13625588 (-) False XLOC_017956
TCONS_00035398 mRNA upstream 280470 13593480 ~ 13623882 (-) False XLOC_017956
TCONS_00035399 mRNA upstream 297747 13610757 ~ 13624008 (-) True XLOC_017956
TCONS_00035393 other downstream 100530 13204066 ~ 13208752 (-) True XLOC_017952
TCONS_00035389 other downstream 169055 13020489 ~ 13140227 (-) False XLOC_017951
TCONS_00035387 other downstream 701861 12605718 ~ 12607421 (-) True XLOC_017943
TCONS_00035374 other downstream 3255581 10053405 ~ 10053701 (-) True XLOC_017928
TCONS_00035371 other downstream 3402898 9906268 ~ 9906384 (-) True XLOC_017925
TCONS_00035395 other upstream 56217 13369227 ~ 13369343 (-) True XLOC_017955
TCONS_00035409 other upstream 505385 13818395 ~ 13818510 (-) True XLOC_017960
TCONS_00035412 other upstream 690464 14003474 ~ 14012826 (-) True XLOC_017963
TCONS_00035421 other upstream 1141898 14454908 ~ 14455626 (-) True XLOC_017968
TCONS_00035480 other upstream 4329799 17642809 ~ 17642923 (-) True XLOC_017998

Expression Profile

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