RNA id: TU786790


Basic Information

Item Value
RNA id TU786790
length 8607
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 2
gene id G691038
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048572.1
NCBI id CM023226.2
chromosome length 91622588
location 26758140 ~ 26766768 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

CAGTAAATAACTTTATTCCAATCATAGCAAACATCTAAAAATGACATCACATTTGTCTACATTTCTGATATTTGGATATACAAGTTCAAATAAATCCTTCAAACTAACTTTTAAGACCTTGGAATGAGCTTTCTGAAAACATCACCATCTTACATATATAGCTATAGACAACACAGTCTGTATAGATGGCAGATAACATCTTACAAATGTTATGCATGTTCAATGAAAAGACTGCCTATTTCCTTTAGTACTAAAAAGAGTTCATGACACAGAACCATTAATGGGTTTGTTCACTTACTTTTAGGCTGTTGTTTATTGACCCAGACAGATTTAAATACATAGTTGGGTATTTCGTTTGTTTCAGCAACCTCTGACTAGCGTTTTAGAATTTCAAAAAAAAACGACTGCTTTTCCTAGGTAAAGCATTATTCAACAAAAACGATTTAACCAAAACGCATCCAATCTAATCACTGTTCCCAATTGCTCTATCAAACACGACCTAACTGGAAGTATTGCTAACAGAGATTTGATTGGAGGAGAATGAAATCAGGTAGAAACTGCATTTAAGCCAATTCTTATGAAAAACAGATGTCTGAAGTACATTATATATGATATACTAAACccaaatattatattattacatacatttaaataatacTCCTAAAGGTctatgatgtaaaaaaaaaaaataaaaaaaaaaaaaaaaaaaactggcacATAGCACTTTATGTcaagtaaaataataaaataacttgagattgtaaataaaaaataaatgcttACTTATGTGCCAGTGGCTGGTCAGGAAGAACACATTTTATTTTGGATTATGATAAGGAAAGAGCATTAATGTTTTCTGCATTTCTTATTCAAAAATGAATAACAGATCCCTTATAAAGAGTAGGAGAGGGGATCTGAAAGGACTAAGTGATCGTAGATCACTAGTCCTACTCAGAGACGTGGCTGTTATATTTCATGTCATCCTGTCCTCTGTTATTTGTGTAGTAGGCCTACTACTGCGGAGCCTGtgtttttttcaaccactccaaacaaGAAGGGAAAATAcatctcttattattattattcacaaTGATAAAATGTTGCAGAGTGCACATACAGTATAAAAACTGTTTGGGTTGATCGACAACAGCCTAGAGAAGTGtaaaaaatcatacaaatgtGTAATTTTGGTGAAACTAACCCTGAACAATGCTGCAGTAGATGCGTACCAATCAAGACAGTTTTATTTAAGACAacaataataacaaagcaaacaGCCTAATCAATTTCTTTCTTTGCATTAGTCgtgctttaaaaaataaatgtatatattttgtgTAACTGAGTGCATGGACAGTCTACTATGAGTGCGAATGCAGGATACATAAATTATATTAATAAATACATTACATTAAATTCAATGAGTTATTGCTCAGAGGCATGTATAGGCCAATATGCAGCTAGCCATGTTCTAAATAAATGAGGTAGGCCTAATTGCAGTCATAACAACAATCCCTTTGCTACGCACTAGATAGAAACCGTGGGAATGTGGCACCATCATTGTGCTAGTTGGTACATAGGATAAAACATTGATATGACAGCTTCCAAGAGCAAGCAATCCATTTACACCATAGATCTCCAAAAAACACTGGCCAGCTTCAATGCTACAACATTTGCAAAATGGGATAAACACTAATAGCTCAATGAGCATGGTCCCAAGAACCAATGGGCTGGGacagagccagaacacacgtgGGTGAAGCAGAGTTTTGAAAATGTGTCATACTCTGATcggttagagatgatccaatcaccaatttatttttaaCAACACTCCTCATTTAGACATCACCACAAACGACGTCAaagatggcagtctcagactgaagtatgcAGCAAATGATAAGGCAGCTGAAGAATTCTGATTTGGTCGTCAGGCAAAATATTGGTACCATTGACTTacattggatttgtgccacaaatgctcaaaagttagcatttggaaacagtggccaggtaaacaaaacTAAAGCATGGATAGCTGTCgaaccttgtccatagactgatCACAGGTTAAGGAAACCTatatcattttgtaatttgggcaaactatccctttaagttaAATGGAGCATTGTGTGTCACCTCTTTCTTATGCTTCTCTAATGAGAGTTTTGAGCAATGTCTGGCATTTTCCATGCACCAGTATCACAGAtggaacaatgagacagatatataaatgtgaagcatccgcttagtgagaggaagcccagtggcagGCAGTTGGAGAAGATGGAACGAAATGGATTTTGTCCATTCTGCTAATTTTCTAATCggtgaaacatttgatctcaatacagttttctgttcccaaaactagaatctactatgaacagagtggacaaaGTTTTTTTTAGACTTTTACCCTTtgccaaaataaaaaataaagtgttCTCGAAGGACTGCAAAgacgaattgagttattgcacacgcgcacttcacagtgtaggcgttccctaacggaaatacgCTAATTCATGCTAGaatgcgccaataggatctcgctagctcatgcttggctctgcccacctccttgcttgttctgcccactatgactaatttgttcccATTTGAAACGACGTGCTGTGGTCTAccttggtttagttataaaaaAATCTTTGCCGGTATGCTCAGAACCAAAACATCATTACTCTACAATATACATGCATTCAGATGACAAGATAAATGCTCAATCTGGTACAGTCCAGAAGTAGTCTGATTAATGAGGCTGCTCAAAGTTCGACTTAATATAGAAATAATACTGAGGAGAAGATGAGTTAACTTAAAATAAAAGATTTGGGAACCCCTGAGGTAGGCAACACAAATGTAAGCTAATGTTAAATCAGTGATGGAATTACAATCAATGTCAAACTGCAGTCTTGTAACACACAGGGCAGTTAAACAACATTCCTCTTAGTCTGATCTGTGAGTCTTGCTCTGACCTGAATATGGGACTGGAATGGGAACAGGAACTGGTGAGTAAAGTGAAGGGAGAACATAAATTAAGGATCTGTATCCAACTTTGTAAAGGCCAGGTGGTATATCCATGCGACTGACACTTCTCCCTCCCTGTGCTATCAACGCTCCCTCCGTTACTACTGCCTTTCTGAACTGCCTCGACACCTTGGCCTATCAGCTGTGGAAGACCATCGCCAAGTCAAGACCTGCCACTGCAAGAACCCTGCAAATCATGCCTGAAATGAAAGGCCTCTCTGAAAATTAGCTTTCCTGGCAATGACCAAAACAAAGAAGTTAGAATAGCCTAATGAATGAAACTAACATCCATTTCTCACTGGTCAGCCAATTACAACTGCTCTTGGACATGACAGTCCTCCCATTTTTACCTGCCCTGCAGCATCCCTAAAGCCTGGGAGGTTTTATGATAAGCTGACTGTGATCAAAACCAACAAAGCCCCAGGTTCCGACGGTATGCCATAGCAGATCCTCCAAGAATTTACCTGCGAGTTGAGCCAACCCATCTCTGACATCCTCAACATATCATTCCAGCAGgggaattcctctcccagtggaAGACATCACGGTCGAGCCAATCCCAAAAGATACACCCCCTGTCAGTCGACCAACAAAACAAAGGTGTAACAAAACCTTACATTTTTCGTTATGATAAAGACAGACAGTTGTGCTAAGCTCATCATACTCTTTAAGAACCAATGGGTACATAACAAGAATTTAAATAACCGCAAACAGCTTTCCAAATCCCAAACTGTAGCTTTAGATGCTCCCAGGCTATTTACTTATTTTTCTTTGTATTGTTAGAATAAGTCCCTTGTCTGCCCCTTCATCAATGTATTTATATAGGCCTATGCCATTTGTATGGTCATGGATTTCCGTTTGTTTTAGAATAGGGGTGTAAATTAACTTTGACTAAATCATGCAGGTGAGGGTTATTGTGTTCAGTGCAAAAACTAAACGCTATCAAGATAGAAACACAGTCTTTGCAACAGGTTGAAACTATTAACTTTGTTAAATCGTGCAGTTGGTACCATGCATGCCAATGTACTACACTTcatgaatatatatataatttttactTTAAGATTGGGGACCAAGACGTTCATTCAAAAGGTAAAGTAGCCAAATGATGCACAGTTGACGTCAAACTGGAGAGGAAATTACGTTTTTCATTATGGTTGCCTGACATGCAAAAGTTCaactcagtgtttcccctaggactTTTTTCAGCAGTGGTGGCCGTGGCCAATGGCGTGGTTTTAGAGGCCCTCCAATTAGCCGCAGAGATAGCATTTAGCtttttttaaaacacattttcaccaattaaacacattttgtcatggggcccgtgagaaaatgtacagttttaaagttaatttcctgcaaataTACAAATGTTTTATACACATTTGTTCATATGCTATcggagtgactcaaacattacaagTAAATCAATGGCGGCCCCATTCCATGACATTATTTGAATTTTAGATTCTTCCTGACTGTCTAGTTATacttttggtgattgttagttctcaaagattatcTCATAaacaaatacactgagtgtacaaaacattaggaatcgcttcctaatattgagttgcacccccttttgccctcaaaacatcctcaattcatcggggcatggactctacaaggtgtcgaaagcgttccacacggatgctggcccatgttgaccccaatgctcaccacagttgtgtcaagttggctgaatgtcctttgggtggtggaccattctcaatacacacgagaaactgttgagcgtggaaaaacccagcagcgttgcagttcttgacacactcaaaccggtaaacatggcacctattaccataccatGTTCAAAAGCACTTACATATTTTGTGTTGCCTATTTACCCTCTGaagggcacacacacaatccatgtctcaattgcctcgTCAGTGGGAAGAGCATGTTTTGTACAA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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU786760 lncRNA downstream 38297 26719644 ~ 26719843 (-) True G691010
TU786758 lncRNA downstream 42633 26715217 ~ 26715507 (-) True G691008
TU786475 lncRNA downstream 327297 26428702 ~ 26430843 (-) False cenpw
TU786477 lncRNA downstream 327297 26428795 ~ 26430843 (-) False cenpw
TU786476 lncRNA downstream 327297 26428864 ~ 26430843 (-) False cenpw
TU786806 lncRNA upstream 27641 26794409 ~ 26794617 (-) True G691054
TU786808 lncRNA upstream 28069 26794837 ~ 26795095 (-) True G691056
TU787249 lncRNA upstream 120668 26887436 ~ 26887742 (-) True G691465
TU787251 lncRNA upstream 123126 26889894 ~ 26891529 (-) False G691466
TU787252 lncRNA upstream 123126 26889894 ~ 26891529 (-) True G691466
XM_021612175.2 mRNA downstream 155206 26599030 ~ 26602934 (-) True LOC110529714
XM_036985193.1 mRNA downstream 161402 26591530 ~ 26596738 (-) True LOC110529713
XM_036985194.1 mRNA downstream 161462 26591530 ~ 26596678 (-) False LOC110529713
XM_021612165.2 mRNA downstream 294779 26444117 ~ 26463361 (-) True LOC110529710
XM_021612166.2 mRNA downstream 294875 26444117 ~ 26463265 (-) False LOC110529710
XR_002474429.2 mRNA upstream 404170 27170938 ~ 27186859 (-) False LOC110529723
XR_002474430.2 mRNA upstream 404170 27170938 ~ 27186859 (-) True LOC110529723
XM_036984518.1 mRNA upstream 477791 27244559 ~ 27284467 (-) False esr2a
XM_036984517.1 mRNA upstream 477791 27244559 ~ 27284491 (-) False esr2a
NM_001124753.1 mRNA upstream 481531 27248299 ~ 27267620 (-) True esr2a
TU786474 other downstream 327297 26429115 ~ 26430843 (-) True cenpw
TU785681 other downstream 766997 25990678 ~ 25991143 (-) True G690073
TU785641 other downstream 792647 25965179 ~ 25965493 (-) True G690033
TU785453 other downstream 952665 25801964 ~ 25805475 (-) False LOC110529694
TU787231 other upstream 97442 26864210 ~ 26868078 (-) True G691447
TU787547 other upstream 548800 27315568 ~ 27315935 (-) True G691747
TU788741 other upstream 1348968 28115736 ~ 28116048 (-) True G692859
TU789000 other upstream 1712049 28478817 ~ 28481898 (-) True si:dkey-85n7.8
TU789291 other upstream 1826573 28593341 ~ 28594431 (-) True G693383

Expression Profile