RNA id: XM_036988895.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_036988895.1
length 7150
RNA type mRNA
GC content 0.41
exon number 12
gene id LOC110532787
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048573.1
NCBI id CM023227.2
chromosome length 79455637
location 70727895 ~ 70749329 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

TGTAAATGTGTCCAAGATGGCGACCTCCATCGTTCTGTATTATACGTTCTCGCCAATTGCAACAAAATAACATTATTGTCACATGTCAAAACGTTGTTGTTGGTCGCAGAAAATACAACACGGTTTAGTATATTGAATCGGAAACGTTAAAATCGTCTCCAATGCTTTGTACATTTGTAGAACTGCGCGCGGTGATGGTCTGAGGGGATTTCCAAGCATGGCCACCGATAACAGAATTCATTTCTGGAGGAAAAACGCAAAGGTTCCAGGGAGGTTTCCTAAAGACACTCCAAAGGCAAATAATCTCAAGTCCAAAAAGGCGTCTAGTTTCCACGAGTTTGCCCGCAGCACAAACGATGCCTGGGACATTGacgatgaggaggatgaggactTCTTAGCTCCCAtccatccctcatctctcccACCCACCCTGCTCTCCACACAACAggtacctcctcttcctccacaacAACCCATTAACACCACCATTGAGCCAGACACAGGGCCAGGGCCTGCAGACCGGCTGGCTCCCCCAACAGCAGAGGTCCGCCTTCAGCATGAGGAGGCCAATGGCAGAGTGGTGGTGAAGTCCAGCAGTGAGGCCCAGCTCAACACCAATACAGtgCGTTCCACTCTGCAGAAGCAACAGTCTCTCCCAGTCCGCCCCATCATCCCGTTAGTCGCCAGAATCTCTGACCAAAATTCATCGGGGGCCCCAATCATGACAGTGCGAGACAAGAGTCGATTGGACAAATTCAAATACCTTCTGTCCTGTCCTAACACCGACCTCGAGGAGCTCCGGAAGCACAGCTGGTCAGGCATTCCACGAGAAGTGAGGCCCATCACATGGAGGCTCCTCTCTGGTTACCTCCCAGTCAACATGGAGCGCAGAGACCTGGTgctgaagaggaagagagatgagtaCTTTGGTTTCATTGAACAGTATTACCACTCCAGGACAGACGAAACTTACAAAGACACATATAGACAGATCCACATTGATATTCCGAGGACAAACCCACTAATTCCACTTTTCCAGCAGCCTGCGGTGCAAGAGGTGTTTGAGAGGATCCTCTTCATCTGGGCTATCCGCCATCCAGCCAGCGGCTACGTCCAGGGAATCAATGACTTGGTCACTCCATTCTTTGTGGTATTCCTTTCCGAATTTGTTGaggaggatgtggagaattTTGACGTAGCATCCTTGCCTCTTGAGACCCAGAGGAACATTGAGGCAGACAGCTTCTGGTGCATGACCAAGCTGCTGGACGGAATACAGGACAACTACACTTTTGCTCAGCCAGGGATACAGAACAAAGTTAAAGCTTTGGAAGAATTGGTCAGCAGAATCGATGaGGACATACACAACTACTTTAAGAGGTATGAGGTGGAGTACCTGCAGTTTGCTTTTCGTTGGATGAACAACCTGCTGATGAGAGAGCTACCTCTACGCTGCACCATACGCCTCTGGGACACCTatcagGCTGAACAAGAGGGCTTCTCCCACTTCCACCTCTACGTCTGTGCTGCTTTCCTGATCGAGTGGCGCAAAGAGATCCTCTCCATGGTCGATTTTCAGGGTCTTCTCATGTTACTCCAGAACCTTCCTACAATCCACTGGGGGAACGAGGAAGTGGGCCTTCTCCTGGCTGAAGCATACAGACTCAAGTATATGTTCGCTGACGCGCCCAATCACTACAAGAGATAGGCCTCTATGCCACTGGTTCTTCAACTCTTTTTTTTTAACCGTGGCACACCTTGATAGGATAAAACATTGTGCTGCACACCTGCAATTTCCCTATTCATGTAGTGGTAATGGCATGCATCTTACATGATCCATACTGCAAATCATCTATTTtctgtgacaaatgttttttatagGTTAAATGGAGTTAATTTGATCGTTCCTTAATCTGAATGTGTGTCTACCCCTTAAAGAGTGTCCTGTGAATCcgagttagatttttttttttataggtccggttatatgtatatatagtctgttacaaatatatatatatatatatatatatatataatttttttacagTTTGGGCTACATATGAACAGTTTTCTGCATTGTTAAAGGTGCAACCACGGACACAAAGCCACGCTCTGTTTGTTTCTACGGCAACGGCTGTGGTACAGCTAAACCTAATCAGACTTGGTTATGCTAATTGTTCTCACAGGCGAAGTAAAGGGATATAAATGTACTTTCTCGTGATGCGCGCCCCTCAAATGATACAAAATGTAACAACAGCCTGAGTGCACTGGACTTGAAACAGCCACACAGATGGAACCATGTGCCATTCAATGTATTATCTGAACGGCGCTGGTGCTCCCAAGTCCAAATTCCACAGTTCACATTCGttagtgtccccccccccccccccaaaaaaaataattaaGATTTGGAAAAGTTTCACTGCACAGCTGAAAGTTCCTCAAGGCACAACACTGTGCTGCGTCACACAGGTTGAAAACCACTGCTATATGCACTGGTGAACAGATTGTAAAACAAGAGATATGTAGGTATGTAGAGATATGTAGAGATATGTAGGTATGTAGAGATATGTAGGTATATAGAGATATGTAGAGATATGTAGAGATATGTAGGTATGTAGAGATATGTAGGTATGTAGAGATATGTAGGTATGTAGAGATATGTAGAGATATGTAGGTATGTAGAGATATGTAGAGATATGTAGAGATATGTAGAGATATGCTGATATGTAGGTTTTTATTCCTCTGACATGACTGACGGACATACTGTAAAATACCTTGCACATGCGTATAGATAGATTATGCACTTCAAAACCCTGGCCTGAACTACCGTTTGTACAATATTTTTCTTGCCGTCTTTCTCTGTTAATAATTGCATTGGCAAGTTTCATTCCACCGACTCTGCAGTGTATTATCTTAGAGCCAGTGGCTTGAACGTCTCAGTAGTAGTCTGTTACAGTTCACGCCGTAGGCATCGAGTAGGGTCCTGGCATACAGCTGTGAGTTCTGCTGTTGgaactctatactgtactgtataaatGACTGGTATTTTAATCTGGAAGGGATAAGTACTTGGCTAATCGGTTAATGGCTAGTTCAAATTAATTCATACTGGCATTAAATCAGTATTGTTTGTCTCAAAGGTTTTAACCGAACTCTGAATGGATGACGATGACAGTTTGATCATCCTTTAAGTTTCAGAGAGAATATACTTgagttattttgttttgtcgttTGTTTATGACAAGAGTTCTGTGGTAAAGCTAGCCCACATATATTTGACCACTTTGTCCTCACTTGTTCCCTTCGTGGGAATATTGAGTCCAGCAAAAGGCCAGTCTGAATATCTAGTGAAGAAATGGTCCAATGTAGTACAACGTGATACGGGAGGAGTCACGGCTGCTACCTATAGCCGCTCTGTACACCAGGAAAAGGTACTTTACTTCAGGGCTTATCTATAGGGGTGCCTTATTGAATCCCAAGGCCTCAATGTGAATCGGATGAGAATAGCGACCTTTAATTGTTGATGTATTGTTGTAAAGTTTGGACTAGATATAAAGTATTAGTTGAACTAGATATAGCTGTATTTTATCATCTGATTATTTGCTATTTTGTTTAGTAATCGTCAGACTTCAATTTTCTTTCTAGATTATATGAAACTGTGGCACGTATGAAAGTTGATCAATTGGATCAAAAATGAATTTGTCATTTGCAACTGAATGAGACTTGTCTACCCTTCAAATCGTGTAAACCTGAAGGGGATCTGACACTTTATCAAAcgtatattgtgtgtgtttgtggtgttcaTAACAATGCGATGCAAATGTTGCTTTTGTCTATTTCCTCTTCCTGAAGAAATGTACAAACCAGTGCAATCTAAATCAACAATCTGCCACACAATATAACGACCATCCAGGAAGCTCTTCAGATAGGAGAGAAAATGACTGTTGTACTTCCCTGTTTGTGGTTTGCAACAGCATCTACTCTTATTTAGTAATGGTTAACTTAAACAGTTGTCTGTAAACTTTATAGAAGTGAAAATGGTGTATATTAAGAAGTCAAATGTTCAGATTTGTTATATAGTAATGGACTGTGTTTTGCCTTGACTCTGAGGGTTGCTAAATGCTGATGGGGATTTTCAGAGGAAACTTTTAGTAACCCTCCCTACACAGTTACTTGATCTATTGAAAACGGTGTCCTGTGATATCAACACAGCTGTATTTCAAGCCTTTGTTATAAGAATGTGTAATGCTCTCTTTCTTTTACTGTCTAACATGGAAAACTGAAATGTTGTCATTTGACCTTCTGTTTTGTGTCAGTTGATATTGGGGTTATGTAGTAGCCTACCAGTTGATATTGGGGTTATGTCGTAGCCTACCAGTTGATATTGGGGTTATGTCGTAGCCTACCAGTTGATATTGGGGTTATGTAGTAGCCTACCAGTTGATATTGGGGTTATGTAGTAGCCTACCAGTTGATATTGGGGTTATGTAGTAGCCTACCAGTTGATATTGGGGTTATGTAGTAGCCTACCAGTTGATAGTGGGGTTATGTAGTAGCCTACCAGTTGATAGTGGGGTTATGTAGTAGCCTACCAGTTGATAGTGGGGTTATGTAGTAGCCTACCAGTTGATAGTGGGGTTATGTAGTAGCCTACCAGTTGATAGTGGGGTTATGTAGTAGCCTACCAGTTGATATTGGAGTTATGTCGTAGCCTACCAGTTGATATTGGGGTTATGTCGTAGCCTACCAGTTGATATTGGGGTTATGTCGTAGCCTACCAGTTGATATTGGGGTTATGTCGTAGCCTACCAGTTGATATTGGGGTTATGTCGTAGCCTACCAGTTGATATTGGGGTTATGTAGTAGCCTACCAGTTGATATTGGGGTTATGTAGTAGCCTACCAGTTGATATTGGGGTTATGTAGTAGCCTACCAGTTGATATTGGGGTTATGTAGTAGCCTACCAGTTGATATTGGGGTTATGTAGTAGCCTA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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU951898 lncRNA upstream 76969 70645274 ~ 70650926 (+) True G836833
TU951890 lncRNA upstream 94738 70632877 ~ 70633157 (+) True G836826
TU951542 lncRNA upstream 117856 70609802 ~ 70610039 (+) True G836550
TU951539 lncRNA upstream 120018 70607559 ~ 70607877 (+) True G836547
TU951479 lncRNA upstream 198376 70528075 ~ 70529519 (+) True G836507
TU952058 lncRNA downstream 135399 70884728 ~ 70885693 (+) True G836966
TU952062 lncRNA downstream 139005 70888334 ~ 70889451 (+) True G836969
TU952116 lncRNA downstream 232718 70982047 ~ 70982645 (+) True G837018
TU952439 lncRNA downstream 366263 71115592 ~ 71120982 (+) True G837275
TU952442 lncRNA downstream 367876 71117205 ~ 71118343 (+) True G837278
XM_036988885.1 mRNA upstream 206864 70510123 ~ 70521031 (+) False kif3b
XM_036988886.1 mRNA upstream 206864 70510123 ~ 70521031 (+) False kif3b
XM_036988887.1 mRNA upstream 211188 70510123 ~ 70516707 (+) False kif3b
XM_021616935.2 mRNA upstream 219785 70501436 ~ 70508110 (+) False pofut1
XR_005053351.1 mRNA upstream 310927 70391119 ~ 70416968 (+) True LOC110531266
XM_036988896.1 mRNA downstream 1509 70750838 ~ 70754151 (+) True LOC118966110
XM_021616931.2 mRNA downstream 4966 70754295 ~ 70759693 (+) False LOC110532786
XM_021616930.2 mRNA downstream 10658 70759987 ~ 70775436 (+) False LOC110532785
XM_036988898.1 mRNA downstream 10894 70760223 ~ 70775436 (+) True LOC110532785
XM_021616928.2 mRNA downstream 29012 70778341 ~ 70784847 (+) True fam50a
TU951291 other upstream 518260 70208678 ~ 70209635 (+) True G836374
TU951181 other upstream 694668 70032992 ~ 70033227 (+) True G836274
TU950024 other upstream 1360107 69287276 ~ 69367788 (+) True G835268
TU950033 other upstream 1461421 69261171 ~ 69266474 (+) True LOC110532770
TU950020 other upstream 1483417 69242214 ~ 69244478 (+) True G835266
TU951966 other downstream 5022 70754351 ~ 70759695 (+) False LOC110532786
TU951967 other downstream 5022 70754351 ~ 70759643 (+) True LOC110532786
TU952565 other downstream 483457 71232786 ~ 71233424 (+) True G837369
TU952646 other downstream 631830 71381159 ~ 71381658 (+) False znf335
TU952642 other downstream 634570 71383899 ~ 71384463 (+) True znf335

Expression Profile