RNA id: TCONS_00072291


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00072291
length 308
lncRNA type sense_over
GC content 0.44
exon number 2
gene id XLOC_036030
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007119.7
NCBI id CM002892.2
chromosome length 54304671
location 50531703 ~ 50705652 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ACAAACCAATGAGTTGGCGGCTAACAGAAGTGGCAACCAATCGCAGTGAAGAGTGGGCGGCTCCAATGCGTTTCCCTATTTAACTTTGAAACATAATATTAGCTTACTATTTTTAAGTCGACGGCTACAGACTAGTTCCCCGTCTGCAACTAAACGTTAATATCAGCAGGTTTGTCGAGAATTGCAGGGTCTctggaaaatgtatttattttacacgTCGATTCTGTGCGTCCTCTGCGCATGTCACATGACCAAAGCCACCTGTGACGAGCCTTTGACAGCAGAAGATGCTGAATTCTGCAAGTAAG

Function

GO:

id name namespace
GO:0005794 Golgi apparatus cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00072290 lncRNA upstream 17670 50508918 ~ 50514033 (+) True XLOC_036029
TCONS_00072289 lncRNA upstream 258225 50256786 ~ 50273478 (+) True XLOC_036027
TCONS_00072288 lncRNA upstream 489888 50038691 ~ 50041815 (+) True XLOC_036024
TCONS_00072287 lncRNA upstream 907989 49616496 ~ 49623714 (+) True XLOC_036019
TCONS_00070528 lncRNA upstream 1094950 49433678 ~ 49436753 (+) False XLOC_036017
TCONS_00070553 lncRNA downstream 446830 50979018 ~ 50986475 (+) False XLOC_036036
TCONS_00072292 lncRNA downstream 628418 51160606 ~ 51165849 (+) True XLOC_036038
TCONS_00072294 lncRNA downstream 1049541 51581729 ~ 51586703 (+) False XLOC_036039
TCONS_00072293 lncRNA downstream 1049541 51581729 ~ 51586703 (+) True XLOC_036039
TCONS_00072295 lncRNA downstream 1193458 51725646 ~ 51726902 (+) True XLOC_036040
TCONS_00070543 mRNA upstream 29460 50493095 ~ 50502243 (+) True XLOC_036028
TCONS_00070542 mRNA upstream 38050 50493095 ~ 50493653 (+) False XLOC_036028
TCONS_00070541 mRNA upstream 313788 50190742 ~ 50217915 (+) True XLOC_036026
TCONS_00070540 mRNA upstream 351477 50150834 ~ 50180226 (+) True XLOC_036025
TCONS_00070539 mRNA upstream 494144 49975173 ~ 50037559 (+) True XLOC_036023
TCONS_00070545 mRNA downstream 2760 50534948 ~ 50705652 (+) True XLOC_036030
TCONS_00070546 mRNA downstream 195032 50727220 ~ 50733508 (+) True XLOC_036031
TCONS_00070547 mRNA downstream 210787 50742975 ~ 50777750 (+) False XLOC_036032
TCONS_00070548 mRNA downstream 210849 50743037 ~ 50839564 (+) True XLOC_036032
TCONS_00070549 mRNA downstream 410052 50942240 ~ 50950546 (+) False XLOC_036033
TCONS_00070536 other upstream 712832 49801662 ~ 49818871 (+) True XLOC_036021
TCONS_00070526 other upstream 1151400 49378890 ~ 49380303 (+) True XLOC_036016
TCONS_00070520 other upstream 1426652 49092039 ~ 49105051 (+) False XLOC_036010
TCONS_00070506 other upstream 1798845 48732153 ~ 48732858 (+) True XLOC_036001
TCONS_00070498 other upstream 2004157 48514551 ~ 48527546 (+) False XLOC_035995
TCONS_00070552 other downstream 434618 50966806 ~ 50967999 (+) True XLOC_036035
TCONS_00070562 other downstream 1629673 52161861 ~ 52162964 (+) True XLOC_036043
TCONS_00070576 other downstream 1998749 52530937 ~ 52543392 (+) False XLOC_036052
TCONS_00070587 other downstream 2491351 53023539 ~ 53023617 (+) True XLOC_036064
TCONS_00070588 other downstream 2491491 53023679 ~ 53023764 (+) True XLOC_036065

Expression Profile

//