RNA id: XM_039782705.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_039782705.1
length 7214
RNA type mRNA
GC content 0.41
exon number 5
gene id lin28b
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053129.1
NCBI id CM020926.1
chromosome length 36987114
location 22280967 ~ 22301585 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome
species eurasian perch
(Perca fluviatilis)

Sequence

gagagaagagagggacagCAGTGCAGAGGTGGTGAGAGTGAGGAAGGGATTgaagggaagaaagagagacatgacaaaaatatcaaaaggCAGAAAGCACGCCGTACCATGCGAGCTAAATTGGTGACCGATGGGATCGAGGATGTCGGATTAATGGTGACGACCGCAGCCCGTTTTCGCAGAGGAAGCTTCTCTATTGCAACTTGGGCGCAGAGGGTCCGCGGGGAAACATGGCCGAAGGAGGGCCGGGTAAAGGTGGCGGAGAAGACCCCGCCAAGTCCGCCGAGCAGGAGGACCGGACTCGACCTCAGATCCTGTCGGGATCGGGCTTCTGCAAATGGTTCAACGTCCGGATGGGCTTTGGATTTATCTCAATGACCAGCAGCGAAGGGAGCCCCGTTGACCCCCCTCTGGATGTTTTCGTCCACCAAAGCAAACTGGTGATGGAGGGCTTCCGCAGCTTAAAGGAGGGTGAGCAGGTGGAGTTCACCTATAAGAAGTCCTGTAAGGGCCTGGAGTCCCTGCGGGTGACCGGACCTGGTGGGGGACCCTGCGCAGGCAGCGAGAGAAGACCCAAAGGGAAGGTCCCACTCCAGAAACGCAAACCAAAGGGAGACCGGAATATAATGATTCATACGCACCAGTCTTGGCTTCATCCAACAAAAGCTGAATATATCTGTTATAACTGTGGAGGTCTGGATCACCATGCCAAGGAGTGTGGCCTGCCCCCCCAGCCAAAGAAATGCCACTACTGCCAGAGCATCACGCACATGGTGGCTCAGTGTCCCCACAAGGCGCTGGCGCCCGCCACAGGCTCTCAGGACCAACATGCGTCTACCTCGGCCTTCAGCCCAGGGACCGGGCCCTACCTCTGCCccccagaggaggaggagcgcgCCACCTCGTCTCCCCTGGAGggctcctcctcttcccctgAGGAGCCCCATACACACCGCGGCCCCCGGACCCAGAGGTGGAGGAAATCCTGAAGACAGCCCATAGAGGTGAACCTTTCACCGCTAACTCCTGATCCTCATGTCTCCCCTCAATCAAGGATACCTgaagcccccccccctcatCTACCTCACACCTGTGAAAAAATGGGAGGTCTTGATTTCtttgctgtttattttattttttatttttctaaccAGCGCAGCTATGGCAACCATCGATGGGGTACGGAcgtttgtgaatgtgtgtgactgACTTGCAGTCATCTTGTGCAGCTATGGAAACCACCGCTGGAATGGTGACTGCAGGGAATGACTTGTTTCAATCAGTGCAGCTCAAGAGTGAAACAATGTGGTATgaatcttgttcttttttctccTTGGACCTAAGTGTTGGCCATTTCgaatgttttttctttacagATATTGTCGATTTTAAAGCCACAAATTTATATCCTGTAGGCCTAATCATTTCAAAAATCATGTTGCATCCTTTTGGCACACACGGTAGATTTGATAAAGGATTAGAAGAGGACTTTTTAAAAGCTCAGAACCCTCTGAGCAATAATCCAGACCCATAGGATTGTTAGCTTGGTTTATGAAGATCTTTAGGGAAACTTTATGGATTCCAGAGGGAATTTTTAAAACGATGGTGAGCTGCTAAAAAGAAATTCTCTATAATCTGGAAACACGCGCTACAAACCTCTCTCTTACATGAAATTGACTGGACCAACTGATTGTCACAGAgtgagcatgtgtgtttttgcaagACATAGAGAGGAGACAGGAACATgtgtgcttgtatgtgtgtgttgtgcatgcTCCGAAAGAAAGCATAACTGTCAGACTGGCCTCTGCTCCAGGTGCGAGTCAACACTAATAACGTTTCGGTTTCCTGTTATTAGAGATAGACCATTTTAGATAAGACTATCATATAATCCAGTTAGATCATAGTTTAGTTTTGATCATTAGACATTTTGGTTGTTGCATAATTAGTTGAAAATAACATTACAGTTTATAAATCATAGTATAAGTCATTAATATATGTAAAGTCACAGTTATCataattaatataattaaaattatATTAACTTTAAGTAATGCATATATAAGGAATCAGCTCTGACATAGGTGAATAGCCCTGTATATTGCATGGGAtactttgttgttgtgtgtgaaaaCTCGTAACTTGCTCTCTATTTAACCGTTTTCATCCATGACAAATCAAActgaccttttaaaaaaaaaaaaaattacgccACGCCTTCTTCATTAGTTCAAATAGTCAGCAGTCACCTCTGACCCAGCACAAAGACTCACCTTGTTTGATTAAAGGTGCAGACCATTACAGTGTCATCACAGCTGCTCTACTTATTTAATACCTCACCAATTCTTCCTCTTGGAAAAGAATGTCACAGAACGCCAAGCTGTTTGCTCTCATAGCTGTGTTGCAGTACGATCCAACCACCTGTTCCTCTTCCATCTGTGCCTACCAGTTGTTAGTTAGCACCAGCCAGGTAATGCTCAGTCCTCTTTGGGATGGGAGGCcatcgctgctgctgctgctgctgctgcttcagactcactgaagagagagagggagagagagagagagaaagagagagggagagagacagagagtgctGCTAATGGTATAACTTGAATCCCAAGCATTGCTTTAGTAGCACTTATTTTTGACCTTACAACTCTTCTCTGACCATATTGAATGTGAAAAGAGCTTATCTGAAGTCGACTCCTCACAAAGTTCATGTTGGGTCGCTTTGGAGTTGTATCTTAATGTTCTGACAAATCAAATAACTTTGTATGATGATATCAAACTagcttgtgtgtttttaaaagctCTAAGTAGACAACCAACTGTTTTTGGTATATTTCTATACCAAAGAGTTTGGCTTTATTTTTTGAAGGCATTTAGACTTGCTGAAGTGCTTGTTATCCTCGCTCTTTCACAATAAGAGGGACTTATTGCTGAAAGCGCAACACTgcggttattattattattttttttaatgtacagctttttgaatgtgtgtgtgcgttaaaaaaaaaaaaatcaaatctcaACAATGCAGCATGACAGAAAAAAGTGAATGACCAAACCACATAAGGAGCACAGCCCATGCTCAAATCTTTATGGAAACAACATCTTTTTGTATGATGTATTTGTACAGTTTTACACACAATTCCTCTCAGGATGATGAACTGTTCTCAGGGAATTAaccaaaaaagtgtattttattCTTTTGGGAATCATCCACTGACTGACTCAACAAACTCTGTTAAGCAATGGTAAAGAGACGTATGTAACCAATTCATGTACTGATATTAGCAACTACCTCTTGAGTTATACATAGTTgtgcatttctttttgttttgtatatttttttgatGAGCTTGTATAATTAACTGTAGGTCTTTATTGTACTGAGGTGTTGTGTGAGAAGTTCCCTAGTGTTGCCACAGACTCCCTGCTCTTCCTTTCCAGATTTGATGAGTTACTTTTTTCTTTGActgcaaaacttttttttttgtttacagcaaAAGCCTACCTCATATGCGCTGTTCCTCCATAAACTCCTTACCTCCTCCCAGACCCCCTCTACCTCCTTCATGCGGTTGTTTGTTCATTGAATTGCCACCTGTCGCACTAGAGTCACACCACATTTTCAACGAATCAGCCCTGAAATGGCTCGTCACTTGTGACTCCAAATATCTTACAATCAAAGCCCCTTTTTTAAAGGGTATCCACAAGTTTTCAGAACGGGCAAGTTTGTCTCACACATCCAGGGTGAAGTTTTTCTGCCAGCTCTGTGTTATACCGTCAGTATACACTCATCACTGCAGACAGCATGTGGGTTTACCTCAGTTTGTTGGGCTAGCTATAGACGtgttaaatatgaaatatttaaCATTTCCGTGTGAACACATTTTGAAAAGACATGGACTGttgtttttaagtattttatcaTAACCATTTTTGTAACCACTTCATGTTATGGGCTTAAGGTGGAGAAGAATAGGATTGTACTTCGCACAAGGAGTGcctatttctgttttgtttgtctgaCCCTATTACCAAATAGATATTTTCCTCTTTTTGGGCTCCAAGGTAATAGCCTTTTGTCAACCATTTTTACAGCCTCAGATAATCAGAAGTTGTGTGGTTTGGAGATGAAGCCCCTTCTTGTTGCAAACTATATTTGTAATTTAGAGCGGCATTGCTAACAGTTAACATGAAATCAGTAGATTTTGTACTAACGGTGACATCGCATAGGCGTAATGAAGATGAATATTGTTAAGAGTACTTTTTAAAAAACTAATGCATGAGATCAAAGATTGATTTTGCATAATGGCCGCAGTATTACTATTAACACTCAGCCGAGAGAATCACTATgttgcagtaggcctacatatgGAATAGAACGCGTGTTTATATCAGTTATGAACAAAATACACAACCGCAGTAAAACATAGTGATATTATTGTTGTTAGTAGCTTTATATTTTCTTCCAATCAATGTAACTACTGATTGATCTCTTGTTTCAGTATTCAACACAGCCAAGAAAACCCTCTCATACAAGAGAAtaacctaataataataatgaaatggtTATCATAGAGGTTTGTCAAGGCTGCATGTAGGATAACAAATTGGTAGAATCATGTTATTAATATTCTGACTTGTCTTAAGTTTTGAATCATGCAAACACTAGACAACACAAGCAATGAGTCAGGGATAATTCTGGATTttgtggtctgatgtttattttgttttgccaAACAATAGAGTCAAGGTCACAACATCACATCCAGGCTAGCCTCTGTTCCTTTAGCTTCTGTAAAGCCAGACATGTACTTGCTGTTTAACCGCGGTGCGTTAATTTTACGAGTCAATGGAGCGAACGGACAGAGGATATGCAAGGCAGCCACCATGCGTTTGTGTACGtgtttcatttctgggatttctgggattgttcaggtgccgccggtaATTCTgacggatgtccctcattttcggctggatgt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Function

GO:

id name namespace
GO:0006355 regulation of transcription, DNA-templated biological_process
GO:0003677 DNA binding molecular_function
GO:0008270 zinc ion binding molecular_function

KEGG:

id description
K18754 LIN28; protein lin-28

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
XR_005637027.1 lncRNA upstream 447185 21832948 ~ 21833782 (+) True LOC120547080
XR_005636932.1 lncRNA upstream 534413 21745581 ~ 21746554 (+) True LOC120546760
TU252261 lncRNA upstream 738186 21540588 ~ 21542781 (+) True G186297
TU252179 lncRNA upstream 805663 21474552 ~ 21475304 (+) True G186220
TU252169 lncRNA upstream 932386 21347944 ~ 21348581 (+) True G186210
TU252644 lncRNA downstream 234074 22535659 ~ 22537716 (+) True G186506
TU252735 lncRNA downstream 415385 22716970 ~ 22719893 (+) True G186578
TU252803 lncRNA downstream 498150 22799735 ~ 22800058 (+) True G186622
TU252810 lncRNA downstream 507635 22809220 ~ 22809461 (+) False kcns3b
TU252843 lncRNA downstream 545287 22846872 ~ 22847674 (+) True G186641
XM_039781600.1 mRNA upstream 10220 22258597 ~ 22270747 (+) True LOC120546584
XM_039781163.1 mRNA upstream 59822 22212510 ~ 22221145 (+) True LOC120546308
XM_039782240.1 mRNA upstream 69490 22202703 ~ 22211477 (+) False LOC120546953
XM_039781018.1 mRNA downstream 137136 22438721 ~ 22450064 (+) True LOC120546233
XM_039781019.1 mRNA downstream 137136 22438721 ~ 22450064 (+) False LOC120546233
XM_039781020.1 mRNA downstream 140436 22442021 ~ 22450064 (+) False LOC120546233
XM_039781294.1 mRNA downstream 180335 22481920 ~ 22484901 (+) True LOC120546368
XM_039781291.1 mRNA downstream 187461 22489046 ~ 22515691 (+) True LOC120546366
TU252499 other upstream 215378 21985779 ~ 22065589 (+) True G186394
TU252459 other upstream 333967 21944743 ~ 21947000 (+) True erh
TU251678 other upstream 2420762 19856735 ~ 19860205 (+) False kif25
TU251521 other upstream 2632811 19634283 ~ 19648156 (+) False acp1
XR_005636890.1 other upstream 2741759 19429596 ~ 19539208 (+) False nhsl1b
XR_005636956.1 other downstream 1276793 23578378 ~ 23589689 (+) True nfkbie
XR_005636955.1 other downstream 1276793 23578378 ~ 23588514 (+) False nfkbie
TU253325 other downstream 1778018 24079603 ~ 24083104 (+) True G186975
TU253479 other downstream 2205328 24506913 ~ 24507813 (+) True G187094
TU253601 other downstream 2702434 25004019 ~ 25009407 (+) False lama2

Expression Profile