RNA id: TU305640


Basic Information

Item Value
RNA id TU305640
length 8809
lncRNA type inter_gene
GC content 0.38
exon number 3
gene id G258156
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047610.1
NCBI id CM018556.1
chromosome length 25111544
location 20567790 ~ 20576789 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

CTAGTTCACAAACCATTTTATTGTCAATCTGACATGTTGACACTTGTACTTtgtccatgaaaaaaaaatgtcattcattGATAAATTAAGTTGACTACAAACAGTAGCATGTGCCCTCTTGTGTTTCTCATTAAGACAAGTCTACACAATAGGACGTTAAAGTCTGACAGACAGTCTAAGACAGTCTAAGGAAaattccaccctgaaacacatcatatatgtttatatgaaaaaaaatcttctgatGTTCTAAGTGAGTCTGGTGGTATTTTGTcggttattcctgtgagaagttgtGATTGTgtgctgcactattgtcacagGGGAACATCGCTAacacagttacaatggcatttaatagggaaaaaaaaattatctcagACATAATGGAcgaagagcttcttttctcactcaccactTTTAGCAATGTTCAATGTCATTAATGAGAAGTCTCGTGTAGAATTAGTTGGAACAGCAAATGTTGGACTCCAGAATGCAATAGATGCAAGCTAATAAGACGTGTTTGCACCTGGAGTTACGGCAGAAACTCGGCTCTGCAATTTAAAAATCTATGATGACGAGTACGATGGagttgatggtggtattagcatgaaaggtctgtttgagcagagtgtacaggtgaggaggtgagagagctggccagaataaagcactaaagcgctgctgcatcgccCTTTTTCGGTAGAGGTGAATTCACTGGAATTCATTATGGGTAACACGGGAAACCTTTAGCTATAGGGAAAACAGACCAAACTGAAGTTAATCCAAAAAAGTCATCTCAGAatttatcataaaataaatcttttggaCAAAGGAAGAtcatatgttaaaaatattgtacatatgTTAAAGATCATACGTTATAAATATTGATAGtgagttgttcagggtggatttttttcctgtaagtaaaagaagaagaaaattcagATGTATTCAAACACACTTATGTATCAAAAGTTGATgcttacaaaaaaacaactagAACTAATTCATTACAATGGGTTTACATTCTGACTTACATAGCTACTAGACACCAGGGACCAATTTATTCTAACCCAGCAATTTCTGTTGCAGCCACATAAATTGATTCGTTGCATTAATATACATTCAGTTGTCAGTTTATTATAGCCAGTTTTACCAACATTCATCAGGTACAACTACCCTATAGATGAACAATTCCTatctgtagcccatctgttgctatgaACCATTTTCAGCCCCCTCTTCTCTGTCCATCAGTGATATTATATCTATAAAGTGCACCAGTATGACAGCGGTACCTAATAAACCGTCCATTTAGCTGATCTAGCACACATAAGTTCTTGATATTACAACATTATTGTCAGTAGGCTACTGACTATAAGAAAAGCTAGAAAAGCTCtcctttttcttcattaaaaaataaaagtaataaaattgaCCTATTGCTACACTCAATTTTTATCATGTTGACAAGAATGAAAAGGGTTGCAGTAAAACTGCAGGGATAGGTGTTTGATGTAAATTAAGATGCAAAAAGGAGTGGctgtaaaaatgtagaaattatttataaaatgatgcTTAAATATTGAAAAAGTAGCCACATGACTGAAGGACTGTGAGGAACCTGGAATctagaaagaaggaaagaaagaaagaacgaaagaacaaacacaaaagcagtCTAATCTAATCCTGCACAGGAAGAGGTCTGCTTCGAGTCAAAAGTTGGAAGAAGTCTGGAAGATAAACGAAGTCTACAGCcagaaaagaagaatgaaagaaggttgaacaggaagtgatgaatAATAGAAGCCCCAGCAATGTTTCTAAGAAACTTCATTTAGCAGTTCTAAGTCAGTGGTCCCCAATCTTATCAGCAAAGCGCCAGTGCTGTTCCAGctaaattacaaactgatttatGAAACTCACTGCTTGTCTAAGAAAATCAAAAGGCGATAGAGAGCAACCTTAAAGAATGCCTCTGGAAAGAACAATGATGGACAATGACTAAAGAACGAATGATGAACAGCACCCAGAGCTCATTTACAGATCTTTCCCCAGCCTCTCAATCTCGTCGAGGAAGAAGTCCAAGTCGCTGTGCTGCAGCTGGGTAGAAAGGACGACCATGCGGAAAAAATTGACTCGACCATCCAGAGGCTGATAACCCACCATCATAGAGCCATGTTTCATCATGCGTTCCTTGATGAGCGGTGCCACCTTGCTAATTTGTCCTGGTAATCTGTGTCATTCTCCTTCCCTCTCAGGCTGGGTGGCACAAACCAGAAGCACACGTTCACAAACTGCGGCTGTGGAGAAATATGAAGGAAACAACATTTACAAGCATTGTTACAGGTTGACCCGCTTCAGCTTGTACGGTTGAATAATTTTTAGTTTGACTGAATGCTAGTGCTTCTGTTTAGttgtggctctgtgtgtgtttgtgtgagtgtacaCTGCGGACATGTGTGTTTAGTTCTTTGTTTAGCTGCGTTTCTGTCTCACATTTGTTTCTAGTCAGTTGGTGGAACTGcagttttaaaggtgcaataggcaacatttttcagttcttactagtacaaataatgtggaaaattatgtagaaatgatcaaaaataatcGTTTAAGCCATTGTCTCAGAAAAAGTGTATTACAtagctaaaacaaaaacagtttggAAACCTGCCTTCAGGTCCGGAAGGTTTGTTTGTAATTGgattggcctcttgtcagtcattttatagacacaccCCCAACACCCCTTCACAtactcataaatcattatgaggagAAGTTGCATGTTTACAGAGCTGTAACTCGGCTGTCAAGCAGCTGAATGTCCACGTGCGCTTGAAAGTGATCTCATGACAGTCCTCGCTAATGGTAACTCTAGATGAACCGCCgttttgggggcggagcttggtGTATATTGGTGGAAATGGGGGTGAGatcaatgaattaaaaaaaaagtcattcaaatcttattcagcTCCACCCATTTAACTATTAGAGACCTATTTTCACAACTcatacctaatgcacctttaactgTATTAGATTTTAATACAACAATGTTACCTCAGAGACCAGCTGAAACCCTGCTCTTTTCTTCATCTCCTCAACAAGATACCTAAAGCAAACAGCAAGTTAATAATCCATTACCACACTGACTCATGTATTAGAATATATTAAATGAACTATATTCTGTTTTCTTAAAAtctgaattgattttttttgtcttgtttaccTTGTATTGGCGAAAGCCTTGTCGACCCGGTCAGCGAGGCCCTGCGAGCCGATAGCTTTCCACATGAGCCACAGTTTCAGACAATCCACCTTGCGTCCACACTGGATGGACTTATCCCCGGTGTCCAGATGTGTGTCGTAGAACTTGTCTTGCTGAAACAAGTAGGTGGCGTTGGCGCAGTAGCAGTGCATCAGCAGGTTCTGGTGAGAGAAACTGCATAAATAGGTTTTCCAAACTTGTGGTAGAGAGccatgcaaaagagaaaaaggaataCCTGTCGTTTTCAGAACTagtacaaaatgtcaaaatttcaccatgtgaagggttttcccaggccgccacacaATTTTCAGCGCTTGCTTACTTACTTTTATTCTCTCTATGCTGTCTACTGaactattatatttttttgataGATTGTACCACAGGATCATACCGTTGTGTCTCTCAGCAAAATAACGGAGCACTGAAGGCCAGTCGTCAGCATTTTATGTGGGTTCCAGGTTAGAGAGTTGGCCCtgaacacaacagaaaaaaaacatcaggcaATAGGACATCTGGAAAGAGGAAGTTGCTCCCTACTTTTTGTGGGTGTCACAATAAACACATGTTTATTGGAAGTTCTCTGGAGGCTGTGGGTTGACATTATTTCCTATGCAACATTAGTGTTAGCAAAAGAAGGAGCTTCAAGGTCTTCAATCTAGGTTTTACTTTTTactctgcacttttttttttgttttatgtgaaaACAGAAATTTCTATGTTTTCCATTGCACCTGatggaaatgttattaaaacatTACTGAAGATTTGCTGTTTCATATCCTTTTAGAGAAAAGGGGTTCTAGCTAAAAAGGGTAAACTGCACTATATGTAGTACAAACTGTATAAGATGTACACTACAGCAGTATGCAATTTTGAATGCAGCCCATAAGAAAAGATGATTTCTCCTCCATGTTCCTCAAATTTTCCTCACTGTTCCTCCACGTTAGATGGTTAACAATTCTAGCTTTCTACAGCAGGGTTatttggaaccttttctgaactTATTTCTAAGTGTAGTGTTTCAAAATGTTATTTCTCCACTATTTCTAGATTTCCCCTTATGTCCCTGTTCGGTACTCTTCGTACCCTGGCACAAATGGCAACATAGCTACAGTACAGGTCACTTCAGTGGAAATAAGCATAAAACATGGGATATACCTTTCAATTCCTGCTATTagatgtttgtgtttcttgGAAAACAGCACACTTCCTCCCCAAGCGGCCTATGGAACGGATAAAGGAGAAGGGTGTCTATTACAACAAGGCTGCTTATCTGTACTTTCAGATGACTTTCTGTTCCTTGACCAGTTTAGACATTACTTACTATTTTCTCAGAGCTaatgaaataacattttgtgCTTGCATAATAATCCAAAGGTGCTGTACATACAGGGAAATTACTTTACACAAGTGTCTCTTGTCTCATGTTATCATGTGTCATGTTCCATGTGGTTTTATGCAACATGACTTCTGATAAAGAGGACGTGGCTTACATCAACGTGCATCCACATTCCGTTCCTCTCAGTTATGTCAGCGATGCTCTCCAGAGGGTCAAAGGCTCCTTGTACGGTGGAGCCAGCTGTAGCGTTGACAAAGAACGGGTAAGCACCCTGTAGTAAAGAGAACATGCTAATCAAATGCCAACCACCACATTTTCATTATAGCAGTCATACTGAGTCACCTCTAAACCCCATACGTAGATCAG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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU305574 lncRNA upstream 180977 20369995 ~ 20386813 (+) True G258097
TU305577 lncRNA upstream 188456 20369995 ~ 20379334 (+) False G258097
TU305179 lncRNA upstream 458564 20108390 ~ 20109226 (+) False G257803
TU305180 lncRNA upstream 458564 20108390 ~ 20109226 (+) True G257803
TU305178 lncRNA upstream 463750 20101008 ~ 20104040 (+) True G257802
TU305646 lncRNA downstream 34752 20611541 ~ 20657067 (+) True G258162
TU305792 lncRNA downstream 86893 20663682 ~ 20680938 (+) True G258273
TU305795 lncRNA downstream 105581 20682370 ~ 20756538 (+) False G258275
XR_004579728.1 lncRNA downstream 120196 20696985 ~ 20699668 (+) True LOC117599265
XR_004579729.1 lncRNA downstream 131326 20708115 ~ 20711958 (+) True LOC117599266
XM_026921356.2 mRNA upstream 22993 20537706 ~ 20544797 (+) True copz1
XM_026920987.2 mRNA upstream 54412 20510244 ~ 20513378 (+) True LOC113530729
XM_026921098.2 mRNA upstream 120808 20439254 ~ 20446982 (+) True hoxc1a
XM_034311743.1 mRNA upstream 136737 20389157 ~ 20431053 (+) False hoxc3a
XM_034311740.1 mRNA upstream 136737 20390414 ~ 20431053 (+) True hoxc3a
XM_034311779.1 mRNA downstream 9378 20586167 ~ 20610713 (+) True lima1a
XM_026920825.2 mRNA downstream 9378 20586167 ~ 20610713 (+) False lima1a
XM_034311781.1 mRNA downstream 9400 20586189 ~ 20610713 (+) False lima1a
XM_026920824.2 mRNA downstream 12928 20589717 ~ 20610713 (+) False lima1a
XM_034311780.1 mRNA downstream 14897 20591686 ~ 20610713 (+) False lima1a
XR_003403172.2 other upstream 53595 20510244 ~ 20514195 (+) False LOC113530729
TU305571 other upstream 169076 20390809 ~ 20398714 (+) True G258096
TU304946 other upstream 1088895 19478302 ~ 19478895 (+) True G257622
trnae-cuc_34 other upstream 1534802 19032917 ~ 19032988 (+) True trnae-cuc_34
TU304341 other upstream 1656076 18879568 ~ 18911714 (+) False fmnl3
XR_004579743.1 other downstream 326316 20903105 ~ 20907250 (+) False ubxn10
TU305940 other downstream 326358 20903147 ~ 20905073 (+) False ubxn10
TU306101 other downstream 651531 21228320 ~ 21230871 (+) False si:ch73-290k24.5
TU306357 other downstream 961465 21538254 ~ 21542254 (+) False LOC117599233
trnal-uaa_2 other downstream 1735017 22311806 ~ 22311888 (+) True trnal-uaa_2

Expression Profile