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| Tissue / Organ | head |
| Experiment type | baseline |
| Sample | 18hpf, 18 somites, untreatment |
| Source dataset ID | GSM4793191
|
| Project ID | GSE158142 |
| Species | Danio rerio |
| Cluster | Cell type | Gene id (symbol) | Gene type | Marker class | Evidence |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Cycling progenitors | ENSDARG00000040041 (mcm4) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 1 | Cycling progenitors | ENSDARG00000102798 (mcm2) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 2 | Cycling progenitors | ENSDARG00000002403 (nusap1) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 2 | Cycling progenitors | ENSDARG00000024488 (top2a) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Telencephalon | ENSDARG00000031222 (lhx2b) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 3 | Telencephalon | ENSDARG00000070769 (foxg1a) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Placode | ENSDARG00000026473 (six1b) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 4 | Placode | ENSDARG00000009544 (cldnb) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 5 | Midbrain | -- (eng2b) | -- | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 5 | Midbrain | -- (eng2a) | -- | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Optic vesicle | ENSDARG00000071684 (rx1) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 6 | Optic vesicle | ENSDARG00000005574 (vsx2) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Optic vesicle | ENSDARG00000071684 (rx1) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Optic vesicle | ENSDARG00000005574 (vsx2) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 7 | Optic vesicle | ENSDARG00000040321 (rx2) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Neural crest | ENSDARG00000062262 (ednrab) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Neural crest | -- (fam212aa) | -- | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 8 | Neural crest | ENSDARG00000077467 (sox10) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Comitted progenitors | ENSDARG00000016725 (gadd45gb.1) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 9 | Comitted progenitors | ENSDARG00000007097 (her13) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Mesoderm | ENSDARG00000012060 (thbs3b) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 10 | Mesoderm | ENSDARG00000033971 (prrx1a) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Epidermal cells | ENSDARG00000045887 (mmp30) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Epidermal cells | ENSDARG00000033466 (tagln2) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Epidermal cells | ENSDARG00000116617 (spaca4l) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Epidermal cells | ENSDARG00000103590 (cyp2aa6) | unprocessed_pseudogene | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 11 | Epidermal cells | ENSDARG00000102415 (scinla) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Epidermal cells | ENSDARG00000011956 (dlx4a) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 12 | Epidermal cells | ENSDARG00000003395 (col4a3) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000053868 (etv2) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000095019 (lmo2) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000030125 (sox7) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000075549 (cdh5) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000105215 (kdrl) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 13 | Rostral blood island (myeloid) | ENSDARG00000040080 (fli1b) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Neuron | ENSDARG00000045639 (elavl4) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Neuron | ENSDARG00000009553 (gng3) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Neuron | ENSDARG00000099744 (gap43) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Neuron | ENSDARG00000018997 (cplx2l) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Neuron | ENSDARG00000039522 (tubb2) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 14 | Neuron | ENSDARG00000070537 (stmn2b) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 15 | Placode | ENSDARG00000069503 (cldnh) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Floor plate | ENSDARG00000031483 (col9a1b) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Floor plate | ENSDARG00000023694 (spon1b) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Floor plate | ENSDARG00000038867 (shhb) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Floor plate | ENSDARG00000076904 (loxl5b) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 16 | Floor plate | ENSDARG00000021462 (daw1) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Periderm cells | ENSDARG00000007024 (uox) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Periderm cells | ENSDARG00000101407 (tgm1l4) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Periderm cells | ENSDARG00000076839 (ftr86) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Periderm cells | ENSDARG00000009196 (anxa3a) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Periderm cells | ENSDARG00000035178 (gna14) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 17 | Periderm cells | ENSDARG00000029290 (stx11b.1) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Heart primordium | ENSDARG00000019096 (myl7) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Heart primordium | ENSDARG00000055618 (acta1b) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Heart primordium | ENSDARG00000052708 (tnni1b) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Heart primordium | ENSDARG00000042018 (fhl2a) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Heart primordium | ENSDARG00000041257 (smtnl1) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Heart primordium | -- (vmhc) | -- | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Heart primordium | -- (nexn.1) | -- | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Heart primordium | ENSDARG00000011400 (tnnc1a) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 18 | Heart primordium | ENSDARG00000008433 (unc45b) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 20 | Blood precursors | ENSDARG00000114451 (mmp13a) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 20 | Blood precursors | ENSDARG00000000767 (spi1b) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 20 | Blood precursors | ENSDARG00000013539 (ikzf1) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
| 20 | Blood precursors | ENSDARG00000033735 (ncf1) | protein_coding | marker | DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023 |
